genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.277.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  277  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79792790--79792834	23	2.0	23	86	0	63	44	4	0	51	1.21
79797492--79797582	44	2.1	44	95	0	164	40	9	13	36	1.77
79806000--79806066	26	2.7	25	79	9	66	65	0	0	34	0.93
79806014--79806067	14	3.7	15	75	18	51	64	0	0	35	0.94
79806204--79806266	30	2.1	30	82	2	74	44	6	6	42	1.55
79809087--79809218	61	2.2	60	84	1	165	42	3	12	40	1.61
79812560--79812669	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
79814397--79814444	21	2.3	21	85	7	62	12	2	52	33	1.51
79815829--79815859	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
79820730--79820837	25	4.2	26	90	3	166	34	5	23	37	1.78
79820730--79820837	51	2.1	51	92	0	180	34	5	23	37	1.78
79824288--79824360	31	2.3	32	81	6	78	36	12	12	38	1.81
79827802--79827855	28	2.0	26	82	10	63	40	7	11	40	1.69
79830814--79830844	5	6.2	5	92	0	53	77	3	0	19	0.90
79832228--79832277	23	2.1	24	82	10	59	48	4	8	40	1.51
79836051--79836090	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
79836091--79836118	13	2.2	13	100	0	56	78	7	14	0	0.95
79837102--79837151	15	3.4	15	80	2	57	36	0	10	54	1.34
79837523--79837609	21	4.0	23	79	10	83	16	21	24	37	1.93
79837535--79837586	21	2.4	22	93	6	88	11	25	28	34	1.91
79844803--79844849	21	2.2	22	88	3	69	38	17	17	27	1.91
79845113--79845138	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79846568--79846640	31	2.3	32	81	6	78	36	12	12	38	1.81
79856401--79856446	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
79864302--79864338	19	1.9	19	88	0	56	37	2	16	43	1.62
79864559--79864597	19	2.1	19	95	0	69	51	10	5	33	1.58
79865000--79865049	15	3.3	15	82	0	73	36	2	12	50	1.51
79865688--79865728	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
79869644--79869712	30	2.3	30	94	0	120	26	50	7	15	1.70
79870254--79870406	25	5.7	26	69	16	89	33	8	4	53	1.52
79870187--79870322	25	5.6	25	70	13	86	33	6	3	55	1.43
79870559--79870628	37	1.9	35	81	18	81	30	12	0	57	1.36
79873869--79873952	26	3.2	26	94	0	141	36	26	4	32	1.77
79879675--79879782	26	4.2	26	90	3	175	37	24	4	34	1.76
79879675--79879782	50	2.1	52	96	3	202	37	24	4	34	1.76
79885365--79885396	13	2.5	13	100	0	64	56	18	25	0	1.42
79889123--79889147	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
79889325--79889373	24	2.1	24	88	7	75	38	4	20	36	1.72
79889333--79889383	24	2.1	24	92	0	84	27	3	23	45	1.70
79889325--79889383	24	2.6	22	82	10	73	33	3	23	38	1.72
79889861--79889892	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
79889986--79890018	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
79890113--79890155	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
79890255--79890286	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79890298--79890329	13	2.6	13	90	9	50	25	6	3	65	1.31
79890286--79890528	3	81.3	3	67	14	83	31	8	2	57	1.42
79890496--79890568	22	3.3	22	79	7	78	21	6	5	65	1.37
79900337--79900397	30	2.0	30	90	6	97	42	27	9	19	1.83
79900168--79900908	253	3.0	248	83	6	822	34	19	17	28	1.94
79900769--79900908	74	1.9	75	90	3	228	26	24	20	28	1.99
79900836--79901150	123	2.5	127	84	4	435	33	22	17	26	1.96
79901054--79901248	72	2.7	73	82	6	227	36	22	14	26	1.93
79900927--79901417	199	2.6	187	84	5	583	35	22	15	27	1.94
79912199--79912364	35	4.6	35	81	8	163	30	10	24	33	1.90
79912210--79912326	40	3.0	40	82	10	122	29	10	25	34	1.89
79912199--79912369	75	2.4	75	84	7	212	30	11	23	33	1.90
79919231--79919270	18	2.2	19	86	13	57	52	2	0	45	1.14
79928147--79928203	25	2.3	25	82	8	64	66	3	1	28	1.18
79933864--79933888	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
