genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  192  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57325596--57325626	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
57326384--57326458	27	2.8	27	76	15	75	21	18	21	38	1.93
57326499--57326633	27	4.9	27	75	13	96	32	8	17	41	1.79
57326590--57326685	27	3.6	26	88	5	147	29	7	21	41	1.80
57326484--57326685	54	3.7	54	78	5	208	32	8	18	41	1.80
57326716--57326780	27	2.4	27	84	0	85	38	6	24	30	1.80
57327744--57327893	55	2.6	57	89	6	232	32	23	14	30	1.94
57345716--57345817	53	1.9	54	93	2	179	21	18	20	39	1.93
57350145--57350273	46	2.8	45	88	4	170	27	17	29	25	1.98
57350342--57350468	49	2.6	49	78	2	130	29	20	26	22	1.98
57350197--57350509	142	2.2	145	77	7	320	28	19	26	25	1.99
57352665--57352708	15	2.7	16	89	10	63	40	27	0	31	1.56
57352780--57352825	23	2.0	24	82	4	58	43	23	10	21	1.84
57353787--57353828	22	1.9	22	90	0	66	40	4	11	42	1.63
57356346--57356497	27	5.7	27	86	2	182	42	19	6	31	1.77
57356340--57356497	81	2.0	80	84	3	210	41	19	6	32	1.78
57356346--57356541	54	3.6	54	79	7	184	40	19	7	32	1.80
57356346--57356542	81	2.4	80	80	7	209	40	19	7	31	1.80
57356520--57356894	27	13.9	27	84	3	441	28	23	8	40	1.83
57356520--57356946	27	15.8	27	80	5	308	29	22	7	39	1.83
57356341--57357011	27	24.8	27	79	4	143	34	21	8	36	1.83
57357073--57357137	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57358386--57358444	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
57358495--57358637	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
57358495--57358637	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
57358495--57358638	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
57358829--57358923	31	3.1	31	96	0	172	38	15	21	24	1.92
57363332--57363457	41	3.0	43	75	9	150	34	26	15	23	1.94
57368161--57368288	48	2.8	48	84	7	149	23	32	21	23	1.98
57375842--57376007	48	3.6	43	84	9	172	25	29	19	25	1.98
57375842--57376103	46	5.6	48	80	8	176	24	29	18	27	1.98
57375933--57376108	46	3.8	47	81	13	186	23	29	18	27	1.98
57386705--57386822	29	4.1	29	78	4	98	27	27	14	30	1.95
57387034--57387076	16	2.7	16	88	0	59	13	20	11	53	1.71
57388299--57388330	16	2.0	16	100	0	64	18	6	25	50	1.70
57394387--57394432	16	2.8	16	86	6	56	28	2	32	36	1.69
57396580--57396647	23	2.8	25	84	8	95	42	1	2	52	1.25
57403168--57403274	53	2.0	53	100	0	214	22	19	11	46	1.81
57407909--57407970	32	1.9	33	86	3	90	41	16	1	40	1.57
57407909--57407972	11	5.9	11	74	3	58	40	17	1	40	1.59
57409790--57409832	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
57413900--57413972	20	3.8	20	67	20	64	45	21	0	32	1.53
57414047--57414076	15	2.0	15	93	0	51	46	30	0	23	1.52
57417578--57417711	44	3.0	45	78	4	144	35	14	22	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57423686--57423720	18	1.9	18	88	0	52	42	20	5	31	1.75
57425406--57425438	17	1.9	17	88	11	50	42	27	6	24	1.78
57428986--57429019	3	11.3	3	100	0	68	35	0	32	32	1.58
57430694--57430731	15	2.6	14	84	15	51	0	34	0	65	0.93
57443897--57443964	34	2.0	34	100	0	136	32	11	23	32	1.91
57445925--57446229	168	1.8	168	92	1	522	40	10	15	32	1.82
57447672--57447734	25	2.4	27	84	13	94	49	4	9	36	1.57
57450073--57450333	46	5.6	46	82	7	244	22	29	19	27	1.98
57450073--57450333	47	5.6	47	80	9	234	22	29	19	27	1.98
57450073--57450333	140	1.9	140	85	6	368	22	29	19	27	1.98
57453517--57453585	32	2.2	31	82	7	77	39	15	0	44	1.47
57455276--57455308	5	6.6	5	100	0	66	60	0	0	39	0.97
57461745--57461798	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
57463282--57463391	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
57464365--57464401	18	2.0	19	89	5	58	51	10	5	32	1.60
57465075--57465099	11	2.3	11	100	0	50	40	16	0	44	1.47
