genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  206  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61123212--61123502	15	18.9	15	71	15	139	64	3	4	27	1.29
61123397--61123465	27	2.5	28	81	13	81	63	5	2	27	1.31
61124936--61125362	182	2.3	182	88	2	635	29	22	17	31	1.96
61124940--61126153	45	27.3	45	66	8	426	28	24	18	28	1.98
61125290--61126249	132	7.3	132	93	1	1507	28	25	18	27	1.98
61126843--61126895	15	3.5	15	92	0	88	28	30	11	30	1.91
61138434--61138485	25	2.1	25	85	3	70	26	19	21	32	1.97
61138520--61138560	21	2.0	21	85	0	55	36	14	14	34	1.87
61138533--61138572	21	1.9	21	90	10	64	32	17	12	37	1.87
61138533--61138572	10	3.9	10	87	12	55	32	17	12	37	1.87
61146236--61146287	25	2.1	25	82	3	61	26	17	21	34	1.95
61146335--61146395	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
61146335--61146395	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
61146662--61146763	32	3.2	32	85	2	141	39	22	8	29	1.84
61151700--61151751	24	2.2	24	85	0	68	59	3	5	30	1.39
61151514--61151751	3	78.7	3	65	17	59	61	3	7	27	1.40
61157703--61157729	14	1.9	14	100	0	54	44	25	29	0	1.54
61157717--61157830	51	2.2	51	93	0	192	34	14	22	28	1.93
61160629--61160669	20	2.0	20	100	0	82	39	17	14	29	1.89
61169074--61169106	17	1.9	17	93	0	57	24	18	18	39	1.92
61173068--61173118	21	2.3	21	83	12	59	49	13	3	33	1.61
61179118--61179570	227	2.0	227	99	0	888	33	19	17	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61183341--61183367	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
61193465--61193544	40	2.0	40	92	0	133	46	12	6	35	1.67
61194775--61194884	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
61202255--61202311	29	2.0	29	92	0	96	52	0	1	45	1.11
61202211--61202304	24	3.7	26	72	12	70	50	0	1	48	1.07
61202720--61202744	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
61204582--61204627	21	2.2	21	88	7	67	67	2	0	30	1.03
61204587--61204633	14	3.3	14	84	3	58	61	2	0	36	1.08
61213634--61213714	40	2.0	40	90	0	126	54	13	2	29	1.52
61213750--61213790	19	2.2	19	90	0	64	43	14	4	36	1.67
61214729--61214788	30	2.0	30	100	0	120	33	13	23	30	1.93
61215967--61216060	47	2.0	47	87	4	136	30	11	21	36	1.89
61216010--61216136	60	2.1	61	92	1	211	29	14	21	33	1.93
61220257--61220310	2	27.0	2	84	0	72	50	7	0	42	1.30
61220250--61220299	12	4.3	12	80	10	50	50	10	0	40	1.36
61220250--61220310	10	6.1	10	80	14	72	49	9	0	40	1.36
61220250--61220310	18	3.5	18	82	8	81	49	9	0	40	1.36
61220257--61220309	22	2.4	22	96	0	97	50	7	0	41	1.30
61232179--61232207	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
61234696--61234743	25	1.9	25	87	8	71	37	6	0	56	1.25
61238666--61238706	19	2.1	19	86	4	55	26	17	7	48	1.73
61246695--61246783	44	2.0	44	84	4	115	30	16	12	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61246864--61247208	133	2.6	133	95	0	600	35	23	20	20	1.96
61247135--61247310	43	4.0	44	72	10	137	36	24	19	19	1.94
61247394--61247594	87	2.4	82	84	7	267	36	22	20	19	1.95
61247399--61247594	43	4.6	42	73	13	161	36	22	20	19	1.95
61247687--61247751	21	3.1	21	64	4	51	33	23	18	24	1.96
61249619--61249666	25	1.9	25	87	8	71	37	6	0	56	1.25
61252242--61252279	16	2.3	17	86	13	53	39	7	0	52	1.31
61265703--61265745	23	1.9	22	95	4	77	37	11	9	41	1.74
61265879--61265930	20	2.8	18	78	21	63	51	3	0	44	1.19
61272137--61272254	43	2.7	43	80	5	123	33	25	16	24	1.95
61281304--61281436	42	3.1	43	77	6	126	24	15	26	33	1.95
61283567--61283654	35	2.5	35	80	7	99	29	7	19	43	1.79
61283637--61283712	35	2.2	35	83	4	91	34	9	18	38	1.83
61288933--61289008	32	2.4	32	84	2	91	53	13	6	26	1.63
61298748--61298791	3	14.7	3	95	0	79	29	2	0	68	1.02
61298965--61299077	3	35.7	3	68	19	52	26	9	2	61	1.41
