genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  64  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19094832--19094967	52	2.7	51	89	5	206	27	22	20	28	1.99
19095017--19095103	20	4.3	20	89	2	131	29	19	10	40	1.85
19095934--19096047	27	4.3	27	75	7	99	28	7	22	41	1.82
19095926--19095961	19	1.9	19	88	5	56	33	5	25	36	1.79
19096079--19096170	27	3.4	26	86	5	112	43	10	19	26	1.84
19095936--19096116	80	2.3	81	73	4	179	31	10	20	37	1.87
19096150--19096371	27	8.2	27	79	7	137	34	7	21	36	1.82
19096148--19096279	55	2.4	55	80	10	155	33	6	19	40	1.78
19096095--19096306	54	3.9	53	74	9	151	36	8	19	35	1.82
19099111--19099158	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
19099202--19099260	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
19099206--19099260	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
19099311--19099477	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
19099311--19099478	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
19099669--19099732	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
19107240--19107287	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
19107331--19107389	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
19107335--19107389	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
19107440--19107582	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
19107440--19107582	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
19107440--19107583	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
19109784--19109963	40	4.5	40	77	7	143	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19121787--19122007	40	5.6	40	84	6	263	22	21	28	28	1.99
19121787--19122007	80	2.8	79	87	2	295	22	21	28	28	1.99
19128356--19128498	40	3.6	40	86	5	155	25	26	22	25	2.00
19133917--19134027	24	4.6	24	94	0	186	36	24	16	23	1.94
19141729--19141815	24	3.6	24	95	0	147	36	24	16	22	1.94
19147196--19147337	40	3.6	39	81	10	153	27	26	21	25	1.99
19152042--19152182	40	3.6	40	85	3	180	24	22	26	26	2.00
19154746--19154818	22	3.3	22	88	0	110	32	17	21	27	1.96
19156804--19156981	48	3.7	48	84	3	214	36	30	13	19	1.90
19169322--19169516	55	3.6	54	76	2	185	18	24	19	36	1.94
19194648--19194688	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
19201415--19201513	47	2.1	47	94	0	171	33	14	24	28	1.94
19201492--19201894	54	7.6	55	77	10	385	35	16	24	23	1.94
19201500--19201896	109	3.8	105	80	10	452	36	16	24	22	1.94
19201439--19201884	208	2.1	208	94	0	775	35	15	24	23	1.94
19203913--19204060	42	3.6	41	77	9	151	22	20	28	27	1.99
19211819--19211968	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
19211799--19211968	41	4.2	40	74	18	161	22	22	27	27	1.99
19221634--19221767	66	2.0	66	98	0	259	32	13	28	25	1.93
19224401--19224578	52	3.5	51	88	4	236	28	15	29	27	1.96
19228451--19228521	34	2.1	34	91	0	115	25	16	21	36	1.94
19230525--19230731	53	3.8	53	74	9	195	37	16	23	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19232611--19232684	37	2.0	38	91	2	123	29	9	31	29	1.89
19241711--19241742	13	2.5	13	100	0	64	15	25	40	18	1.90
19245169--19245413	49	4.9	49	78	9	246	28	26	18	25	1.98
19245182--19245413	100	2.3	99	85	4	306	28	27	18	25	1.98
19251851--19252032	49	3.7	49	78	3	202	31	27	17	23	1.97
19256999--19257088	43	2.1	43	93	0	153	23	30	28	17	1.97
19259709--19259754	3	15.3	3	95	0	83	65	0	0	34	0.93
19259996--19260042	20	2.3	20	92	7	78	55	4	0	40	1.19
19260001--19260048	20	2.6	18	84	15	62	58	4	2	35	1.29
19260538--19260585	21	2.3	21	78	7	53	60	20	2	16	1.46
19261835--19261866	16	2.0	16	93	0	55	9	0	34	56	1.32
19273384--19273414	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
19273381--19273420	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
19273664--19273818	55	2.9	53	77	12	172	23	25	17	34	1.96
