genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  90  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27695018--27695185	40	4.2	40	81	6	196	25	21	27	25	1.99
27697300--27697346	24	2.0	24	87	4	69	27	12	31	27	1.93
27698311--27698401	28	3.2	28	88	0	119	26	14	32	26	1.94
27699399--27699432	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
27700845--27700889	24	1.9	24	86	4	65	20	20	15	44	1.87
27701265--27701309	15	2.8	17	77	12	51	48	0	17	33	1.48
27707773--27707884	29	3.9	30	78	8	117	26	33	12	27	1.92
27707780--27707890	58	1.9	57	85	5	152	27	32	11	28	1.92
27707964--27708001	19	2.1	19	90	5	60	18	39	15	26	1.91
27707974--27708010	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
27708108--27708143	16	2.2	16	90	0	54	8	22	19	50	1.74
27708108--27708150	16	2.7	16	79	13	52	9	20	18	51	1.74
27710608--27710737	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
27710608--27710771	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
27718662--27718791	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
27718662--27718825	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
27724916--27724967	22	2.4	22	100	0	104	28	3	21	46	1.69
27729718--27729743	9	2.9	9	100	0	52	46	0	11	42	1.40
27731342--27731514	49	3.5	49	82	3	240	26	16	28	28	1.97
27734018--27734147	40	3.2	40	81	4	165	24	28	23	23	2.00
27736462--27736605	40	3.6	39	84	1	153	23	27	22	25	2.00
27736494--27736648	40	3.9	41	84	7	158	22	26	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27740226--27740376	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
27746587--27746768	39	4.6	40	82	4	181	23	26	22	27	2.00
27746619--27746768	79	1.9	79	83	2	194	23	26	22	28	1.99
27751022--27751059	15	2.5	15	86	0	58	15	18	10	55	1.68
27753722--27753822	31	2.9	35	78	17	120	22	21	14	40	1.90
27753745--27753839	31	3.1	31	95	1	165	23	20	15	41	1.90
27754031--27754149	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
27754031--27754149	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
27754200--27754259	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
27754200--27754254	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
27754302--27754349	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
27761846--27761963	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
27761869--27761963	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
27762155--27762250	24	4.0	24	87	4	131	27	22	21	28	1.99
27762301--27762360	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
27762301--27762355	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
27762403--27762450	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
27764149--27764389	49	4.8	50	83	3	272	26	17	26	29	1.97
27764151--27764373	101	2.2	98	84	3	286	26	16	27	30	1.97
27770635--27770979	154	2.2	152	75	8	331	29	20	21	27	1.98
27770753--27771152	195	2.1	194	82	4	486	30	19	19	30	1.96
27770899--27770995	40	2.5	40	94	1	169	32	16	20	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27771429--27771473	22	2.0	22	82	0	54	20	2	33	44	1.63
27771474--27771594	7	17.0	7	76	12	95	18	0	38	42	1.56
27771688--27771782	7	13.4	7	68	14	52	23	2	26	48	1.62
27771741--27771788	15	3.3	15	82	5	62	18	0	35	45	1.50
27771736--27771785	22	2.3	21	82	3	64	22	0	32	46	1.52
27772005--27772067	14	4.4	15	75	11	53	20	0	30	49	1.49
27775181--27775224	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
27775451--27775592	40	3.6	40	85	2	180	28	26	23	22	1.99
27783698--27783741	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
27783968--27784190	40	5.6	40	91	2	351	27	26	23	22	2.00
27787533--27787698	40	4.2	40	91	2	237	22	21	28	27	1.99
27789691--27790136	100	4.4	102	85	11	595	34	5	4	55	1.43
27790030--27790068	16	2.4	16	86	0	51	41	0	0	58	0.98
27789964--27790144	90	2.0	90	91	4	294	35	6	3	54	1.43