61299002--61299055	15	3.6	15	79	0	63	25	11	1	61	1.40
61306896--61307156	133	2.0	133	89	0	405	32	18	20	29	1.96
61307107--61307199	44	2.1	44	83	0	114	32	19	20	27	1.97
61306896--61307201	133	2.3	133	85	1	389	32	18	20	28	1.96
61307007--61307509	177	2.8	176	85	2	702	33	19	20	27	1.96
61307335--61307636	133	2.3	133	88	2	374	33	20	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61307171--61308119	310	3.1	309	84	1	1247	31	19	20	27	1.97
61307038--61307754	177	4.1	177	80	6	569	32	19	20	27	1.97
61307636--61307953	133	2.4	133	79	4	320	31	19	22	27	1.98
61307479--61307814	177	1.9	177	88	2	505	31	19	21	27	1.97
61308098--61308746	45	14.7	45	73	7	330	31	18	21	28	1.97
61308189--61308533	174	2.0	174	100	0	690	32	17	22	28	1.96
61308138--61308427	129	2.2	130	81	3	323	31	17	22	28	1.97
61308115--61308702	134	4.4	132	75	8	412	32	18	21	27	1.97
61308103--61308746	89	7.3	88	76	5	430	31	18	21	28	1.97
61309492--61309755	3	87.3	3	70	18	95	27	7	3	61	1.39
61309787--61309836	21	2.5	20	80	6	64	30	6	0	64	1.18
61309772--61309829	30	1.9	29	83	13	73	29	8	0	62	1.25
61309803--61309836	17	2.1	15	89	10	50	29	2	0	67	1.05
61309998--61310259	126	2.1	128	83	8	331	34	12	15	37	1.86
61342160--61342192	17	2.0	17	94	5	59	36	3	6	54	1.41
61344463--61344571	55	2.0	55	90	0	173	40	10	11	38	1.74
61345843--61345926	41	2.0	41	100	0	168	41	4	19	34	1.72
61348980--61349318	154	2.2	154	90	1	527	21	26	19	32	1.97
61348980--61349366	154	2.5	154	86	3	478	21	26	19	32	1.97
61351128--61351227	43	2.3	43	89	3	148	24	14	26	36	1.93
61352146--61352173	14	2.0	14	100	0	56	28	0	35	35	1.58
61352092--61352223	68	1.9	68	100	0	264	26	1	28	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61354757--61354800	20	2.1	21	83	4	54	20	0	4	75	0.98
61358709--61358739	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
61363405--61363458	22	2.6	21	91	5	83	27	14	0	57	1.38
61363405--61363450	22	2.1	22	100	0	92	26	13	0	60	1.32
61363439--61363486	24	1.9	24	83	8	60	27	8	6	58	1.51
61364151--61364196	18	2.6	18	80	10	58	54	2	0	43	1.12
61364143--61364207	19	3.3	19	80	8	60	56	3	0	40	1.15
61364152--61364212	19	3.4	18	80	10	63	52	3	0	44	1.17
61364176--61364267	26	3.4	27	73	15	82	57	3	2	36	1.27
61374058--61374721	327	2.0	328	98	0	1285	22	17	31	28	1.96
61374724--61374765	22	1.9	22	90	0	66	9	19	0	71	1.13
61376126--61376178	28	1.9	28	88	3	81	28	20	24	26	1.99
61378182--61378233	27	1.9	27	84	0	68	61	0	13	25	1.32
61378106--61378243	26	5.3	26	68	16	90	61	1	13	23	1.40
61378106--61378315	76	2.8	76	81	4	235	59	1	14	25	1.44
61378429--61378481	20	2.6	21	85	14	76	66	0	5	28	1.15
61378469--61378517	16	2.9	17	88	8	66	63	0	16	20	1.31
61378818--61378882	18	3.6	17	69	27	53	67	0	6	26	1.13
61378828--61378918	12	7.8	12	68	31	65	67	0	8	24	1.19
61378828--61378918	13	6.8	13	72	27	75	67	0	8	24	1.19
61378829--61378945	23	5.1	24	78	19	108	65	0	10	23	1.23
61378828--61378957	37	3.7	36	76	18	139	66	0	9	24	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61378858--61378918	32	2.0	31	93	6	106	68	0	9	21	1.18
61378818--61378954	19	7.4	19	69	21	78	67	0	8	24	1.19
61378903--61378957	24	2.3	24	87	6	76	67	0	9	23	1.19
61379359--61379651	111	2.7	107	86	3	406	29	21	16	32	1.95
61385360--61385455	50	1.9	50	89	4	149	35	18	10	35	1.85
61386162--61386195	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
61386571--61387059	136	3.6	136	78	7	417	28	14	13	43	1.84
61386372--61387059	128	5.2	135	75	8	488	29	15	13	41	1.85
61402405--61402485	27	3.0	26	91	5	126	34	22	24	18	1.96
61422987--61423030	23	2.0	22	81	4	52	2	18	4	75	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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