genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  107  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32773476--32773705	50	4.6	50	80	5	234	26	17	24	30	1.97
32773476--32773705	101	2.3	99	84	5	277	26	17	24	30	1.97
32775602--32775781	40	4.5	40	87	2	206	27	25	21	25	1.99
32775562--32775781	80	2.8	80	82	4	241	26	25	20	26	1.99
32778280--32778327	8	5.8	8	92	2	60	14	10	0	75	1.06
32778279--32778328	9	5.8	9	90	4	68	14	10	0	76	1.03
32778279--32778328	17	2.9	18	82	8	68	14	10	0	76	1.03
32778280--32778328	25	1.9	26	87	4	73	14	10	0	75	1.04
32778345--32778418	37	2.0	37	85	12	100	21	6	4	67	1.31
32778421--32778494	21	3.4	21	76	10	60	41	0	2	55	1.14
32778408--32778496	23	4.0	23	73	12	78	41	0	2	56	1.12
32778757--32778794	17	2.2	17	86	13	51	63	0	0	36	0.95
32778955--32779023	27	2.6	26	83	4	84	50	2	1	44	1.25
32778955--32779020	26	2.5	27	85	2	80	50	3	1	45	1.26
32779024--32779090	35	1.9	35	81	6	82	16	7	4	71	1.25
32779149--32779192	21	2.1	21	84	16	56	36	2	0	61	1.09
32779297--32779345	18	2.8	18	78	15	57	63	0	0	36	0.95
32782341--32782463	30	4.1	30	90	0	174	24	21	26	27	1.99
32785894--32785939	14	3.5	13	77	16	51	43	0	2	54	1.12
32785987--32786019	10	3.4	10	95	4	59	48	0	6	45	1.27
32785997--32786059	29	2.2	27	88	8	90	41	1	3	53	1.26
32786725--32786795	37	1.9	36	88	2	106	50	4	1	43	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32786823--32786863	21	2.0	21	86	13	59	65	0	0	34	0.93
32786822--32786895	23	3.4	22	76	10	62	56	2	0	40	1.13
32786893--32786944	18	2.9	18	80	5	61	67	0	3	28	1.08
32786987--32787026	9	4.8	8	88	11	62	77	0	10	12	0.99
32793947--32794016	27	2.5	28	97	2	133	31	27	12	28	1.93
32796544--32796596	27	1.9	27	84	3	70	41	13	11	33	1.80
32796553--32796651	27	3.7	27	83	5	103	40	18	11	30	1.85
32796656--32796858	27	7.5	27	85	0	235	32	22	5	40	1.76
32796581--32797004	27	15.6	27	77	8	119	36	21	7	34	1.81
32796656--32796939	54	5.3	54	78	2	169	34	21	6	37	1.79
32796810--32797012	27	7.4	27	79	7	142	37	19	8	34	1.83
32797029--32797130	27	3.8	27	78	7	100	36	20	19	23	1.95
32798379--32798431	9	5.4	9	75	16	52	33	7	20	37	1.81
32798384--32798439	11	5.5	11	75	16	57	35	10	19	33	1.87
32798373--32798439	20	3.3	20	89	0	107	34	10	20	34	1.87
32798489--32798635	24	6.2	23	90	3	222	29	22	21	26	1.99
32798489--32798635	47	3.1	47	90	2	224	29	22	21	26	1.99
32798489--32798635	71	2.1	71	94	0	258	29	22	21	26	1.99
32798848--32798911	31	2.1	31	90	0	101	39	15	23	21	1.92
32800849--32801078	50	4.6	49	79	10	218	26	18	25	30	1.98
32802508--32802552	17	2.6	17	89	3	63	33	24	2	40	1.68
32806972--32807154	46	3.9	47	74	14	155	28	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32807156--32807334	96	1.8	96	83	8	236	27	17	29	25	1.98
32807205--32807335	47	2.7	47	83	4	165	27	18	27	26	1.98
32818017--32818061	18	2.3	20	77	18	58	33	0	2	64	1.06
32818024--32818061	18	2.1	19	90	5	60	31	0	2	65	1.06
32822287--32822359	24	3.0	24	97	0	137	41	12	15	31	1.84
32823328--32823362	18	1.9	18	88	0	52	51	0	34	14	1.42
32828298--32828342	19	2.4	19	88	0	72	44	4	15	35	1.67
32830604--32830634	7	4.3	7	92	8	53	16	0	41	41	1.48
32830585--32830636	14	3.8	13	78	16	61	19	0	40	40	1.51
32830601--32830632	15	2.1	15	100	0	64	18	0	40	40	1.51
32831877--32832093	40	5.5	40	86	6	264	22	16	28	33	1.95
32837303--32837380	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
32844045--32844141	28	3.4	29	76	7	83	28	31	12	26	1.93
32851770--32851881	28	4.0	29	80	4	113	27	28	15	28	1.96
32854671--32854820	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
32854695--32854876	67	2.8	63	76	10	183	30	17	29	22	1.97
32855950--32855980	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
32859115--32859264	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
