Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  194  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57920587--57920754
80
2.1
80
88
0
246
23
22
27
25
2.00
57924539--57924571
16
2.1
16
94
0
57
51
0
0
48
1.00
57925249--57925340
44
2.1
44
86
8
125
20
21
23
33
1.97
57928620--57928661
22
1.9
22
85
0
57
40
26
4
28
1.76
57928663--57928730
27
2.5
27
79
13
77
42
16
2
38
1.63
57929575--57929975
206
2.0
205
92
1
669
17
16
35
30
1.93
57932524--57932557
16
2.1
16
94
0
59
23
14
32
29
1.94
57933138--57933211
17
4.8
15
78
14
71
24
2
1
71
1.07
57936422--57936461
8
4.9
8
84
6
53
80
5
12
2
0.98
57936431--57936476
17
2.7
17
83
10
58
76
4
15
4
1.11
57938314--57938356
17
2.5
18
81
7
54
53
13
2
30
1.53
57939083--57939111
13
2.1
14
93
6
51
13
13
10
62
1.55
57940444--57940513
31
2.3
29
83
11
79
47
8
2
41
1.49
57951749--57952162
135
3.0
138
88
4
649
20
24
14
40
1.90
57956249--57956453
73
2.7
74
84
8
243
52
11
5
30
1.61
57956290--57956483
82
2.3
83
90
2
302
52
11
5
30
1.60
57959197--57959250
21
2.6
20
82
8
72
44
0
1
53
1.11
57959184--57959243
21
3.0
20
80
7
70
46
0
5
48
1.24
57959273--57959311
20
2.0
20
85
9
55
33
0
0
66
0.92
57962409--57962490
43
1.9
43
80
14
98
28
29
19
23
1.98
57962514--57962573
30
2.0
30
100
0
120
30
26
13
30
1.94
57965305--57965522
40
5.5
40
91
2
300
22
23
27
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57965508--57965583
38
2.0
38
100
0
152
26
13
31
28
1.93
57974669--57974771
29
3.6
29
87
0
143
25
33
15
26
1.95
57980543--57980645
29
3.6
29
87
0
143
25
33
15
26
1.95
57988458--57988559
29
3.6
29
87
1
143
25
32
15
26
1.96
57994805--57994884
40
2.0
40
100
0
160
27
12
22
37
1.90
58001503--58001538
17
2.1
17
100
0
72
16
25
11
47
1.79
58001540--58001678
68
2.0
69
94
2
244
12
11
12
62
1.55
58007667--58007705
19
2.0
20
90
9
64
64
0
0
35
0.94
58007853--58007934
21
3.8
21
75
13
69
54
1
6
37
1.33
58007853--58007935
43
1.9
43
81
13
100
55
1
6
37
1.32
58008182--58008214
10
3.0
11
91
8
50
63
0
6
30
1.18
58009018--58009100
40
2.1
40
97
0
157
24
4
12
59
1.52
58012040--58012081
20
2.2
19
87
8
59
88
0
11
0
0.53
58012041--58012081
17
2.4
17
87
4
55
87
0
12
0
0.53
58012040--58012073
13
2.7
13
90
4
52
91
0
8
0
0.43
58012042--58012081
8
4.8
8
87
9
53
87
0
12
0
0.54
58015873--58015915
22
2.0
22
90
0
68
58
18
16
6
1.60
58022077--58022234
21
7.6
21
82
5
187
17
21
14
46
1.84
58022077--58022234
42
3.8
42
88
5
232
17
21
14
46
1.84
58022077--58022248
63
2.8
61
83
5
206
17
21
14
46
1.83
58022733--58022775
2
21.5
2
100
0
86
48
0
0
51
1.00
58031609--58031653
3
15.3
3
82
13
58
26
0
0
73
0.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58031609--58031653
19
2.3
20
88
7
67
26
0
0
73
0.84
58032855--58032962
51
2.1
51
98
0
207
40
11
21
26
1.86
58033802--58034028
46
4.9
46
90
0
355
40
12
23
23
1.89
58035550--58035657
26
4.2
26
89
0
171
33
6
23
37
1.80
58042172--58042400
46
5.0
46
88
2
336
40
13
22
23
1.90
58042386--58042453
30
2.2
31
86
2
93
44
17
23
14
1.86
58043176--58043208
11
2.9
12
86
13
52
33
0
0
66
0.92
58043332--58043394
30
2.1
30
93
0
108
57
14
3
25
1.52
58045519--58045551
13
2.6
13
90
4
50
48
12
0
39
1.40
58048451--58048532
6
13.5
6
83
12
89
81
0
1
17
0.75
58048441--58048540
5
19.4
5
80
15
91
79
0
3
18
0.87
58048441--58048540
47
2.2
46
87
5
139
79
0
3
18
0.87
58053920--58053952
13
2.6
13
90
4
50
48
12
0
39
1.40
58062248--58062348
28
3.5
28
85
6
105
29
13
26
29
1.94
58062279--58062348
29
2.5
28
88
6
97
30
14
25
30
1.95
58066914--58067035
39
3.2
39
96
1
228
13
27
22
36
1.91
