genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  42  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11540457--11540629	46	3.7	46	80	11	210	30	27	20	22	1.98
11541054--11541113	30	2.0	30	83	0	75	35	25	3	36	1.72
11547974--11548066	43	2.2	43	88	7	136	32	27	17	22	1.96
11548705--11548764	25	2.4	25	75	8	61	53	11	1	33	1.47
11554302--11554333	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
11559400--11559424	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
11559679--11559777	29	3.5	29	93	5	159	32	27	11	29	1.91
11572121--11572162	18	2.3	19	80	12	52	76	0	7	16	1.00
11572130--11572163	6	5.7	6	85	0	50	76	0	5	17	0.98
11584512--11584695	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
11584552--11584740	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
11592618--11592801	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
11592658--11592846	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
11600538--11600599	31	2.0	32	96	3	117	50	14	3	32	1.59
11601443--11601477	16	2.2	16	90	5	54	25	8	0	65	1.21
11610356--11610381	12	2.2	12	100	0	52	7	23	42	26	1.81
11611438--11611620	40	4.5	40	83	2	206	32	27	15	24	1.95
11611438--11611624	80	2.3	80	83	5	234	33	26	16	24	1.95
11625833--11625995	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
11633814--11633913	18	5.6	18	79	4	103	35	14	13	38	1.84
11633800--11633913	54	2.1	54	85	0	147	35	13	13	37	1.83
11633814--11633923	54	2.0	54	85	3	150	34	14	13	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11634052--11634169	51	2.3	53	85	2	150	43	15	19	22	1.88
11635208--11635246	18	2.1	19	90	4	62	0	41	0	58	0.98
11641806--11641878	29	2.5	29	91	4	112	27	16	30	26	1.97
11645535--11645704	46	3.7	46	77	13	195	30	28	18	22	1.98
11645540--11645710	93	1.8	93	94	0	306	29	29	19	21	1.98
11647325--11647394	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
11649136--11649195	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
11652237--11652271	15	2.5	13	83	16	52	2	48	34	14	1.58
11652243--11652272	15	2.0	15	100	0	60	6	46	33	13	1.69
11653706--11653732	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
11657059--11657128	30	2.3	30	80	4	79	24	28	27	20	1.99
11660603--11660703	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
11668562--11668662	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
11674202--11674331	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
11679654--11679783	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
11685180--11685334	43	3.6	43	77	5	125	29	16	23	29	1.97
11691105--11691163	26	2.2	27	87	3	84	32	23	13	30	1.93
11694977--11695006	14	2.1	14	100	0	60	13	20	6	60	1.55
11698676--11698722	22	2.1	22	100	0	94	44	21	0	34	1.52
11706658--11706837	78	2.3	78	90	3	281	20	22	27	30	1.98
11706658--11706837	39	4.6	39	90	2	254	20	22	27	30	1.98
11713104--11713350	39	6.3	39	92	0	397	20	23	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11730706--11730741	12	3.0	12	100	0	72	16	25	41	16	1.89
11731448--11731488	17	2.4	18	84	12	59	29	14	17	39	1.89
11731807--11731903	32	3.0	32	95	0	176	31	7	23	37	1.82
11734994--11735022	12	2.4	12	100	0	58	10	24	51	13	1.72
11739852--11739944	32	2.9	32	91	0	159	32	7	22	37	1.82
11748251--11748289	11	3.3	13	89	10	50	56	0	10	33	1.33
11748256--11748289	11	3.1	11	100	0	68	55	0	8	35	1.31
11748596--11748657	22	2.7	23	82	5	72	29	20	11	38	1.88
11749760--11749892	69	1.9	71	84	6	182	53	10	6	30	1.59
11750402--11750434	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
11750430--11750477	24	2.1	22	85	14	62	64	2	4	29	1.23
11753576--11753711	27	5.0	26	90	6	191	16	24	22	36	1.94
11755153--11755194	12	3.4	12	83	9	50	21	0	33	45	1.52
11757022--11757197	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
11757019--11757189	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
