genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  212  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62604990--62605031	2	21.0	2	90	0	66	47	2	2	47	1.28
62605060--62605090	14	2.3	14	94	5	55	25	0	9	64	1.24
62605107--62605208	37	2.6	37	75	20	93	32	4	4	57	1.41
62607317--62607418	37	2.6	38	75	20	95	57	4	4	32	1.41
62607435--62607464	15	2.0	15	100	0	60	66	6	0	26	1.16
62607631--62607717	39	2.2	39	79	4	104	54	4	5	35	1.45
62608248--62608282	14	2.4	14	90	9	52	5	0	25	68	1.11
62608247--62608287	16	2.5	17	81	18	52	4	2	21	70	1.18
62608278--62608314	16	2.3	16	90	9	58	0	8	2	89	0.58
62610118--62610150	16	1.9	18	88	11	52	6	21	6	66	1.35
62611386--62611490	52	2.0	52	100	0	210	38	27	11	22	1.89
62613568--62613612	23	1.9	24	81	4	56	53	8	0	37	1.32
62613722--62613747	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
62615138--62615249	3	37.3	3	70	13	70	58	1	8	31	1.39
62615138--62615249	18	6.4	18	73	16	85	58	1	8	31	1.39
62615616--62615670	3	18.3	3	77	7	58	63	0	5	30	1.17
62615642--62615690	16	3.0	16	78	3	53	67	2	6	24	1.24
62616641--62616705	34	1.9	34	93	0	112	18	18	47	15	1.82
62617804--62618220	86	4.8	86	93	0	663	19	22	21	36	1.95
62619084--62619108	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
62630163--62630274	3	37.3	3	70	13	70	58	1	8	31	1.39
62630163--62630274	18	6.4	18	73	16	85	58	1	8	31	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62630641--62630695	3	18.3	3	77	7	58	63	0	5	30	1.17
62630667--62630715	16	3.0	16	78	3	53	67	2	6	24	1.24
62631663--62631727	34	1.9	34	93	0	112	18	18	47	15	1.82
62634094--62634121	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
62636790--62636878	9	9.6	9	72	15	56	73	4	3	19	1.15
62636857--62636904	19	2.5	20	83	10	64	75	2	0	22	0.91
62636939--62637121	3	59.3	3	67	10	84	60	2	8	28	1.37
62636944--62637158	13	15.7	13	69	20	70	60	1	8	28	1.36
62637113--62637151	21	1.9	20	89	5	60	64	2	7	25	1.33
62637128--62637156	15	1.9	15	100	0	58	62	3	6	27	1.37
62638695--62638988	45	6.5	44	73	10	191	29	20	20	29	1.98
62638736--62638980	87	2.7	90	80	9	239	29	21	19	29	1.97
62638812--62639039	95	2.4	96	84	4	275	29	21	17	31	1.96
62638956--62639051	50	1.9	50	81	8	115	34	18	13	33	1.90
62646398--62646426	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
62646449--62646496	5	9.4	5	97	2	87	41	0	0	58	0.98
62646826--62646875	15	3.4	15	86	2	75	34	0	12	54	1.38
62647258--62647318	21	2.8	23	85	14	94	13	24	27	34	1.93
62647257--62647331	21	3.5	21	81	3	78	13	21	26	38	1.90
62653705--62653812	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
62655868--62655920	26	2.0	26	96	0	97	54	3	5	35	1.42
62656444--62656493	19	2.9	17	78	16	59	4	18	14	64	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62659596--62659693	25	3.9	24	73	12	72	42	20	19	17	1.89
62660189--62660227	16	2.4	16	95	0	69	33	7	30	28	1.85
62660209--62660302	44	2.1	46	88	4	138	31	6	26	35	1.82
62660474--62660508	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
62664676--62664702	14	1.9	14	100	0	54	25	14	0	59	1.36
62667585--62667619	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
62667873--62667948	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
62667909--62667963	18	2.9	19	91	5	94	38	16	9	36	1.80
62668082--62668121	20	2.0	20	85	5	53	10	2	12	75	1.15
62668313--62668586	45	6.1	45	77	8	252	25	26	16	31	1.96
62668526--62668898	78	4.8	78	89	2	561	25	23	19	31	1.98
62668666--62668793	37	3.4	37	67	16	107	21	22	21	34	1.97
62668666--62668871	37	5.4	37	63	15	103	22	22	19	34	1.97
62669018--62669487	76	6.1	78	90	3	724	24	23	19	32	1.98
62669018--62669487	153	3.1	153	91	5	729	24	23	19	32	1.98
62669018--62669487	229	2.0	229	92	4	777	24	23	19	32	1.98
