genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7672792--7672901	26	4.2	26	95	0	175	34	5	23	36	1.78
7677349--7677596	74	3.3	75	81	2	286	35	19	15	29	1.93
7677579--7677839	115	2.3	115	81	3	274	32	18	18	31	1.94
7677781--7677908	60	2.1	60	78	4	132	28	18	16	36	1.93
7677940--7678006	7	9.6	7	83	6	73	37	41	0	20	1.53
7678219--7678358	7	19.6	7	66	12	61	47	32	0	20	1.51
7678293--7678359	28	2.4	28	92	5	109	47	31	0	20	1.51
7678293--7678358	14	4.7	14	83	7	89	48	31	0	19	1.49
7678948--7679025	40	1.9	41	86	2	113	24	20	23	32	1.98
7678654--7679049	194	2.0	194	82	4	478	27	20	21	30	1.98
7680071--7680121	26	1.9	27	88	4	77	45	0	5	49	1.26
7683713--7683758	22	2.1	22	84	4	58	45	0	6	47	1.28
7684371--7684428	4	13.8	4	83	7	71	46	3	1	48	1.29
7684771--7684820	14	3.3	15	78	13	50	30	8	0	62	1.24
7685188--7685261	12	6.2	12	74	13	64	0	21	1	77	0.85
7685192--7685266	23	3.6	20	77	18	73	0	18	1	80	0.79
7685217--7685266	7	7.1	7	80	17	59	0	18	0	82	0.68
7685817--7686013	63	3.1	62	78	11	186	25	23	26	23	2.00
7693055--7693120	30	2.2	30	88	0	96	51	4	6	37	1.47
7693066--7693129	30	2.1	30	100	0	128	48	6	3	42	1.44
7705322--7705501	40	4.5	40	88	2	256	26	21	24	27	1.99
7705360--7705541	80	2.3	80	82	8	203	28	20	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7713413--7713592	40	4.5	40	88	2	256	25	22	25	27	2.00
7715666--7715721	18	3.1	18	84	0	76	46	12	19	21	1.83
7716047--7716159	26	4.3	27	76	3	104	31	20	22	25	1.98
7716047--7716177	27	4.9	27	73	7	88	30	19	20	29	1.97
7729343--7729383	18	2.3	18	83	8	57	21	41	26	9	1.84
7738654--7738724	26	2.6	27	80	4	90	64	1	1	32	1.11
7738930--7738965	18	1.9	19	88	5	56	36	2	8	52	1.46
7740128--7740232	9	11.3	9	66	17	54	60	2	3	32	1.29
7740166--7740231	19	3.5	19	74	13	57	59	3	4	33	1.33
7740096--7740218	37	3.3	36	73	17	94	58	3	3	34	1.30
7740143--7740281	56	2.4	57	82	7	165	57	3	7	31	1.43
7740418--7740478	28	2.2	29	80	8	74	36	0	1	62	1.05
7740475--7740517	13	3.1	14	78	21	54	30	4	0	65	1.13
7741904--7741961	12	4.8	12	75	10	55	31	13	15	39	1.86
7741898--7741984	36	2.4	34	84	7	102	32	11	14	41	1.82
7744268--7744297	10	3.0	10	95	0	51	60	10	26	3	1.45
7744887--7745013	63	2.0	63	96	0	236	40	17	14	28	1.88
7748628--7748680	21	2.5	21	84	9	63	49	3	0	47	1.19
7749803--7749827	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
7753882--7753918	18	2.1	18	89	0	56	29	0	10	59	1.31
7754154--7754278	51	2.7	45	74	14	128	25	15	26	32	1.95
7757492--7757549	24	2.4	24	77	16	66	32	0	18	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7757747--7757844	40	2.5	40	83	4	121	28	19	24	27	1.98
7760423--7760453	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
7761936--7761980	21	2.1	22	87	4	65	37	4	0	57	1.19
7762092--7762133	22	1.9	22	85	9	59	28	0	7	64	1.20
7764479--7764546	35	1.9	35	93	0	118	35	11	30	22	1.90
7764732--7764770	19	2.0	20	85	5	53	33	0	0	66	0.92
7764888--7764954	25	2.7	26	86	11	95	41	0	0	58	0.98
7765446--7765510	34	1.9	33	81	9	78	32	1	12	53	1.47
7765459--7765547	45	2.0	45	93	0	151	30	1	14	53	1.48
7765746--7766228	103	4.7	102	88	5	622	29	0	15	53	1.48
7765746--7766242	209	2.4	208	86	6	685	29	0	15	53	1.47
7771286--7771316	6	5.0	6	96	4	53	80	0	0	19	0.71
7773100--7773271	46	3.7	45	80	10	204	21	20	29	28	1.98
7773092--7773263	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
7778574--7778605	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
7779134--7779178	20	2.3	20	84	3	56	55	22	4	17	1.60
7779162--7779954	277	2.9	274	87	4	1162	57	17	6	17	1.60
7780214--7780258	19	2.3	20	84	3	56	24	2	0	73	0.95
7780224--7780258	13	2.8	12	83	8	52	22	0	0	77	0.78
