genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14354258--14354350	29	3.1	29	85	14	104	75	0	2	22	0.91
14354268--14354339	21	3.3	21	80	12	83	73	0	1	25	0.91
14360089--14360272	66	2.8	67	79	7	180	23	30	13	32	1.93
14370724--14370773	10	5.0	10	83	9	57	68	2	6	24	1.23
14375757--14375822	31	2.1	31	97	0	123	40	18	16	24	1.90
14379396--14380854	177	8.2	177	90	0	2186	28	24	18	28	1.98
14379829--14380608	44	17.6	43	63	14	142	28	25	17	28	1.98
14381054--14381299	64	3.8	64	88	0	366	39	14	17	29	1.89
14382411--14382451	14	2.9	14	88	3	55	12	4	9	73	1.24
14382382--14382437	24	2.3	24	82	17	71	10	1	8	78	1.03
14389488--14389595	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
14389447--14389595	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
14397354--14397502	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
14397395--14397502	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
14400211--14400359	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
14400252--14400359	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
14408323--14408471	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
14408364--14408471	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
14414799--14414892	29	3.2	29	100	0	188	29	14	27	27	1.96
14414795--14414929	58	2.3	58	86	3	184	26	14	31	26	1.95
14416435--14416492	22	2.6	22	81	7	64	41	15	5	37	1.70
14416469--14416561	35	2.5	37	85	15	138	34	17	10	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14416485--14416540	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
14416471--14416561	19	4.9	19	88	11	145	35	16	10	37	1.84
14419450--14419490	17	2.3	19	87	8	59	29	4	0	65	1.13
14429930--14430111	49	3.7	49	88	2	283	26	19	25	29	1.98
14429925--14430111	100	1.9	100	95	0	338	26	19	25	28	1.99
14430986--14431105	60	2.0	60	98	0	231	23	25	20	30	1.98
14437286--14437432	54	2.7	54	80	4	154	39	22	7	30	1.82
14437292--14437440	27	5.6	27	77	10	135	40	22	8	29	1.82
14437452--14437569	27	4.4	27	90	0	191	31	22	7	38	1.83
14437317--14437631	27	11.7	27	78	4	152	37	22	7	32	1.82
14437452--14437604	81	1.9	81	80	0	180	35	24	6	33	1.81
14437560--14437646	27	3.2	27	86	3	113	42	21	8	27	1.81
14437649--14438161	27	19.0	27	90	1	726	32	20	23	24	1.98
14437589--14438161	54	10.6	54	86	3	600	32	20	21	25	1.97
14437589--14438137	81	6.8	82	87	3	537	32	20	21	25	1.97
14438591--14438641	22	2.3	23	80	10	61	25	21	17	35	1.95
14438591--14438652	22	2.8	22	76	11	56	24	20	19	35	1.96
14438810--14438870	27	2.3	27	80	5	70	18	19	19	42	1.89
14438826--14438912	27	3.2	26	85	4	84	20	21	18	39	1.93
14439072--14439162	6	14.8	6	71	13	60	18	18	17	45	1.86
14439057--14439120	31	2.1	31	93	0	110	17	15	18	48	1.81
14439078--14439148	25	2.8	26	80	6	92	16	19	18	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14441109--14441254	27	5.6	27	77	11	135	41	20	8	29	1.81
14441103--14441254	53	2.9	52	79	8	157	40	21	7	30	1.81
14441268--14441381	27	4.2	27	90	0	192	32	23	5	38	1.77
14441133--14441471	27	12.6	27	77	7	165	38	22	7	31	1.81
14441133--14441437	81	3.8	80	72	12	230	38	21	6	32	1.80
14441457--14441919	27	17.2	27	86	2	592	33	18	21	25	1.96
14442347--14442400	22	2.5	22	73	11	56	22	22	20	35	1.96
14442570--14442670	27	3.8	26	86	5	121	19	23	19	36	1.95
14442808--14442879	31	2.3	31	90	2	108	23	13	13	48	1.79
14442839--14442907	25	2.8	25	80	4	77	23	17	14	44	1.85
14443025--14443090	29	2.2	29	94	2	114	19	16	7	56	1.64
14444076--14444212	22	5.9	23	81	9	154	37	17	21	24	1.94
14444077--14444222	45	3.1	47	81	10	176	36	17	21	23	1.94
14444841--14444886	21	2.2	21	88	0	65	41	19	0	39	1.52
14451680--14451757	23	3.4	23	80	8	97	34	20	21	23	1.97
14455378--14455460	31	2.7	31	96	3	152	27	26	16	28	1.97
14455680--14455749	25	2.8	25	88	0	104	25	22	24	27	2.00
14458149--14458307	46	3.4	46	72	14	173	23	18	27	30	1.98
