Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  27  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7054488--7054558
26
2.7
27
84
6
92
43
11
14
30
1.80
7057220--7057259
20
2.1
20
86
9
57
30
0
7
62
1.23
7057909--7058100
90
2.1
91
83
6
239
31
18
20
30
1.96
7061732--7061787
14
3.8
15
80
19
57
44
1
0
53
1.11
7061748--7061787
16
2.7
15
88
7
55
42
2
0
55
1.13
7068265--7068334
27
2.5
28
88
2
106
31
25
14
28
1.95
7076186--7076255
27
2.5
28
88
2
106
31
25
14
28
1.95
7078475--7078499
12
2.1
12
100
0
50
40
0
8
52
1.31
7080260--7080328
28
2.5
28
92
2
113
43
26
10
20
1.83
7082145--7082189
18
2.5
18
81
0
54
64
4
6
24
1.37
7082407--7082444
20
1.9
20
88
0
58
52
5
5
36
1.47
7082383--7082434
26
2.0
26
84
0
68
57
3
7
30
1.45
7082654--7082820
48
3.6
45
75
15
135
55
3
5
34
1.42
7082683--7082819
44
3.0
43
80
16
143
57
2
3
35
1.31
7082756--7082810
28
2.0
26
86
6
74
60
1
0
38
1.08
7082756--7082838
26
3.2
26
79
10
80
57
2
1
38
1.19
7082730--7082819
11
8.5
11
75
20
68
58
2
2
36
1.22
7082720--7082838
48
2.4
47
79
12
123
58
1
2
36
1.21
7082900--7082945
23
2.0
23
83
8
58
56
4
2
36
1.31
7083045--7083087
12
3.3
13
84
15
54
62
0
4
32
1.15
7084034--7084108
39
1.9
39
83
2
98
8
21
1
69
1.22
7086450--7086536
2
45.5
2
73
13
67
51
2
3
42
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7086450--7086604
12
12.5
12
70
21
74
55
1
3
38
1.29
7086550--7086588
20
2.0
20
85
10
53
58
2
2
35
1.25
7086801--7086831
13
2.3
14
94
5
55
51
6
0
41
1.27
7088073--7088144
16
4.5
16
80
16
78
9
1
41
47
1.45
7088081--7088146
32
2.0
34
88
11
102
7
1
43
46
1.41
7092121--7092167
18
2.6
18
86
6
69
44
27
10
17
1.81
7092349--7092398
2
25.0
2
95
0
91
52
0
0
48
1.00
7093705--7093751
24
2.0
24
95
0
85
34
10
14
40
1.81
7096575--7096637
18
3.6
17
87
6
81
36
31
17
14
1.90
7096575--7096651
18
4.4
17
80
8
66
36
32
16
14
1.89
7096837--7096914
3
26.0
3
100
0
156
33
0
0
66
0.92
7098202--7098230
8
3.6
8
100
0
58
37
0
0
62
0.96
7098253--7098289
5
7.4
5
100
0
74
40
0
0
59
0.97
7099560--7099616
15
3.9
15
95
2
98
38
0
12
49
1.41
7099989--7100075
21
4.0
23
80
10
92
14
21
25
37
1.92
7101204--7101236
15
2.3
15
89
5
50
51
0
6
42
1.26
7101547--7101585
13
3.2
12
83
16
53
48
5
0
46
1.24
7104761--7104797
19
1.9
19
89
10
58
35
8
24
32
1.85
7108240--7108327
43
2.0
44
91
2
142
26
17
13
43
1.86
7109394--7109512
41
2.9
41
83
1
168
31
20
23
24
1.98
7110125--7110173
24
2.0
24
100
0
98
53
0
4
42
1.20
7116282--7116328
2
23.5
2
95
0
85
53
0
0
46
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7121543--7121643
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
7129486--7129586
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
7132804--7132834
15
2.1
15
100
0
62
6
32
6
54
1.51
7134037--7134167
50
2.6
50
83
0
154
28
26
25
19
1.98
7134645--7134680
19
1.9
18
88
5
54
50
5
5
38
1.49
7140537--7140572
15
2.5
15
90
4
56
55
8
0
36
1.30
7142768--7142835
31
2.2
31
100
0
136
30
8
23
36
1.85
7145305--7145364
28
2.1
28
84
6
77
30
6
10
53
1.60
7148072--7148105
13
2.6
13
85
0
50
41
0
0
58
0.98
7148094--7148135
15
2.8
16
82
13
54
54
0
0
45
0.99
7148160--7148211
15
3.2
15
73
19
50
53
1
0
44
1.11
7148622--7148655
7
4.9
7
92
0
59
26
73
0
0
0.83
7158092--7158121
12
2.5
12
100
0
60
53
0
30
16
1.44
7161314--7161410
32
3.0
32
95
0
176
32
6
22
38
1.79
7163647--7163691
18
2.4
19
92
7
83
46
15
8
28
1.76
7165636--7165692
12
4.8
12
77
0
51
5
54
3
36
1.40
