genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  91  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27947763--27947914	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
27950635--27950684	11	4.5	11	80	14	59	38	46	0	16	1.47
27950633--27950685	22	2.4	22	84	15	74	37	45	0	16	1.48
27950633--27950696	22	2.9	22	80	15	69	39	43	0	17	1.49
27951614--27951722	48	2.3	48	85	3	139	18	17	23	40	1.91
27958343--27958427	42	2.0	42	100	0	170	36	9	16	37	1.81
27960320--27960574	130	2.0	130	90	1	404	21	21	9	46	1.80
27963488--27963512	13	1.9	13	100	0	50	8	36	8	48	1.62
27969214--27969245	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
27969663--27969716	27	2.0	28	89	7	85	35	0	3	61	1.14
27969669--27969731	26	2.4	26	84	5	74	36	0	3	60	1.13
27970233--27970270	16	2.4	16	90	0	58	34	5	28	31	1.80
27970515--27970546	16	2.0	16	100	0	64	62	0	0	37	0.95
27972374--27972416	19	2.3	18	80	11	50	18	0	6	74	1.04
27978879--27979211	50	6.8	49	77	8	293	28	17	28	26	1.97
27978894--27979211	145	2.2	147	83	6	387	27	17	27	26	1.98
27986234--27986364	46	2.8	48	79	12	164	22	19	27	30	1.98
27991712--27991879	40	4.2	40	85	5	198	23	20	28	27	1.99
27991712--27991879	80	2.1	79	85	4	221	23	20	28	27	1.99
27996235--27996373	43	3.3	43	72	11	117	28	25	19	26	1.99
27998643--27998915	144	1.9	144	86	0	393	26	17	30	26	1.97
27998643--27998912	48	5.6	48	86	0	351	26	17	30	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27998646--27998961	144	2.2	144	82	1	364	27	18	28	25	1.98
27999704--27999741	20	1.9	19	89	5	58	63	2	2	31	1.22
28001490--28001530	17	2.4	17	87	0	55	24	17	17	41	1.89
28002286--28002319	16	2.1	17	89	10	54	23	14	0	61	1.33
28003977--28004076	27	3.7	28	80	9	100	41	20	9	30	1.83
28003977--28004083	54	2.0	54	83	3	135	39	20	9	30	1.84
28004018--28004320	81	3.8	80	75	5	225	31	23	8	36	1.85
28004072--28004283	27	7.9	27	84	5	268	28	23	8	39	1.84
28004180--28004484	27	11.2	27	76	10	95	37	19	8	34	1.82
28004275--28004513	54	4.4	53	75	9	196	40	18	9	32	1.82
28004276--28004430	81	1.9	81	86	2	222	41	18	8	31	1.80
28004234--28004486	27	9.3	27	76	8	145	38	18	8	33	1.82
28004531--28004608	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
28005766--28005813	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
28005857--28005915	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
28005861--28005915	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
28005966--28006084	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
28005966--28006084	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
28006276--28006370	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
28009560--28009594	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
28010456--28010561	56	1.9	56	86	7	153	33	22	14	29	1.93
28010552--28010732	43	4.2	43	83	2	211	30	25	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28010552--28010732	86	2.1	86	87	0	263	30	25	16	28	1.96
28015119--28015176	27	2.1	27	93	0	98	36	17	17	29	1.92
28024651--28024738	40	2.2	40	93	0	149	29	19	22	28	1.98
28024667--28024803	40	3.4	40	85	6	161	24	21	25	28	1.99
28027432--28027461	15	2.0	15	93	0	51	30	0	16	53	1.44
28027901--28027974	24	3.1	24	88	0	112	24	12	31	32	1.92
28029456--28029572	30	3.5	35	87	11	126	22	23	16	37	1.93
28029479--28029572	31	3.1	31	95	3	172	23	22	14	39	1.91
28029763--28029880	24	5.0	24	89	4	168	27	22	22	28	1.99
28029763--28029880	47	2.5	48	88	4	168	27	22	22	28	1.99
28029931--28029990	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
28029931--28029985	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
28030033--28030080	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28037576--28037693	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
28037599--28037693	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
