Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  274  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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0
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11
23
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1.90
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100
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0
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0
1
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1.02
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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0
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6
43
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2.0
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11
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20.3
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31
0
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78795989--78796086
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58
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0
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2.0
146
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24
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2.0
37
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2
116
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22
7
30
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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0
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1.9
23
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1.20
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2.0
21
100
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2.0
20
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43
0
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1.13
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1.09
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1.95
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2.7
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12
9
44
1.74
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4.1
173
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12
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43
1.74
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13
7
45
1.72
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87
10.2
87
79
7
700
32
13
11
43
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78881210--78881366
77
2.0
78
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210
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10
9
49
1.69
78881569--78882112
83
6.7
82
71
9
328
27
13
12
46
1.78
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243
2.1
243
89
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13
11
46
1.77
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4.7
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71
13
239
28
14
11
45
1.80
78881533--78882111
243
2.4
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1
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11
46
1.77
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0
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0
17
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12
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2.3
30
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1
0
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4.5
6
100
0
54
14
0
18
66
1.25
78897395--78897451
30
1.9
30
88
0
87
15
28
31
24
1.96
78904512--78904591
15
5.4
15
77
7
83
10
18
13
57
1.64
78904503--78904590
30
3.0
30
80
11
92
10
18
15
55
1.68
78908368--78908408
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
78914487--78914526
20
2.0
20
100
0
80
50
0
20
30
1.49
78922055--78922118
10
6.9
10
74
15
57
35
0
6
57
1.24
78922169--78922235
22
2.9
23
72
14
66
32
4
2
59
1.32
78935162--78935188
14
1.9
14
100
0
54
22
14
11
51
1.73
78935009--78935190
85
2.1
84
81
9
206
26
17
17
37
1.92
78935002--78935535
177
2.9
184
77
15
430
26
17
18
38
1.92
78935347--78935381
14
2.5
14
90
0
52
22
11
2
62
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78935176--78935600
177
2.4
171
84
8
498
26
16
18
38
1.91
78935176--78935765
87
6.8
87
77
11
459
27
15
18
38
1.91
78937640--78937707
10
6.9
10
76
14
61
36
0
5
57
1.23
78937915--78937962
19
2.5
19
80
6
53
41
6
2
50
1.39
78944443--78944511
22
3.1
22
93
4
113
62
0
4
33
1.15
78945018--78945072
28
2.0
28
85
3
76
23
5
3
67
1.28
78947606--78947640
18
2.1
17
89
10
54
45
2
14
37
1.59
78948695--78948823
50
2.5
51
83
2
170
34
15
23
27
1.95
78948799--78948947
31
4.8
31
91
0
226
28
20
26
25
1.99
78949047--78949141
49
2.0
48
93
2
163
27
13
26
32
1.94
78950831--78950860
13
2.3
13
94
0
51
26
0
3
70
1.03
78952442--78952486
23
2.0
23
86
0
63
66
0
6
26
1.16
78953562--78953611
23
2.2
23
85
7
66
20
2
28
50
1.59
78958995--78959025
13
2.3
14
94
5
55
51
9
0
38
1.35
78959584--78959617
14
2.2
16
85
15
54
47
0
52
0
1.00
78959578--78959630
22
2.4
22
78
12
63
45
0
54
0
0.99
78961264--78961290
7
3.9
7
100
0
54
59
0
11
29
1.32
78961331--78961370
21
2.0
19
85
9
53
37
0
0
62
0.95
78976550--78976676
61
2.1
58
84
7
157
44
0
3
51
1.23
78976750--78976838
44
2.0
46
84
8
121
35
25
6
31
1.82
78982009--78982047
12
3.4
11
85
7
51
69
2
0
28
1.02
78985713--78985757
5
9.0
5
100
0
90
40
0
0
60
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78987429--78987481
16
3.3
16
81
0
61
20
16
0
62
1.33
78987867--78987906
17
2.4
17
95
0
71
47
0
2
50
1.14
78990011--78990051
9
4.6
9
85
8
57
56
0
0
43
0.99
78990014--78990050
19
1.9
19
100
0
74
62
0
0
37
0.96
78993491--78993542
23
2.4
21
79
14
61
50
3
7
38
1.50
78993885--78993935
24
2.1
24
100
0
102
45
3
9
41
1.56
78994623--78994648
13
2.0
13
100
0
52
38
7
7
46
1.61
78995103--78995145
21
2.0
22
86
8
63
46
0
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1.50
78995826--78996040
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33
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4
148
35
12
22
29
1.91
78997319--78997477
50
3.2
50
90
2
230
29
23
15
32
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290   291   292