genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63210724--63211566	397	2.1	394	90	5	1301	59	4	4	31	1.36
63211392--63211484	42	2.2	42	81	14	120	60	4	7	27	1.43
63211452--63211574	27	4.6	26	80	10	133	63	1	4	30	1.25
63216531--63216573	18	2.4	18	100	0	86	34	23	16	25	1.95
63220038--63220065	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
63222168--63222273	54	1.9	55	81	5	126	38	17	15	28	1.90
63222253--63222286	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
63222341--63222375	14	2.5	14	90	0	52	54	2	22	20	1.58
63222447--63222473	14	1.9	14	100	0	54	51	7	14	25	1.68
63222353--63222563	102	2.1	99	79	9	230	38	17	18	25	1.92
63222451--63222618	88	1.9	88	88	2	257	34	19	19	27	1.95
63222637--63222964	70	4.5	70	78	6	323	31	23	16	28	1.96
63222637--63223851	74	16.9	71	66	12	368	33	21	16	27	1.95
63222472--63223824	431	3.1	431	98	0	2573	33	21	16	27	1.95
63235902--63235971	35	2.1	31	84	10	86	57	2	8	31	1.44
63237719--63237750	16	2.0	16	93	0	55	12	6	40	40	1.68
63237753--63237791	14	2.6	16	80	16	55	17	5	35	41	1.72
63237753--63237792	15	2.7	15	84	11	55	17	7	35	40	1.78
63240150--63240238	25	3.6	25	80	1	90	29	21	26	22	1.99
63244488--63244534	16	3.1	15	76	11	51	68	2	0	29	1.02
63251979--63252035	28	2.0	28	100	0	114	24	17	3	54	1.59
63251983--63252046	28	2.2	28	91	2	101	28	15	3	53	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63266398--63266447	25	2.0	25	100	0	100	28	16	12	44	1.83
63270042--63270155	35	3.1	35	73	18	115	25	18	21	35	1.96
63270041--63270281	74	3.2	75	88	2	335	24	20	22	31	1.98
63271026--63271063	18	2.1	18	100	0	76	18	0	34	47	1.49
63276330--63276471	3	49.0	3	87	8	179	65	0	32	1	1.06
63277622--63277650	14	2.0	15	93	6	51	0	37	6	55	1.27
63278042--63278082	21	2.0	21	90	0	64	26	29	19	24	1.98
63281024--63281052	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
63284375--63284412	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
63284476--63284558	15	5.9	15	87	11	65	66	2	0	31	1.05
63284494--63284560	3	22.3	3	100	0	134	67	0	0	32	0.91
63285777--63286062	136	2.1	137	94	0	502	32	24	18	24	1.97
63287851--63287986	26	5.2	26	91	0	218	37	23	5	33	1.77
63293651--63293946	127	2.3	127	84	4	375	25	18	20	35	1.95
63302495--63302618	64	1.9	64	88	0	185	31	17	13	37	1.89
63302776--63302919	44	3.3	44	64	13	100	35	21	22	20	1.96
63302664--63303283	87	7.1	87	82	6	659	32	19	24	22	1.98
63302664--63303283	176	3.5	174	86	3	791	32	19	24	22	1.98
63306383--63306665	127	2.2	127	87	0	395	26	17	19	37	1.93
63306361--63306679	127	2.5	126	81	5	381	26	17	20	36	1.94
63310877--63310903	12	2.2	12	100	0	54	44	0	7	48	1.31
63312118--63312147	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63325824--63325930	26	4.2	26	90	2	180	35	26	6	31	1.82
63331739--63331859	50	2.4	51	90	4	183	36	14	23	25	1.93
63331841--63332020	31	5.8	31	90	2	272	28	20	27	23	1.99
63332120--63332225	49	2.2	49	91	3	169	27	14	27	31	1.95
63332120--63332251	49	2.9	48	86	8	168	28	15	26	29	1.96
63332132--63332295	42	3.7	43	81	9	163	29	15	26	28	1.96
63335889--63335922	5	6.6	5	86	6	50	79	2	0	17	0.86
63335889--63335921	11	3.1	11	86	8	50	81	3	0	15	0.80
63336237--63336326	44	2.0	45	89	6	139	34	21	15	28	1.94
63336528--63336564	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
63343582--63343614	10	3.3	10	91	0	57	48	9	0	42	1.35
63344886--63345004	58	2.1	58	95	0	211	40	15	10	33	1.81
63345581--63345695	46	2.5	44	84	6	142	24	29	19	26	1.98
63349878--63349967	33	2.7	33	87	0	135	17	8	33	40	1.81
63351636--63351689	25	2.2	24	86	3	72	18	22	18	40	1.91
63351636--63351704	24	2.8	25	84	6	88	17	24	18	39	1.92
63351812--63351867	25	2.2	25	93	0	94	17	28	21	32	1.96
