genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  287  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82855692--82856233	71	7.5	71	82	6	624	32	17	20	29	1.96
82855692--82856229	145	3.7	145	95	1	927	32	17	20	29	1.96
82856179--82856435	67	3.8	65	84	7	293	28	15	15	40	1.88
82856367--82856391	13	1.9	13	100	0	50	16	16	4	64	1.44
82856179--82856435	135	1.9	133	83	9	335	28	15	15	40	1.88
82857787--82857831	22	2.0	23	91	4	74	0	48	0	51	1.00
82857783--82857841	27	2.2	28	84	6	77	0	49	0	50	1.00
82858595--82858646	17	2.7	20	74	20	56	42	0	1	55	1.10
82858602--82858663	31	2.0	30	84	9	81	37	0	4	58	1.20
82858601--82858670	25	2.8	24	81	12	63	35	0	5	58	1.22
82858643--82858686	23	1.9	23	81	9	54	22	6	11	59	1.55
82858826--82858850	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
82859106--82859137	4	8.5	4	93	6	50	21	0	0	78	0.76
82860880--82860920	17	2.5	16	84	7	55	29	2	0	68	1.03
82866614--82866650	17	2.1	19	85	10	51	37	0	0	62	0.96
82877979--82878202	3	74.3	3	69	14	104	57	2	7	32	1.41
82877934--82877994	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
82878202--82878233	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
82878475--82878517	3	14.0	3	95	4	77	67	0	0	32	0.91
82878612--82878665	3	18.7	3	92	7	94	64	0	0	35	0.94
82878599--82878666	29	2.4	28	88	11	102	63	2	0	33	1.10
82879135--82879204	26	2.7	26	88	4	97	48	20	4	27	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82879639--82879838	44	4.6	44	75	11	178	23	26	17	33	1.96
82879978--82881079	205	5.4	205	94	0	1848	29	21	18	31	1.97
82888955--82888985	15	2.1	15	100	0	62	6	38	0	54	1.26
82892885--82892959	22	3.3	22	78	10	73	65	6	5	22	1.37
82893031--82893156	3	41.7	3	72	13	80	57	1	7	34	1.36
82893156--82893187	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
82893290--82893332	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
82893430--82893465	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
82893561--82893617	3	18.7	3	92	3	96	63	0	0	36	0.95
82894090--82894153	27	2.3	27	86	2	83	54	17	4	23	1.61
82903651--82903930	48	5.8	48	82	2	314	26	16	28	27	1.97
82903692--82903954	144	1.8	144	83	3	350	27	15	26	29	1.96
82912469--82912527	26	2.4	24	83	10	75	67	3	0	28	1.06
82912498--82912556	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
82912603--82912635	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
82918983--82919053	26	2.7	27	80	8	76	61	1	4	32	1.23
82919179--82919217	19	2.1	18	85	4	51	64	0	5	30	1.15
82927630--82927672	23	1.9	23	85	4	61	58	2	6	32	1.38
82931204--82931236	17	1.9	17	93	0	57	27	0	9	63	1.24
82931791--82931817	14	1.9	14	100	0	54	22	0	14	62	1.31
82934372--82934397	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
82939862--82939969	26	4.2	26	92	0	189	36	24	7	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82941067--82941098	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
82941413--82941446	3	11.0	3	87	6	50	67	0	2	29	1.05
82948797--82948839	19	2.3	19	79	0	50	34	0	0	65	0.93
82967846--82967888	18	2.4	18	88	7	61	55	2	0	41	1.12
82976218--82976257	13	3.1	13	81	0	53	40	7	5	47	1.54
82982040--82982073	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
82986660--82986715	27	2.1	27	100	0	112	28	10	3	57	1.49
82993101--82993142	15	2.8	15	85	0	57	57	7	2	33	1.39
82995718--82995762	4	11.2	4	100	0	90	24	0	24	51	1.49
82999537--82999579	18	2.3	19	88	4	61	30	4	0	65	1.13
82999649--82999705	24	2.5	23	78	13	55	22	15	5	56	1.60
83001380--83001459	33	2.4	34	91	4	126	43	13	11	31	1.79
83002020--83002081	25	2.5	25	94	2	108	43	12	6	37	1.69
83007528--83007615	21	4.1	22	77	10	92	35	26	23	14	1.94
83007533--83007614	44	1.9	41	82	7	101	32	28	24	14	1.94
