genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  249  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72443811--72443873	29	2.2	29	94	0	108	36	20	3	39	1.69
72444244--72444397	9	17.6	9	70	15	83	35	0	18	45	1.54
72444271--72444414	34	3.9	34	76	18	144	37	0	15	46	1.47
72444257--72444413	79	2.0	79	93	0	269	36	0	17	45	1.53
72445691--72445758	25	2.7	25	97	0	127	26	19	44	10	1.82
72445873--72445918	24	1.9	24	95	0	83	39	4	10	45	1.59
72445873--72445913	14	3.2	14	74	25	54	36	4	12	46	1.63
72447662--72447704	15	3.0	15	83	6	54	44	0	0	55	0.99
72447651--72447704	22	2.3	23	73	17	58	44	0	0	55	0.99
72448571--72448657	34	2.4	37	83	9	108	45	27	2	24	1.65
72449181--72449377	41	4.8	41	77	6	177	28	15	20	35	1.93
72449896--72449977	31	2.6	31	74	11	87	63	9	2	24	1.37
72457419--72457455	18	2.2	17	86	13	51	62	5	0	32	1.18
72460157--72460183	6	4.5	6	100	0	54	14	55	0	29	1.40
72464696--72464770	21	3.4	21	75	13	80	26	12	2	58	1.47
72464693--72464768	24	3.3	24	76	14	88	26	10	2	60	1.43
72464763--72464813	25	1.9	26	84	11	68	23	13	0	62	1.31
72466000--72466085	2	43.5	2	97	2	165	51	0	48	0	1.00
72466148--72466209	27	2.2	27	83	11	72	27	22	6	43	1.77
72466469--72466508	18	2.2	18	90	0	62	0	22	0	77	0.77
72474038--72474071	18	1.9	17	88	5	50	23	2	0	73	0.97
72477427--72477485	31	1.9	30	83	13	75	18	13	20	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72478231--72478298	33	2.1	33	88	0	100	38	5	1	54	1.34
72478340--72478404	25	2.5	25	80	7	76	44	1	0	53	1.09
72478355--72478412	25	2.4	25	88	5	84	39	1	0	58	1.08
72478816--72478841	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
72481618--72481655	16	2.3	16	86	13	51	71	0	2	26	1.00
72481617--72481659	17	2.4	18	84	7	61	69	0	2	27	1.00
72481617--72481679	29	2.2	28	75	10	67	66	1	3	28	1.16
72482022--72482070	21	2.5	21	83	9	68	53	0	0	46	1.00
72499639--72499664	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
72515470--72515521	25	2.1	25	100	0	104	40	15	9	34	1.80
72518488--72518579	46	2.0	46	97	0	175	40	15	11	32	1.84
72520746--72520791	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
72526226--72526344	26	4.5	26	77	9	116	35	26	10	27	1.89
72526226--72526347	53	2.3	53	97	0	226	35	27	10	27	1.89
72526223--72526370	53	2.8	52	86	6	208	33	27	11	27	1.91
72526226--72526370	27	5.5	26	77	8	123	34	26	11	27	1.90
72526618--72526656	2	19.0	2	94	5	69	48	2	0	48	1.15
72528764--72528831	35	1.9	35	96	0	127	42	10	11	35	1.76
72540311--72540344	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
72541110--72541138	5	6.0	5	92	8	51	37	0	0	62	0.96
72546365--72546444	36	2.2	36	97	2	151	42	3	21	32	1.70
72550969--72551022	27	2.0	27	96	0	99	57	3	12	25	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72559617--72559907	107	2.7	109	74	13	285	49	6	6	37	1.55
72559763--72559822	17	3.4	18	71	15	63	56	0	5	38	1.21
72559967--72560038	26	2.7	27	70	8	67	48	0	1	50	1.09
72569266--72569401	26	5.2	26	98	0	245	34	5	22	36	1.79
72572049--72572246	46	4.3	46	92	0	306	23	23	14	38	1.92
72578043--72578071	9	3.0	10	90	10	51	82	6	0	10	0.83
72578642--72578686	18	2.3	20	82	17	51	40	4	2	53	1.33
72578771--72578933	3	53.0	3	68	20	56	31	3	3	61	1.29
72578776--72578902	12	10.7	12	70	23	83	33	2	3	60	1.25
72578780--72578894	21	5.7	21	70	27	72	34	2	3	59	1.28
72579026--72579105	31	2.7	29	71	26	78	31	2	1	65	1.14
72579062--72579161	21	4.7	21	71	21	75	31	3	3	63	1.25
72579100--72579147	24	1.9	26	84	16	66	29	6	2	62	1.31
72579057--72579270	25	9.4	21	70	18	87	33	5	4	56	1.44
72579083--72579258	25	7.6	22	70	17	92	32	6	5	55	1.48
72579312--72579367	24	2.4	23	81	3	58	33	5	7	53	1.51
72579580--72579621	18	2.3	18	91	0	66	38	2	2	57	1.25
