genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  73  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22167526--22167723	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
22167592--22167709	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
22167560--22167723	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
22171101--22171266	46	3.6	44	80	10	174	25	28	17	28	1.97
22173080--22173122	22	2.0	22	90	9	70	23	25	18	32	1.97
22177863--22177919	30	1.9	30	85	7	80	54	15	17	12	1.71
22177876--22177919	15	2.9	15	86	0	70	54	13	15	15	1.71
22191770--22191884	22	5.2	22	94	0	194	12	5	46	36	1.64
22192739--22192774	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
22194073--22194204	59	2.3	58	94	1	228	37	14	24	24	1.92
22194043--22194204	88	1.8	89	87	1	245	35	14	24	25	1.93
22194073--22194204	29	4.5	29	95	1	228	37	14	24	24	1.92
22198728--22198821	47	2.0	47	100	0	188	25	4	25	44	1.72
22199462--22199629	40	4.2	40	80	6	187	26	21	26	25	1.99
22200981--22201027	16	2.9	17	78	9	53	12	4	0	82	0.80
22200983--22201026	22	2.0	23	86	4	63	13	4	0	81	0.83
22200983--22201027	23	2.0	23	82	8	56	13	4	0	82	0.82
22221547--22221768	40	5.6	40	92	1	358	27	27	22	22	1.99
22231758--22231876	40	3.0	40	93	1	195	22	17	26	33	1.96
22236672--22236855	40	4.6	39	77	6	147	28	23	26	22	1.99
22244780--22244963	40	4.6	39	77	6	147	28	23	26	22	1.99
22248053--22248275	49	4.5	49	79	7	254	30	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22248053--22248275	99	2.3	97	82	6	270	30	25	17	26	1.97
22251829--22252014	40	4.7	40	88	5	243	27	27	20	24	1.99
22251806--22252014	80	2.6	79	83	9	230	27	26	20	25	1.99
22254405--22254429	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22262071--22262394	163	2.0	163	89	0	495	33	12	17	35	1.89
22262667--22262715	21	2.3	21	92	0	80	16	38	28	16	1.90
22264499--22264537	19	2.0	20	90	5	62	35	10	2	51	1.50
22269218--22269347	27	4.8	27	91	0	188	30	25	7	36	1.84
22269245--22269717	27	17.4	27	73	10	142	35	20	9	34	1.85
22269326--22269459	28	4.9	27	79	7	135	40	21	7	30	1.81
22269326--22269459	55	2.4	55	80	6	155	40	21	7	30	1.81
22269758--22269831	27	2.7	27	76	12	71	36	21	20	21	1.95
22270571--22270601	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
22270635--22270808	26	6.8	26	92	2	273	26	21	23	28	1.99
22270635--22270808	51	3.4	52	94	3	309	26	21	23	28	1.99
22270635--22270808	77	2.3	77	90	3	271	26	21	23	28	1.99
22270961--22271041	42	1.9	42	89	0	126	30	13	17	38	1.88
22271068--22271146	31	2.5	31	91	0	131	31	17	22	27	1.97
22285922--22286097	46	3.8	46	75	15	164	22	19	28	29	1.98
22285918--22286088	93	1.8	93	89	0	270	22	19	29	29	1.98
22289543--22289724	48	3.8	48	91	0	274	28	26	18	26	1.98
22289470--22289724	48	5.6	42	73	17	156	27	26	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22290291--22290331	21	1.9	23	85	14	61	36	26	2	34	1.70
22300174--22300289	57	2.0	57	86	3	162	29	30	14	25	1.95
22300177--22300291	29	4.0	28	83	8	117	29	28	14	26	1.95
22300598--22300668	34	2.1	34	97	0	133	39	28	9	22	1.86
22304959--22305123	40	4.1	40	78	7	172	24	22	28	24	1.99
22309747--22310138	40	9.8	40	91	1	599	26	26	20	26	1.99
22312035--22312120	37	2.3	37	97	0	163	23	33	19	23	1.97
22312169--22312436	48	5.6	48	93	0	428	29	27	8	34	1.86
22312414--22312536	47	2.6	47	96	0	219	29	30	8	31	1.88
22312164--22312483	144	2.2	143	83	3	356	29	27	8	34	1.86
22321018--22321147	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
22324522--22324674	39	3.9	39	91	0	243	23	20	32	24	1.98
22324523--22324704	39	4.6	39	88	0	238	23	21	31	23	1.98
22331094--22331246	42	3.5	42	72	10	128	31	20	13	33	1.92
22341547--22341727	39	4.6	39	87	2	220	23	32	22	22	1.98
22341576--22341728	39	3.9	38	89	3	225	23	33	20	22	1.97
22341547--22341727	78	2.3	78	87	2	247	23	32	22	22	1.98
22353669--22353850	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
