genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  52  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15043494--15043524	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
15051021--15051063	18	2.4	18	88	0	59	30	4	37	27	1.77
15051252--15051314	32	2.0	32	100	0	126	44	7	19	28	1.78
15057488--15057519	5	6.4	5	100	0	64	21	0	0	78	0.76
15068975--15069044	23	2.9	23	80	6	77	25	22	15	35	1.94
15072189--15072228	18	2.2	19	86	4	55	7	10	27	55	1.60
15075401--15075429	7	4.1	7	100	0	58	58	0	0	41	0.98
15075604--15075633	15	1.9	16	93	6	53	43	0	3	53	1.17
15077655--15077680	7	3.7	7	100	0	52	26	57	0	15	1.38
15086924--15087908	408	2.4	408	92	0	1648	33	15	14	36	1.88
15090091--15090154	31	2.1	31	96	0	119	29	21	23	25	1.99
15097368--15097508	40	3.5	40	78	5	133	24	26	24	24	2.00
15106719--15106782	30	2.2	29	94	2	110	25	18	23	32	1.97
15108803--15108986	50	3.7	49	85	4	235	29	27	17	25	1.98
15108803--15108986	101	1.8	99	89	2	287	29	27	17	25	1.98
15120002--15120095	27	3.5	26	77	12	91	41	18	8	31	1.80
15120100--15120214	27	4.3	27	90	0	176	31	20	7	40	1.81
15120140--15120333	27	7.2	27	83	1	165	38	21	7	32	1.81
15120194--15120333	54	2.6	54	86	2	183	41	20	7	31	1.79
15120291--15120459	27	6.3	27	86	1	196	35	19	18	26	1.95
15120237--15120417	54	3.3	53	83	6	186	38	20	13	27	1.90
15120264--15120460	81	2.4	82	79	5	222	36	19	17	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15120854--15120941	6	14.3	6	68	17	56	19	15	15	48	1.81
15123652--15123763	27	4.2	26	83	11	136	16	23	22	37	1.94
15123652--15123763	54	2.1	54	86	3	154	16	23	22	37	1.94
15131488--15131591	27	3.9	26	79	9	93	19	24	19	37	1.94
15131500--15131596	27	3.6	25	81	12	104	19	24	17	38	1.93
15133760--15133804	18	2.4	18	85	7	54	40	8	17	33	1.81
15142661--15142697	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
15144453--15144557	50	2.1	50	98	1	203	30	7	21	40	1.81
15159357--15159412	23	2.6	22	83	10	64	33	8	16	41	1.79
15159679--15159713	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
15164025--15164163	75	1.9	75	98	0	269	32	12	17	37	1.87
15168713--15169296	219	2.7	220	91	1	931	32	18	21	26	1.97
15169247--15169697	78	5.8	78	90	1	674	32	20	23	23	1.98
15169247--15169697	156	2.9	155	93	2	744	32	20	23	23	1.98
15169714--15169864	44	3.4	44	87	3	205	33	15	27	23	1.95
15170217--15170272	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
15170215--15170293	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
15170215--15170286	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
15170215--15170309	17	4.8	22	84	12	79	36	9	15	37	1.80
15170577--15170610	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
15172058--15172096	20	2.0	19	90	5	60	46	28	12	12	1.79
15181044--15181073	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15182053--15182192	27	5.2	28	88	5	166	36	22	22	17	1.95
15183808--15183891	26	3.2	26	93	0	132	35	23	4	35	1.76
15184545--15184587	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
15185291--15185416	41	3.0	43	78	9	134	30	26	16	26	1.97
15193239--15193420	40	4.6	40	78	9	160	23	28	24	24	2.00
15193270--15193420	78	1.9	80	83	5	200	23	28	22	25	1.99
15195096--15195135	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
15195758--15195821	18	3.4	18	71	12	56	34	26	25	14	1.94
15199033--15199191	46	3.2	47	79	8	140	30	28	15	25	1.96
15199220--15199352	31	4.3	31	97	0	239	24	27	22	25	2.00
15210074--15210132	20	2.9	19	78	9	64	37	18	28	15	1.91
15211212--15211246	17	1.9	19	88	11	56	20	20	0	60	1.37
15214363--15214390	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
15216440--15216598	35	4.5	35	80	0	183	29	8	18	42	1.81
15218765--15218824	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
15220089--15220115	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
15227861--15227893	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