11772074--11772141	28	2.5	28	92	2	111	20	10	25	44	1.83
11773928--11773971	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
11776345--11776412	26	2.6	27	88	9	104	19	10	25	45	1.81
11778191--11778232	18	2.5	17	84	7	50	42	9	0	47	1.36
11780313--11780381	27	2.6	27	93	4	113	18	8	26	46	1.78
11782168--11782211	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
11783665--11783691	13	2.1	13	100	0	54	22	7	29	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11785674--11785705	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
11794158--11794225	31	2.2	31	84	5	84	25	27	29	17	1.97
11794285--11794342	30	1.9	30	89	0	89	24	27	36	12	1.91
11800963--11801146	40	4.6	39	80	8	194	25	21	27	25	1.99
11801398--11801600	100	2.0	100	100	0	406	28	16	14	39	1.88
11804463--11804565	29	3.6	28	86	5	127	29	26	16	28	1.97
11809124--11809201	40	2.0	40	87	10	115	32	25	15	26	1.95
11809207--11809245	19	2.1	19	100	0	78	38	20	5	35	1.75
11809637--11809697	29	2.1	30	84	6	81	31	24	1	42	1.64
11811796--11811857	22	2.9	22	76	11	65	43	8	1	46	1.42
11811856--11811890	13	2.8	13	91	4	54	34	0	0	65	0.93
11812146--11812202	29	1.9	30	82	13	73	47	7	3	42	1.47
11812376--11812402	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
11812855--11812900	24	1.9	24	81	0	56	67	2	2	28	1.14
11815129--11815289	29	5.6	29	82	1	171	24	16	32	25	1.96
11817601--11817629	14	2.1	14	100	0	58	34	6	20	37	1.80
11822684--11822759	4	18.8	4	76	20	70	25	1	0	73	0.91
11822685--11822745	7	8.6	7	91	8	97	26	0	0	73	0.83
11822697--11822815	3	39.7	3	68	21	54	21	5	2	70	1.19
11822778--11822812	15	2.3	15	95	0	61	20	2	8	68	1.29
11822701--11822815	18	6.8	17	72	16	78	21	5	2	70	1.19
11822900--11822964	21	3.1	21	83	12	73	23	6	1	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11823058--11823097	3	13.7	3	84	5	55	27	0	2	70	1.01
11823058--11823097	14	2.7	14	84	7	53	27	0	2	70	1.01
11823058--11823096	20	2.0	20	89	0	60	25	0	2	71	0.98
11825736--11825785	25	2.0	25	100	0	100	40	28	8	24	1.83
11830638--11830705	20	3.9	17	78	19	61	63	1	4	30	1.23
11830724--11830770	19	2.3	21	79	17	55	63	4	2	29	1.25
11830765--11830888	27	4.8	24	71	17	81	62	2	3	31	1.24
11830762--11830861	3	33.0	3	67	23	50	63	2	3	32	1.21
11830724--11830891	23	7.6	22	68	17	64	63	2	2	30	1.24
11830784--11830883	14	7.1	14	71	20	59	62	2	3	33	1.22
11830762--11830891	11	11.3	11	67	23	63	63	2	3	31	1.22
11830840--11830883	16	2.7	17	79	10	56	61	4	2	31	1.28
11830784--11830891	40	2.8	40	80	16	113	62	1	2	32	1.20
11844233--11844262	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
11847198--11847241	5	9.0	5	85	5	54	20	0	2	77	0.88
11847198--11847249	19	2.7	19	84	3	59	21	0	1	76	0.87
11860469--11860494	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
11866839--11866887	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
11867709--11867875	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
11874838--11874886	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
11875708--11875874	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
11877913--11878132	40	5.6	40	86	4	270	22	26	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11880881--11880922	21	2.0	21	85	0	57	35	0	9	54	1.33
11881915--11881989	37	2.0	37	94	0	132	21	41	24	13	1.88
11882955--11882983	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
11890932--11891268	179	1.9	179	90	1	523	32	19	8	39	1.81
11891593--11891624	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
11891829--11892164	50	6.7	49	75	7	194	32	25	15	26	1.95
11891833--11892113	150	1.9	148	83	2	366	31	25	15	27	1.96
11891981--11892162	100	1.8	99	80	9	217	32	25	14	26	1.95
11894762--11894806	15	3.0	15	93	0	72	55	13	17	13	1.69
11894948--11894973	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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