genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  92  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28194473--28194573	27	3.8	26	84	6	130	35	20	24	18	1.95
28195162--28195500	27	12.6	27	83	2	421	25	19	18	36	1.94
28195162--28195500	54	6.3	54	88	0	480	25	19	18	36	1.94
28195484--28195607	27	4.7	26	73	7	88	28	5	22	43	1.76
28202585--28202707	47	2.6	46	81	14	153	26	17	30	25	1.98
28211642--28211879	47	5.1	47	89	1	325	34	10	28	26	1.89
28211689--28211814	25	5.3	25	66	24	92	34	11	26	26	1.91
28211714--28211789	22	3.3	22	70	22	75	32	14	28	23	1.94
28211847--28211952	46	2.2	48	78	13	119	35	6	26	31	1.82
28213752--28213808	30	1.9	30	88	0	87	35	12	26	26	1.92
28214147--28214320	46	3.8	45	77	13	176	28	20	28	22	1.98
28220225--28220704	38	11.6	38	75	17	290	31	25	14	28	1.95
28220255--28220631	47	8.6	45	81	11	382	31	25	13	28	1.94
28220225--28220509	85	3.4	83	76	16	314	31	26	13	28	1.94
28220226--28220458	123	1.9	123	97	0	439	31	26	14	27	1.95
28220598--28220664	33	2.0	33	88	0	98	31	23	14	29	1.95
28222114--28222195	43	1.9	42	82	7	103	32	24	15	26	1.95
28222127--28222207	42	1.9	43	82	2	101	35	23	14	25	1.93
28225291--28225390	51	2.0	51	100	0	200	26	25	21	28	1.99
28228747--28228875	40	3.2	40	81	5	156	23	24	28	24	1.99
28242575--28242759	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
28242574--28242780	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28242573--28242780	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
28250552--28250736	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
28250551--28250757	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
28250550--28250757	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
28257691--28257890	39	5.1	39	78	4	183	24	20	26	29	1.99
28272709--28272930	39	5.6	39	86	0	282	24	20	30	23	1.99
28277434--28277512	29	2.7	29	88	0	104	31	25	12	30	1.93
28278247--28278409	87	1.9	87	93	0	281	30	22	15	31	1.95
28283115--28283263	55	2.7	54	78	2	163	35	17	24	22	1.95
28288803--28288990	40	4.7	40	91	1	279	25	29	22	23	1.99
28288783--28288994	80	2.7	79	89	3	327	26	28	21	23	1.99
28297989--28298164	46	3.8	45	75	12	178	22	20	29	27	1.98
28297985--28298156	93	1.8	93	90	2	274	22	20	30	26	1.98
28302816--28302947	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
28302786--28302947	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
28302816--28302947	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
28310850--28310922	29	2.5	29	97	0	137	36	15	24	23	1.93
28312642--28312736	42	2.2	42	81	1	100	32	25	16	25	1.96
28312862--28312899	11	3.5	11	88	0	58	15	21	26	36	1.93
28314723--28314852	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
28315728--28316264	278	1.9	278	98	0	1047	33	19	18	27	1.96
28323019--28323148	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28326227--28326280	25	2.2	25	82	0	63	33	18	20	27	1.96
28330120--28330223	42	2.5	42	85	0	145	30	27	11	29	1.92
28336829--28336919	42	2.2	42	79	0	110	30	20	13	35	1.91
28341323--28341352	16	1.9	16	93	6	53	33	23	0	43	1.54
28341563--28341786	50	4.5	50	72	6	184	30	24	19	25	1.98
28358895--28358923	13	2.1	14	93	6	51	37	6	0	55	1.27
28364289--28364431	40	3.6	40	79	5	128	25	27	23	23	2.00
28371456--28371622	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
28379449--28379590	40	3.5	40	82	3	117	28	22	26	23	1.99
28379488--28379616	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
28382172--28382338	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	23	2.00
28390176--28390326	40	3.8	40	75	15	134	27	23	26	23	2.00
28390212--28390342	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
28397224--28397315	45	2.0	45	100	0	184	23	25	8	42	1.82
28404514--28405090	47	12.3	47	94	0	956	33	10	28	28	1.90
28408110--28408278	43	4.0	43	77	6	173	31	26	14	27	1.95