15228900--15228964	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
15229070--15229160	28	3.2	28	90	4	139	20	24	23	31	1.98
15229070--15229185	56	2.1	55	80	9	128	19	25	22	32	1.97
15235644--15235676	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
15236741--15236805	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15236911--15237000	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
15236911--15237025	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
15245688--15245740	3	17.7	3	80	0	61	26	0	7	66	1.18
15268856--15268898	15	3.0	14	78	18	52	25	2	2	69	1.12
15268856--15268899	14	3.0	15	76	6	54	25	2	2	70	1.10
15270483--15270542	25	2.5	24	84	10	77	25	5	3	66	1.27
15276385--15276493	40	2.7	38	80	8	103	20	25	31	22	1.98
15281125--15281233	40	2.7	38	80	8	103	20	25	31	22	1.98
15289259--15289375	46	2.5	46	84	8	148	28	15	31	24	1.95
15293698--15293802	39	2.7	39	92	0	174	29	20	25	23	1.99
15295147--15295350	53	3.8	53	76	6	205	36	18	24	21	1.95
15300750--15301039	40	7.3	40	83	5	193	26	27	22	23	1.99
15300775--15301039	80	3.3	80	82	4	288	26	28	21	23	1.99
15300822--15301037	120	1.8	120	84	2	299	28	28	21	22	1.99
15302527--15302693	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
15302527--15302693	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
15303518--15303563	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
15310526--15310691	40	4.2	40	81	3	176	25	27	21	25	1.99
15310526--15310691	79	2.1	79	82	8	196	25	27	21	25	1.99
15319202--15319377	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
15319198--15319369	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
15322401--15322584	40	4.6	40	80	4	165	28	22	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15325586--15325791	53	3.8	53	79	3	216	37	17	23	21	1.94
15331202--15331316	55	2.1	56	82	8	137	34	20	24	20	1.96
15331227--15331316	28	3.2	27	84	7	110	32	22	24	21	1.98
15331227--15331316	27	3.2	27	82	7	101	32	22	24	21	1.98
15331424--15331513	28	3.2	28	91	0	144	34	7	24	33	1.84
15344636--15344708	28	2.6	27	85	8	85	32	23	17	26	1.97
15346628--15346808	40	4.6	40	85	6	235	27	22	25	23	2.00
15346628--15346808	79	2.3	80	86	5	244	27	22	25	23	2.00
15350424--15350606	87	2.1	88	85	4	253	30	20	12	36	1.90
15353054--15353084	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
15362059--15362129	28	2.5	28	86	6	90	26	29	15	28	1.96
15365045--15365217	40	4.3	40	84	0	193	28	21	24	24	1.99
15365126--15365243	40	3.0	40	84	0	101	27	22	26	22	1.99
15373234--15373313	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
15380940--15381069	39	3.3	39	93	0	206	26	21	29	23	1.99
15381278--15381309	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
15385232--15385301	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
15393154--15393223	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
15395665--15395699	16	2.2	16	94	0	61	42	11	28	17	1.83
15399607--15399724	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
15399575--15399738	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
15401751--15401818	20	3.2	21	81	10	77	4	26	0	69	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15401751--15401818	5	13.0	5	73	14	57	4	26	0	69	1.07
15405285--15405328	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
15406245--15406306	10	6.2	10	76	12	56	3	27	0	69	1.04
15406245--15406285	5	8.2	5	84	10	57	0	24	0	75	0.80
15406245--15406310	25	2.5	27	83	11	84	3	27	0	69	1.03
15407054--15407085	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
15408295--15408319	11	2.3	11	100	0	50	48	28	8	16	1.74
15412308--15412428	60	2.0	60	98	0	233	38	22	13	26	1.91
15413194--15413266	35	2.1	35	89	5	112	20	23	10	45	1.83
15416861--15417026	43	3.9	43	77	2	156	30	27	15	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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