7168448--7168495
25
1.9
25
100
0
96
31
6
25
37
1.81
7170087--7170116
15
2.0
15
100
0
60
33
13
0
53
1.40
7171333--7171364
16
2.0
16
93
0
55
65
0
12
21
1.25
7175134--7175269
3
43.3
3
70
15
62
63
4
6
25
1.37
7176049--7176095
15
2.9
16
81
9
51
82
0
8
8
0.83
7176060--7176095
15
2.3
15
90
4
54
86
0
2
11
0.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7176722--7177316
44
12.9
44
73
10
255
27
20
19
32
1.97
7176726--7177208
44
10.5
46
73
9
281
25
21
19
33
1.97
7176767--7177039
49
5.8
48
81
6
249
26
19
19
35
1.95
7177148--7177331
94
2.0
94
81
2
217
29
21
19
29
1.97
7181346--7181458
32
3.5
32
80
6
129
37
13
9
39
1.77
7182684--7182730
23
2.0
23
100
0
94
34
12
25
27
1.92
7187950--7187984
2
17.5
2
100
0
70
48
0
0
51
1.00
7201384--7201418
15
2.4
15
90
4
54
54
0
0
45
0.99
7207979--7208011
6
5.5
6
100
0
66
51
0
0
48
1.00
7208213--7208264
9
5.7
9
81
4
68
34
1
42
21
1.64
7208213--7208265
19
2.9
18
86
5
79
35
1
41
20
1.64
7209632--7209692
23
2.5
23
84
10
68
44
8
3
44
1.50
7210192--7210230
18
2.2
18
86
9
53
64
0
0
35
0.94
7211219--7211260
4
10.2
4
84
5
57
47
26
2
23
1.64
7214772--7214821
18
2.7
19
84
12
68
36
0
10
54
1.34
7214772--7214821
19
2.6
19
87
6
66
36
0
10
54
1.34
7221240--7221279
20
2.0
20
100
0
80
20
10
25
45
1.81
7224706--7224785
28
2.9
28
86
0
97
25
20
17
37
1.94
7229395--7229483
28
3.2
28
81
7
110
25
28
15
30
1.96
7229395--7229495
28
3.6
28
79
9
82
25
25
15
32
1.96
7231038--7231100
28
2.2
28
88
0
90
31
28
6
33
1.82
7236448--7236510
28
2.2
28
91
0
99
31
30
6
31
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7241193--7241230
20
1.9
20
94
0
67
21
31
5
42
1.75
7241530--7241572
16
2.6
17
78
14
54
44
9
0
46
1.35
7242531--7242595
32
2.0
32
96
0
121
26
18
13
41
1.88
7244006--7244186
46
3.9
46
81
9
233
20
21
29
27
1.98
7244008--7244178
93
1.8
93
96
0
315
20
22
29
27
1.98
7247117--7247195
15
5.4
15
77
10
83
10
17
13
58
1.63
7247108--7247194
29
3.0
29
81
8
95
10
17
16
56
1.67
7249573--7249753
46
3.9
46
81
9
233
20
21
29
27
1.98
7249575--7249745
93
1.8
93
96
0
315
20
22
29
27
1.98
7251986--7252031
18
2.7
18
83
9
53
67
4
2
26
1.21
7252736--7252813
24
3.2
24
73
10
77
44
35
8
10
1.70
7255454--7255490
12
3.1
12
84
0
56
24
13
0
62
1.31
7255512--7255673
6
27.0
6
94
0
180
32
8
0
58
1.33
7255512--7255673
15
10.8
15
80
0
180
32
8
0
58
1.33
7261003--7261112
26
4.2
26
92
0
175
37
23
5
33
1.78
7276321--7276381
13
4.7
13
81
0
77
36
8
21
34
1.83
7278850--7278936
43
2.0
43
100
0
174
28
9
20
41
1.83
7279097--7279147
20
2.4
21
80
6
59
35
1
0
62
1.06
7281637--7281672
16
2.3
16
95
4
65
44
5
11
38
1.63
7287797--7287821
2
12.5
2
100
0
50
0
48
0
52
1.00
7290345--7290369
6
4.2
6
100
0
50
16
36
0
48
1.46
7291903--7291927
6
4.2
6
100
0
50
68
0
32
0
0.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7306929--7306963
17
2.0
17
88
5
52
45
0
0
54
0.99
7311275--7311465
95
2.0
95
95
0
346
21
21
28
28
1.99
7319431--7319465
17
2.1
17
100
0
70
62
0
17
20
1.32
7326029--7326075
2
23.5
2
100
0
94
51
0
0
48
1.00
7332673--7332734
30
2.1
30
90
0
97
16
14
22
46
1.83
7338550--7338589
22
1.9
22
85
10
57
40
7
27
25
1.82
7353990--7354085
42
2.3
42
85
3
122
34
30
16
18
1.93
7355191--7355221
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
7358159--7358277
55
2.2
55
82
5
143
22
27
26
22
1.99
7359033--7359284
47
5.4
45
76
9
177
23
28
20
27
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292