genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  253  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73368994--73369024	15	2.1	15	93	0	53	64	35	0	0	0.94
73376687--73376725	19	2.0	20	85	5	53	33	0	7	58	1.26
73376828--73376860	15	2.1	16	94	5	59	90	9	0	0	0.44
73377240--73377285	8	6.0	8	77	10	51	13	2	2	82	0.85
73377238--73377283	14	3.3	14	84	6	58	10	2	2	84	0.79
73377604--73377630	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
73384703--73385046	116	3.0	114	93	4	577	39	16	13	29	1.87
73385182--73385542	119	3.1	118	88	5	554	35	13	15	35	1.87
73388160--73388326	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
73388155--73388326	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
73395653--73395819	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
73395648--73395819	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
73397344--73397394	11	5.0	10	76	9	50	45	1	5	47	1.38
73398530--73398687	43	3.7	42	82	6	174	29	27	17	26	1.97
73398685--73398733	26	2.0	23	84	11	62	40	0	2	57	1.10
73398708--73398750	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
73403933--73403966	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
73404172--73404196	13	1.9	13	100	0	50	48	36	0	16	1.46
73404179--73404222	20	2.2	20	87	0	61	47	27	0	25	1.52
73404190--73404229	20	2.0	20	85	0	53	45	22	0	32	1.53
73404394--73404432	14	2.8	14	92	0	60	56	30	0	12	1.37
73404801--73404857	29	2.0	29	83	13	73	52	3	5	38	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73405137--73405280	41	3.5	41	91	0	234	29	29	17	23	1.97
73405253--73405384	40	3.3	41	81	3	151	19	21	23	35	1.96
73406330--73406401	17	4.2	17	96	0	135	29	11	11	48	1.73
73406873--73406914	20	2.2	20	91	4	68	47	16	16	19	1.83
73407843--73407978	26	5.2	26	90	0	218	33	5	24	36	1.79
73409729--73410014	136	2.1	137	97	0	538	24	18	25	31	1.98
73413653--73413786	26	5.2	26	94	3	218	33	5	24	36	1.78
73415569--73415852	134	2.1	137	96	2	520	24	18	25	31	1.97
73425922--73425978	19	2.9	18	80	19	62	43	0	7	49	1.29
73428313--73428346	6	5.7	6	92	0	59	17	0	11	70	1.16
73428307--73428346	12	3.3	12	89	0	53	15	2	10	72	1.21
73428307--73428349	18	2.4	18	80	0	59	13	4	9	72	1.26
73431328--73431367	6	6.7	6	88	0	53	17	20	15	47	1.83
73431402--73431429	6	4.7	6	100	0	56	17	17	14	50	1.79
73433728--73433873	53	2.7	53	90	4	213	29	28	15	26	1.96
73440436--73440555	26	4.7	26	90	5	201	33	5	25	36	1.78
73446250--73446382	26	5.2	25	93	3	205	33	5	24	36	1.78
73448157--73448439	135	2.1	136	96	2	525	24	18	25	31	1.97
73451963--73451999	15	2.4	16	86	8	51	54	5	0	40	1.24
73452211--73452267	23	2.5	22	80	8	69	54	1	3	40	1.28
73455286--73455442	26	6.2	26	91	3	234	33	4	25	36	1.76
73460623--73460672	22	2.3	22	82	0	64	48	4	0	48	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73460749--73460839	39	2.3	38	83	9	101	36	2	6	54	1.39
73461102--73461140	19	2.1	19	85	9	53	30	5	0	64	1.15
73467516--73467623	26	4.2	26	92	0	180	33	7	23	36	1.83
73471950--73472001	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
73473483--73473566	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
73473995--73474162	61	2.9	58	79	11	164	51	5	2	40	1.37
73474089--73474157	25	2.7	24	82	14	77	55	4	0	40	1.20
73475019--73475293	139	2.0	139	87	2	401	30	18	11	39	1.86
73476236--73476278	22	2.0	22	86	9	61	53	0	2	44	1.13
73477186--73477218	17	1.9	17	93	0	57	27	9	0	63	1.24
73478232--73478435	114	1.8	114	85	2	295	33	21	19	25	1.97
73478231--73478473	114	2.2	113	82	3	292	32	22	19	25	1.97
73478368--73478657	155	1.9	156	83	3	379	30	21	17	30	1.96
73479353--73479395	15	2.9	14	82	3	50	20	0	37	41	1.53
