genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  195  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58210477--58210521	18	2.4	19	79	13	58	75	2	2	20	1.01
58212185--58212251	33	2.0	33	100	0	134	31	8	20	38	1.84
58214414--58214597	40	4.6	40	84	2	201	25	24	22	27	2.00
58214378--58214597	80	2.8	78	80	6	196	25	24	23	27	2.00
58219857--58219906	22	2.3	22	92	0	82	16	34	38	12	1.85
58219865--58219914	22	2.3	22	85	0	64	12	34	38	16	1.85
58228898--58228941	21	2.0	22	87	12	65	54	2	0	43	1.12
58228911--58228956	15	3.1	16	75	12	53	54	2	0	43	1.12
58232084--58232163	36	2.2	36	86	4	108	43	23	10	22	1.83
58237122--58237150	12	2.3	13	94	5	51	27	0	3	68	1.05
58241543--58241586	21	2.0	22	87	12	65	54	2	0	43	1.12
58241556--58241601	15	3.1	16	75	12	53	54	2	0	43	1.12
58244728--58244843	36	3.2	35	77	8	108	43	25	12	19	1.85
58248625--58248683	24	2.5	24	88	0	82	35	23	16	23	1.95
58252425--58252472	21	2.4	19	82	10	51	10	10	2	77	1.09
58253896--58253939	13	3.3	13	81	12	54	13	15	15	54	1.71
58256179--58256326	38	3.9	37	86	6	163	22	24	25	27	2.00
58256217--58256368	38	3.9	38	89	1	214	19	21	26	32	1.97
58257985--58258176	94	2.0	94	94	0	339	36	22	14	26	1.93
58260039--58260093	25	2.2	25	78	15	60	43	1	7	47	1.41
58260336--58260376	21	1.9	22	85	5	57	36	2	0	60	1.10
58267733--58267842	55	2.0	55	96	0	202	36	17	9	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58268880--58268923	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
58271474--58271500	6	4.5	6	100	0	54	29	0	14	55	1.40
58273721--58273748	14	2.0	14	100	0	56	28	14	7	50	1.69
58275538--58275601	29	2.2	30	78	8	71	34	9	4	51	1.55
58275774--58275831	31	1.9	30	82	6	73	46	12	6	34	1.68
58276016--58276054	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
58276118--58276186	31	2.2	31	84	0	84	33	13	11	42	1.80
58277288--58277340	24	2.2	24	83	6	63	41	7	5	45	1.56
58279438--58279462	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
58280525--58280592	23	3.0	22	80	8	66	67	2	2	26	1.19
58281312--58281372	30	2.1	29	82	11	72	24	3	4	67	1.26
58281346--58281404	21	2.6	22	84	7	66	22	5	3	69	1.23
58282089--58282125	10	3.5	11	82	10	51	64	0	0	35	0.94
58287307--58287351	3	15.0	3	95	0	81	31	2	0	66	1.04
58288002--58288060	26	2.3	26	96	0	109	40	22	6	30	1.79
58290509--58290548	21	1.9	21	94	0	71	52	0	0	47	1.00
58294644--58294711	20	3.4	20	76	10	59	19	5	4	70	1.25
58299431--58299470	21	1.9	21	94	0	71	12	27	10	50	1.72
58303571--58303650	39	2.1	39	92	0	133	33	15	20	31	1.93
58303617--58303802	94	2.0	94	89	0	282	35	12	19	31	1.90
58303696--58304033	130	2.6	130	83	1	444	36	13	18	31	1.90
58304408--58304534	63	2.0	63	96	0	236	18	26	16	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58313406--58313470	33	2.0	33	84	6	87	32	29	20	18	1.96
58321329--58321693	2	180.5	2	75	12	309	44	6	4	45	1.48
58328707--58328765	31	1.9	30	89	3	91	33	1	11	52	1.48
58329783--58329827	22	2.0	22	82	4	54	44	6	0	48	1.29
58330435--58330460	13	2.0	13	100	0	52	38	0	30	30	1.58
58333050--58333142	49	1.9	49	95	2	170	44	2	16	37	1.60
58345448--58345580	27	5.0	27	84	9	175	34	22	24	18	1.96
58345449--58345583	54	2.5	54	95	1	236	34	22	25	17	1.96
58347177--58347232	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
58350624--58350678	20	2.7	20	74	23	51	47	12	5	34	1.65
58359325--58359372	17	2.8	17	75	12	53	41	14	0	43	1.45
58359830--58359893	32	2.0	32	96	0	119	40	17	17	25	1.90
58361833--58361938	51	2.1	51	84	7	135	46	14	9	30	1.76
58371323--58371352	14	2.1	14	93	0	51	40	16	13	30	1.87
58377191--58377259	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
58379054--58379097	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
