genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  131  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39006847--39006879	13	2.5	14	85	14	52	48	6	6	39	1.53
39010917--39010951	11	3.3	11	88	8	54	42	0	5	51	1.25
39017650--39017766	62	1.9	59	86	5	162	52	5	2	40	1.37
39018601--39018646	23	2.0	23	100	0	92	30	13	8	47	1.72
39020833--39020999	40	4.2	40	79	2	149	22	27	23	26	2.00
39028725--39028891	40	4.2	40	79	2	149	22	27	23	26	2.00
39038800--39038992	50	3.9	49	79	1	197	26	20	24	28	1.99
39045291--39045391	42	2.4	42	85	5	123	31	24	17	25	1.97
39046444--39046584	39	3.6	39	83	1	167	25	28	21	24	1.99
39047831--39047961	27	4.9	27	90	0	208	28	20	9	41	1.84
39047792--39048213	27	15.6	27	75	6	138	38	19	9	33	1.83
39047831--39047988	54	2.9	54	86	0	154	30	20	9	39	1.85
39047831--39047986	81	1.9	81	84	0	204	30	19	9	39	1.84
39047953--39048148	80	2.4	81	81	2	225	42	19	8	29	1.81
39047939--39048130	54	3.6	53	75	4	188	41	20	8	29	1.81
39047953--39048185	80	2.9	81	80	5	213	42	18	8	29	1.80
39048166--39048221	27	2.1	26	87	9	78	41	8	10	39	1.71
39048275--39048366	27	3.4	27	83	8	116	34	19	26	19	1.96
39049165--39049352	26	7.3	26	89	1	274	28	22	22	26	1.99
39049165--39049352	52	3.7	52	94	2	328	28	22	22	26	1.99
39049558--39049636	31	2.5	31	95	0	140	30	18	24	26	1.98
39054591--39054704	27	4.3	27	72	20	87	29	14	15	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39054605--39054708	53	1.9	54	86	5	149	31	14	16	37	1.89
39054603--39054714	27	4.2	26	82	7	127	30	13	19	36	1.90
39057668--39057696	15	2.0	15	93	6	51	20	0	6	72	1.07
39059001--39059557	185	3.0	184	87	3	798	41	17	8	33	1.80
39063649--39063695	21	2.4	18	80	19	51	40	0	4	55	1.19
39063704--39063759	27	2.2	27	84	9	73	35	3	0	60	1.14
39063761--39063830	19	3.7	19	72	18	65	40	1	7	51	1.38
39063785--39063842	19	3.1	19	75	9	55	39	3	6	50	1.46
39065183--39065227	8	5.6	8	100	0	90	62	0	0	37	0.96
39065177--39065225	24	2.1	23	88	7	73	65	0	0	34	0.93
39065221--39065266	10	4.4	10	82	17	58	71	8	0	19	1.11
39065222--39065276	23	2.3	24	78	12	69	67	10	0	21	1.21
39069777--39069903	63	2.0	63	95	0	227	34	18	14	31	1.92
39082430--39082454	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
39086354--39086379	13	2.0	13	100	0	52	0	15	7	76	0.99
39087928--39087952	11	2.3	11	100	0	50	28	0	20	52	1.47
39089815--39089877	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
39090152--39090222	38	1.9	38	83	8	94	47	0	5	46	1.26
39090386--39090436	16	3.2	16	81	15	61	23	29	9	37	1.87
39091015--39091058	22	2.1	21	91	8	72	43	2	6	47	1.42
39096851--39096982	39	3.4	39	91	2	203	29	18	25	25	1.98
39096887--39097141	39	6.5	39	87	1	257	23	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39096851--39097141	78	3.7	78	83	5	261	24	21	27	26	1.99
39103916--39103976	30	2.0	30	96	0	113	50	24	3	21	1.63
39104499--39104547	25	2.0	25	87	0	71	26	20	26	26	1.99
39109823--39109897	10	7.1	11	77	7	66	33	17	13	36	1.88
39109837--39109885	21	2.3	21	96	0	89	36	18	10	34	1.85
39110037--39110133	27	3.6	27	87	0	149	25	21	17	35	1.95
39110036--39110150	27	4.3	26	79	7	113	26	19	18	35	1.94
39110011--39110138	54	2.4	54	83	0	166	28	21	15	34	1.94
39110190--39110421	27	8.6	26	82	5	203	30	8	21	40	1.82
39110190--39110421	54	4.3	54	81	1	259	30	8	21	40	1.82
39110189--39110421	81	2.9	80	81	3	261	30	8	21	40	1.82
39114022--39114093	32	2.3	31	85	4	99	47	6	4	41	1.50
39114221--39114283	31	2.0	31	87	0	90	17	19	3	60	1.49
39116030--39116265	116	2.0	116	95	0	427	36	13	10	39	1.79
39120273--39120306	7	4.9	7	100	0	68	58	0	14	26	1.36
39123556--39123697	39	3.6	39	91	0	230	27	26	23	22	2.00
39124282--39124322	2	21.0	2	90	5	66	48	0	2	48	1.14