22353699--22353851	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
22357611--22357657	21	2.2	21	96	0	85	48	12	8	29	1.71
22375490--22375518	8	3.6	8	100	0	58	10	0	0	89	0.48
22378071--22378098	12	2.3	12	100	0	56	50	0	42	7	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22381374--22381429	28	1.9	30	86	13	82	66	5	3	25	1.29
22383671--22383739	31	2.2	31	84	5	95	43	14	2	39	1.60
22388492--22388520	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
22391370--22391711	47	7.3	47	94	0	576	28	29	9	32	1.89
22402915--22403118	40	5.1	40	91	2	304	21	24	28	25	1.99
22404649--22404843	54	3.6	54	73	10	148	37	17	23	21	1.94
22411011--22411037	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
22417765--22417837	36	2.0	36	100	0	146	34	30	10	24	1.90
22419431--22419457	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
22420464--22420635	43	4.0	44	75	10	142	30	25	17	26	1.97
22421417--22421448	10	3.2	10	100	0	64	0	21	0	78	0.76
22425004--22425036	16	2.0	17	88	5	50	51	18	0	30	1.46
22425278--22425397	50	2.4	50	95	0	213	43	19	11	25	1.85
22440805--22440962	50	3.4	49	80	19	221	41	20	12	25	1.87
22440878--22440952	38	2.0	38	100	0	150	40	21	12	26	1.88
22444643--22445116	239	2.0	239	99	0	930	38	17	12	32	1.87
22447499--22447618	42	2.9	40	76	6	114	33	25	17	23	1.96
22450568--22450700	46	2.9	43	75	11	122	28	28	20	22	1.98
22467625--22467796	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
22467617--22467792	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
22471498--22471675	40	4.5	40	87	2	243	24	23	27	25	2.00
22479694--22479911	40	5.5	40	92	2	343	23	23	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22483167--22483296	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
22493310--22493445	40	3.4	40	96	1	247	26	26	22	24	2.00
22494960--22494985	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
22501485--22501582	40	2.5	40	91	1	162	25	26	23	24	2.00
22503094--22503119	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
22505231--22505367	47	2.9	47	77	12	138	21	27	20	29	1.98
22505245--22505367	47	2.6	46	82	8	142	22	29	19	28	1.98
22508005--22508160	68	2.2	68	78	13	158	21	28	16	34	1.94
22509627--22509671	20	2.3	19	82	14	56	73	4	0	22	1.01
22512032--22512070	19	2.1	19	85	0	51	17	10	2	69	1.28
22515414--22515483	25	2.8	25	88	0	113	24	22	25	27	2.00
22515529--22515563	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
22515517--22515576	21	2.9	21	82	2	77	35	15	15	35	1.88
22521353--22521543	105	1.8	105	97	0	364	18	37	7	36	1.80
22524890--22524914	12	2.1	12	100	0	50	24	48	20	8	1.76
22531483--22531688	40	5.2	40	81	4	231	26	26	21	25	2.00
22539652--22539819	40	4.2	40	79	3	187	26	27	21	25	1.99
22550286--22550312	7	3.9	7	100	0	54	14	0	0	85	0.61
22553566--22553598	16	2.1	16	100	0	66	39	30	12	18	1.87
22556547--22556652	52	2.0	52	94	0	185	28	15	24	32	1.95
22558842--22558971	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
22558858--22559009	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22558858--22559007	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
22566851--22566980	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
22566867--22567018	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
22566867--22567016	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
22571087--22571120	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
22572367--22572514	28	5.2	28	88	0	197	25	33	14	26	1.94
22579874--22579898	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
22581677--22581810	29	4.6	29	79	3	81	25	32	16	25	1.96
22581736--22581865	58	2.3	57	98	1	251	26	30	14	29	1.95
22581707--22581865	87	1.8	86	85	4	221	25	32	15	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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