57466733--57466920	38	4.9	39	92	4	310	24	22	30	22	1.99
57474719--57474909	39	4.9	39	92	0	301	25	21	30	22	1.99
57477480--57477548	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
57477535--57477565	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
57477879--57477911	14	2.4	14	85	15	50	72	15	12	0	1.12
57481715--57481741	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57485104--57485202	26	3.8	25	80	11	110	32	27	18	22	1.97
57486074--57486119	23	2.0	23	100	0	92	34	17	8	39	1.80
57488958--57489223	46	6.0	46	85	7	334	21	24	14	39	1.91
57489140--57489212	38	1.9	38	97	0	137	23	24	16	35	1.95
57492530--57492561	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
57492810--57492867	28	2.1	28	96	0	107	31	27	8	32	1.87
57492976--57493064	27	3.2	27	87	6	117	20	24	23	31	1.98
57492976--57493089	55	2.1	55	85	6	151	19	24	21	34	1.96
57496920--57497047	40	3.2	39	84	5	150	24	22	28	25	2.00
57504112--57504169	25	2.3	26	85	11	77	22	12	1	63	1.37
57506240--57506266	13	2.1	13	100	0	54	22	25	29	22	1.99
57513705--57513835	47	2.8	47	85	0	172	32	28	15	23	1.95
57524397--57524580	39	4.7	40	86	7	209	25	21	26	26	2.00
57524398--57524599	40	5.1	40	84	8	116	26	21	26	25	2.00
57524449--57524603	79	2.0	79	81	10	183	27	20	25	26	1.99
57532459--57532643	40	4.7	40	88	6	218	25	21	27	25	2.00
57532511--57532666	80	2.0	79	82	8	192	26	20	26	26	1.99
57536856--57537006	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
57536893--57537022	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
57542620--57542727	55	2.0	55	81	0	126	30	33	23	12	1.92
57542795--57542821	13	2.1	13	100	0	54	14	22	40	22	1.90
57543265--57543311	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57544637--57544669	17	1.9	17	93	0	57	21	3	0	75	0.93
57550659--57550809	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
57550695--57550825	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
57558708--57558838	40	3.3	40	78	2	147	25	24	27	22	2.00
57560765--57560942	40	4.5	40	89	2	261	24	26	23	24	2.00
57565747--57565874	48	2.6	49	82	4	152	22	28	21	27	1.99
57565893--57566056	49	3.4	49	79	6	133	23	28	19	28	1.98
57568448--57568482	17	2.1	16	94	5	61	42	25	5	25	1.77
57572501--57572550	13	3.8	13	82	12	66	60	6	10	24	1.51
57573391--57573435	22	2.1	21	84	12	56	46	4	8	40	1.55
57576501--57576828	23	14.3	23	68	10	109	38	22	5	33	1.77
57576516--57576939	46	9.2	45	76	7	329	39	22	5	33	1.76
57576541--57577104	23	24.5	23	69	12	250	39	22	5	32	1.77
57577605--57577637	15	2.2	15	94	0	57	51	21	3	24	1.62
57579310--57579372	24	2.6	24	80	7	65	19	20	19	41	1.91
57589510--57589536	8	3.4	8	100	0	54	55	22	22	0	1.44
57590280--57590335	23	2.4	23	90	0	94	17	19	21	41	1.91
57591279--57591322	21	2.1	21	83	8	54	34	15	0	50	1.45
57596667--57596695	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
57596695--57596728	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
57596890--57597038	43	3.5	42	80	7	156	26	19	21	32	1.97
57603573--57603720	43	3.5	41	81	5	163	24	17	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57613692--57613949	138	1.9	139	84	4	351	27	18	28	24	1.98
57613745--57613909	46	3.6	44	80	14	158	27	18	28	24	1.98
57623799--57624006	40	5.2	40	84	2	249	25	26	22	25	2.00
57635214--57635421	40	5.2	40	84	2	249	25	26	22	25	2.00
57639588--57639654	32	2.1	32	83	10	84	52	1	4	41	1.31
57640599--57640733	25	5.6	25	77	11	133	20	22	17	40	1.92
57640611--57640727	22	5.0	22	77	7	83	19	22	17	40	1.92
57640811--57640873	31	2.0	31	96	0	117	49	0	25	25	1.51
57640814--57640868	18	3.3	18	65	29	50	50	0	25	23	1.49
57641383--57641421	19	2.1	19	85	4	53	38	0	15	46	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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