genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69126133--69126169	18	2.0	19	89	5	58	67	0	0	32	0.91
69126423--69126549	19	6.5	21	78	10	60	40	14	8	36	1.77
69126461--69126540	19	4.4	19	89	9	130	36	13	11	38	1.81
69126461--69126540	35	2.2	37	91	6	128	36	13	11	38	1.81
69126473--69126528	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
69126436--69126549	19	5.9	19	82	11	117	38	14	9	36	1.80
69126906--69127099	45	4.3	45	86	1	246	25	28	13	32	1.94
69126914--69127083	89	1.9	89	87	0	250	27	29	13	30	1.94
69127113--69127329	78	2.8	78	93	0	362	23	25	20	29	1.99
69127271--69127987	220	3.3	220	91	1	1154	27	21	18	32	1.97
69127939--69128315	78	4.8	78	91	1	587	24	24	17	33	1.96
69127930--69128389	156	2.9	156	87	4	609	25	22	18	32	1.97
69136396--69136430	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
69136680--69136755	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
69136709--69136806	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
69136716--69136806	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
69139604--69139695	46	2.0	46	86	0	130	43	15	20	20	1.88
69143598--69143689	46	2.0	46	86	0	130	43	15	20	20	1.88
69144667--69144724	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
69144694--69144758	17	3.5	19	69	28	59	33	16	9	40	1.81
69144717--69144790	17	4.5	15	87	11	69	35	16	10	37	1.83
69144703--69144792	19	4.9	19	91	8	152	35	15	11	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69147594--69147684	45	2.0	45	86	0	128	42	15	20	20	1.88
69147601--69147697	45	2.2	45	84	0	122	44	16	19	19	1.87
69152706--69152797	46	2.0	46	86	0	130	43	15	20	20	1.88
69155230--69155273	17	2.6	17	82	3	63	61	0	0	38	0.96
69157747--69157806	24	2.4	24	80	5	75	43	8	15	33	1.76
69158579--69158621	11	4.1	10	79	8	50	18	0	9	72	1.11
69160676--69160767	46	2.0	46	89	0	139	45	7	16	30	1.75
69180251--69180336	26	3.2	25	74	16	75	58	2	13	25	1.48
69181971--69182006	15	2.4	15	95	0	63	33	11	33	22	1.89
69187733--69187761	11	2.7	11	94	5	51	82	0	0	17	0.66
69192182--69192210	11	2.7	11	94	5	51	82	0	0	17	0.66
69201087--69201143	26	2.2	26	84	3	71	29	14	17	38	1.89
69201096--69201171	26	2.8	27	80	7	84	28	13	19	38	1.90
69201098--69201171	28	2.8	26	79	8	78	29	10	20	39	1.86
69202620--69202677	26	2.2	26	100	0	116	34	25	6	32	1.83
69205536--69205583	24	2.0	25	83	4	62	54	8	4	33	1.50
69205544--69205596	25	2.2	24	83	10	63	58	9	0	32	1.30
69207259--69207287	14	2.1	14	100	0	58	37	27	20	13	1.91
69208470--69208559	19	4.5	19	71	14	65	43	3	0	53	1.17
69208495--69208527	11	3.0	11	95	0	57	42	3	0	54	1.15
69208515--69208567	21	2.5	21	81	3	61	45	1	1	50	1.23
69208657--69208742	20	4.3	20	74	2	57	25	22	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69219120--69219154	18	2.0	17	88	5	52	82	5	2	8	0.91
69220921--69220952	16	2.0	16	100	0	64	37	6	31	25	1.81
69220922--69220958	16	2.3	16	90	0	56	37	5	27	29	1.79
69223303--69223417	53	2.2	53	87	0	158	40	12	22	24	1.88
69227425--69227497	6	11.8	6	81	5	83	76	1	8	13	1.07
69228034--69228185	40	3.8	39	76	15	152	31	23	20	25	1.98
69228032--69228181	80	1.9	79	87	4	221	30	24	20	26	1.98
69228073--69228314	132	1.8	132	85	7	348	29	22	18	29	1.97
69228203--69228313	40	2.8	40	92	0	186	28	24	17	29	1.97
69228406--69228450	22	2.0	23	86	8	65	26	2	6	64	1.30
69228613--69228675	22	3.0	21	75	13	58	22	0	38	39	1.54
69229848--69230003	43	3.7	43	84	3	199	23	18	26	30	1.98
69237180--69237235	28	2.2	27	79	17	66	48	0	5	46	1.25
69241213--69241323	23	4.6	25	77	13	117	26	22	23	27	1.99
69241253--69241346	45	2.0	48	88	10	142	29	20	23	26	1.99
69241253--69241322	22	3.1	22	89	4	113	30	21	24	24	1.99
69243311--69243454	74	1.9	74	100	0	288	29	17	17	36	1.93
69243684--69243725	19	2.2	20	86	4	59	47	0	0	52	1.00