72579844--72579903	28	2.1	28	85	11	79	30	5	3	61	1.33
72580408--72580859	231	2.0	220	91	6	737	35	17	13	32	1.90
72590424--72590485	28	2.2	28	82	5	81	37	17	25	19	1.94
72592351--72592479	51	2.5	51	74	9	129	27	29	12	31	1.93
72596291--72596322	7	4.6	7	100	0	64	31	12	28	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72601233--72601382	33	4.5	32	78	5	129	29	21	16	33	1.95
72601233--72601385	66	2.3	66	77	1	164	29	21	15	33	1.94
72602060--72602102	20	2.2	20	82	0	50	32	18	2	46	1.62
72604835--72604874	20	2.0	20	85	4	55	27	0	2	70	1.01
72612436--72612562	64	2.0	64	100	0	254	27	4	15	51	1.63
72614864--72615012	25	5.9	25	71	12	106	57	4	7	30	1.46
72614948--72615074	25	5.5	23	70	15	68	55	3	5	36	1.39
72614943--72615077	48	2.9	46	71	13	116	57	2	5	34	1.36
72615032--72615077	13	3.7	13	80	8	51	63	0	2	34	1.07
72615549--72615616	30	2.3	30	94	0	118	17	5	51	25	1.68
72615712--72615755	21	2.2	19	84	8	52	13	2	34	50	1.55
72616291--72616828	90	6.0	89	79	7	474	37	17	17	28	1.92
72616291--72618222	148	11.9	174	76	15	549	35	19	16	28	1.94
72616633--72616664	14	2.4	14	94	5	57	62	6	12	18	1.50
72616735--72617797	73	14.3	73	81	8	1207	33	20	16	29	1.94
72616757--72617858	148	7.3	149	87	7	1262	33	20	16	30	1.94
72617250--72617284	14	2.5	14	85	0	52	60	5	20	14	1.54
72616643--72617852	528	2.3	528	93	2	2018	34	20	16	29	1.94
72617788--72618062	96	2.9	98	90	9	419	38	18	17	24	1.92
72617882--72618222	79	3.9	88	72	17	307	36	20	17	26	1.94
72630283--72630350	25	2.9	24	82	6	77	58	5	5	29	1.45
72630373--72630505	25	5.6	25	72	14	102	55	3	5	36	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72630791--72630829	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
72630987--72631085	30	3.3	30	92	0	171	18	6	49	26	1.70
72634624--72634681	25	2.3	24	80	13	64	58	6	3	31	1.41
72634727--72634767	18	2.3	18	84	12	50	68	2	14	14	1.32
72635855--72635884	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
72637939--72637993	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
72638115--72638143	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
72648641--72648681	10	4.0	11	75	18	52	63	7	7	21	1.45
72649065--72649341	139	2.0	139	92	1	466	43	13	4	38	1.64
72650446--72650474	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
72651340--72651386	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
72655753--72655788	2	18.0	2	88	0	54	50	0	2	47	1.15
72655807--72655882	38	2.0	37	85	10	100	69	1	1	27	1.04
72655743--72655935	10	18.9	10	65	19	55	60	5	1	33	1.28
72655709--72655960	133	1.9	134	79	8	289	59	4	3	32	1.34
72656142--72656221	3	26.3	3	72	20	53	65	1	3	30	1.18
72656142--72656222	12	6.8	12	75	12	78	65	1	3	29	1.17
72656138--72656217	18	4.4	18	74	16	67	63	1	3	31	1.20
72656142--72656230	9	9.4	9	70	16	56	67	1	3	28	1.14
72656726--72656841	30	3.9	30	93	2	189	25	6	50	16	1.69
72657448--72657600	43	3.5	43	73	15	152	16	22	21	39	1.92
72657614--72658377	44	17.7	42	64	17	200	20	23	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72657600--72657985	87	4.4	86	91	2	603	19	23	21	35	1.96
72657365--72657985	253	2.4	256	87	4	896	19	22	21	36	1.95
72657365--72658113	130	5.8	129	72	9	503	20	22	21	36	1.96
72657365--72657988	173	3.6	174	84	6	862	19	22	21	36	1.95
72657658--72658032	43	8.7	42	72	9	297	21	23	21	34	1.97
72658004--72658427	86	4.9	86	86	3	586	20	23	21	34	1.97
72657961--72658427	172	2.7	169	87	4	648	21	23	20	34	1.97
72666323--72666437	30	3.8	30	97	0	212	16	51	6	25	1.69
72666354--72666406	18	3.3	18	65	29	55	15	52	7	24	1.68
72666944--72667157	3	69.3	3	68	21	74	28	7	2	60	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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