28408109--28408267	86	1.9	85	82	6	205	32	25	15	26	1.95
28410112--28410270	43	3.7	42	69	12	101	25	20	23	30	1.99
28420228--28420327	28	3.6	27	71	20	89	28	16	29	27	1.97
28420254--28420349	28	3.4	28	71	16	90	23	16	33	26	1.96
28420228--28420349	56	2.2	56	90	0	190	25	15	31	27	1.96
28422686--28423286	312	1.9	310	96	0	1112	35	23	16	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28426178--28426385	40	5.2	39	85	1	227	25	25	22	26	2.00
28426178--28426385	80	2.6	80	84	1	256	25	25	22	26	2.00
28434188--28434395	40	5.2	39	85	1	227	25	25	22	26	2.00
28434188--28434395	80	2.6	80	84	1	256	25	25	22	26	2.00
28439035--28439102	34	2.0	33	86	8	93	30	19	23	26	1.98
28442228--28442398	93	1.8	93	87	0	252	22	20	28	28	1.99
28447257--28447432	46	3.8	46	80	10	214	21	21	28	28	1.99
28447253--28447424	93	1.8	93	93	0	299	21	22	29	27	1.99
28450335--28450411	14	5.4	15	80	14	92	10	16	12	59	1.60
28450326--28450411	29	3.0	29	83	8	113	10	16	15	58	1.63
28456658--28456787	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
28456658--28456821	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
28472970--28473142	47	3.7	47	77	7	199	23	19	27	30	1.98
28473021--28473196	46	3.8	46	77	14	182	22	20	27	29	1.98
28472977--28473189	93	2.3	93	92	1	347	23	19	27	29	1.98
28474710--28474740	16	1.9	16	93	0	53	54	19	16	9	1.68
28474974--28475039	29	2.3	29	89	2	107	27	13	28	30	1.94
28479499--28479641	29	5.0	29	86	0	198	25	16	30	27	1.96
28483938--28484094	29	5.5	29	91	3	248	25	14	28	31	1.94
28508839--28509023	41	4.5	41	76	11	164	22	20	29	28	1.98
28512334--28512463	47	2.8	47	84	2	163	23	16	27	33	1.95
28518064--28518127	32	2.0	32	93	0	110	39	7	23	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28525557--28525716	26	6.2	26	93	0	275	35	23	7	33	1.83
28529501--28529591	39	2.3	39	88	1	128	27	20	30	20	1.98
28536877--28537059	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
28537721--28537777	22	2.6	22	88	5	71	33	14	19	33	1.91
28540052--28540082	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
28543228--28543387	26	6.2	26	86	2	232	36	23	7	32	1.83
28554967--28555133	46	3.6	46	78	15	209	31	29	19	20	1.97
28554973--28555143	92	1.9	92	96	0	315	29	30	19	20	1.97
28559637--28559766	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
28559637--28559804	40	4.2	40	79	4	153	22	27	24	25	2.00
28567653--28567782	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
28567653--28567819	40	4.2	40	79	5	153	22	27	23	25	2.00
28572255--28572781	40	13.2	40	94	0	869	27	21	25	25	2.00
28575526--28575694	47	3.6	47	93	0	275	30	11	31	26	1.92
28575577--28575651	22	3.3	22	65	17	62	29	12	32	26	1.92
28575552--28575629	25	3.2	25	63	17	65	28	8	32	30	1.88
28575568--28575639	22	3.0	25	61	19	62	29	11	31	27	1.91
28575668--28575757	46	2.0	46	88	0	135	34	7	30	27	1.85
28575759--28575785	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
28577780--28577860	42	1.9	42	84	0	108	33	30	14	20	1.93
28579534--28579683	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
28579558--28579741	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28583970--28584119	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
28583994--28584177	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
28599681--28600052	186	2.0	186	93	1	638	30	19	24	25	1.98
28607745--28607794	16	3.3	16	69	25	54	70	16	4	10	1.30
28607734--28607793	29	2.1	29	100	0	120	70	13	3	13	1.30
28609885--28609922	18	2.2	17	90	4	58	78	2	5	13	1.02
28617388--28617448	24	2.5	24	86	5	79	21	16	29	32	1.95
28623032--28623199	40	4.2	40	77	2	158	25	26	22	26	2.00
28630449--28630616	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
28643509--28643537	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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