63351812--63351900	25	3.6	25	82	8	92	23	25	20	30	1.98
63359601--63359638	7	5.4	7	90	0	58	2	15	47	34	1.60
63359593--63359638	21	2.2	21	88	0	65	6	15	45	32	1.71
63360031--63360060	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
63361375--63361437	32	1.9	33	87	9	94	39	0	4	55	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63372876--63372918	20	2.2	20	91	0	68	41	4	0	53	1.21
63382848--63382882	16	2.2	17	90	10	56	2	0	14	82	0.77
63396220--63396262	22	2.0	22	86	4	61	34	0	11	53	1.37
63405270--63405328	18	3.5	17	73	17	52	47	1	6	44	1.39
63406500--63406536	18	2.1	18	95	5	67	59	21	0	18	1.38
63407620--63407734	4	27.8	4	67	10	52	21	8	4	65	1.38
63407833--63407874	3	14.0	3	85	9	59	30	4	0	64	1.14
63407834--63407894	6	8.7	7	77	15	56	27	4	0	67	1.11
63407809--63407886	27	3.1	24	71	20	61	26	7	1	64	1.29
63407947--63408037	3	29.3	3	85	12	114	29	1	1	68	1.04
63408193--63408276	3	28.0	3	100	0	168	33	0	0	66	0.92
63413978--63414028	18	2.7	19	80	16	61	43	7	17	31	1.78
63413988--63414053	20	3.3	20	79	14	73	40	10	19	28	1.85
63413998--63414056	20	3.0	20	89	0	91	37	10	20	32	1.86
63414103--63414226	26	4.8	26	88	1	187	26	22	22	28	1.99
63414103--63414226	52	2.4	52	94	1	223	26	22	22	28	1.99
63418165--63418676	96	5.5	94	72	13	306	33	17	19	29	1.95
63418262--63418671	44	8.8	44	67	17	148	32	17	19	30	1.95
63418204--63418568	190	1.9	194	82	5	461	33	18	18	29	1.95
63418310--63418954	145	4.5	145	74	8	546	32	18	19	29	1.96
63418218--63418618	190	2.1	186	78	9	400	32	18	19	29	1.95
63418262--63418789	286	1.8	286	88	2	819	32	17	18	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63418999--63419121	44	2.8	44	85	2	149	27	17	24	30	1.97
63419007--63419179	89	2.0	88	82	1	211	29	16	24	30	1.96
63420150--63420193	5	8.4	5	97	2	70	0	0	18	81	0.68
63420571--63420685	4	27.8	4	67	10	52	20	8	5	65	1.40
63420786--63420825	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
63420788--63420837	6	7.7	7	93	6	56	30	2	0	68	1.01
63423126--63423274	77	1.9	77	87	2	219	55	2	15	26	1.54
63426082--63426110	4	7.2	4	100	0	58	24	51	0	24	1.48
63427995--63428043	16	3.1	16	82	11	57	51	0	6	42	1.27
63432590--63432814	116	2.0	115	94	5	402	28	30	18	23	1.97
63433766--63433855	29	3.1	30	81	13	102	78	0	3	17	0.88
63433767--63433855	6	14.3	6	82	12	92	79	0	3	16	0.86
63439699--63440536	417	2.0	417	100	0	1676	32	14	20	32	1.93
63441519--63441546	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
63442039--63442076	13	2.9	13	84	7	51	57	0	2	39	1.12
63442130--63442161	14	2.2	14	94	5	55	31	6	6	56	1.49
63454352--63454400	26	2.0	24	88	8	71	30	0	6	63	1.19
63458049--63458075	7	3.9	7	100	0	54	74	0	0	25	0.83
63459703--63459755	4	13.2	4	100	0	106	49	26	0	24	1.51
63474029--63474086	29	2.0	30	86	3	82	51	12	5	31	1.61
63484643--63484718	34	2.1	36	76	16	86	47	1	11	39	1.49
63484865--63485236	127	3.0	127	87	3	488	37	16	16	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63488744--63488785	18	2.3	18	91	0	66	42	7	28	21	1.79
63488858--63488935	30	2.6	30	83	4	95	16	16	33	33	1.92
63492299--63492409	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
63499553--63499663	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
63504206--63504317	26	4.3	26	91	0	188	37	23	5	33	1.78
63504206--63504410	52	4.1	51	81	12	246	37	23	5	33	1.79
63504303--63504336	17	2.0	17	100	0	68	35	23	11	29	1.90
63504320--63504410	26	3.5	26	89	0	146	36	24	5	34	1.79
63504251--63504388	69	2.0	69	94	2	242	36	23	7	33	1.82
63504229--63504410	95	1.9	95	90	0	292	36	24	6	33	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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