genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  188  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56071037--56071236	81	2.5	81	89	4	280	37	6	24	31	1.81
56071038--56071234	54	3.6	54	91	1	324	37	6	24	31	1.81
56071038--56071275	81	2.9	80	85	4	273	36	7	23	32	1.82
56076403--56076443	21	2.0	21	90	9	66	43	24	0	31	1.54
56079545--56079631	45	1.9	45	88	0	129	33	26	16	24	1.95
56081921--56082056	46	3.0	46	97	0	254	33	7	27	31	1.84
56082060--56082170	47	2.4	47	89	0	168	36	9	27	27	1.87
56084725--56084910	39	4.7	40	89	3	279	24	22	29	24	1.99
56084729--56084910	79	2.3	79	89	1	285	24	22	28	24	1.99
56085570--56085674	40	2.6	42	82	11	114	27	23	23	24	2.00
56088378--56088559	46	4.0	46	97	0	337	34	7	27	31	1.84
56088563--56088673	47	2.4	47	89	0	168	36	9	27	27	1.87
56091230--56091493	40	6.6	40	95	0	429	25	21	28	25	1.99
56092157--56092257	40	2.5	40	82	6	107	26	22	25	24	2.00
56092195--56092291	40	2.5	40	78	8	99	27	24	24	22	2.00
56094961--56095142	46	4.0	46	97	0	337	34	7	27	31	1.84
56095146--56095256	47	2.4	47	89	0	168	36	9	27	27	1.87
56099255--56099370	6	18.8	6	71	15	85	48	13	19	18	1.81
56099267--56099370	31	3.4	31	93	0	163	47	14	20	18	1.83
56100168--56100229	27	2.3	27	86	5	81	25	9	25	38	1.86
56100242--56100441	27	7.4	27	84	3	233	34	9	27	30	1.87
56101495--56101562	16	4.1	16	70	21	50	45	5	1	47	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56101644--56101677	4	8.0	4	87	12	50	23	2	0	73	0.97
56101644--56101677	9	4.0	8	88	11	50	23	2	0	73	0.97
56101643--56101677	13	2.7	13	90	0	61	22	5	0	71	1.07
56103110--56103161	24	2.1	26	82	7	63	48	1	5	44	1.38
56103555--56103582	8	3.5	8	100	0	56	57	0	0	42	0.99
56106460--56106529	15	4.3	16	78	19	74	44	1	5	48	1.35
56106461--56106541	7	11.0	7	70	23	51	44	2	4	48	1.37
56108746--56108787	15	2.6	17	81	7	52	45	9	0	45	1.36
56111080--56111166	37	2.3	36	92	5	138	26	32	19	21	1.97
56111243--56111397	49	3.2	49	97	0	292	30	27	8	33	1.86
56115457--56115728	40	6.8	40	94	0	472	25	27	21	25	1.99
56117538--56117624	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
56117693--56117845	49	3.1	49	95	0	279	30	26	8	33	1.86
56126337--56126364	11	2.5	11	100	0	56	50	17	0	32	1.47
56128628--56128661	18	1.9	17	88	5	50	23	0	44	32	1.54
56129342--56129367	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
56131714--56131744	15	2.1	15	100	0	62	35	6	12	45	1.68
56131717--56131750	15	2.3	15	89	0	50	35	5	20	38	1.77
56131952--56132006	22	2.5	22	87	0	83	34	21	1	41	1.64
56132484--56132521	19	2.0	19	85	10	51	47	5	0	47	1.24
56139233--56139305	36	2.0	36	94	0	128	26	5	5	63	1.38
56139605--56139655	17	2.8	19	74	17	54	45	3	1	49	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56140280--56140335	16	3.4	16	82	2	67	46	1	19	32	1.61
56140438--56140466	6	4.8	6	100	0	58	17	0	13	68	1.20
56140496--56140572	26	2.9	26	70	20	70	46	2	0	50	1.15
56140526--56140554	15	1.9	15	100	0	58	55	0	0	44	0.99
56145906--56146162	46	5.6	45	76	9	225	27	20	28	22	1.99
56145909--56146079	94	1.8	92	87	2	252	28	19	29	22	1.98
56152753--56152793	20	2.0	20	85	9	55	48	0	2	48	1.14
56153391--56153612	111	2.0	111	89	0	336	36	32	8	23	1.84
56156411--56156605	43	4.5	44	79	7	202	31	20	21	27	1.98
56156899--56156943	21	2.1	21	91	0	72	2	57	15	24	1.49
56157487--56157625	9	14.6	9	73	16	111	31	0	20	46	1.56
56157487--56157614	30	4.4	29	80	6	136	32	0	21	45	1.58
56157504--56157608	38	2.7	39	94	4	178	30	0	21	46	1.58
56157805--56158291	241	2.0	241	95	1	888	34	13	17	35	1.89
56158503--56158834	183	1.8	183	95	0	610	41	14	15	27	1.86
56160579--56160622	22	2.0	22	100	0	88	36	13	18	31	1.90
56161786--56161828	22	2.0	22	95	0	77	48	25	11	13	1.77
56162333--56162494	77	2.1	77	90	0	252	31	18	9	40	1.83
