genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16499786--16499891	53	2.0	53	100	0	212	37	9	18	33	1.83
16509440--16509611	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
16509445--16509611	35	4.6	35	86	7	192	33	23	10	31	1.89
16516446--16516617	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
16516451--16516617	35	4.6	35	86	7	192	33	23	10	31	1.89
16526744--16526785	17	2.5	17	84	3	50	69	7	4	19	1.31
16526927--16526981	22	2.5	22	80	8	60	60	0	5	34	1.20
16536553--16536592	21	1.9	21	89	0	62	42	2	2	52	1.28
16536552--16536613	22	2.8	23	80	7	67	43	1	1	53	1.20
16539142--16539197	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
16544388--16544457	28	2.5	28	85	0	104	35	10	24	30	1.88
16554850--16554894	22	2.2	20	84	8	54	24	0	6	68	1.13
16554795--16554998	110	1.9	109	79	9	236	27	0	11	59	1.38
16554808--16555206	117	3.5	114	79	8	361	23	2	15	58	1.48
16559448--16559484	5	7.2	5	96	3	65	56	0	2	40	1.13
16559914--16559969	23	2.4	23	77	16	62	50	3	0	46	1.19
16561535--16561561	13	2.1	13	100	0	54	55	7	7	29	1.55
16565270--16565329	26	2.3	27	80	11	72	45	20	18	16	1.86
16566303--16566345	21	2.0	21	100	0	86	39	13	9	37	1.78
16567417--16567457	17	2.5	17	80	15	50	2	24	0	73	0.96
16567531--16567561	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
16567666--16567741	20	4.4	17	72	21	61	51	6	0	42	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16568216--16568268	26	2.1	25	82	3	61	33	20	18	26	1.96
16570819--16570854	12	3.0	12	91	0	54	25	36	33	5	1.79
16575511--16575564	16	3.3	15	80	14	54	31	0	1	66	1.02
16575579--16575641	32	2.0	32	81	12	76	31	17	12	38	1.87
16577068--16577159	30	3.0	29	75	13	85	64	4	7	23	1.38
16581924--16581961	18	2.2	17	86	13	51	31	10	13	44	1.77
16586732--16586787	19	3.1	17	78	14	58	48	0	1	50	1.11
16587061--16587109	24	2.0	24	88	4	71	63	6	8	22	1.44
16587474--16587510	5	7.4	5	100	0	74	59	21	0	18	1.38
16592342--16592382	18	2.3	19	79	12	50	29	7	7	56	1.54
16597576--16597626	19	2.4	22	81	15	63	23	3	5	66	1.30
16602438--16602463	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
16605824--16605864	12	3.5	12	75	18	50	65	0	4	29	1.13
16605829--16605871	23	1.9	22	95	4	77	65	0	4	30	1.13
16607691--16607768	39	2.0	38	82	7	95	61	1	5	32	1.26
16607732--16607782	19	2.8	18	73	11	50	62	0	5	31	1.19
16607733--16607851	26	4.6	25	69	17	75	63	0	5	29	1.23
16607733--16607806	26	2.9	26	82	9	82	63	0	6	29	1.20
16608462--16608511	19	2.5	20	77	6	57	38	2	2	58	1.21
16608455--16608541	29	3.1	27	76	12	79	27	4	4	63	1.34
16608455--16608511	29	2.0	28	86	10	80	33	3	1	61	1.23
16608463--16608532	29	2.5	28	82	11	83	31	2	4	61	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16609060--16609094	6	6.0	6	93	3	54	0	45	0	54	0.99
16610512--16610555	22	2.0	22	82	4	54	75	4	18	2	1.09
16615406--16615443	19	2.0	19	85	10	51	36	7	5	50	1.54
16616262--16616313	24	2.2	24	82	0	59	34	7	7	50	1.60
16626443--16626534	46	2.0	46	100	0	184	41	13	21	23	1.88
16629448--16629584	3	45.7	3	79	11	129	27	2	5	64	1.28
16631130--16631170	21	2.0	20	86	13	57	19	2	2	75	1.03
16632178--16632216	21	1.9	20	94	5	69	82	2	5	10	0.93
16635837--16635889	23	2.2	24	83	12	65	39	3	16	39	1.67
16635972--16636036	24	2.8	23	73	17	62	50	7	1	40	1.40
16636634--16636676	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
16641502--16641570	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
16641493--16641580	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
16643957--16644132	46	3.8	46	80	10	214	21	21	28	28	1.99
16643953--16644124	93	1.8	93	93	0	299	21	22	29	27	1.99
16655564--16655606	22	2.0	22	85	0	59	53	9	16	20	1.70
16655571--16655619	11	4.5	11	76	0	53	51	10	20	18	1.75
