genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  130  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38852173--38852212	21	1.9	21	94	0	71	35	15	17	32	1.91
38852253--38852316	23	2.7	24	90	7	103	26	23	21	28	1.99
38852253--38852319	24	2.8	24	86	8	100	26	23	22	26	2.00
38852253--38852329	23	3.3	23	85	8	84	29	22	20	27	1.98
38852542--38852618	31	2.5	31	100	0	154	31	19	25	23	1.98
38855435--38855490	28	2.0	28	100	0	112	35	14	17	32	1.90
38857385--38857448	28	2.3	28	86	0	83	21	17	34	26	1.95
38857783--38857849	27	2.5	27	80	7	84	34	16	8	40	1.80
38857827--38858121	27	11.0	27	79	3	218	38	20	9	31	1.84
38857800--38858121	54	6.0	54	79	2	290	38	19	9	32	1.83
38857830--38858121	81	3.6	79	74	8	248	39	20	8	31	1.83
38858100--38858188	27	3.3	27	84	6	108	35	20	16	26	1.94
38860022--38860567	289	1.9	284	91	1	894	30	11	27	30	1.92
38861599--38861958	27	13.4	27	80	4	237	40	20	9	30	1.83
38861599--38861958	54	6.7	54	80	4	345	40	20	9	30	1.83
38861599--38861937	134	2.5	133	82	6	382	40	20	8	30	1.82
38861599--38861936	161	2.1	161	84	3	432	40	20	8	29	1.82
38861753--38861992	27	9.1	23	82	8	66	38	21	9	30	1.85
38861860--38862004	53	2.7	53	81	3	139	37	19	12	30	1.88
38861916--38862004	27	3.3	27	91	0	133	35	16	16	30	1.92
38862423--38862537	27	4.3	26	81	5	95	36	19	21	22	1.95
38862423--38862536	54	2.1	54	83	6	142	36	18	21	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38862639--38862702	26	2.4	27	92	2	103	28	10	25	35	1.89
38863622--38863654	17	2.0	16	94	5	57	63	0	30	6	1.18
38866068--38866182	27	4.3	27	84	5	135	36	22	21	19	1.95
38867561--38867795	50	4.7	50	79	7	217	28	17	24	29	1.97
38867561--38867798	101	2.4	98	84	5	282	28	17	24	29	1.97
38869808--38869840	17	2.0	17	94	5	59	63	0	24	12	1.28
38870969--38871013	22	2.0	22	87	8	65	48	22	0	28	1.50
38877203--38877250	21	2.3	21	92	7	80	45	0	6	47	1.27
38881985--38882029	10	4.4	10	86	5	63	37	15	15	31	1.89
38882074--38882142	25	2.8	25	82	4	86	28	21	21	27	1.99
38884643--38884686	20	2.2	20	91	0	70	11	25	34	29	1.91
38889706--38889750	10	4.4	10	91	5	72	35	17	15	31	1.92
38889706--38889750	21	2.2	20	92	4	72	35	17	15	31	1.92
38891604--38891806	39	5.2	39	92	0	316	24	19	31	24	1.98
38891604--38891835	78	2.9	78	90	1	338	24	20	31	24	1.98
38891616--38891835	39	5.6	39	89	0	278	24	21	30	23	1.99
38893264--38893332	25	2.8	25	90	0	102	26	24	23	26	2.00
38894347--38894371	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
38895248--38895317	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
38902800--38902872	29	2.5	29	100	0	146	27	28	15	28	1.96
38905194--38905218	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
38906095--38906164	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38912784--38912830	24	2.0	24	83	4	60	48	36	2	12	1.53
38913123--38913192	26	2.7	26	81	2	77	35	20	4	40	1.72
38913275--38913545	46	5.9	46	88	0	373	23	22	14	39	1.91
38913510--38913629	45	2.7	45	82	0	123	22	23	17	36	1.94
38916290--38916343	20	2.8	20	71	2	56	64	1	0	33	1.04
38923005--38923079	11	6.7	11	74	18	66	62	8	10	18	1.51
38923007--38923078	10	6.6	10	73	16	54	62	6	11	19	1.50
38923040--38923113	13	5.9	13	69	13	57	62	2	10	24	1.41
38923005--38923106	12	8.8	12	72	14	61	62	5	10	20	1.48
38923062--38923113	26	2.0	26	88	0	77	63	1	11	23	1.37
38923018--38923096	33	2.3	33	84	8	104	62	5	11	21	1.48
38923656--38923695	21	1.9	21	89	0	62	35	27	20	17	1.95
38925221--38925257	16	2.2	17	90	4	58	83	0	10	5	0.79
38928157--38928789	150	4.2	150	93	0	1016	30	26	18	25	1.98
38928157--38928788	100	6.3	98	82	4	719	30	26	18	25	1.98
38944479--38944504	10	2.6	10	100	0	52	61	26	0	11	1.30
38945665--38945693	15	1.9	15	100	0	58	37	20	0	41	1.53
38947606--38947667	27	2.3	27	86	2	90	25	25	17	30	1.97
