genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  77  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23599230--23599259	8	3.8	8	90	0	51	53	10	23	13	1.69
23608083--23608124	18	2.3	18	91	0	66	9	40	28	21	1.84
23611994--23612111	44	2.7	43	72	18	109	28	15	25	30	1.96
23619731--23619938	40	5.2	40	81	3	222	25	26	22	25	2.00
23626016--23626223	40	5.2	40	82	1	229	25	26	22	25	2.00
23631873--23631909	17	2.1	18	95	5	67	56	10	5	27	1.55
23632824--23632912	32	2.8	32	73	0	79	31	17	21	29	1.96
23633086--23633259	50	3.5	50	90	0	267	27	27	19	25	1.99
23633507--23633567	26	2.3	27	94	2	106	32	16	13	37	1.87
23633531--23633711	80	2.2	81	80	6	208	30	10	20	37	1.87
23633547--23633711	54	3.1	53	85	0	213	29	9	23	37	1.87
23633547--23633711	27	6.1	27	79	8	176	29	9	23	37	1.87
23636284--23636308	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
23637083--23637112	12	2.4	13	88	11	53	30	16	6	46	1.73
23641765--23641927	39	4.2	39	91	0	245	23	20	31	23	1.98
23641765--23641957	39	4.9	39	89	0	242	23	21	31	23	1.99
23648752--23648789	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
23664338--23664467	56	2.3	57	93	2	219	32	25	15	26	1.95
23666928--23667059	56	2.4	56	88	0	192	33	25	12	28	1.93
23667009--23667279	43	6.3	43	85	0	335	30	27	15	26	1.96
23675353--23675392	21	1.9	21	84	0	53	20	0	10	70	1.16
23676043--23676082	16	2.8	14	85	14	55	52	0	2	45	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23679396--23679581	40	4.7	40	86	5	243	24	21	26	26	1.99
23679396--23679612	80	2.7	80	78	11	223	26	21	25	26	1.99
23694368--23694480	27	4.2	26	84	8	136	37	23	23	16	1.94
23694368--23694480	55	2.1	54	86	5	156	37	23	23	16	1.94
23695890--23695960	24	3.0	24	91	0	115	23	38	2	35	1.70
23702222--23702334	27	4.1	27	81	10	124	38	23	22	16	1.93
23702222--23702334	55	2.1	54	85	5	147	38	23	22	16	1.93
23703662--23703725	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
23703918--23704086	49	3.5	47	85	8	207	27	23	20	28	1.99
23703919--23704086	25	7.0	24	86	6	207	27	23	20	27	1.99
23703940--23704085	23	6.1	23	88	7	202	28	22	20	28	1.99
23704144--23704200	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
23704132--23704202	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
23704137--23704191	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
23704239--23704286	25	1.9	25	91	0	78	27	12	25	35	1.92
23705443--23705506	27	2.4	27	78	5	67	23	21	18	35	1.95
23705558--23705962	54	7.5	54	75	4	190	33	9	20	37	1.85
23705538--23705829	27	10.8	27	76	5	221	30	9	20	39	1.85
23705821--23705924	27	3.9	27	81	0	127	41	6	22	29	1.79
23707765--23707835	24	3.0	24	87	0	106	25	36	2	35	1.71
23711316--23711479	40	4.1	40	81	4	170	25	27	21	25	2.00
23719253--23719416	40	4.1	40	82	4	179	25	28	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23719239--23719416	80	2.2	80	82	3	207	24	27	21	25	2.00
23721389--23721473	29	3.0	29	86	3	75	25	20	15	38	1.91
23721402--23721473	29	2.5	29	95	0	126	23	22	15	38	1.92
23725183--23725352	43	4.0	43	80	4	182	22	12	23	41	1.88
23725192--23725352	86	1.9	86	86	0	232	22	13	23	40	1.89
23725192--23725381	86	2.2	86	82	2	229	22	14	23	40	1.90
23727762--23727852	34	2.7	33	84	3	128	25	23	17	34	1.96
23727881--23727956	33	2.3	33	78	17	86	26	26	15	31	1.96
23731751--23731786	17	2.1	17	94	0	63	16	13	11	58	1.63
23733868--23734026	29	5.5	29	81	5	171	25	30	16	26	1.97
23736116--23736146	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
23736148--23736208	30	2.1	30	90	3	97	47	3	19	29	1.65
23736155--23736215	30	2.0	30	100	0	122	45	3	19	31	1.66
23741758--23741880	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
23741983--23742060	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