39130064--39130091	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
39138882--39138993	55	2.0	55	92	0	188	22	19	18	39	1.93
39144170--39144276	42	2.5	42	75	3	108	42	14	21	20	1.88
39145401--39145437	18	2.1	18	100	0	74	48	10	5	35	1.61
39151051--39151199	40	3.7	40	75	13	128	26	24	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39151132--39151233	40	2.5	40	83	0	114	24	25	27	22	2.00
39158830--39159013	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
39158870--39159058	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
39161016--39161052	19	2.0	18	89	5	56	56	10	5	27	1.55
39161928--39161973	22	2.1	22	100	0	92	30	28	4	36	1.76
39165260--39165307	24	2.0	23	84	11	62	35	18	27	18	1.95
39165375--39165457	26	3.3	27	83	9	104	34	24	24	16	1.95
39166998--39167129	29	4.6	29	85	1	97	25	31	16	25	1.96
39166997--39167129	58	2.3	59	81	5	146	25	31	16	26	1.96
39180025--39180166	47	3.0	47	91	5	234	28	11	14	45	1.79
39180973--39181090	44	2.7	44	86	4	157	24	22	26	27	2.00
39187523--39187614	25	3.8	24	69	9	62	31	17	31	19	1.95
39187580--39187633	25	2.2	26	83	9	69	33	18	29	18	1.95
39187697--39187777	25	3.2	26	77	6	78	38	19	20	20	1.94
39187719--39187786	25	2.7	25	79	6	75	39	17	23	19	1.92
39191697--39191770	26	2.8	26	93	4	123	56	0	0	43	0.99
39191946--39191996	25	2.2	22	78	18	59	47	11	3	37	1.59
39191952--39192008	25	2.3	25	96	0	105	40	15	3	40	1.65
39192355--39192390	18	1.9	19	88	5	56	33	0	0	66	0.92
39194435--39194526	43	2.1	43	88	4	132	31	13	10	44	1.78
39194686--39194737	20	2.6	20	81	0	68	46	5	11	36	1.64
39205719--39205834	58	2.0	58	94	3	207	44	18	10	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39209296--39209501	42	4.9	42	80	3	209	31	14	23	31	1.94
39209566--39209590	12	2.1	12	100	0	50	36	16	24	24	1.94
39213395--39213528	34	3.9	34	80	1	153	26	11	18	42	1.85
39213399--39213528	68	1.9	68	87	6	192	26	12	19	41	1.87
39213393--39213548	34	4.6	33	80	1	114	28	12	18	40	1.87
39213407--39213549	68	2.1	69	83	5	175	29	13	18	38	1.89
39213572--39213653	36	2.3	36	95	0	146	34	6	19	40	1.76
39215185--39215279	37	2.6	37	82	0	109	41	16	12	29	1.86
39216783--39216836	26	2.1	26	96	0	99	38	27	7	25	1.83
39220891--39220922	5	6.4	5	92	0	55	75	0	3	21	0.95
39222080--39222162	41	2.0	41	95	0	148	42	14	12	31	1.82
39232517--39232556	21	1.9	21	84	0	53	30	2	22	45	1.66
39238179--39238258	41	2.0	40	80	9	90	45	2	2	50	1.28
39243907--39244016	56	2.0	56	98	0	211	42	17	9	30	1.80
39245297--39245328	15	2.1	15	100	0	64	31	0	37	31	1.58
39248683--39248748	29	2.2	30	84	7	82	30	7	10	51	1.64
39249691--39249733	21	2.0	21	86	0	59	53	13	0	32	1.41
39250678--39250720	21	2.0	21	90	0	68	16	23	16	44	1.86
39251962--39252171	40	5.2	40	81	1	215	22	27	17	32	1.96
39251977--39252182	80	2.6	80	81	0	241	20	29	17	31	1.96
39251984--39252182	40	5.0	40	81	0	218	21	28	18	32	1.96
39251962--39252185	120	1.9	120	83	1	297	21	28	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39252081--39252182	20	5.1	20	64	4	62	21	29	21	27	1.99
39257558--39257616	30	2.0	30	100	0	118	54	15	10	20	1.70
39260406--39260546	66	2.2	65	83	3	167	26	24	26	22	2.00
39277323--39277506	80	2.3	81	81	8	216	24	26	22	26	2.00
39277325--39277506	40	4.6	40	79	9	167	24	26	23	26	2.00
39285389--39285571	40	4.6	39	78	11	158	24	26	23	26	2.00
39285387--39285572	80	2.3	82	81	8	222	24	26	23	25	2.00
39287266--39287470	30	6.8	30	88	1	279	27	46	3	21	1.69
39287956--39288000	23	1.9	24	86	13	67	35	4	0	60	1.17
39288034--39288092	25	2.4	25	82	0	73	35	3	1	59	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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