genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  41  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11272775--11272855	42	1.9	41	82	9	101	27	13	27	32	1.94
11272843--11272958	43	2.7	43	77	10	130	25	27	21	25	1.99
11275867--11276058	47	4.1	46	81	4	188	25	15	27	31	1.96
11279185--11279209	12	2.1	12	100	0	50	32	8	24	36	1.84
11281765--11281793	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
11284253--11284302	25	2.0	25	100	0	100	40	24	8	28	1.83
11293072--11293108	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
11294917--11294990	26	2.9	24	76	13	69	45	2	1	50	1.24
11319786--11319836	23	2.2	23	86	6	68	56	1	1	39	1.22
11319797--11319836	12	3.5	11	83	10	53	57	0	0	42	0.98
11321778--11321838	31	2.0	30	93	3	104	31	3	18	47	1.64
11324397--11324435	16	2.4	16	100	0	78	51	43	0	5	1.24
11325068--11325096	11	2.6	11	100	0	58	0	58	0	41	0.98
11325567--11325716	3	49.0	3	75	13	119	31	3	3	62	1.28
11325658--11325714	16	3.6	16	88	6	82	29	3	3	63	1.28
11325689--11325727	18	2.2	18	90	0	60	38	2	0	58	1.12
11325981--11326014	7	5.0	7	92	7	61	14	0	0	85	0.60
11325985--11326014	13	2.3	13	100	0	60	13	0	0	86	0.57
11326076--11326117	18	2.4	17	80	11	50	30	0	7	61	1.22
11326273--11326320	25	1.9	25	83	8	62	39	4	8	47	1.53
11326502--11326534	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
11327074--11327111	16	2.4	16	100	0	76	63	7	10	18	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11333977--11334007	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
11334546--11334599	16	3.4	16	100	0	108	62	7	11	18	1.50
11335165--11335309	75	1.9	77	88	2	222	40	11	3	45	1.56
11336834--11336877	22	1.9	24	86	9	65	56	0	4	38	1.20
11341472--11341504	8	4.1	8	85	14	50	63	0	0	36	0.95
11341795--11341868	37	2.0	37	100	0	148	35	2	8	54	1.44
11342188--11342435	41	6.1	41	90	1	349	29	20	27	23	1.99
11342188--11342435	81	3.1	81	90	3	358	29	20	27	23	1.99
11343042--11343107	29	2.3	29	83	0	87	19	1	40	37	1.61
11343071--11343119	15	3.3	15	85	2	55	16	2	40	40	1.60
11343354--11343453	28	3.8	28	72	18	97	29	2	28	41	1.67
11343366--11343419	21	2.6	20	85	5	63	25	1	31	40	1.66
11343535--11343601	28	2.4	29	82	7	77	16	1	32	49	1.55
11343570--11343631	21	3.0	21	83	4	74	25	0	30	43	1.55
11343590--11343661	28	2.5	29	82	10	94	27	0	29	43	1.56
11344339--11344374	6	6.0	6	93	0	63	0	69	0	30	0.89
11346206--11346235	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
11348921--11349050	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
11348921--11349084	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
11356985--11357114	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
11356985--11357148	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
11359030--11359387	154	2.3	155	96	2	664	35	12	13	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11364176--11364226	25	1.9	28	84	11	72	33	1	21	43	1.64
11364803--11364886	26	3.2	26	98	0	159	33	3	25	38	1.73
11366668--11366953	136	2.1	137	94	0	502	24	17	24	32	1.97
11369425--11369688	44	6.2	43	80	6	268	26	19	24	29	1.98
11369425--11369695	42	6.3	41	80	8	247	25	19	23	30	1.98
11369426--11369688	86	3.1	86	84	4	320	26	19	24	29	1.99
11369425--11369695	127	2.1	129	87	3	395	25	19	23	30	1.98
11371807--11371860	26	2.1	26	92	0	90	61	5	3	29	1.36
11372185--11372250	27	2.4	27	87	5	89	19	22	27	30	1.98
11372185--11372261	27	2.9	27	80	3	66	19	24	28	27	1.99
11375523--11375581	30	1.9	31	89	3	93	55	3	1	38	1.26
11375623--11375665	22	2.0	21	86	4	59	46	0	4	48	1.22
11376296--11376379	19	4.3	19	65	28	59	53	16	0	29	1.43
11376221--11376399	60	3.0	60	90	0	286	54	12	0	32	1.39
11376451--11376493	14	2.9	15	79	10	52	65	4	0	30	1.13
11376557--11376615	14	4.1	14	81	10	66	0	22	0	77	0.76
11376557--11376615	28	2.1	29	87	9	86	0	22	0	77	0.76
11376556--11376623	23	3.2	21	78	13	68	0	25	0	75	0.81