14458197--14458361	47	3.5	47	73	14	169	24	17	26	31	1.97
14458144--14458407	93	2.8	93	90	0	393	24	19	26	29	1.98
14460594--14460625	16	2.0	16	100	0	64	43	18	12	25	1.85
14465645--14465908	46	5.7	45	75	15	252	22	19	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14465689--14465855	47	3.6	47	78	13	209	22	19	28	29	1.98
14465639--14465901	93	2.8	92	95	0	454	22	20	28	28	1.98
14472176--14472205	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
14476456--14476848	43	9.1	43	92	1	599	31	32	23	12	1.92
14478082--14478121	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
14478646--14479093	123	3.6	123	98	0	851	31	11	24	33	1.90
14479072--14479256	40	4.6	40	85	2	239	27	18	27	26	1.98
14479072--14479277	80	2.6	79	84	3	259	25	18	27	28	1.98
14486987--14487451	123	3.8	123	98	0	885	31	11	24	33	1.91
14487413--14487620	80	2.6	79	87	3	308	26	19	26	27	1.99
14487413--14487597	40	4.6	40	89	1	273	28	20	25	25	1.99
14491594--14491694	44	2.4	42	79	11	114	35	26	13	23	1.93
14498743--14498784	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
14506056--14506184	46	2.8	46	95	0	222	20	20	28	30	1.98
14518196--14518327	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
14526130--14526261	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
14536497--14536536	16	2.4	16	88	12	55	25	5	0	70	1.08
14536506--14536545	16	2.4	16	87	4	53	32	2	0	65	1.06
14548084--14548256	46	3.7	46	79	10	208	22	21	27	28	1.99
14548081--14548251	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
14551722--14551831	40	2.8	40	83	12	138	21	28	26	23	1.99
14560689--14560822	38	3.6	38	81	9	150	22	29	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14569687--14569835	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
14569728--14569835	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
14577249--14577397	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
14577290--14577397	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
14583127--14583192	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
14583144--14583241	19	5.2	19	91	7	155	34	16	10	38	1.82
14583166--14583222	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
14583144--14583241	36	2.6	37	88	9	144	34	16	10	38	1.82
14583568--14584327	220	3.5	220	91	0	1173	27	21	17	33	1.96
14584084--14584244	89	1.8	89	85	2	227	28	22	16	32	1.95
14584131--14584516	189	2.0	189	94	0	682	26	22	17	33	1.96
14584607--14584708	44	2.3	44	89	1	161	26	20	22	30	1.98
14585661--14585722	1	62.0	1	83	0	79	1	6	0	91	0.46
14596927--14596964	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
14598593--14598661	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
14603094--14603220	50	2.6	50	80	10	145	24	29	19	26	1.99
14603041--14603403	46	7.7	46	72	12	179	24	28	19	27	1.99
14605644--14605695	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
14605736--14605795	27	2.3	26	97	2	111	21	21	18	38	1.94
14609006--14609145	50	2.8	51	76	6	140	25	17	25	31	1.97
14614983--14615100	45	2.7	46	84	6	163	27	16	27	27	1.97
14615406--14615562	38	4.1	38	89	0	215	22	22	24	31	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14615560--14615685	45	2.8	45	90	2	200	19	23	30	26	1.98
14618845--14618889	20	2.2	21	84	11	58	6	22	0	71	1.09
14622320--14622374	15	3.7	15	75	20	53	60	1	5	32	1.30
14622389--14622554	8	21.9	8	67	16	61	59	0	6	33	1.28
14622493--14622552	25	2.4	24	81	13	68	65	1	5	28	1.23
14622392--14622549	26	6.2	24	68	20	83	58	0	6	33	1.29
14622505--14622578	23	3.3	24	73	17	70	62	4	2	31	1.28
14622544--14622586	21	2.0	23	86	9	63	60	4	2	32	1.30
14629701--14629822	43	2.8	43	90	2	183	26	29	20	23	1.99
14648721--14649056	48	7.0	47	83	4	348	28	27	15	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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