genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  80  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24574695--24575240	27	20.3	27	80	6	378	36	8	23	32	1.84
24574589--24575285	81	8.6	81	75	4	314	34	8	22	34	1.84
24578756--24578931	46	3.8	45	71	10	149	31	28	19	20	1.97
24582433--24582541	25	4.4	24	86	8	139	25	22	23	28	1.99
24582446--24582540	25	3.8	25	92	0	163	26	22	25	26	2.00
24585716--24585756	18	2.3	18	91	0	64	82	4	12	0	0.81
24585716--24585765	22	2.3	22	82	0	64	80	4	16	0	0.87
24586995--24587141	40	3.7	40	82	0	132	27	23	25	23	2.00
24587036--24587162	40	3.2	39	84	8	150	23	25	28	22	1.99
24589060--24589146	30	2.9	30	84	3	104	24	31	26	18	1.98
24589436--24589596	41	4.0	41	90	3	227	33	23	23	19	1.97
24590619--24590649	15	2.1	15	93	0	53	58	0	9	32	1.31
24590636--24590694	10	5.3	10	77	18	55	55	0	0	44	0.99
24590638--24590696	24	2.5	23	86	10	75	55	0	0	44	0.99
24590664--24590697	2	17.0	2	87	0	50	55	0	0	44	0.99
24596824--24596849	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
24600773--24601054	43	6.6	42	81	6	291	26	18	23	31	1.97
24605371--24605479	55	2.0	55	88	0	164	28	28	30	12	1.93
24610551--24610603	26	2.0	26	100	0	106	45	7	11	35	1.69
24612423--24612519	41	2.4	41	91	0	149	25	28	23	21	1.99
24616296--24616357	27	2.3	27	82	0	79	46	9	19	24	1.79
24629744--24629856	27	4.2	26	84	7	136	38	22	23	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24629747--24629853	54	2.0	54	87	3	153	38	20	23	17	1.93
24630247--24630278	16	2.1	15	94	5	55	3	18	28	50	1.62
24631771--24631867	50	1.9	50	89	0	149	29	27	17	24	1.97
24634279--24634522	50	4.9	50	82	2	294	24	27	18	29	1.98
24634682--24634981	101	3.0	100	84	1	393	30	15	23	32	1.95
24634682--24635041	101	3.6	100	82	3	375	30	15	23	30	1.95
24635742--24635805	32	2.0	32	100	0	128	34	3	18	43	1.66
24637269--24637422	27	5.7	27	86	1	184	40	22	9	27	1.85
24637269--24637527	81	3.2	81	81	4	256	38	20	15	25	1.92
24637351--24637545	27	7.3	27	84	2	225	35	20	18	25	1.95
24637374--24637546	81	2.2	80	87	7	260	35	19	20	24	1.95
24637948--24638042	31	3.1	31	90	0	145	20	14	14	50	1.78
24644697--24644951	55	4.8	54	81	7	256	21	25	17	35	1.95
24644744--24644941	108	1.8	110	87	4	303	22	25	17	34	1.96
24651994--24652024	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
24651991--24652030	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
24652216--24652470	55	4.8	54	81	7	265	21	25	18	35	1.95
24652263--24652460	108	1.8	110	89	4	312	22	25	17	33	1.96
24653778--24654045	46	5.8	45	74	12	154	23	29	19	27	1.99
24660217--24660257	21	2.0	20	90	4	64	21	26	39	12	1.89
24661366--24661532	38	4.4	39	87	8	238	22	28	22	26	1.99
24661366--24661532	77	2.2	76	86	8	243	22	28	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24661366--24661539	39	4.6	40	86	9	240	22	27	22	27	1.99
24669376--24669582	40	5.2	40	89	1	283	23	26	23	27	2.00
24670899--24671062	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
24670899--24671096	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
24685048--24685562	258	2.0	258	91	0	832	27	25	20	26	1.99
24686559--24686643	24	3.5	24	77	13	77	43	17	18	20	1.88
24691886--24692069	40	4.6	40	83	6	221	25	22	26	25	2.00
24691886--24692069	80	2.3	80	86	5	248	25	22	26	25	2.00
24692330--24692373	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
24700174--24700356	40	4.6	40	83	9	230	25	22	26	25	2.00
24700174--24700364	80	2.4	80	86	6	255	24	23	26	25	2.00
24700620--24700663	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
24704688--24704751	31	2.1	31	88	8	96	26	4	10	57	1.52
24706134--24706568	240	1.8	240	97	1	836	40	20	10	28	1.86
24714555--24714609	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
24733244--24733578	48	6.9	48	91	2	510	37	8	24	29	1.84
24733239--24733578	144	2.3	145	94	1	601	37	7	24	30	1.84
