genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  225  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65733356--65733435	27	2.9	26	78	9	70	28	6	2	62	1.32
65733847--65733902	25	2.2	25	81	6	60	32	10	10	46	1.73
65734015--65734047	17	2.1	17	88	11	52	48	6	3	42	1.43
65734832--65734858	14	1.9	14	100	0	54	66	3	7	22	1.33
65736479--65736529	23	2.3	23	86	10	70	37	0	3	58	1.16
65738115--65738147	12	2.8	12	90	9	50	66	3	0	30	1.06
65738124--65738158	14	2.4	15	90	4	54	68	0	0	31	0.90
65738935--65738964	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
65739395--65739465	20	3.6	21	74	16	71	59	1	5	33	1.30
65739392--65739567	12	13.9	12	69	21	58	61	2	3	31	1.29
65739456--65739510	15	3.9	15	79	15	73	61	1	3	32	1.24
65739463--65739522	26	2.6	22	73	17	59	61	1	5	31	1.27
65740886--65740962	3	26.3	3	72	17	56	64	5	2	27	1.27
65740968--65741015	20	2.4	20	83	16	64	79	0	8	12	0.94
65742707--65742869	85	1.9	85	82	7	202	28	23	19	28	1.98
65742761--65742876	41	2.8	41	77	13	112	28	20	19	31	1.97
65742989--65743659	68	9.9	68	90	0	1000	26	22	24	25	2.00
65743679--65743847	88	1.9	87	83	5	216	22	21	20	34	1.96
65751053--65751079	14	1.9	14	100	0	54	66	3	7	22	1.33
65751213--65751245	12	2.8	12	90	9	50	66	3	0	30	1.06
65751213--65751269	14	4.2	13	77	20	55	66	1	1	29	1.12
65751694--65751739	22	2.0	23	87	8	67	69	2	6	21	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65756927--65756979	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
65758463--65758570	26	4.2	26	91	0	171	36	24	7	32	1.83
65759285--65759335	25	2.0	25	84	0	66	37	9	13	39	1.78
65761298--65761582	138	2.1	138	90	0	453	46	6	8	39	1.59
65761558--65761718	75	2.1	76	85	7	213	29	13	8	48	1.72
65764539--65764578	11	3.5	11	81	18	55	70	0	25	5	1.08
65768808--65768838	16	1.9	16	93	0	53	77	12	3	6	1.08
65771162--65771208	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
65771179--65771238	17	3.2	19	86	13	88	35	16	10	38	1.82
65771642--65771806	87	1.9	86	82	7	208	27	21	17	33	1.96
65771564--65772049	261	1.9	261	88	1	733	27	20	17	33	1.96
65773168--65773218	1	51.0	1	92	0	84	0	3	0	96	0.24
65773168--65773218	23	2.2	23	100	0	102	0	3	0	96	0.24
65779932--65779973	21	2.0	21	85	4	57	38	19	9	33	1.84
65779944--65780022	19	4.2	19	87	9	117	35	16	8	39	1.80
65779944--65780016	36	2.0	38	91	5	123	35	15	9	39	1.80
65779945--65780032	36	2.4	35	83	14	108	35	15	9	39	1.80
65781837--65781896	20	3.0	20	78	7	59	53	10	8	28	1.63
65786289--65786329	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
65788164--65788190	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
65795103--65795216	27	4.3	26	85	6	131	37	23	22	15	1.93
65795103--65795216	54	2.1	53	85	4	149	37	23	22	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65796833--65796940	26	4.2	26	97	0	198	36	25	6	31	1.82
65797708--65797744	14	2.6	15	83	12	51	37	5	0	56	1.22
65797710--65797772	21	3.1	21	77	8	60	39	4	0	55	1.21
65799590--65799626	5	7.4	5	100	0	74	40	0	0	59	0.97
65799721--65799761	19	2.1	20	86	4	57	39	24	0	36	1.56
65801212--65801250	19	2.1	19	85	4	53	61	2	2	33	1.23
65805571--65805643	35	2.1	35	94	0	128	46	8	6	38	1.60
65807785--65807840	19	2.9	19	79	10	60	33	3	10	51	1.54
65807784--65807851	20	3.5	20	80	6	59	35	2	8	52	1.47
65813705--65813748	19	2.5	17	79	13	52	43	2	18	36	1.63
65818882--65818923	20	2.1	20	86	8	59	52	0	0	47	1.00
65821297--65821439	62	2.3	61	79	4	153	23	29	22	24	1.99
65824289--65824328	9	4.4	9	81	12	55	12	0	2	85	0.71
65824287--65824332	10	4.8	10	80	17	53	15	0	2	82	0.76
65824393--65824436	17	2.6	16	82	10	52	65	4	9	20	1.38
65828303--65828574	137	2.0	137	96	0	499	31	23	18	25	1.97
65830360--65830467	26	4.2	26	98	0	207	35	25	7	31	1.84