27790411--27790520	9	12.0	9	75	12	91	47	14	0	37	1.51
27790391--27790502	56	2.0	56	92	0	188	48	14	0	36	1.50
27795569--27795597	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
27798099--27798176	29	2.8	28	80	7	95	25	14	33	26	1.94
27804607--27804865	46	5.5	48	73	12	161	31	18	28	21	1.97
27804836--27804965	47	2.7	49	83	8	160	24	17	30	26	1.97
27810657--27810723	34	2.0	34	90	0	107	38	14	19	26	1.91
27812605--27812781	47	3.6	48	74	9	155	25	20	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27818312--27818441	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
27818312--27818475	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
27822247--27822319	33	2.2	33	80	5	83	23	26	26	24	2.00
27822282--27822341	29	2.1	27	82	11	68	26	26	25	21	2.00
27822840--27823179	27	12.6	27	79	8	186	28	10	20	40	1.85
27822840--27823179	81	4.2	82	75	8	234	28	10	20	40	1.85
27822840--27823179	54	6.3	54	79	4	263	28	10	20	40	1.85
27823168--27823268	27	3.7	27	86	0	139	27	18	18	34	1.95
27824513--27824599	43	2.0	43	86	0	120	20	18	32	28	1.96
27833095--27833134	20	2.0	21	85	14	57	37	0	2	60	1.11
27834150--27834176	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27839096--27839276	78	2.3	80	84	6	235	24	22	28	24	1.99
27839097--27839279	40	4.6	39	80	10	212	24	21	28	25	1.99
27847263--27847443	40	4.6	40	82	8	228	24	20	28	25	1.99
27847263--27847440	78	2.2	80	84	6	229	25	21	28	24	1.99
27853362--27853391	2	14.5	2	93	6	51	50	3	0	46	1.18
27853849--27853881	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
27856056--27856203	40	3.7	40	82	0	161	23	15	25	35	1.94
27856503--27856565	19	3.3	19	90	0	81	14	30	30	25	1.95
27858272--27858576	48	6.4	48	74	9	221	25	28	17	28	1.97
27858368--27858576	96	2.2	95	83	6	253	25	29	16	28	1.97
27858370--27858578	48	4.4	47	82	7	226	25	29	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27866916--27867132	40	5.4	40	80	5	217	25	16	23	33	1.96
27866916--27867132	80	2.7	79	85	2	292	25	16	23	33	1.96
27869692--27869747	28	2.2	24	75	24	62	50	7	0	42	1.30
27869700--27869748	15	3.4	15	70	30	52	51	6	0	42	1.27
27869698--27869753	28	2.0	28	100	0	112	50	7	0	42	1.30
27870980--27871015	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
27874851--27874894	22	2.0	22	86	4	63	36	25	0	38	1.56
27874963--27875007	22	2.0	22	86	0	63	26	2	22	48	1.62
27875082--27875129	18	2.7	18	81	12	55	27	2	2	68	1.11
27875409--27875470	29	2.1	29	90	0	97	33	4	20	40	1.74
27878223--27878355	53	2.5	52	81	4	140	19	22	21	36	1.95
27879780--27879813	13	2.6	13	90	0	59	29	44	23	2	1.68
27880095--27880134	2	20.0	2	89	0	62	50	5	0	45	1.23
27881606--27881693	43	2.0	43	93	0	149	21	27	29	21	1.99
27881713--27881854	54	2.6	54	77	0	140	26	27	19	26	1.99
27882762--27882949	40	4.7	40	84	4	202	34	15	28	21	1.94
27882762--27882950	80	2.4	79	83	5	229	34	15	28	21	1.94
27882808--27882976	80	2.1	79	81	5	198	34	17	28	18	1.94
27889121--27889202	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
27897016--27897097	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
27907193--27907400	40	5.2	40	82	1	229	25	26	22	25	2.00
27909331--27909436	55	1.9	55	86	3	151	25	28	29	16	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27909448--27909494	21	2.2	21	96	0	85	19	23	42	14	1.88
27919213--27919247	17	2.1	17	89	5	54	42	11	0	45	1.40
27922659--27922844	40	4.7	40	88	5	218	25	21	26	26	1.99
27922712--27922867	80	2.0	79	82	8	192	26	20	26	26	1.99
27924896--27925052	43	3.7	42	77	9	156	30	24	19	25	1.98
27924904--27925060	86	1.8	85	82	6	201	31	23	19	25	1.98
27940351--27940489	40	3.5	39	76	12	122	25	23	27	24	2.00
27940352--27940528	40	4.5	39	76	9	110	24	24	27	23	2.00
27940351--27940528	78	2.2	80	80	6	193	24	24	27	24	2.00
27947764--27947965	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292