Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  43  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11897601--11897923
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1.8
179
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1.97
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2.5
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470
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17
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1.97
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283
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0
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0
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0
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2.0
30
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0
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122
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0
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18
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20
29
20
1.98
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20
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20
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100
0
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1.79
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0
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28
28
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1.9
22
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0
0
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27
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75
32
0
0
67
0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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1
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100
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0
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0
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2.3
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0
0
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100
0
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19
1.66
11973597--11973784
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2.0
96
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2
297
12
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35
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0
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1.96
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143
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24
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0
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2.0
82
98
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59
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6.0
44
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26
1.98
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615
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27
26
1.98
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371
27
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18
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2.0
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2.7
40
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8
132
23
26
29
20
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.4
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7
17
32
1.77
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19
26
22
1.98
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0
0
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41
0
0
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49
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5
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15
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58
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1.22
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0
0
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1.81
12078249--12078356
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101
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29
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24
1.97
12079673--12079809
52
2.6
53
84
3
170
28
29
17
24
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12082466--12082507
22
1.9
22
85
9
59
45
2
2
50
1.27
12086102--12086137
14
2.6
14
100
0
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55
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16
19
1.66
12094008--12094082
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18
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25
3.0
25
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21
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28
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0
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20
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12
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0
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14
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20
1.63
12097601--12097625
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0
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0
0
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1.30
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3
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3
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133
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1
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1.29
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26
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27
22
2.00
12122818--12122925
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2.7
41
87
8
136
23
26
29
20
1.99
12129823--12129855
17
2.0
17
88
5
50
48
0
0
51
1.00
12130602--12130675
36
2.1
36
94
5
132
41
13
5
39
1.67
12135732--12135776
22
2.0
22
95
0
81
26
15
8
48
1.74
12141449--12141570
64
2.0
62
85
8
167
33
6
2
57
1.38
12141547--12141594
23
2.1
23
84
7
62
39
4
2
54
1.32
12142360--12142400
3
13.7
3
94
0
73
65
2
0
31
1.05
12144540--12144715
45
4.0
45
89
6
254
25
22
28
23
1.99
12149719--12149757
20
2.0
20
85
10
53
53
20
2
23
1.57
12153381--12153436
12
4.7
12
80
6
60
75
5
3
16
1.13
12153380--12153440
19
3.5
17
78
12
61
75
4
3
16
1.11
12153397--12153436
19
2.2
18
90
4
62
80
2
2
15
0.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12155237--12155440
40
5.1
40
86
5
238
25
26
21
25
1.99
12157816--12157968
40
3.8
40
78
9
143
22
23
28
25
2.00
12165835--12165987
40
3.8
40
78
9
143
22
23
28
25
2.00
12174466--12174651
40
4.7
40
89
5
245
26
26
21
25
1.99
12176843--12176886
23
1.9
23
81
9
54
40
9
9
40
1.68
12184687--12184732
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
12184694--12184738
23
2.0
23
82
8
56
40
13
8
37
1.76
12189435--12189484
25
2.0
25
100
0
100
36
24
12
28
1.91
12189774--12189836
3
20.7
3
76
15
58
68
3
1
26
1.14
12189774--12189833
22
2.7
21
82
10
75
68
3
1
26
1.15
12191339--12191420
42
2.0
42
95
0
146
24
19
13
42
1.87
12195919--12196019
28
3.5
28
83
6
105
30
25
13
29
1.94
12202527--12202570
5
9.0
5
85
5
54
20
0
2
77
0.88
12202527--12202576
19
2.6
19
83
3
55
22
0
2
76
0.89
12206839--12206940
28
3.5
29
81
6
109
28
27
14
29
1.95
12225983--12226084
28
3.5
29
81
6
109
28
27
14
29
1.95
12238074--12238099
13
2.0
13
100
0
52
15
0
0
84
0.62
12239907--12239931
11
2.3
11
100
0
50
60
16
16
8
1.58
12244338--12244558
40
5.6
40
86
2
277
21
25
23
28
1.99
12247222--12247309
39
2.3
38
84
2
104
18
13
31
36
1.90
12253915--12253993
29
2.7
29
86
5
106
27
32
15
24
1.95
12257247--12257319
30
2.4
30
95
0
128
19
24
41
15
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12269574--12270039
125
3.8
125
95
1
821
29
10
25
33
1.90
12269574--12270039
249
1.9
248
94
2
828
29
10
25
33
1.90
12270046--12270211
80
2.1
80
98
0
323
25
22
28
22
1.99
12270006--12270188
40
4.6
40
82
5
217
27
22
27
22
1.99
12277088--12277429
125
2.8
125
94
0
589
29
10
25
33
1.90
12277436--12277601
80
2.1
80
96
0
305
25
21
28
24
1.99
12277396--12277578
40
4.6
40
79
5
199
27
21
27
23
1.99
12279475--12279552
24
3.2
24
73
7
75
29
7
3
58
1.43
12279458--12279554
26
3.8
26
67
16
76
30
6
3
59
1.37
12279570--12279656
25
3.4
25
79
7
79
31
3
5
59
1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292