11376893--11376945	25	2.1	26	83	13	67	58	5	0	35	1.22
11376891--11376945	29	2.0	27	85	7	74	60	5	0	34	1.20
11379073--11379119	24	2.0	24	91	0	76	34	17	6	42	1.74
11379201--11379265	12	5.3	12	75	10	51	33	18	10	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11382911--11382944	16	2.1	16	100	0	68	41	14	11	32	1.82
11384330--11384394	20	3.2	20	67	16	53	15	27	20	36	1.92
11385978--11386027	24	2.1	24	100	0	100	42	20	18	20	1.90
11388588--11388644	26	2.2	25	93	3	96	36	40	1	21	1.63
11388855--11388920	25	2.7	25	80	2	89	19	27	9	43	1.81
11393483--11393522	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
11393488--11393530	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
11394855--11394886	6	5.3	6	92	0	55	50	15	15	18	1.79
11402686--11402869	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
11402726--11402914	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
11404977--11405044	34	2.0	34	85	5	93	20	26	23	29	1.99
11411351--11411558	40	5.2	40	90	1	303	23	21	28	26	1.99
11419517--11419723	40	5.2	40	90	2	294	23	20	28	27	1.99
11423015--11423407	164	2.4	163	81	4	438	41	22	7	27	1.81
11429394--11429464	35	2.0	35	94	0	124	33	14	12	39	1.83
11430294--11430405	27	4.1	27	84	7	138	37	21	23	17	1.94
11430294--11430405	54	2.1	54	88	3	163	37	21	23	17	1.94
11441578--11441678	43	2.4	42	80	9	107	36	21	14	26	1.93
11446754--11447091	50	6.7	50	77	2	327	27	17	25	30	1.97
11446754--11447091	151	2.2	151	84	0	451	27	17	25	30	1.97
11446754--11447102	101	3.5	99	78	6	353	27	17	24	29	1.98
11446936--11447137	101	2.0	101	81	1	235	28	18	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11454434--11454548	43	2.7	42	78	6	133	32	16	25	26	1.96
11456012--11456091	38	2.1	38	100	0	160	30	12	16	41	1.85
11456425--11456707	153	1.8	152	79	5	329	24	17	27	29	1.97
11463404--11463524	60	2.0	59	82	9	147	28	23	19	28	1.98
11466542--11466673	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
11474522--11474632	29	3.9	29	93	2	188	27	31	14	27	1.95
11474523--11474632	57	1.9	57	94	0	193	27	31	14	26	1.95
11477626--11477757	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
11485607--11485738	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
11486781--11487950	584	2.0	583	99	0	2331	28	22	13	34	1.93
11493887--11493922	10	3.6	10	88	0	54	58	33	2	5	1.36
11496177--11496596	128	3.3	127	73	10	358	20	30	30	18	1.97
11496294--11496538	85	2.9	85	77	3	244	20	29	29	20	1.98
11496056--11496596	43	12.7	43	70	11	258	21	31	28	18	1.97
11496694--11496758	24	2.7	24	95	0	112	16	38	38	6	1.74
11500344--11500492	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
11500385--11500492	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
11508425--11508573	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
11508466--11508573	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
11514881--11514913	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
11517774--11517811	6	6.5	6	85	14	53	81	0	15	2	0.80
11517781--11517811	11	2.8	11	100	0	62	83	0	16	0	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11517770--11517848	6	12.5	6	75	10	50	77	0	10	12	1.00
11519620--11519736	60	2.0	60	96	0	216	23	26	22	28	1.99
11521088--11521240	76	2.0	76	94	0	270	24	15	15	44	1.85
11522904--11523187	40	7.1	40	89	1	381	27	26	21	24	1.99
11523274--11523462	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
11523156--11523494	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
11530364--11530607	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
11530694--11530882	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
11530576--11530914	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
11540462--11540632	93	1.8	93	93	2	299	29	28	20	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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