genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  45  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12572139--12572185	6	7.5	6	95	4	76	14	0	0	85	0.61
12574081--12574125	23	2.0	22	86	4	63	60	0	6	33	1.23
12574192--12574253	26	2.4	26	78	10	65	61	1	3	33	1.22
12574371--12574421	15	3.3	16	81	13	54	58	0	5	35	1.22
12574467--12574544	41	2.0	41	85	11	112	61	6	3	28	1.38
12574469--12574553	41	2.1	40	83	12	104	62	4	3	29	1.32
12575292--12575320	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
12591126--12591287	53	3.1	53	85	0	207	32	12	13	41	1.82
12595472--12595509	20	1.9	20	88	0	58	52	10	0	36	1.36
12602354--12602400	13	3.4	14	86	11	62	78	0	21	0	0.75
12602354--12602401	14	3.4	15	80	11	57	79	0	20	0	0.74
12602353--12602405	23	2.3	24	78	15	58	79	0	20	0	0.74
12604500--12604529	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
12610939--12610979	6	6.8	6	100	0	82	31	0	0	68	0.90
12611759--12611955	99	2.0	99	86	5	274	28	14	26	30	1.95
12612565--12612594	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
12625937--12626035	19	5.1	20	83	11	73	41	16	7	35	1.75
12625964--12626042	19	4.2	19	90	9	126	36	16	8	37	1.80
12625964--12626035	36	1.9	38	94	5	130	37	15	8	38	1.77
12625965--12626052	36	2.5	35	78	14	108	36	15	9	38	1.80
12626437--12626601	87	1.9	87	81	2	197	29	21	15	33	1.94
12626675--12627218	205	2.7	200	91	2	874	28	21	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12628161--12628209	8	6.2	8	80	19	50	6	4	2	87	0.72
12628167--12628208	11	3.6	11	84	12	57	4	4	2	88	0.71
12631631--12631663	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
12632588--12632633	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
12633244--12633282	8	4.9	8	80	0	51	5	20	20	53	1.64
12635029--12635057	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
12635113--12635137	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
12638751--12638811	19	3.3	19	93	6	108	37	16	8	37	1.78
12645142--12645415	40	7.0	40	68	11	154	31	18	21	29	1.97
12645301--12645450	40	3.8	40	81	7	153	30	24	20	24	1.99
12645145--12645541	194	2.0	194	83	3	503	30	19	21	28	1.98
12646603--12646636	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
12646974--12647065	40	2.3	41	78	3	96	53	13	11	21	1.71
12647664--12647721	17	3.4	17	66	4	53	36	6	3	53	1.45
12647661--12647731	35	2.0	35	100	0	142	39	8	5	46	1.58
12649943--12650020	29	2.7	29	91	2	120	50	0	10	39	1.37
12650056--12650101	18	2.5	18	92	3	74	43	0	6	50	1.28
12652051--12652282	85	2.7	83	83	7	247	24	16	28	30	1.97
12652051--12652285	42	5.5	43	80	7	257	24	17	28	30	1.97
12652470--12652501	16	2.0	16	100	0	64	31	18	12	37	1.88
12652496--12652651	85	1.8	85	88	0	240	33	16	17	32	1.93
12656704--12656741	18	2.2	18	85	4	51	47	10	7	34	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12657456--12657608	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
12657425--12657607	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
12661768--12661895	6	20.8	6	77	13	127	49	15	17	17	1.80
12661768--12661895	31	4.2	31	90	3	179	49	15	17	17	1.80
12662027--12662128	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
12662027--12662129	54	1.9	53	86	2	143	35	20	23	20	1.96
12662045--12662146	54	1.9	54	84	4	127	37	21	22	18	1.94
12666616--12666704	30	3.0	30	77	8	92	57	14	16	11	1.65
12666616--12666695	15	5.4	15	77	7	83	58	12	17	11	1.62
12666627--12666704	15	5.2	15	74	9	61	56	14	16	12	1.68
12667377--12667653	27	10.3	27	85	2	315	24	16	21	37	1.94
12667666--12667863	27	7.3	27	87	0	261	38	7	24	29	1.83
12667666--12667849	81	2.3	81	92	0	296	38	6	23	30	1.80
12667666--12667892	81	2.8	81	84	0	229	38	8	22	30	1.84
12667844--12668047	27	7.5	27	73	9	119	32	10	18	38	1.85