58068358--58068418
31
2.0
31
86
0
86
29
18
27
24
1.98
58068389--58068532
70
2.1
71
93
2
247
34
16
25
23
1.96
58068393--58068520
32
3.8
33
75
16
127
34
17
24
23
1.96
58068457--58068546
31
2.9
30
76
15
94
31
16
26
25
1.97
58071879--58072057
39
4.6
39
94
0
295
12
26
24
36
1.91
58089683--58089713
15
2.1
15
94
5
55
64
6
0
29
1.18
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58095542--58095588
19
2.5
20
79
10
62
29
17
25
27
1.97
58108062--58108108
24
2.0
24
91
0
76
51
17
8
23
1.72
58108853--58108904
27
1.9
27
88
0
77
50
1
7
40
1.42
58111693--58111851
64
2.5
64
92
1
255
42
6
7
43
1.58
58114206--58114424
107
2.0
110
86
8
309
55
8
4
31
1.48
58115083--58115122
15
2.8
15
88
7
57
0
40
0
60
0.97
58115786--58115840
20
2.8
20
84
13
69
27
0
1
70
0.97
58116361--58116393
15
2.2
16
89
10
52
6
18
0
75
1.00
58117746--58117775
2
15.5
2
93
6
53
50
0
0
50
1.00
58128955--58128986
9
3.6
9
91
0
55
43
15
9
31
1.78
58129336--58129373
19
2.0
19
85
10
51
23
21
0
55
1.44
58132849--58133082
116
2.0
116
97
0
441
37
16
16
29
1.91
58135575--58135633
30
2.0
30
96
0
109
25
5
11
57
1.54
58136186--58136233
2
24.0
2
100
0
96
50
0
0
50
1.00
58150400--58150446
2
24.0
2
86
4
69
55
0
44
0
0.99
58152976--58153009
16
2.1
16
100
0
68
88
0
11
0
0.52
58153978--58154273
44
6.8
44
74
9
174
29
16
26
27
1.97
58154067--58154708
87
7.5
87
77
11
644
27
15
26
30
1.96
58153954--58154381
175
2.4
175
89
2
626
29
16
26
27
1.97
58154424--58154543
44
2.7
44
83
5
145
29
15
28
27
1.96
58154067--58154800
253
2.9
253
85
5
960
28
15
26
29
1.96
58154067--58154738
262
2.6
257
87
4
953
27
15
26
30
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58154664--58154766
44
2.4
44
81
4
120
30
12
26
31
1.93
58154937--58155186
44
5.6
43
74
10
191
29
18
24
27
1.98
58154869--58155152
44
6.3
47
70
12
200
32
19
23
25
1.98
58154843--58155152
134
2.3
135
86
2
426
31
18
23
26
1.98
58154981--58155186
90
2.3
90
95
0
367
29
19
24
26
1.99
58155645--58155718
19
3.9
19
94
3
132
37
10
16
35
1.83
58155645--58155725
37
2.2
38
89
8
132
38
9
17
34
1.83
58157631--58157671
9
4.6
9
85
14
50
26
0
2
70
0.99
58160407--58160449
18
2.4
18
85
11
54
69
0
11
18
1.17
58163939--58163974
18
2.0
18
89
10
56
55
0
8
36
1.30
58168990--58169029
6
6.5
6
86
13
55
80
0
0
20
0.72
58168992--58169029
13
2.9
13
88
11
60
78
0
0
21
0.74
58168970--58169029
12
4.9
12
76
11
59
73
1
0
25
0.93
58169049--58169108
9
6.7
9
88
0
66
25
5
21
48
1.70
58170340--58170385
16
2.9
16
83
6
58
34
0
0
65
0.93
58170346--58170392
16
2.8
17
83
9
60
36
0
0
63
0.94
58177893--58177936
6
7.3
6
92
0
61
61
4
15
18
1.50
58193201--58193234
17
1.9
18
94
5
61
44
0
26
29
1.55
58195263--58195315
6
8.8
6
87
6
63
16
26
0
56
1.41
58197985--58198035
20
2.5
22
81
18
65
39
7
5
47
1.57
58201553--58201793
49
4.9
49
94
0
401
30
8
30
30
1.87
58201847--58201998
37
4.1
37
98
0
286
26
19
32
21
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58203802--58203952
40
3.8
40
95
0
257
24
20
29
25
1.99
58204697--58204795
41
2.4
41
80
11
114
25
25
24
25
2.00
58204740--58204837
40
2.5
40
75
12
94
26
26
26
20
1.99
58207794--58207942
49
3.0
48
96
3
271
30
8
29
31
1.86
58207923--58207958
16
2.2
16
100
0
72
27
11
36
25
1.90
58207874--58208007
65
2.1
65
97
2
252
29
8
31
29
1.88
58207939--58208099
49
3.3
49
91
0
250
30
9
31
29
1.88
58207825--58208056
114
2.0
114
97
0
437
29
9
31
30
1.88
58207794--58208099
163
1.9
163
93
0
522
30
8
30
30
1.88
58208146--58208267
37
3.3
37
96
0
217
24
19
34
21
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292