73479379--73479434	14	4.1	14	79	6	62	21	0	28	50	1.49
73479374--73479434	28	2.2	28	82	8	79	21	0	27	50	1.49
73479383--73479441	28	2.1	28	87	6	84	23	0	22	54	1.45
73479793--73479832	21	1.9	21	89	0	62	7	2	42	47	1.45
73479793--73479858	7	9.4	7	72	6	53	13	1	39	45	1.53
73479955--73480028	7	10.6	7	73	11	53	16	1	33	48	1.54
73479955--73480028	15	5.3	14	70	9	53	16	1	33	48	1.54
73483627--73483659	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73484078--73484127	23	2.2	23	96	0	91	34	14	16	36	1.88
73484250--73484735	240	2.0	241	97	1	913	34	17	14	33	1.90
73484914--73485080	9	17.6	9	76	10	154	47	21	0	31	1.51
73484931--73485047	39	3.0	39	98	0	225	46	22	0	31	1.52
73484925--73485080	48	3.3	47	81	3	179	46	22	0	31	1.52
73484914--73485078	57	2.9	57	83	7	192	47	21	0	30	1.51
73484914--73485065	39	4.1	37	90	6	202	47	21	0	30	1.51
73486297--73486447	53	2.8	53	87	4	187	31	27	16	25	1.97
73493309--73493356	21	2.3	21	96	0	87	18	20	58	2	1.49
73515706--73515754	24	2.0	25	84	11	66	44	2	14	38	1.56
73521865--73521976	21	5.3	21	73	8	75	50	14	19	16	1.79
73521858--73522022	84	2.0	84	82	0	204	47	16	18	16	1.82
73521846--73522034	42	4.5	42	75	6	152	47	16	19	16	1.83
73522222--73522255	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
73522254--73522299	7	6.6	7	94	0	83	43	28	0	28	1.55
73522254--73522307	14	3.9	14	87	4	58	42	29	0	27	1.56
73524375--73524408	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
73532658--73532702	17	2.6	17	78	0	54	24	26	15	33	1.95
73532699--73532750	18	2.9	18	97	0	95	21	7	32	38	1.82
73534438--73534485	25	1.9	25	100	0	96	66	0	14	18	1.25
73535976--73536111	58	2.4	57	80	6	161	41	12	5	40	1.67
73545073--73545108	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73545060--73545100	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
73545205--73545262	23	2.5	23	94	0	98	48	41	1	8	1.44
73545764--73545810	15	3.1	15	81	0	58	48	14	2	34	1.56
73547092--73547123	13	2.5	13	100	0	64	15	6	0	78	0.95
73550140--73550256	62	1.9	62	85	0	162	27	17	19	35	1.94
73554448--73554521	30	2.5	30	88	0	94	43	8	16	32	1.77
73559924--73559953	12	2.6	12	94	5	53	83	10	0	6	0.81
73562595--73562661	26	2.6	27	83	9	95	14	19	23	41	1.89
73562730--73562777	24	2.0	23	96	4	87	16	25	18	39	1.91
73572600--73572795	39	5.0	39	86	3	218	20	21	29	28	1.98
73579228--73579343	39	3.0	39	97	0	214	21	21	30	26	1.98
73579228--73579391	78	2.1	78	82	7	192	21	21	29	26	1.99
73583006--73583054	19	2.6	19	96	0	89	63	10	8	18	1.50
73584608--73584688	29	2.9	26	68	18	63	39	12	6	41	1.68
73594045--73594116	22	3.0	23	72	20	60	52	1	4	41	1.29
73594223--73594253	15	2.1	15	93	0	53	38	0	6	54	1.26
73594358--73594428	32	2.2	33	78	14	76	25	4	4	66	1.28
73594390--73594427	19	2.1	19	85	9	53	23	2	2	71	1.12
73607287--73607398	55	2.0	55	92	0	188	43	13	11	31	1.80
73609564--73609608	19	2.2	20	84	7	56	53	24	0	22	1.46
73609918--73609983	31	2.2	31	86	2	98	45	7	0	46	1.31
73617111--73617142	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73632237--73632285	21	2.3	22	78	3	55	26	20	4	48	1.67
73632983--73633014	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
73638076--73638175	51	2.0	51	97	0	191	31	11	22	36	1.89
73647268--73647378	55	2.0	55	98	0	213	24	21	16	37	1.93
73647398--73647448	22	2.3	22	82	0	57	21	13	9	54	1.67
73650913--73650977	21	3.2	21	74	12	82	10	26	21	41	1.86
73650895--73650983	39	2.3	39	96	0	169	12	24	23	39	1.89
73652961--73653195	3	78.7	3	68	15	121	30	6	4	58	1.43
73654374--73654434	26	2.3	26	85	2	77	62	0	0	37	0.96
73654374--73654448	7	11.0	7	76	11	57	64	0	0	36	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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