65832127--65832321	3	65.0	3	80	6	162	61	3	6	28	1.36
65832582--65832975	3	129.7	3	70	13	227	60	3	7	28	1.40
65836494--65836543	24	2.1	24	88	0	73	50	4	0	46	1.20
65837559--65837631	22	3.3	22	69	7	67	65	5	2	26	1.27
65837603--65837655	26	2.1	25	86	10	72	64	3	1	30	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65840091--65840226	46	3.0	46	84	2	166	29	22	15	32	1.95
65840650--65840756	53	2.0	53	92	0	178	54	7	14	23	1.66
65840657--65840747	26	3.4	27	68	20	66	56	6	14	23	1.62
65841661--65841703	1	43.0	1	80	0	50	4	0	4	90	0.54
65841664--65841702	8	4.9	8	93	0	60	5	0	5	89	0.58
65845645--65845752	29	3.8	29	77	1	101	27	26	15	29	1.96
65860083--65860196	61	1.9	61	94	1	203	33	17	26	22	1.96
65860007--65860251	137	1.8	137	86	4	363	30	16	24	28	1.97
65861058--65861109	27	1.9	27	92	0	86	65	26	3	3	1.27
65861058--65861119	27	2.3	27	85	2	79	62	29	4	3	1.31
65861670--65861704	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
65868425--65868477	26	2.1	25	86	10	72	66	3	0	30	1.10
65868598--65868629	12	2.7	12	90	0	55	65	0	3	31	1.08
65870930--65871023	47	2.0	47	100	0	188	38	29	4	27	1.76
65870931--65871008	24	3.3	24	67	22	74	39	30	3	25	1.74
65874889--65875378	244	2.0	245	97	0	928	39	17	11	31	1.86
65878888--65878999	54	2.1	54	96	0	206	30	26	10	32	1.90
65885920--65885995	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
65885949--65886027	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
65885970--65886025	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
65885956--65886027	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
65886402--65886570	86	2.0	87	82	5	209	30	23	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65886639--65887341	205	3.5	205	92	1	1141	28	21	18	32	1.96
65887340--65887428	44	2.0	44	84	0	115	31	23	12	32	1.92
65887406--65887678	44	6.2	44	72	9	234	27	24	17	29	1.98
65887405--65887678	132	2.1	132	94	0	476	27	24	17	29	1.98
65888573--65888643	1	71.0	1	80	0	70	0	11	0	88	0.51
65888579--65888630	16	3.3	16	89	10	81	0	9	0	90	0.46
65888573--65888643	22	3.3	22	86	5	101	0	11	0	88	0.51
65888573--65888643	29	2.5	28	93	2	115	0	11	0	88	0.51
65888573--65888643	28	2.6	27	84	10	99	0	11	0	88	0.51
65894224--65894299	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
65894253--65894331	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
65894274--65894329	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
65894260--65894331	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
65896876--65896928	27	2.0	27	85	7	72	33	3	3	58	1.34
65897017--65897126	56	2.0	56	92	0	184	40	13	17	28	1.87
65901715--65901766	21	2.5	21	81	6	61	26	7	26	38	1.83
65906150--65906197	17	3.1	14	78	18	51	47	18	0	33	1.49
65911393--65911540	80	1.9	79	86	8	212	43	9	10	36	1.71
65917896--65918038	29	4.8	29	71	6	106	32	11	16	40	1.83
65917876--65918151	91	3.0	90	85	2	347	32	11	14	41	1.82
65923185--65923242	16	3.6	16	75	13	57	60	0	5	34	1.19
65925787--65925815	12	2.3	13	94	5	51	41	0	13	44	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65928590--65928682	19	4.8	19	85	11	127	36	9	16	37	1.81
65928580--65928667	36	2.4	36	80	17	119	38	10	15	35	1.82
65933595--65933728	66	2.0	66	97	0	250	29	19	14	35	1.92
65934372--65934436	11	5.7	11	81	12	60	86	0	7	6	0.72
65934372--65934437	14	4.8	13	77	20	62	84	0	7	7	0.77
65935588--65935650	30	2.2	29	84	13	87	47	4	6	41	1.50
65935757--65935790	2	16.5	2	93	6	59	50	0	2	47	1.16
65935968--65936007	21	1.9	21	85	10	55	47	10	7	35	1.65
65936066--65936187	3	40.7	3	77	14	110	63	4	1	31	1.23
65937861--65938084	89	2.5	89	81	6	222	37	19	15	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292