Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  44  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12279886--12280144
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10.6
24
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17
131
27
5
5
60
1.43
12279968--12280007
20
2.0
20
95
0
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20
2
10
67
1.31
12279915--12280033
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2.6
46
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1
148
27
3
7
61
1.39
12279915--12280074
46
3.4
45
79
9
115
28
6
6
58
1.47
12282746--12282849
29
3.6
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3
138
26
26
16
29
1.97
12288513--12288664
40
3.9
37
79
12
119
23
22
29
25
1.99
12288557--12288657
39
2.5
40
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3
132
24
23
30
20
1.99
12296565--12296712
38
3.9
38
80
12
146
24
20
29
26
1.99
12296565--12296712
78
1.9
77
82
9
185
24
20
29
26
1.99
12302056--12302159
29
3.6
29
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3
138
26
26
16
29
1.97
12306074--12306120
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2.5
19
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60
25
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2.5
44
86
0
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18
18
32
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3.2
45
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4
123
34
15
20
29
1.94
12315734--12315811
24
3.2
24
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5
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29
6
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1.39
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3.5
26
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30
5
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60
1.36
12315830--12315886
27
2.1
27
83
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28
3
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1.44
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27
2.1
26
82
6
65
33
3
5
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1.40
12316187--12316226
20
2.0
21
85
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27
7
7
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12316151--12316249
26
4.0
25
71
20
73
28
6
5
60
1.42
12316254--12316313
26
2.4
23
78
13
66
31
8
1
58
1.38
12320139--12320172
16
2.2
16
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52
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2
17
11
1.34
12330166--12330348
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4.6
39
74
15
135
21
23
30
24
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12330203--12330303
39
2.5
40
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3
141
24
22
30
21
1.99
12330159--12330311
79
1.9
80
82
6
195
23
22
29
24
1.99
12333978--12334136
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3.2
50
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19
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12333993--12334251
25
10.4
25
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15
115
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12334022--12334211
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2.5
75
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4
197
26
13
21
38
1.91
12334128--12334251
50
2.5
50
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5
153
25
12
25
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1.91
12344953--12345022
29
2.5
28
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6
106
30
25
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30
1.95
12349002--12349079
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104
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1.70
12352978--12353121
39
3.7
39
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20
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1.99
12352979--12353161
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278
24
22
29
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1.99
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3.7
39
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243
26
20
29
22
1.99
12360991--12361173
78
2.3
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278
24
22
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1.99
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2.0
20
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53
50
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25
1.62
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2.0
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12
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1.92
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2.3
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2
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1.42
12380307--12380346
2
21.5
2
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50
0
0
50
1.00
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2.0
20
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60
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5
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1.40
12380534--12380618
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0
0
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39
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0
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26
20
29
22
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12382505--12382687
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24
22
29
23
1.99
12390416--12390559
39
3.7
39
92
0
243
26
20
29
22
1.99
12390417--12390599
78
2.3
79
90
1
278
24
22
29
23
1.99
12395146--12395185
21
2.0
20
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5
53
50
22
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25
1.62
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2.2
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100
0
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0
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1.22
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2
0
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2.0
21
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0
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0
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0
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2.0
26
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27
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17
29
1.97
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1.99
12420940--12421107
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2.1
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230
23
22
27
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1.99
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15
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15
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26
1.82
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15
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21
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0
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65
0
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28
1.16
12427160--12427297
3
45.7
3
76
8
102
60
2
7
28
1.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12427165--12427204
20
2.0
21
85
5
55
57
2
12
27
1.48
12427186--12427224
17
2.4
16
86
4
60
64
5
2
28
1.28
12427251--12427313
12
5.2
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76
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0
0
30
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0
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1.05
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4.9
9
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10
54
15
0
9
75
1.05
12430675--12430860
40
4.7
40
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25
22
26
25
2.00
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186
28
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24
24
1.99
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1.9
30
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18
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15
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0
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9
95
0
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80
3
0
16
0.85
12436278--12436326
17
2.8
17
78
6
53
77
6
0
16
0.96
12437759--12437943
44
4.2
44
83
6
221
28
16
26
28
1.97
12437759--12437924
88
1.9
88
87
2
244
30
16
26
27
1.97
12437847--12438599
178
4.2
178
81
2
818
28
16
27
27
1.97
12437847--12438598
355
2.1
355
82
2
859
28
17
27
27
1.97
12438495--12438984
132
3.7
132
79
7
528
29
18
26
25
1.98
12438495--12438983
133
3.7
132
78
9
514
29
19
25
25
1.98
12443458--12443500
19
2.2
20
87
4
61
13
9
25
51
1.71
12445961--12445995
12
2.9
12
91
0
52
5
51
20
22
1.68
12461890--12461999
45
2.4
45
83
5
134
43
19
15
21
1.87
12461977--12462001
12
2.1
12
100
0
50
48
20
16
16
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12462207--12462290
40
2.1
40
84
4
107
42
17
8
30
1.79
12466653--12466850
71
2.8
70
89
5
276
32
18
28
20
1.96
12466687--12466850
71
2.3
71
97
0
310
34
18
28
18
1.95
12472489--12472576
45
2.0
45
86
4
124
40
20
18
20
1.91
12479707--12479763
28
2.0
28
93
0
96
36
12
10
40
1.77
12480278--12480321
6
7.2
6
79
5
52
50
13
15
20
1.78
12481886--12481997
24
4.7
24
84
6
113
25
16
23
34
1.95
12489663--12489774
24
4.7
24
84
6
113
26
16
22
34
1.95
12491367--12491445
40
2.0
40
82
0
95
41
20
7
30
1.80
12502057--12502122
12
5.7
12
71
18
50
4
25
0
69
1.07
12502065--12502100
12
2.9
12
91
4
54
0
22
0
77
0.76
12502057--12502100
21
2.0
22
86
4
63
0
25
0
75
0.81
12503311--12503420
27
4.1
26
82
8
130
16
24
22
36
1.94
12503311--12503420
54
2.0
54
87
3
159
16
24
22
36
1.94
12506562--12506670
40
2.7
39
80
6
105
24
22
27
24
2.00
12506609--12506711
39
2.6
39
83
6
118
24
23
28
24
2.00
12508884--12508920
18
2.1
18
100
0
74
27
10
21
40
1.86
12511800--12511969
91
1.9
91
88
0
259
32
22
12
32
1.91
12518016--12518065
25
2.0
25
92
0
82
30
20
4
46
1.69
12518725--12518757
13
2.5
13
90
0
57
6
30
39
24
1.79
12520438--12520607
93
1.8
93
88
0
259
31
27
18
22
1.97
12521023--12521082
30
2.0
30
90
0
93
30
25
8
36
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12522383--12522411
15
2.0
15
93
6
51
13
0
0
86
0.58
12524989--12525164
49
3.6
49
88
0
244
25
18
27
28
1.98
12532728--12533107
130
2.9
130
76
3
363
41
7
8
42
1.64
12544160--12544456
143
2.1
143
96
0
549
40
15
10
33
1.81
12556072--12556125
15
3.6
15
76
0
63
11
18
12
57
1.64
12556068--12556136
30
2.3
30
85
2
95
8
17
17
56
1.65
12563400--12563443
21
2.0
21
82
4
52
52
0
6
40
1.28
12565470--12565513
21
2.0
21
82
4
52
52
0
6
40
1.28
12571530--12571567
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
12572130--12572185
18
3.0
18
89
5
67
14
3
0
82
0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292