genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  88  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27110075--27110250	46	3.8	46	81	11	225	20	21	29	28	1.98
27110071--27110242	93	1.8	93	95	2	310	20	21	30	27	1.98
27115093--27115182	47	1.9	47	97	0	171	47	20	11	21	1.80
27118777--27118818	21	2.0	21	100	0	84	38	19	4	38	1.73
27120184--27120291	44	2.5	43	80	15	125	29	24	18	27	1.98
27122448--27122501	27	2.0	28	82	10	67	29	5	22	42	1.76
27128349--27128382	17	1.9	18	88	5	52	26	2	14	55	1.53
27131484--27131584	20	5.1	19	63	13	60	10	30	20	37	1.87
27133595--27133641	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
27134302--27134374	25	3.2	25	62	22	68	30	10	9	49	1.70
27134302--27134392	44	2.1	44	100	0	182	29	10	8	50	1.68
27148210--27148247	12	3.2	12	81	7	51	36	0	21	42	1.53
27149341--27149365	11	2.3	11	100	0	50	88	0	12	0	0.53
27150752--27150935	40	4.6	40	91	0	287	22	22	27	27	1.99
27152914--27153067	80	1.9	80	86	0	218	22	26	23	27	1.99
27152896--27153067	40	4.3	39	80	4	166	22	25	23	28	1.99
27160913--27161057	40	3.6	39	85	3	173	22	26	22	28	1.99
27160904--27161057	80	1.9	80	87	0	227	22	26	22	28	1.99
27169847--27170052	40	5.2	40	81	4	193	25	23	26	25	2.00
27169849--27170052	78	2.6	80	84	3	243	25	23	26	25	2.00
27177196--27177379	40	4.6	40	82	4	219	25	24	25	25	2.00
27177196--27177379	80	2.3	80	86	1	244	25	24	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27182427--27182598	67	2.6	67	81	7	181	30	15	31	22	1.95
27186688--27186726	18	2.2	18	86	9	53	38	5	0	56	1.22
27188549--27188661	6	18.3	6	70	18	63	48	14	17	19	1.81
27188570--27188661	25	3.7	25	88	0	130	47	14	18	19	1.82
27193987--27194036	6	8.5	6	93	4	84	16	2	0	82	0.77
27193988--27194046	17	3.4	17	90	2	82	18	3	0	77	0.90
27196484--27196515	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
27201013--27201063	6	8.5	6	97	0	93	15	1	0	82	0.76
27208070--27208108	6	6.5	6	96	0	69	15	2	0	82	0.79
27208075--27208115	18	2.3	18	86	0	55	19	4	0	75	0.98
27210548--27210579	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
27220570--27220877	30	10.3	30	74	8	209	25	25	11	37	1.90
27220565--27220762	89	2.2	89	83	4	238	27	25	11	35	1.91
27220570--27220857	60	4.8	60	75	10	232	25	25	12	37	1.90
27220565--27220788	89	2.5	89	81	5	211	25	26	12	35	1.91
27220586--27220877	119	2.5	118	83	5	367	26	25	11	36	1.90
27221649--27221691	4	10.0	4	85	7	50	23	4	2	69	1.18
27227396--27227560	40	4.1	40	82	6	183	26	26	21	25	1.99
27235598--27235762	40	4.1	40	83	6	201	26	27	21	24	2.00
27249473--27249515	22	1.9	23	85	4	61	41	6	4	46	1.51
27256363--27256474	43	2.6	41	82	8	127	29	16	25	29	1.96
27260951--27261013	31	2.1	31	90	3	101	60	12	3	23	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27261842--27261879	16	2.4	16	91	4	60	39	13	18	28	1.88
27261888--27261931	17	2.6	17	77	0	52	43	22	4	29	1.73
27264103--27264131	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
27270750--27270790	20	2.0	20	100	0	82	26	24	19	29	1.98
27274185--27274948	299	2.5	304	79	5	749	40	18	12	28	1.88
27275680--27275736	28	2.0	28	89	3	87	63	3	10	22	1.42
27277617--27277770	27	5.5	27	82	4	155	31	24	14	29	1.95
27277617--27277770	29	5.5	28	80	6	136	31	24	14	29	1.95
27277617--27277720	55	1.9	55	97	0	199	35	23	13	27	1.92
27278404--27278439	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
27279281--27280386	300	3.8	286	79	7	1019	34	20	16	29	1.94
27282264--27282306	22	1.9	23	85	4	61	55	6	0	37	1.27
27289221--27290429	301	4.0	299	82	4	1296	34	20	16	28	1.94
27289221--27290375	602	1.9	595	83	5	1477	35	20	16	28	1.94
27290804--27290828	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
27293433--27293590	68	2.3	68	95	0	280	24	29	14	32	1.94
27293433--27293616	68	2.7	68	89	6	250	23	27	14	34	1.94
27297024--27297226	41	4.8	43	83	6	254	25	16	26	31	1.97