56163387--56163543	77	2.0	78	91	1	253	24	23	15	36	1.94
56164263--56164292	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
56164706--56165044	41	8.4	40	90	1	437	18	23	23	34	1.96
56169883--56169921	19	2.1	19	85	9	53	51	2	41	5	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56173003--56173042	20	2.0	20	100	0	80	35	20	10	35	1.86
56177119--56177196	6	13.5	6	79	5	72	75	6	1	16	1.07
56177919--56177957	20	2.0	20	84	0	51	2	25	2	69	1.14
56183892--56183969	22	3.6	21	68	11	59	12	38	23	25	1.90
56183873--56183968	43	2.2	43	85	3	131	14	37	25	22	1.92
56184199--56184226	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
56193528--56193556	10	2.7	11	94	5	51	41	0	20	37	1.53
56194096--56194162	24	2.8	24	75	4	73	16	26	22	34	1.95
56194707--56194736	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
56202019--56202193	46	3.8	46	80	10	203	21	21	28	28	1.99
56202014--56202185	93	1.8	93	92	0	290	21	21	29	27	1.99
56211343--56211386	21	2.1	21	83	8	54	61	9	2	27	1.38
56230357--56230415	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
56252194--56252220	8	3.4	8	100	0	54	37	0	37	25	1.57
56260933--56261099	40	4.2	40	80	3	194	25	21	27	25	1.99
56273787--56273834	20	2.4	20	100	0	96	4	27	16	52	1.62
56277185--56277307	55	2.2	55	79	2	131	21	30	22	24	1.99
56279528--56279700	46	3.7	46	78	10	190	22	19	27	30	1.98
56279525--56279695	93	1.8	93	91	0	279	22	19	28	29	1.98
56279924--56279961	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
56287042--56287213	46	3.7	46	78	11	199	22	20	27	29	1.98
56287039--56287208	92	1.8	93	92	1	288	21	20	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56287438--56287475	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
56296521--56296574	21	2.6	21	100	0	108	22	24	40	12	1.89
56296521--56296585	21	3.0	21	88	4	58	26	23	40	10	1.87
56304590--56304755	45	3.6	45	76	15	171	28	28	19	22	1.98
56304591--56304759	92	1.8	92	91	2	277	28	28	20	21	1.98
56312135--56312306	46	3.7	46	76	11	181	29	27	20	22	1.98
56314177--56314374	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
56314243--56314360	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
56314211--56314374	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
56317495--56317677	67	2.9	63	75	12	167	30	18	29	22	1.97
56333538--56333617	40	2.0	40	97	0	151	25	10	28	36	1.88
56333538--56333627	40	2.2	40	92	0	144	24	11	26	37	1.89
56336262--56336330	34	2.0	34	97	0	129	36	17	28	17	1.93
56342310--56342352	18	2.4	18	77	14	54	53	0	6	39	1.28
56345302--56345338	18	2.1	18	89	0	56	59	8	2	29	1.40
56345972--56346431	232	2.0	232	96	0	848	42	21	7	28	1.80
56346898--56347045	46	3.2	46	76	11	151	32	19	22	25	1.98
56346894--56347055	23	7.1	23	74	14	97	33	19	22	24	1.97
56346894--56347045	69	2.2	69	80	10	170	33	19	22	25	1.97
56349510--56349551	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
56349514--56349550	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
56352539--56352575	13	2.5	15	87	12	51	43	0	5	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56353332--56353415	38	2.3	38	81	4	100	21	8	25	45	1.79
56353705--56353742	18	2.1	18	90	0	58	28	28	2	39	1.70
56354173--56354228	21	2.6	22	72	8	62	17	12	42	26	1.85
56354980--56355121	40	3.5	40	83	7	180	47	19	9	23	1.78
56357217--56357327	36	3.2	35	77	6	109	55	16	4	23	1.59
56357343--56357403	12	5.1	12	79	0	59	57	9	6	26	1.55
56357343--56357403	24	2.5	24	81	0	77	57	9	6	26	1.55
56358126--56358177	27	1.9	27	84	7	70	57	0	0	42	0.98
56367377--56367429	22	2.5	20	77	17	52	66	0	13	20	1.25
56369649--56369703	28	2.0	28	86	6	78	38	1	3	56	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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