7782669--7782907	122	2.0	121	95	0	433	29	10	35	24	1.89
7783596--7783689	46	2.0	47	97	2	181	12	14	6	65	1.44
7784350--7784389	21	1.9	21	89	0	62	15	27	32	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7786220--7786263	23	2.0	23	82	13	56	20	22	4	52	1.65
7788438--7788635	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
7788504--7788621	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
7788472--7788635	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
7796008--7796205	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
7796074--7796191	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
7796042--7796205	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
7800919--7800976	19	3.0	19	80	14	82	48	15	17	18	1.82
7801122--7801163	3	13.7	3	95	5	75	66	0	33	0	0.92
7801451--7801487	9	4.1	9	89	0	56	27	13	13	45	1.81
7801451--7801487	18	2.1	18	94	0	65	27	13	13	45	1.81
7803905--7803939	18	2.0	18	88	5	54	20	34	20	25	1.96
7806607--7806660	24	2.4	22	82	11	65	38	5	0	55	1.23
7811996--7812037	18	2.3	18	100	0	84	50	4	0	45	1.23
7816920--7816971	16	3.3	16	78	5	70	61	17	1	19	1.44
7822372--7822404	16	2.1	16	88	5	50	48	3	0	48	1.17
7823868--7823912	21	2.1	22	87	4	65	64	0	26	8	1.23
7823868--7823905	11	3.5	11	82	7	51	65	0	23	10	1.23
7824020--7824055	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
7834011--7834036	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7835825--7835879	24	2.3	24	84	6	67	58	1	0	40	1.09
7836845--7836892	25	2.0	24	87	4	69	47	22	4	25	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7842639--7842677	21	1.9	20	85	15	53	48	20	12	17	1.80
7847296--7847348	25	2.1	25	85	0	70	39	15	9	35	1.79
7854993--7855168	68	2.6	68	77	13	159	21	27	16	34	1.95
7856527--7856583	25	2.3	26	78	9	64	31	15	12	40	1.85
7860570--7860654	41	2.1	40	84	2	107	29	22	17	30	1.97
7863016--7863055	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
7863117--7863257	27	5.3	26	85	5	149	36	21	23	18	1.95
7863117--7863229	54	2.1	54	88	3	165	37	23	23	15	1.93
7864869--7864978	26	4.2	26	95	0	175	36	23	5	34	1.78
7867867--7867981	44	2.6	44	83	2	131	36	12	22	28	1.90
7867879--7868000	44	2.7	45	80	5	129	33	13	23	29	1.93
7877930--7877954	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
7880890--7880914	6	4.2	6	100	0	50	48	0	16	36	1.46
7882983--7883040	30	1.9	30	86	6	82	43	6	12	37	1.69
7883121--7883165	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
7883577--7883624	22	2.2	22	85	7	62	66	10	12	10	1.44
7888386--7888495	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
7889937--7890012	26	2.8	26	84	4	80	34	21	13	31	1.91
7890115--7890227	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
7890113--7890227	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
7891688--7891749	3	20.7	3	100	0	124	33	0	0	66	0.92
7892944--7893007	23	2.9	22	75	15	69	20	23	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7895308--7895495	39	4.8	39	87	0	261	15	29	17	37	1.91
7895418--7895478	20	3.0	21	69	13	65	14	31	19	34	1.92
7895363--7895515	78	2.0	78	82	7	186	16	28	17	37	1.92
7899135--7899177	18	2.4	18	96	0	77	67	6	11	13	1.41
7902904--7903073	39	4.4	39	83	3	225	13	30	20	35	1.91
7902876--7903087	78	2.7	77	81	2	253	16	29	17	35	1.92
7903006--7903067	19	3.2	19	69	13	54	14	27	17	40	1.89
7911673--7911783	38	2.8	40	75	8	111	23	20	26	29	1.99
7911673--7911806	38	3.4	39	71	12	98	23	20	27	28	1.99
7911714--7911809	38	2.5	37	78	9	104	23	22	28	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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