38947702--38947779	27	2.9	27	94	0	138	30	21	3	43	1.71
38949491--38949620	29	4.5	29	80	3	154	25	10	20	43	1.84
38949869--38949921	25	2.1	25	82	10	63	49	11	16	22	1.78
38957141--38957327	6	30.8	6	73	18	156	49	13	16	20	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38957120--38957327	30	7.1	29	79	12	194	49	13	16	20	1.79
38957141--38957323	85	2.2	85	93	0	312	49	14	15	20	1.79
38957445--38957510	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
38957445--38957518	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
38957469--38957526	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
38957683--38957741	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
38957829--38957911	27	3.1	26	84	5	103	38	21	21	18	1.93
38957981--38958028	22	2.1	23	85	11	64	39	31	12	16	1.86
38958076--38958271	27	7.3	27	86	0	230	26	19	18	35	1.95
38958076--38958271	54	3.6	54	86	2	259	26	19	18	35	1.95
38958276--38958448	27	6.4	27	84	5	215	41	8	22	27	1.83
38958276--38958448	54	3.2	54	90	0	256	41	8	22	27	1.83
38958454--38958519	27	2.4	28	80	7	82	31	12	19	36	1.89
38958498--38958676	27	6.6	27	84	0	223	31	8	18	40	1.82
38960607--38960668	29	2.1	30	90	3	99	24	24	14	37	1.93
38960882--38960957	24	3.2	24	94	3	136	30	19	19	30	1.97
38960883--38960955	23	3.1	23	96	2	128	30	20	20	28	1.98
38961006--38961072	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
38961006--38961061	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
38966995--38967118	40	3.2	38	85	11	146	23	29	24	22	1.99
38975069--38975196	40	3.3	39	83	6	170	24	28	24	22	1.99
38976286--38976458	27	6.4	27	84	5	215	41	8	22	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38976286--38976458	54	3.2	54	90	0	256	41	8	22	27	1.83
38976464--38976529	27	2.4	28	80	7	82	31	12	19	36	1.89
38976508--38976686	27	6.6	27	84	0	223	31	8	18	40	1.82
38978882--38978957	24	3.2	24	94	3	136	30	19	19	30	1.97
38978883--38978955	23	3.1	23	96	2	128	30	20	20	28	1.98
38979006--38979072	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
38979006--38979061	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
38985063--38985249	6	30.8	6	73	18	156	49	13	16	20	1.79
38985042--38985249	30	7.1	29	79	12	194	49	13	16	20	1.79
38985063--38985245	85	2.2	85	93	0	312	49	14	15	20	1.79
38985367--38985432	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
38985367--38985440	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
38985391--38985448	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
38985605--38985663	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
38985751--38985833	27	3.1	26	84	5	103	38	21	21	18	1.93
38985902--38985949	22	2.1	23	85	11	64	39	31	12	16	1.86
38985997--38986192	27	7.3	27	86	0	230	26	19	18	35	1.95
38985997--38986192	54	3.6	54	86	2	259	26	19	18	35	1.95
38986197--38986369	27	6.4	27	84	5	215	41	8	22	27	1.83
38986197--38986369	54	3.2	54	90	0	256	41	8	22	27	1.83
38986366--38986439	27	2.8	25	74	13	67	29	10	21	37	1.88
38986419--38986596	27	6.6	27	83	3	189	32	8	19	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38986419--38986596	54	3.3	54	87	0	232	32	8	19	40	1.81
38986419--38986596	81	2.2	81	85	3	234	32	8	19	40	1.81
38986448--38986596	27	5.5	27	88	0	217	30	8	18	42	1.79
38988527--38988589	30	2.1	30	90	0	99	25	23	14	36	1.93
38988803--38988878	24	3.2	24	94	3	136	30	19	19	30	1.97
38988804--38988876	23	3.1	23	96	2	128	30	20	20	28	1.98
38988927--38988993	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
38988927--38988982	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
38994913--38995078	39	4.2	40	81	6	178	23	28	23	24	2.00
39003005--39003134	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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