27297024--27297226	84	2.4	84	90	1	309	25	16	26	31	1.97
27297240--27297467	56	4.1	55	88	5	334	27	14	24	34	1.94
27298817--27298849	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
27308556--27308586	5	6.2	5	92	0	53	77	3	19	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27311882--27312080	84	2.4	84	84	3	249	25	18	27	29	1.98
27311877--27312088	43	5.0	43	73	12	179	25	18	27	29	1.98
27312093--27312320	56	4.1	56	91	0	366	27	14	24	33	1.95
27326610--27326657	25	2.0	24	84	12	62	64	2	8	25	1.32
27333056--27333197	51	2.8	48	81	10	142	26	18	27	28	1.98
27333587--27333614	11	2.5	11	100	0	56	60	7	7	25	1.48
27335742--27335766	13	1.9	13	100	0	50	8	28	0	64	1.22
27336426--27336457	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
27336686--27336749	28	2.3	28	91	0	101	32	26	7	32	1.85
27336843--27336932	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
27336843--27336957	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
27340824--27341008	79	2.3	82	82	9	222	27	25	21	24	1.99
27340807--27341008	40	5.1	40	79	8	216	27	25	21	25	2.00
27341718--27341753	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
27343418--27343584	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
27343418--27343584	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
27344409--27344454	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
27351426--27351592	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
27351426--27351592	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
27352418--27352463	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
27354564--27354639	38	2.0	38	100	0	152	28	23	31	15	1.96
27359833--27359900	34	2.0	34	100	0	136	38	17	14	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27369840--27369873	14	2.3	15	90	5	52	55	0	0	44	0.99
27373154--27373317	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
27373154--27373351	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
27380689--27380851	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
27380689--27380885	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
27382972--27384730	293	6.1	290	79	6	1786	35	19	17	27	1.94
27384023--27384730	290	2.4	289	83	3	834	36	18	16	28	1.92
27383171--27384730	852	1.8	851	83	4	2105	35	19	16	28	1.94
27385385--27385482	6	15.8	6	70	17	67	46	13	20	19	1.83
27385402--27385454	19	2.8	19	91	0	88	45	15	22	16	1.85
27385397--27385482	25	3.7	25	74	17	94	45	13	20	19	1.85
27385866--27385930	22	3.0	22	75	8	69	32	21	24	21	1.98
27386364--27386505	27	5.3	27	87	0	203	25	19	19	35	1.95
27386365--27386534	81	2.1	81	80	4	182	27	18	18	35	1.94
27387456--27389382	290	6.6	288	83	4	2197	33	21	16	28	1.95
27387456--27389385	870	2.2	872	84	3	2531	33	21	16	28	1.95
27387456--27389382	581	3.3	578	84	3	2397	33	21	16	28	1.95
27390762--27390888	40	3.2	40	91	0	191	26	28	22	22	1.99
27390762--27390929	80	2.1	80	85	4	223	27	27	21	23	1.99
27390762--27390929	40	4.2	39	84	6	180	27	27	21	23	1.99
27392589--27397938	295	18.4	290	83	3	6194	33	20	16	28	1.95
27392589--27397924	583	9.2	583	85	2	6793	33	20	16	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27398975--27399104	50	2.6	49	84	7	165	23	29	20	26	1.99
27398975--27399240	46	5.6	44	77	10	167	23	29	19	27	1.98
27400649--27406696	290	20.9	291	81	4	6591	32	20	17	29	1.96
27400649--27407361	581	11.6	579	80	5	6968	32	20	17	29	1.96
27407003--27407771	410	1.9	402	82	5	958	30	20	17	30	1.96
27407579--27408119	269	2.0	269	83	2	683	32	21	17	29	1.96
27407848--27408964	283	3.9	282	80	5	1111	33	20	17	28	1.96
27408493--27409496	533	1.9	527	80	4	1185	31	21	16	30	1.96
27409008--27410058	286	3.7	285	83	3	1139	31	20	17	30	1.95
27410083--27412712	286	9.2	287	87	1	3689	31	19	19	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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