83007806--83007900	28	3.6	24	81	13	93	46	33	4	15	1.66
83007820--83007903	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
83012552--83012613	29	2.1	30	87	6	90	32	3	12	51	1.56
83012561--83012620	29	2.1	29	87	0	84	31	3	13	51	1.57
83015324--83015386	31	2.1	29	82	5	72	47	0	1	50	1.10
83015706--83015750	24	1.9	24	82	13	58	35	8	4	51	1.54
83016825--83016880	17	3.4	17	75	9	71	26	10	16	46	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83016825--83016893	32	2.2	32	94	0	120	28	8	17	44	1.78
83017945--83018120	46	3.8	46	76	12	180	21	19	28	30	1.97
83017942--83018112	93	1.8	93	89	0	270	21	19	29	29	1.98
83025625--83025664	11	3.7	11	86	3	55	30	2	45	22	1.66
83030300--83030341	11	3.9	11	81	3	50	28	4	45	21	1.72
83033166--83033213	20	2.3	20	85	3	69	52	4	12	31	1.58
83033421--83033466	23	2.0	23	86	0	65	60	2	2	34	1.21
83039410--83039467	31	1.9	30	82	10	73	43	17	12	27	1.84
83039573--83039615	17	2.6	17	79	17	54	41	0	2	55	1.12
83045237--83045376	69	2.0	69	94	0	244	24	23	12	40	1.89
83047995--83048038	22	2.0	23	90	4	72	34	0	15	50	1.45
83056590--83056616	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
83058526--83058587	16	3.9	16	72	12	56	53	1	1	43	1.20
83067676--83067763	44	2.0	44	97	0	167	40	5	6	46	1.54
83068305--83068333	6	4.8	6	100	0	58	51	0	0	48	1.00
83069405--83069469	30	2.2	29	89	8	96	60	0	6	33	1.22
83069403--83069468	15	4.4	15	81	12	82	60	0	6	33	1.21
83079403--83079602	3	65.0	3	67	24	89	35	2	1	61	1.16
83079386--83079602	27	7.9	27	69	23	118	35	2	0	61	1.17
83079488--83079583	32	3.2	31	80	19	98	35	2	1	61	1.15
83079748--83079948	3	65.0	3	68	23	89	34	2	0	61	1.16
83079748--83079879	39	3.3	39	75	11	126	34	2	1	62	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83079785--83079845	14	3.7	17	74	20	58	31	3	1	63	1.20
83079836--83079946	11	10.6	11	73	20	80	35	1	0	62	1.12
83079731--83079948	27	7.9	27	68	24	111	34	2	0	61	1.17
83079818--83079948	32	4.3	28	76	13	93	35	2	0	61	1.14
83079322--83080020	346	2.0	347	99	0	1375	34	5	2	58	1.33
83079820--83079948	13	9.7	13	71	22	99	34	2	0	62	1.14
83087950--83088740	117	6.7	118	88	3	1043	16	26	20	37	1.93
83087950--83088743	237	3.3	236	88	3	1128	16	26	20	37	1.93
83087950--83088740	354	2.2	356	88	1	1129	16	26	20	37	1.93
83090454--83090552	30	3.3	30	92	0	171	26	49	6	18	1.70
83091023--83091233	25	8.6	25	70	15	109	32	6	4	56	1.46
83091102--83091273	77	2.2	82	80	6	192	31	6	4	58	1.42
83093461--83093538	40	2.0	40	86	0	111	39	16	8	34	1.80
83094347--83094389	20	2.1	21	83	12	54	41	4	0	53	1.21
83094546--83094604	18	3.2	18	72	11	57	42	15	8	33	1.77
83094590--83094640	18	2.8	19	76	8	61	37	11	9	41	1.75
83094556--83094706	36	4.2	36	73	8	119	37	15	10	37	1.82
83094610--83094687	18	4.3	18	82	6	95	37	17	10	34	1.84
83094783--83094894	59	1.9	58	85	5	154	38	25	21	15	1.92
83096565--83096634	2	38.0	2	83	16	98	54	0	0	45	0.99
83096565--83096634	24	3.2	22	92	8	108	54	0	0	45	0.99
83097826--83097888	18	3.5	18	77	0	63	33	15	9	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83098434--83098481	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
83099125--83099163	16	2.5	15	84	8	51	0	30	7	61	1.24
83101137--83101200	32	2.0	33	84	3	85	59	1	1	37	1.16
83101462--83101496	12	2.9	12	100	0	70	42	0	0	57	0.99
83102626--83102790	35	4.6	35	82	10	181	31	10	24	33	1.90
83102630--83102795	74	2.3	75	83	9	204	32	11	22	33	1.90
83110115--83110280	74	2.3	75	83	9	204	32	11	22	33	1.90
83110115--83110278	35	4.6	35	83	10	172	31	11	23	33	1.90
83111573--83111619	17	2.8	17	75	18	53	72	2	2	23	1.06
83118481--83118717	51	4.7	51	87	2	309	17	25	19	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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