28037885--28038002	24	5.0	24	89	4	168	27	22	22	28	1.99
28037885--28038002	47	2.5	48	88	4	168	27	22	22	28	1.99
28038053--28038112	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
28038053--28038107	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
28038155--28038202	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28048812--28048860	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
28049683--28049849	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28051601--28051729	40	3.3	39	82	5	154	24	27	24	24	2.00
28059316--28059430	58	2.0	58	94	0	203	40	12	25	22	1.88
28070245--28070292	2	24.0	2	95	0	87	47	0	0	52	1.00
28070751--28070886	24	5.7	24	73	3	114	24	14	30	30	1.95
28071517--28071543	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28073275--28073455	40	4.6	40	88	3	251	25	30	20	22	1.98
28081497--28081587	32	2.7	34	79	6	96	37	13	7	41	1.73
28086869--28086945	27	2.9	27	86	3	111	12	19	19	48	1.81
28087987--28088032	20	2.3	20	84	0	56	32	23	34	8	1.86
28089760--28089821	30	2.1	29	90	3	97	56	14	3	25	1.53
28089851--28089892	22	1.9	22	85	0	57	52	9	16	21	1.72
28095187--28095340	40	3.8	40	80	1	157	25	26	21	26	1.99
28097791--28097945	44	3.6	43	79	14	153	24	16	24	34	1.95
28097801--28097967	43	3.9	42	80	9	162	23	16	25	34	1.95
28107207--28107263	30	1.9	30	85	0	78	45	5	22	26	1.73
28107682--28107857	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
28107679--28107850	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
28115190--28115364	46	3.8	46	78	14	207	20	20	29	29	1.98
28115187--28115357	92	1.8	93	94	1	308	21	21	29	28	1.98
28119788--28119938	42	3.5	42	78	9	135	33	26	15	24	1.95
28119813--28119938	42	3.0	42	78	11	139	33	29	15	22	1.94
28119821--28119932	44	2.6	44	84	6	140	33	28	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28123104--28123252	31	4.8	31	88	3	219	28	19	27	24	1.98
28123275--28123492	47	4.7	48	83	8	206	28	14	26	30	1.95
28123413--28123526	42	2.7	42	90	2	167	30	14	26	28	1.95
28126498--28126535	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
28126765--28126935	93	1.8	93	88	2	263	28	27	20	23	1.99
28126760--28126928	46	3.7	46	77	12	175	29	27	19	23	1.98
28131316--28131529	38	5.5	39	85	9	262	23	22	27	26	2.00
28131316--28131529	77	2.8	77	88	8	305	23	22	27	26	2.00
28131317--28131529	115	1.9	115	89	5	333	23	23	27	26	2.00
28135934--28136038	40	2.6	40	83	3	131	31	21	23	22	1.98
28142623--28142845	40	5.6	40	80	4	261	21	22	28	26	1.99
28142623--28142845	83	2.8	79	85	5	313	21	22	28	26	1.99
28147723--28147930	40	5.2	39	85	1	227	25	25	22	26	2.00
28147723--28147930	80	2.6	80	84	1	256	25	25	22	26	2.00
28155735--28155941	40	5.2	39	83	4	227	25	26	21	26	2.00
28159217--28159254	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
28159483--28159651	46	3.7	46	77	6	180	30	27	18	22	1.98
28159484--28159653	93	1.8	93	90	0	277	30	27	19	22	1.98
28165297--28165350	21	2.5	22	81	3	65	14	31	35	18	1.91
28175150--28175324	46	3.8	46	79	11	205	19	21	30	28	1.97
28175146--28175317	92	1.9	93	93	1	301	19	21	31	27	1.98
28179742--28179808	25	2.7	25	83	0	89	52	14	14	17	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28179721--28179804	6	13.7	6	71	14	55	51	15	15	17	1.77
28179929--28180032	27	3.9	27	77	11	97	40	21	21	17	1.91
28179929--28180032	54	1.9	53	81	9	122	40	21	21	17	1.91
28179961--28180050	27	3.4	27	77	10	87	37	22	22	17	1.94
28180612--28180924	27	11.6	27	86	1	396	27	18	18	35	1.94
28180921--28180985	27	2.4	27	87	7	89	35	4	15	44	1.67
28182963--28183050	6	14.3	6	73	13	72	50	13	17	19	1.79
28182984--28183050	25	2.7	25	88	0	98	47	13	19	19	1.82
28184779--28184949	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
28192786--28192956	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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