24733630--24733734	47	2.2	47	94	0	183	34	8	30	26	1.86
24737939--24737975	15	2.5	15	90	0	65	59	13	13	13	1.62
24744302--24744630	180	1.8	179	84	1	453	34	18	7	38	1.80
24744964--24744995	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
24745195--24745320	50	2.5	50	82	5	155	30	27	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24746804--24746877	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
24748214--24748252	18	2.2	18	100	0	78	41	7	23	28	1.82
24754615--24754688	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
24757953--24758003	26	2.0	26	84	7	68	17	27	19	35	1.94
24758043--24758102	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
24766741--24766928	40	4.7	39	75	8	137	22	23	29	23	1.99
24766742--24766923	79	2.3	80	78	6	183	23	24	29	22	1.99
24771893--24771952	27	2.3	27	85	2	77	21	21	20	36	1.95
24772722--24772759	20	1.9	20	88	0	58	39	2	21	36	1.67
24779989--24780243	55	4.8	53	78	9	236	36	17	25	21	1.95
24779996--24780196	108	1.8	110	88	2	307	34	17	25	22	1.96
24780435--24780465	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
24796277--24796445	46	3.7	44	88	4	187	28	15	30	24	1.96
24811629--24811950	81	4.0	80	81	4	335	33	10	18	38	1.84
24811631--24811950	27	11.9	27	79	4	281	33	10	18	38	1.84
24811643--24811971	134	2.4	134	81	4	333	32	10	18	38	1.85
24812288--24812379	28	3.3	28	90	0	139	29	35	15	19	1.92
24814301--24814362	29	2.1	29	93	0	106	61	6	4	27	1.41
24815261--24815625	27	13.6	27	83	2	396	29	10	21	38	1.87
24815261--24815625	80	4.5	79	81	6	394	29	10	21	38	1.87
24815235--24815625	107	3.6	107	80	5	394	29	11	21	38	1.88
24815951--24816057	28	3.8	28	87	0	151	27	33	14	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24817426--24817543	43	2.8	42	76	2	119	33	26	16	24	1.96
24833098--24833136	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
24836786--24836856	35	2.0	35	100	0	142	45	5	11	38	1.64
24840506--24840536	16	1.9	16	93	0	53	29	25	12	32	1.93
24841946--24842005	30	2.0	30	87	6	86	26	25	8	40	1.84
24845386--24845593	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
24845386--24845591	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
24853368--24853575	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
24853368--24853573	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
24869938--24870001	32	2.0	32	100	0	128	37	18	12	31	1.88
24877126--24877170	17	2.7	16	86	10	63	75	0	4	20	0.97
24877138--24877185	24	2.0	24	88	12	71	75	0	6	18	1.01
24877126--24877185	12	5.1	12	80	13	63	73	0	5	21	1.02
24882040--24882145	24	4.5	24	91	5	166	22	17	24	34	1.96
24889886--24889970	24	3.5	24	96	0	161	21	17	24	36	1.94
24892852--24893035	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
24892892--24893080	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
24900942--24901125	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
24900982--24901170	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
24902676--24902803	55	2.3	55	98	0	247	30	22	30	16	1.96
24902676--24902854	55	3.3	55	87	3	146	32	24	26	16	1.96
24913620--24913692	28	2.5	28	82	4	83	26	13	30	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24921587--24921659	28	2.5	28	82	4	83	26	13	30	30	1.94
24934325--24934455	45	3.0	44	85	4	174	27	29	20	22	1.99
24937891--24938033	71	2.0	71	98	0	277	22	13	31	32	1.93
24938831--24939122	27	10.8	27	90	0	404	28	20	9	41	1.83
24939117--24939311	27	7.2	27	87	2	257	36	16	20	26	1.93
24939117--24939296	81	2.2	81	94	2	317	36	17	19	26	1.94
24939647--24939706	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
24939825--24939971	25	5.7	25	71	15	102	20	18	12	48	1.81
24939825--24939934	31	3.5	31	75	14	127	21	18	11	48	1.80
24939847--24939977	37	3.4	37	76	12	136	19	18	14	48	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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