genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5074813--5074860	23	2.1	23	100	0	96	43	22	4	29	1.72
5076806--5076843	18	2.1	19	85	5	51	71	0	13	15	1.16
5089700--5089727	13	2.2	13	100	0	56	32	0	21	46	1.52
5091990--5092021	16	2.0	16	93	0	55	40	18	15	25	1.90
5096407--5096437	16	1.9	16	93	0	53	38	19	16	25	1.92
5097328--5097366	15	2.6	15	87	0	60	38	0	58	2	1.12
5102869--5102942	7	11.1	7	76	11	57	81	0	4	14	0.84
5102864--5102942	27	3.1	25	78	18	83	81	0	3	15	0.84
5102864--5102942	10	7.8	10	74	22	67	81	0	3	15	0.84
5106637--5106684	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
5107514--5107569	27	2.1	27	100	0	112	35	33	3	26	1.74
5109275--5109356	36	2.2	37	86	4	121	52	8	7	31	1.59
5112164--5112193	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
5112203--5112264	12	5.0	12	76	7	52	17	8	3	70	1.25
5113245--5113358	9	13.2	8	77	8	68	66	2	5	25	1.25
5113310--5113358	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
5116742--5116774	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
5116776--5116815	18	2.2	18	86	8	55	65	15	0	20	1.28
5116896--5116956	30	2.0	30	87	0	86	57	11	4	26	1.54
5117359--5117452	47	2.0	47	95	0	170	37	15	14	31	1.89
5117890--5118051	72	2.2	72	82	4	209	33	25	11	29	1.91
5121819--5121856	20	2.0	20	89	5	60	50	34	5	10	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5122877--5123393	3	174.0	3	68	16	193	30	7	2	58	1.40
5122904--5123047	68	2.1	65	81	10	173	34	6	0	58	1.30
5137200--5137251	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
5139567--5139601	13	2.7	13	83	16	54	40	14	14	31	1.86
5139568--5139609	20	2.1	20	82	8	50	42	16	14	26	1.86
5140161--5140255	32	3.0	32	95	0	163	15	40	22	22	1.91
5148750--5148774	8	3.1	8	100	0	50	48	36	0	16	1.46
5149284--5149343	17	3.5	18	80	15	65	55	5	5	35	1.44
5153563--5153606	12	3.5	12	82	17	54	29	4	0	65	1.12
5155068--5155098	15	2.1	15	93	0	53	41	25	0	32	1.56
5157066--5157118	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
5158605--5158712	26	4.2	26	92	2	182	35	24	8	32	1.85
5165590--5165792	43	4.7	43	85	4	207	30	14	25	30	1.95
5171739--5171780	5	8.2	5	86	5	57	76	2	4	16	1.07
5171734--5171780	16	2.9	16	81	9	60	74	4	6	14	1.17
5176160--5176190	15	2.1	15	93	0	53	41	25	0	32	1.56
5188462--5188487	9	2.9	9	100	0	52	69	0	0	30	0.89
5188506--5188532	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
5189954--5190041	42	2.1	42	91	4	142	55	13	14	15	1.69
5191661--5191695	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
5192210--5192241	16	2.0	16	93	0	55	71	6	0	21	1.07
5205701--5205776	22	3.6	22	73	16	72	42	17	5	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5205737--5205827	19	4.9	19	88	8	143	38	16	8	36	1.80
5205737--5205839	54	1.9	53	88	5	154	38	14	9	36	1.79
5206180--5206381	45	4.5	45	79	7	187	26	26	12	34	1.92
5206197--5206359	89	1.8	89	85	0	227	28	26	12	31	1.93
5206393--5206780	78	5.0	78	88	3	586	26	24	17	31	1.97
5206393--5206780	155	2.5	156	93	0	645	26	24	17	31	1.97
5206798--5207237	44	10.2	44	71	16	276	30	24	13	30	1.94
5206725--5207131	131	3.1	131	90	0	645	30	24	13	30	1.94
5207093--5207212	37	3.0	38	78	15	143	29	25	14	30	1.95
5207059--5207212	81	1.9	82	86	2	220	29	25	12	32	1.92
5212167--5212191	12	2.1	12	100	0	50	0	32	0	68	0.90
5215589--5215652	17	3.6	17	89	6	83	35	15	12	35	1.85
5215589--5215660	19	3.9	18	87	8	94	36	16	11	36	1.84
5216004--5216038	6	5.8	6	100	0	70	85	14	0	0	0.59
5218305--5218330	6	4.3	6	100	0	52	65	0	0	34	0.93
5228641--5228712	18	4.0	18	75	0	63	36	12	19	31	1.89