12667917--12668068	27	5.6	27	83	3	162	29	9	21	40	1.84
12669552--12669670	10	11.6	10	69	22	70	36	5	1	57	1.31
12669552--12669650	12	8.2	12	71	21	66	37	5	1	56	1.28
12680161--12680688	44	12.0	44	89	0	743	28	13	28	28	1.95
12682277--12682365	28	3.0	27	73	18	72	35	5	0	58	1.22
12682277--12682365	12	7.2	12	74	20	69	35	5	0	58	1.22
12682277--12682379	12	9.6	11	73	21	53	34	5	0	58	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12692988--12693561	44	13.0	44	88	0	817	28	14	27	29	1.95
12695101--12695209	10	10.7	10	69	22	68	34	3	2	58	1.30
12695100--12695189	14	6.4	14	68	26	57	35	4	2	57	1.31
12695081--12695209	19	6.4	19	69	24	61	32	3	3	60	1.30
12698655--12698887	27	8.7	27	81	5	240	41	21	7	30	1.80
12698658--12698925	54	5.0	54	81	4	265	40	22	5	31	1.78
12698658--12698924	81	3.3	80	79	7	270	40	22	5	31	1.78
12698684--12698911	27	8.4	27	82	1	152	41	21	6	31	1.77
12698907--12699101	27	7.2	27	88	2	234	34	17	20	27	1.95
12699213--12699262	21	2.4	21	86	0	64	36	12	22	30	1.90
12699213--12699287	11	7.1	11	76	7	57	34	13	18	33	1.90
12699225--12699273	21	2.3	21	92	0	80	32	10	20	36	1.86
12699320--12699391	24	3.0	23	85	6	90	27	22	22	27	1.99
12708795--12708877	44	1.9	42	83	9	105	28	13	20	37	1.90
12711827--12712008	40	4.6	40	93	1	312	23	21	28	26	1.99
12711827--12712008	79	2.3	79	92	4	303	23	21	28	26	1.99
12711827--12712043	79	2.7	79	88	6	271	24	21	27	26	1.99
12713780--12713816	18	2.1	18	100	0	74	35	16	0	48	1.46
12729752--12729924	66	2.6	66	80	8	176	31	15	28	24	1.96
12744404--12744443	19	2.1	19	85	0	53	75	2	2	20	1.04
12744494--12744568	18	3.9	19	77	5	62	61	2	0	36	1.10
12744544--12744589	18	2.3	20	78	14	51	56	2	2	39	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12745181--12745402	10	22.9	10	66	22	66	35	1	3	59	1.23
12745191--12745237	18	2.5	19	83	13	62	38	2	0	59	1.09
12745181--12745252	28	2.5	28	80	17	85	34	1	1	62	1.13
12745304--12745354	18	2.8	18	74	11	50	29	0	3	66	1.09
12745309--12745380	28	2.5	28	81	6	72	30	0	4	65	1.12
12745364--12745437	38	2.0	36	84	5	94	37	0	0	62	0.96
12745633--12745668	18	2.1	17	89	5	54	30	2	8	58	1.42
12746331--12746377	24	2.0	24	83	8	60	2	25	2	70	1.10
12746345--12746377	17	1.9	17	88	11	50	0	27	0	72	0.85
12752811--12752839	15	1.9	15	100	0	58	27	20	0	51	1.47
12767031--12767071	21	2.0	21	90	0	64	53	2	2	41	1.27
12768994--12769261	48	5.7	47	74	14	180	26	17	31	24	1.97
12768948--12769262	46	6.7	45	75	14	189	27	17	30	24	1.97
12772577--12772612	18	1.9	19	94	5	65	25	13	33	27	1.94
12772710--12772774	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
12772900--12772969	27	2.5	28	86	4	88	18	24	22	34	1.96
12772890--12772980	27	3.2	28	76	4	76	21	25	19	32	1.97
12773434--12773472	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
12774629--12774724	35	2.7	35	77	7	97	41	17	9	31	1.81
12785101--12785175	27	2.8	27	83	0	78	36	18	8	37	1.80
12785128--12785231	27	3.9	27	85	2	129	28	18	8	44	1.79
12785209--12785547	27	12.6	27	77	8	233	40	20	9	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12785115--12785256	54	2.6	54	75	2	142	34	17	8	39	1.80
12785209--12785559	54	6.5	54	75	7	264	40	19	9	30	1.83
12785223--12785454	80	2.9	80	87	3	315	41	21	8	28	1.82
12785599--12785689	27	3.4	27	85	0	119	35	19	24	20	1.96
12786489--12786624	26	5.3	26	92	2	197	28	21	22	27	1.99
12786830--12786906	31	2.5	31	91	0	127	31	18	23	27	1.97
12795509--12795702	47	4.1	47	92	1	280	32	11	29	25	1.92
12795676--12795812	46	3.0	46	86	0	193	35	8	30	26	1.85
12798516--12798744	48	4.7	50	73	12	156	27	18	28	25	1.98
12798384--12798744	46	7.6	51	73	14	190	28	18	28	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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