19273677--19273861	55	3.4	52	76	10	165	23	25	17	34	1.96
19275917--19275952	18	2.0	18	94	0	63	30	22	8	38	1.83
19280873--19281002	40	3.2	40	82	4	156	23	28	25	22	1.99
19284678--19284873	55	3.6	52	77	9	189	20	23	19	35	1.96
19289237--19289399	40	4.2	39	77	8	163	25	28	22	23	1.99
19296446--19296505	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
19299704--19299879	83	2.1	83	97	0	334	30	15	27	26	1.96
19302174--19302371	43	4.6	43	87	1	281	32	30	23	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19302364--19302447	38	2.2	38	84	0	114	33	27	19	20	1.96
19302806--19302888	41	2.0	41	97	0	157	25	18	12	44	1.84
19322978--19323103	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
19322917--19323103	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
19324861--19324963	5	19.8	5	76	20	88	18	3	0	76	0.99
19324861--19324913	14	3.6	14	90	10	79	18	1	0	79	0.83
19324878--19324963	19	4.7	19	71	22	76	18	3	1	76	0.99
19324877--19324963	29	3.4	24	76	18	86	18	3	1	77	0.98
19324866--19324943	6	13.2	6	80	8	72	16	3	1	78	0.97
19326337--19326560	40	5.6	40	92	2	353	26	27	21	24	2.00
19326337--19326560	81	2.8	81	91	4	346	26	27	21	24	2.00
19336792--19336879	43	2.0	43	97	0	167	47	14	2	35	1.57
19344821--19344957	6	22.3	6	72	15	102	47	13	18	19	1.82
19344842--19344957	31	3.5	31	79	13	133	46	13	19	19	1.83
19344842--19344935	37	2.5	37	92	0	152	44	13	21	20	1.86
19344844--19344957	37	3.2	36	78	14	139	46	14	19	20	1.84
19345103--19345236	67	2.0	68	86	2	189	32	20	27	19	1.97
19345458--19345678	27	8.2	27	88	1	273	40	6	23	29	1.79
19345458--19345705	81	3.1	81	80	1	282	38	6	23	30	1.81
19345458--19345705	54	4.6	54	85	1	309	38	6	23	30	1.81
19347082--19347200	6	19.3	6	67	17	66	47	12	17	21	1.81
19347091--19347200	31	3.5	31	91	0	157	48	11	18	21	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19347337--19347411	27	2.8	27	87	0	96	37	21	22	18	1.94
19347570--19347634	22	3.0	22	75	8	69	32	23	24	20	1.98
19348079--19348497	27	15.5	26	87	4	428	26	19	20	34	1.96
19348079--19348416	81	4.2	80	90	1	471	26	21	20	32	1.97
19348507--19348697	81	2.4	81	89	3	278	39	8	23	28	1.84
19348506--19348697	27	7.1	27	85	1	233	39	8	23	28	1.84
19348763--19348941	27	6.6	27	85	2	234	31	8	20	40	1.82
19348760--19348941	54	3.4	54	89	0	274	31	8	20	39	1.83
19348757--19348941	81	2.3	81	88	3	266	31	8	20	39	1.82
19360231--19360341	27	4.1	27	84	0	132	28	23	8	39	1.83
19360236--19360340	54	1.9	54	88	3	158	28	21	8	40	1.83
19360334--19360514	54	3.4	52	78	4	173	40	20	10	28	1.85
19360363--19360513	27	5.6	27	79	6	155	40	21	9	28	1.84
19360322--19360516	81	2.4	80	77	10	216	38	21	10	29	1.87
19360491--19360576	27	3.1	27	77	14	86	40	13	9	36	1.77
19360630--19360694	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
19361496--19361669	26	6.8	26	91	0	255	25	21	24	28	1.99
19361813--19361904	42	2.2	42	88	3	132	31	13	20	34	1.91
19361928--19362011	31	2.7	31	90	1	125	29	16	26	27	1.97
19364876--19364917	20	2.1	20	86	0	57	42	11	0	45	1.41
19367041--19367178	49	2.6	55	83	15	209	21	23	19	34	1.96
19373898--19373939	16	2.6	16	84	0	57	52	19	19	9	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19374151--19374265	29	4.0	29	81	6	128	27	15	27	28	1.96
19379359--19379541	39	4.7	40	83	8	207	26	26	22	24	2.00
19379359--19379541	79	2.3	81	84	9	236	26	26	22	24	2.00
19387447--19387631	79	2.3	82	85	7	247	26	27	22	24	2.00
19387428--19387631	40	5.1	40	83	8	247	25	26	22	25	2.00
19390068--19390129	29	2.2	29	85	2	81	32	12	25	29	1.93
19393295--19393422	29	4.5	29	96	3	226	32	27	11	28	1.92
19393295--19393422	57	2.2	56	94	5	222	32	27	11	28	1.92
19395071--19395282	40	5.3	40	82	1	239	25	23	25	25	2.00
19397565--19397717	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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