69243711--69243756	17	2.6	18	86	3	67	34	6	0	58	1.24
69249074--69249109	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
69250715--69250762	22	2.2	22	96	0	87	20	12	8	58	1.60
69261785--69261831	10	4.5	11	76	17	55	19	8	2	70	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69262746--69262777	17	1.9	16	93	6	55	81	0	0	18	0.70
69266426--69266570	40	3.6	40	85	4	202	26	25	25	22	2.00
69267577--69267669	31	3.1	31	95	3	163	23	22	15	38	1.92
69267861--69268002	24	6.0	24	91	5	209	26	22	22	28	1.99
69267861--69268001	47	3.0	48	90	6	207	26	22	22	28	1.99
69267860--69268002	71	2.0	71	89	5	218	25	22	22	29	1.99
69268053--69268112	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
69268053--69268107	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
69268155--69268202	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
69275695--69275787	31	3.1	31	92	6	163	23	21	16	38	1.92
69275979--69276097	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
69275979--69276097	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
69276148--69276207	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
69276148--69276202	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
69276250--69276297	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
69287962--69288055	31	3.1	31	95	3	172	23	21	15	39	1.92
69288247--69288365	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
69288247--69288365	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
69288416--69288475	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
69288416--69288470	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
69288518--69288565	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
69297773--69297916	39	3.6	40	86	4	193	25	25	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69307978--69308023	25	1.9	25	82	8	60	30	15	0	54	1.41
69308295--69308549	46	5.7	46	85	9	323	22	24	14	39	1.91
69308295--69308548	91	2.9	92	86	6	321	22	24	13	39	1.90
69308463--69308538	38	2.0	38	97	0	143	25	26	17	31	1.97
69313937--69313969	16	1.9	18	88	11	52	66	0	0	33	0.92
69314223--69314298	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
69314259--69314332	19	3.9	19	92	3	132	37	16	9	36	1.81
69314252--69314332	37	2.2	38	89	8	132	37	17	8	37	1.80
69318706--69318751	17	2.6	18	83	13	51	28	6	8	56	1.54
69323009--69323073	32	2.0	32	96	0	121	46	15	18	20	1.84
69335533--69335595	30	2.1	30	96	0	117	55	9	17	17	1.67
69338887--69338923	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
69340135--69340197	21	3.1	21	77	8	60	33	1	3	61	1.21
69343336--69343405	24	3.0	23	71	19	56	45	5	0	48	1.26
69347847--69347898	25	2.0	28	85	11	74	50	5	19	25	1.69
69361240--69361297	30	1.9	30	92	0	98	12	27	39	20	1.88
69363115--69363159	6	7.7	6	97	2	83	71	0	0	28	0.87
69363112--69363190	6	12.7	6	86	7	68	73	1	1	24	0.98
69363151--69363190	20	2.0	21	90	5	64	80	2	2	15	0.93
69364822--69364876	28	2.0	28	82	7	67	67	1	9	21	1.28
69365221--69365282	29	2.1	29	81	0	70	16	25	33	24	1.95
69375726--69375768	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69380500--69380548	19	2.9	16	76	23	55	38	0	2	59	1.09
69384124--69387245	989	3.2	986	85	3	4165	41	15	10	32	1.81
69398448--69398498	24	2.1	24	100	0	102	37	15	19	27	1.92
69408885--69408962	39	2.0	39	85	5	104	39	29	10	20	1.85
69411173--69411214	21	2.0	21	81	9	50	40	14	21	23	1.90
69415822--69415852	10	2.9	11	90	9	55	74	0	0	25	0.82
69418795--69418819	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
69427284--69427349	33	2.0	33	93	0	114	37	21	16	24	1.93
69436606--69436644	20	1.9	20	84	5	51	56	20	5	17	1.60
69438385--69438422	20	1.9	20	94	0	67	28	0	5	65	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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