16657505--16657639	48	2.8	48	85	6	184	34	7	5	52	1.52
16658620--16658645	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
16659242--16659276	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
16661694--16662196	126	4.0	126	89	2	737	28	17	17	36	1.93
16661694--16662196	251	2.0	249	90	1	783	28	17	17	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16662728--16662797	19	3.8	19	87	11	110	42	22	0	34	1.54
16662891--16662933	17	2.5	17	92	0	68	55	23	0	20	1.43
16663541--16663592	19	2.8	19	74	14	54	40	3	1	53	1.30
16663531--16663573	19	2.3	19	80	4	52	41	4	4	48	1.44
16663541--16663596	18	3.1	18	73	14	51	41	3	1	53	1.29
16663942--16664034	3	31.0	3	100	0	186	66	0	33	0	0.92
16666873--16666942	27	2.6	27	97	0	131	20	27	27	25	1.99
16666873--16666971	27	3.7	27	87	2	94	21	25	23	30	1.99
16668890--16669329	43	10.4	43	76	6	353	20	15	23	40	1.91
16668882--16669258	84	4.4	84	79	1	358	21	15	21	40	1.90
16668876--16669329	127	3.6	126	78	5	382	20	15	22	40	1.91
16674240--16674462	26	8.5	26	80	2	223	30	24	7	38	1.82
16674235--16674462	78	2.9	78	83	1	251	30	24	7	37	1.84
16676230--16676399	46	3.7	46	75	12	159	23	29	21	25	1.99
16679870--16679894	13	1.9	13	100	0	50	8	16	40	36	1.77
16685676--16685792	48	2.4	47	81	5	119	36	26	15	21	1.93
16688845--16688980	49	2.8	49	90	0	209	29	26	19	25	1.98
16690764--16690804	21	2.0	21	85	4	57	46	26	2	24	1.65
16691699--16691913	39	5.5	39	90	2	335	45	20	2	30	1.66
16691696--16691751	17	2.8	22	66	25	59	44	17	3	33	1.66
16691699--16691913	77	2.8	78	89	2	335	45	20	2	30	1.66
16691702--16691913	116	1.8	117	90	3	347	45	21	2	31	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16694240--16694398	27	5.9	27	80	11	175	34	22	23	18	1.96
16694258--16694398	54	2.6	54	90	2	230	34	24	23	17	1.96
16696003--16696110	26	4.2	26	95	0	198	36	25	7	30	1.84
16699487--16699647	51	3.2	51	95	0	268	29	23	14	32	1.94
16712774--16712946	43	4.0	43	77	7	163	31	26	17	24	1.97
16714635--16714745	42	2.6	44	76	8	113	27	18	22	30	1.98
16716293--16716401	43	2.6	43	82	4	132	27	22	17	32	1.97
16718205--16718236	14	2.4	13	90	10	55	62	9	6	21	1.47
16718347--16718382	16	2.3	15	86	9	54	77	8	5	8	1.11
16730882--16731065	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
16730922--16731110	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
16736038--16736082	3	15.0	3	100	0	90	33	33	0	33	1.58
16743771--16743830	26	2.3	26	88	0	84	30	13	13	43	1.82
16743977--16744016	12	3.3	12	85	0	53	17	22	0	60	1.37
16754610--16754636	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
16760241--16760279	5	8.0	5	83	16	55	82	0	17	0	0.68
16760233--16760279	21	2.2	21	85	7	60	80	0	19	0	0.70
16760248--16760279	11	3.0	11	95	4	57	81	0	18	0	0.70
16765893--16765949	11	5.2	10	76	17	51	52	1	22	22	1.56
16765893--16765949	5	10.4	5	76	16	51	52	1	22	22	1.56
16767641--16767665	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
16768545--16768681	57	2.4	58	86	3	188	28	18	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16770992--16771025	14	2.4	14	95	0	59	41	29	2	26	1.70
16774059--16774170	40	2.8	39	84	8	129	25	23	27	24	2.00
16782084--16782193	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
16782084--16782233	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
16783901--16783950	22	2.2	23	82	7	66	12	30	38	20	1.88
16788210--16788303	21	4.5	21	86	0	116	37	19	29	13	1.90
16790027--16790141	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
16790027--16790160	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
16793963--16794165	47	4.3	47	94	0	307	33	10	29	27	1.90
16794283--16794365	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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