58382970--58383024	20	2.8	20	80	5	58	41	12	12	32	1.81
58385978--58386008	10	3.1	10	95	0	53	74	6	0	19	1.03
58385975--58386006	15	2.1	15	94	0	55	71	9	0	18	1.12
58386837--58386869	14	2.5	14	90	9	52	48	0	12	39	1.40
58387455--58387535	34	2.4	34	80	0	99	33	4	22	39	1.75
58393430--58393463	13	2.6	13	100	0	68	0	38	29	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58397001--58397080	38	2.1	38	88	0	115	42	6	17	33	1.74
58400351--58400398	21	2.4	19	83	10	60	22	10	2	64	1.35
58400965--58400996	13	2.5	13	94	0	55	34	15	9	40	1.80
58401384--58401427	22	2.0	22	82	8	54	18	29	13	38	1.89
58402954--58402983	15	2.0	15	100	0	60	46	20	26	6	1.75
58422170--58422194	13	1.9	13	100	0	50	24	4	8	64	1.38
58428718--58428763	23	2.0	23	100	0	92	43	4	8	43	1.55
58434964--58435140	46	3.9	44	78	11	194	29	28	19	22	1.98
58434972--58435143	93	1.8	93	91	2	283	29	29	19	22	1.98
58444265--58444489	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
58444484--58444613	40	3.2	40	82	4	156	22	24	29	23	1.99
58463515--58463627	56	2.0	56	94	0	199	39	17	9	32	1.83
58468423--58468530	54	2.0	54	96	0	198	37	3	11	47	1.57
58471155--58471185	14	2.3	14	94	5	55	0	19	3	77	0.90
58471195--58471271	3	25.7	3	100	0	154	33	0	0	66	0.92
58472301--58472348	22	2.2	22	100	0	96	43	16	10	29	1.81
58475840--58475869	15	2.0	15	100	0	60	40	13	0	46	1.43
58498378--58498468	27	3.3	26	74	7	74	25	1	5	68	1.18
58498397--58498435	19	2.1	19	85	0	51	23	2	5	69	1.21
58498388--58498468	27	2.9	29	74	5	78	24	1	6	67	1.20
58499409--58499445	17	2.2	17	90	9	58	70	0	0	29	0.88
58504075--58504138	3	21.3	3	100	0	128	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58514888--58514934	21	2.2	21	81	7	60	68	0	0	31	0.90
58515238--58515266	13	2.1	14	93	6	51	27	0	0	72	0.85
58515849--58515916	35	1.9	35	84	0	91	35	7	11	45	1.69
58516816--58516844	14	2.0	15	93	6	51	82	3	6	6	0.93
58517085--58517128	9	4.9	9	88	0	52	40	31	25	2	1.68
58517098--58517128	3	10.3	3	92	0	53	35	32	32	0	1.58
58517087--58517127	12	3.4	12	89	0	55	39	34	24	2	1.69
58529768--58529801	15	2.3	15	90	5	52	70	0	5	23	1.09
58532413--58532497	37	2.3	37	91	0	134	61	1	3	34	1.21
58532416--58532497	18	4.4	19	72	4	69	60	1	3	34	1.22
58532414--58532509	18	5.3	18	72	5	68	62	1	4	32	1.21
58536731--58536797	5	12.6	5	84	9	62	19	0	4	76	0.96
58536753--58536787	18	1.9	18	88	0	52	25	0	0	74	0.82
58541504--58541617	42	2.7	42	84	4	140	27	10	30	31	1.90
58541718--58541797	10	7.8	10	75	19	67	80	0	0	20	0.72
58541717--58541790	14	5.3	14	75	21	75	78	0	0	21	0.75
58541718--58541798	6	12.5	6	81	13	74	80	0	0	19	0.72
58541722--58541798	27	2.8	26	80	20	86	80	0	0	19	0.71
58545543--58545604	27	2.3	26	76	13	63	48	11	1	38	1.49
58548935--58549042	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
58551799--58551848	5	9.2	5	87	8	55	22	0	2	76	0.89
58556261--58556598	169	2.0	169	88	0	505	33	26	13	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58557597--58557659	27	2.3	27	91	0	99	44	25	9	20	1.82
58564112--58564164	15	3.5	15	73	14	54	58	13	1	26	1.45
58564109--58564173	31	2.1	31	88	0	94	58	10	1	29	1.41
58568329--58568366	18	2.2	18	86	9	53	21	5	21	52	1.66
58568508--58568545	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
58568545--58568569	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
58574174--58574297	39	3.2	39	90	1	176	25	22	29	23	1.99
58581866--58581898	12	2.8	12	95	0	57	48	0	24	27	1.51
58582106--58582216	39	2.8	39	93	0	177	24	23	29	22	1.99
58584524--58584797	121	2.3	119	88	3	392	46	15	11	26	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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