79934656--79934697	16	2.6	16	77	11	50	28	0	4	66	1.12
79937816--79937840	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
79940086--79940126	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
79944741--79944784	21	2.0	21	82	4	52	68	11	11	9	1.40
79952525--79952593	30	2.3	30	97	0	129	17	28	4	49	1.66
79952814--79952952	70	2.0	69	94	1	242	41	16	9	33	1.80
79962214--79962244	8	3.9	8	95	0	53	0	61	22	16	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79962304--79962335	7	4.7	7	92	7	57	87	0	0	12	0.54
79962304--79962335	13	2.4	13	94	5	55	87	0	0	12	0.54
79973501--79973545	3	15.0	3	95	0	81	31	0	2	66	1.04
79975198--79975252	6	9.3	6	86	2	58	20	5	14	60	1.54
79975192--79975247	12	4.7	12	88	4	78	23	5	16	55	1.61
79975410--79975446	16	2.3	16	90	0	56	13	13	21	51	1.75
79975364--79975688	62	5.2	64	92	1	453	24	14	14	46	1.81
79975388--79975492	34	3.2	34	64	24	89	22	17	15	44	1.86
79975962--79976005	15	2.9	15	93	0	79	15	6	38	38	1.75
79977646--79977823	43	4.2	43	84	5	213	27	8	20	42	1.82
79978485--79978533	21	2.3	21	85	0	62	36	30	22	10	1.87
79978962--79979073	56	2.0	56	91	3	181	30	19	10	39	1.86
79979631--79979684	3	18.3	3	77	11	58	0	35	1	62	1.06
79979628--79979684	12	5.2	11	79	14	64	0	35	1	63	1.05
79979628--79979688	32	1.9	32	89	0	95	0	36	1	62	1.05
79982249--79982350	52	2.0	51	86	5	143	36	22	10	30	1.88
79984598--79984658	13	4.7	13	81	0	77	37	27	8	26	1.85
79984595--79984658	26	2.5	26	86	0	101	35	26	7	29	1.85
79991651--79991690	18	2.3	18	87	8	57	67	0	7	25	1.16
80000464--80000503	6	6.8	6	88	5	64	0	2	80	17	0.83
80000464--80000503	17	2.3	18	91	4	64	0	2	80	17	0.83
80000467--80000503	11	3.3	11	88	7	56	0	2	81	16	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80002622--80002650	14	2.0	15	93	6	51	41	6	34	17	1.76
80008801--80008895	44	2.1	44	98	1	181	52	20	8	18	1.71
80012839--80012880	21	2.0	21	85	0	57	33	2	7	57	1.39
80013976--80014018	16	2.6	17	86	13	63	55	0	0	44	0.99
80013976--80014026	18	2.9	18	88	11	72	54	0	0	45	0.99
80017590--80017649	29	2.1	28	84	6	77	26	8	11	53	1.65
80023458--80023655	88	2.2	88	81	7	222	40	22	6	30	1.78
80025818--80025866	23	2.1	23	84	0	62	24	6	2	67	1.24
80027302--80027440	69	2.0	69	100	0	278	35	8	7	48	1.61
80036587--80036965	66	5.7	66	91	1	607	40	13	22	23	1.90
80037018--80037164	66	2.2	66	93	0	249	42	14	21	21	1.89
80036841--80037206	174	2.1	174	86	1	500	39	15	22	22	1.92
80037148--80037207	21	2.9	21	82	0	75	35	13	25	26	1.93
80037941--80038069	33	3.9	33	95	0	222	41	13	16	27	1.86
80038009--80038858	347	2.4	347	94	0	1468	31	16	19	32	1.94
80046225--80046261	14	2.7	14	91	4	58	32	2	5	59	1.34
80047484--80047619	69	2.0	69	100	0	272	37	13	15	33	1.86
80050536--80050577	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
80051801--80051843	21	2.0	21	100	0	86	44	32	9	13	1.76
80058023--80058091	13	5.6	13	83	16	94	39	47	0	13	1.42
80058028--80058109	35	2.3	35	87	8	130	36	48	1	13	1.50
80058006--80058081	22	3.3	22	77	16	73	39	47	0	13	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80058505--80058584	3	26.3	3	72	20	53	30	3	1	65	1.18
80058493--80058577	9	9.1	9	69	20	50	25	3	1	69	1.12
80058506--80058585	27	3.1	27	71	18	71	31	3	1	63	1.20
80058509--80058584	18	4.1	18	80	12	82	30	3	1	64	1.20
80059751--80059792	21	2.0	21	100	0	84	28	0	23	47	1.52
80064295--80064341	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
80065040--80065082	10	4.4	10	88	5	70	16	0	9	74	1.06
80065040--80065081	19	2.2	19	95	0	75	16	0	9	73	1.08
80065269--80065332	32	2.0	32	100	0	128	31	6	25	37	1.81
80066814--80066866	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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