62677988--62678020	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
62677988--62678021	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
62678290--62678334	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
62678313--62678349	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83
62678316--62678357	19	2.3	19	88	8	61	38	11	14	35	1.83
62678983--62679028	22	2.1	22	84	11	60	63	8	0	28	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62679193--62679231	21	1.9	21	89	5	62	35	2	0	61	1.10
62679496--62679536	19	2.2	19	95	0	73	41	12	4	41	1.64
62680042--62680097	27	2.1	27	83	6	69	5	10	62	21	1.47
62680216--62680338	27	4.6	27	94	0	210	16	42	21	19	1.89
62687936--62688000	24	2.9	22	82	8	76	29	4	3	63	1.30
62687932--62688001	23	2.8	24	75	12	63	30	4	2	62	1.28
62689340--62689372	13	2.8	12	90	9	50	90	0	9	0	0.44
62690386--62690422	18	2.1	18	100	0	74	56	27	5	10	1.55
62693367--62693475	10	11.8	10	69	17	58	66	1	1	29	1.12
62693352--62693476	27	4.6	27	73	13	103	68	1	2	28	1.12
62693435--62693475	17	2.3	18	87	4	57	75	2	2	19	1.03
62693359--62693482	9	13.7	9	71	14	58	66	1	2	29	1.13
62693576--62693674	19	5.2	19	65	13	60	32	7	0	60	1.23
62693573--62693693	10	12.7	10	72	12	69	32	5	0	61	1.19
62696906--62696951	24	2.0	23	86	4	65	54	6	4	34	1.46
62698079--62698112	16	2.1	16	88	0	50	29	5	0	64	1.17
62698856--62698903	23	2.1	23	88	0	69	20	14	10	54	1.70
62700175--62700293	61	2.0	61	82	0	148	44	9	4	42	1.56
62701858--62701895	14	2.7	14	91	0	58	47	5	10	36	1.61
62702047--62702089	15	3.1	14	83	9	52	55	9	2	32	1.44
62703583--62703669	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
62703755--62703799	23	2.0	23	82	8	56	26	22	2	48	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62709008--62709047	13	2.9	14	85	7	55	62	0	10	27	1.27
62710001--62710041	21	2.0	21	100	0	82	48	0	9	41	1.36
62710321--62710402	26	3.2	26	89	0	137	32	6	24	36	1.80
62713118--62713149	15	2.1	15	94	0	55	37	0	25	37	1.56
62716102--62716141	17	2.3	18	83	12	57	80	10	0	10	0.92
62716401--62716465	32	2.0	32	100	0	130	40	15	26	18	1.90
62718465--62718640	88	2.0	88	98	0	343	30	10	7	50	1.66
62731398--62731452	23	2.4	23	78	0	65	34	0	5	60	1.20
62731606--62731668	6	9.5	6	83	13	63	34	0	1	63	1.04
62731604--62731663	15	4.3	15	76	16	51	33	0	3	63	1.11
62731636--62731668	6	5.5	6	100	0	66	30	0	0	69	0.88
62733978--62734038	31	2.0	30	81	9	70	39	1	3	55	1.26
62738601--62739610	44	23.0	44	89	0	1426	26	26	14	31	1.95
62751128--62751368	132	1.8	132	84	0	331	34	17	18	29	1.94
62752169--62752224	25	2.2	27	81	9	64	60	8	5	25	1.47
62752167--62752227	27	2.3	27	80	11	72	60	8	4	26	1.45
62755092--62755120	14	2.1	14	93	6	51	58	20	0	20	1.39
62756481--62756573	3	30.7	3	93	6	161	32	1	1	65	1.07
62757346--62757374	15	1.9	15	100	0	58	20	20	27	31	1.98
62757843--62757869	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
62759618--62759656	19	2.1	19	100	0	78	33	0	46	20	1.51
62761630--62761763	61	2.2	61	82	5	162	48	6	9	35	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62768657--62768996	27	12.6	27	86	2	414	28	22	9	39	1.85
62768975--62769055	27	3.0	27	80	7	83	41	19	7	30	1.79
62768705--62769040	81	4.2	80	82	6	219	30	22	8	38	1.84
62769081--62769158	27	2.9	27	75	11	79	35	23	19	21	1.96
62770381--62770437	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
62770379--62770441	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
62770496--62770718	24	9.4	24	90	2	335	29	22	21	26	1.99
62770496--62770711	47	4.6	47	90	2	335	29	23	20	26	1.99
62770496--62770718	71	3.1	71	95	0	392	29	22	21	26	1.99
62770926--62770989	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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