23747639--23747702	30	2.1	31	94	2	112	48	0	9	42	1.35
23748817--23749136	46	6.9	45	78	6	273	27	20	29	22	1.99
23751926--23751995	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
23771224--23771301	13	6.5	13	80	16	105	48	14	0	37	1.43
23771224--23771301	36	2.2	36	97	0	147	48	14	0	37	1.43
23771259--23771309	23	2.3	23	96	3	95	49	13	0	37	1.43
23771815--23771853	7	5.7	7	82	17	55	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23771813--23771853	20	2.0	20	90	9	66	68	0	0	31	0.90
23771818--23771861	14	3.2	14	84	12	56	65	0	0	34	0.93
23773512--23773555	17	2.5	18	85	7	63	25	0	4	70	1.06
23773511--23773553	18	2.4	18	80	11	52	20	0	4	74	1.00
23775262--23775300	17	2.2	17	86	4	51	33	0	5	61	1.18
23778722--23778777	28	2.0	27	96	3	103	51	0	16	32	1.44
23780734--23780803	29	2.4	29	84	13	99	50	8	2	38	1.48
23781433--23781478	20	2.4	19	82	10	58	17	0	8	73	1.07
23781660--23781720	31	2.0	31	86	0	86	40	11	13	34	1.80
23781933--23782010	24	3.3	23	75	7	59	43	1	2	52	1.23
23781964--23782010	24	2.0	24	83	8	60	44	2	2	51	1.25
23787275--23787326	23	2.3	23	80	12	63	51	0	1	46	1.12
23787514--23787577	31	2.1	30	82	5	74	28	17	7	46	1.75
23787646--23787670	11	2.3	11	100	0	50	28	8	28	36	1.85
23787712--23787787	17	4.3	18	76	18	72	72	2	3	21	1.13
23787721--23787764	19	2.4	18	88	7	63	72	0	4	22	1.02
23787711--23787786	26	2.9	26	71	7	73	73	2	3	19	1.11
23787756--23787797	19	2.2	19	87	8	59	73	4	0	21	1.01
23787764--23787819	29	1.9	29	85	7	78	66	3	1	28	1.19
23787756--23787807	20	2.7	19	82	5	61	71	3	0	25	1.03
23789767--23789953	50	3.8	49	81	7	198	24	18	28	28	1.98
23791336--23791590	129	2.0	130	90	2	406	33	19	18	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23792582--23792612	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
23794245--23794274	14	2.1	14	93	0	51	20	40	13	26	1.89
23794259--23794376	45	2.7	44	80	5	148	25	18	22	33	1.96
23794329--23794735	89	4.6	86	79	6	386	22	22	22	33	1.97
23794364--23794734	88	4.2	88	83	4	406	22	22	22	33	1.97
23794336--23794735	176	2.2	178	85	2	543	21	22	22	33	1.97
23795507--23795608	52	2.0	51	90	1	159	9	26	18	45	1.81
23798004--23798036	16	2.0	17	88	5	50	15	12	24	48	1.78
23806302--23806557	130	2.0	130	90	1	406	34	20	17	27	1.95
23807549--23807575	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
23807938--23808094	78	2.0	78	92	0	260	30	22	26	20	1.98
23813519--23813621	29	3.6	29	90	0	152	27	15	33	24	1.95
23821267--23821368	29	3.5	29	89	0	141	27	16	32	23	1.96
23823643--23823667	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
23825904--23825980	38	2.0	38	92	0	127	37	14	18	29	1.90
23827364--23827412	21	2.3	20	80	10	53	61	12	2	24	1.42
23841480--23841526	23	2.0	24	87	4	69	14	23	21	40	1.90
23842867--23842914	25	1.9	25	83	8	62	35	2	20	41	1.64
23843422--23843570	43	3.5	43	79	7	169	28	15	23	32	1.95
23850106--23850288	79	2.3	81	85	7	241	26	27	21	24	1.99
23850104--23850288	40	4.7	40	80	10	218	26	28	21	23	1.99
23853548--23853842	47	6.3	47	90	1	466	33	8	30	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23853548--23853842	94	3.1	94	97	0	545	33	8	30	26	1.87
23853716--23853792	25	3.2	25	63	17	63	35	5	28	31	1.79
23859323--23859389	30	2.2	30	86	0	89	14	25	40	19	1.90
23864854--23865133	156	1.8	153	89	5	438	42	5	11	41	1.63
23865314--23865514	100	2.0	100	96	0	366	35	6	15	41	1.73
23865328--23865533	101	2.0	100	87	0	295	33	10	14	40	1.81
23865853--23865912	21	2.9	19	80	14	66	18	5	3	73	1.16
23865852--23865922	10	7.0	10	74	15	65	21	4	2	71	1.15
23865852--23865922	27	2.8	26	72	21	60	21	4	2	71	1.15
23875180--23875236	28	2.0	28	96	0	105	29	19	14	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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