5233609--5233634	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
5235591--5235662	32	2.2	33	85	7	94	36	5	9	48	1.60
5236020--5236071	17	3.2	15	73	19	50	42	0	0	57	0.98
5236113--5236190	16	4.8	16	71	10	52	48	0	0	51	1.00
5236257--5236316	17	3.5	17	71	11	50	55	0	0	45	0.99
5236626--5236688	2	34.0	2	81	15	64	47	1	3	47	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5242646--5242680	17	2.1	17	94	0	61	48	11	5	34	1.63
5242929--5242957	13	2.3	13	94	5	51	37	0	17	44	1.49
5242974--5243023	10	5.0	10	76	13	50	22	10	2	66	1.32
5243537--5243716	19	9.9	19	86	10	261	38	10	14	36	1.81
5243545--5243716	35	4.8	35	94	2	281	38	11	13	36	1.81
5244232--5244280	26	1.9	25	83	4	62	36	4	0	59	1.17
5249808--5249870	8	7.8	8	77	15	51	84	0	12	3	0.75
5249805--5249870	13	4.8	13	83	12	71	84	0	12	3	0.72
5249817--5249870	18	3.1	18	81	5	65	85	0	11	3	0.73
5249805--5249870	26	2.4	26	85	12	80	84	0	12	3	0.72
5250770--5251293	44	11.9	44	72	11	358	30	17	24	26	1.97
5250764--5251337	132	4.3	132	93	0	925	30	17	24	27	1.97
5251289--5251373	44	1.9	44	95	0	152	29	18	27	24	1.98
5251370--5251869	205	2.4	205	91	0	820	30	17	22	30	1.97
5252234--5252360	18	6.9	18	91	3	193	36	11	15	37	1.83
5252234--5252360	35	3.5	36	91	5	186	36	11	15	37	1.83
5252242--5252367	53	2.3	55	90	8	206	36	11	15	36	1.84
5252838--5252903	17	3.9	17	71	23	59	34	1	0	63	1.04
5252880--5252928	26	1.9	25	83	4	62	36	4	0	59	1.17
5261121--5261169	24	2.0	26	88	8	75	67	2	0	30	1.02
5261597--5261626	12	2.5	12	100	0	60	26	0	0	73	0.84
5261628--5261701	35	2.1	35	94	0	130	36	8	9	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5263810--5264020	64	3.2	64	62	20	142	30	26	17	25	1.97
5263776--5264061	137	2.1	136	96	0	518	31	25	18	24	1.97
5265847--5265982	26	5.2	26	97	0	236	36	24	5	33	1.78
5272128--5272182	22	2.5	22	100	0	110	34	12	10	41	1.78
5272936--5272965	13	2.3	13	94	0	51	43	10	0	46	1.37
5273873--5273906	18	1.9	18	94	5	61	55	5	11	26	1.58
5279101--5279165	15	4.4	15	81	9	80	9	15	13	61	1.56
5279097--5279165	30	2.3	30	85	7	97	8	14	17	59	1.60
5288235--5288322	46	1.9	46	88	2	133	40	9	10	39	1.71
5291642--5291726	43	2.0	43	88	4	127	24	30	20	24	1.98
5291860--5291906	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
5294571--5294824	3	83.7	3	70	12	112	61	2	8	27	1.38
5297934--5297986	18	2.9	18	94	0	97	26	28	16	28	1.97
5305525--5305586	21	3.0	21	79	11	74	35	43	0	20	1.53
5305524--5305589	14	4.7	14	69	12	55	36	40	0	22	1.54
5305524--5305590	27	2.4	27	77	5	71	37	40	0	22	1.54
5305644--5305735	21	4.2	21	69	10	67	44	25	1	29	1.61
5305690--5305736	7	6.7	7	80	0	58	46	25	0	27	1.53
5305635--5305722	46	1.9	46	92	0	149	40	26	2	30	1.68
5305690--5305797	14	7.7	14	71	4	83	48	20	0	30	1.56
5305690--5305792	28	3.7	28	77	5	127	47	21	0	30	1.57
5305696--5305809	56	2.0	56	100	0	228	47	17	1	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5305954--5306122	41	4.1	41	88	1	250	22	23	20	33	1.97
5307107--5307150	23	1.9	23	95	0	79	29	18	20	31	1.96
5310245--5310741	144	3.5	144	85	3	603	30	18	13	37	1.90
5315269--5315318	21	2.5	20	80	6	64	58	0	12	30	1.34
5315516--5315550	13	2.7	13	81	0	52	65	5	0	28	1.15
5315788--5315849	3	20.7	3	96	0	115	66	0	1	32	1.02
5316053--5316085	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
5316137--5316170	15	2.3	15	90	10	52	58	0	11	29	1.33
5316200--5316256	12	4.5	13	76	23	59	63	0	3	33	1.12
5316200--5316256	18	3.0	18	80	14	69	63	0	3	33	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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