32859139--32859322	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
32864895--32864942	25	1.9	25	82	0	60	31	20	16	31	1.95
32865074--32865169	26	3.8	25	88	2	122	26	25	21	27	2.00
32865073--32865182	26	4.4	25	82	10	111	28	23	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32865388--32865463	31	2.5	31	91	6	127	34	18	25	22	1.96
32868547--32868652	45	2.5	41	83	6	113	30	29	17	22	1.97
32868577--32868672	45	2.1	45	80	0	111	31	29	16	22	1.96
32872613--32872641	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
32875559--32875716	43	3.7	43	74	11	146	25	19	24	31	1.98
32880219--32880321	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
32904597--32904632	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
32905947--32906018	30	2.4	30	100	0	144	29	11	27	31	1.91
32906006--32906136	29	4.5	29	91	4	203	34	13	24	27	1.93
32915875--32915985	56	2.1	52	83	10	134	38	18	16	27	1.91
32917174--32917339	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
32917174--32917323	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
32919237--32919407	46	3.8	45	89	3	263	31	28	18	21	1.97
32922140--32922190	15	3.5	15	74	12	52	58	13	13	13	1.63
32925173--32925391	46	4.7	47	79	11	229	30	27	20	21	1.98
32929788--32929860	6	12.6	5	78	21	56	75	4	2	17	1.08
32929786--32929856	25	2.9	23	78	19	74	74	4	4	16	1.13
32929789--32929856	12	5.7	12	83	10	77	75	4	2	17	1.10
32930912--32930967	24	2.4	23	84	3	76	37	19	23	19	1.94
32931795--32931823	10	2.7	11	94	5	51	10	10	6	72	1.28
32938470--32938593	23	5.2	24	69	17	78	33	20	20	25	1.97
32938485--32938628	23	6.0	23	75	9	103	34	20	20	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32942493--32942566	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
32942434--32942566	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
32950309--32950383	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
32950367--32950440	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
32954613--32954706	47	2.0	47	100	0	188	34	10	23	31	1.89
32955736--32956132	128	3.1	127	73	9	387	19	28	31	20	1.97
32955681--32956357	43	15.9	42	73	8	345	19	28	31	20	1.97
32955681--32956429	255	2.9	256	82	4	816	18	28	32	20	1.97
32955716--32956434	298	2.4	296	81	6	817	19	28	31	20	1.97
32955671--32956387	85	8.4	86	73	5	404	18	28	31	20	1.97
32955821--32956430	43	14.4	42	70	9	197	18	27	32	20	1.96
32956048--32956430	85	4.5	84	74	7	283	18	28	33	20	1.96
32957834--32957962	39	3.3	40	89	4	183	24	28	22	24	1.99
32961465--32961571	39	2.7	39	86	2	151	26	20	28	24	1.99
32961471--32961600	40	3.3	40	89	3	183	23	22	29	24	1.99
32961470--32961635	79	2.1	79	78	6	176	24	21	28	26	1.99
32975928--32976078	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
32975965--32976094	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
32979528--32979702	46	3.8	46	78	13	196	28	29	21	20	1.98
32979536--32979706	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	20	1.98
32982617--32982820	46	4.5	45	80	11	179	24	30	21	24	1.99
32982660--32982875	92	2.4	91	79	5	222	23	31	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32982660--32982867	46	4.6	44	76	12	163	23	31	20	25	1.98
32985382--32985556	46	3.8	46	78	13	196	28	29	21	20	1.98
32985390--32985560	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	20	1.98
32992895--32992964	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
33000817--33000886	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
33003060--33003119	30	2.0	30	81	12	70	11	23	5	60	1.51
33003141--33003186	18	2.6	18	82	0	56	13	17	2	67	1.33
33003153--33003177	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
33003179--33003210	12	2.7	12	95	0	55	25	18	12	43	1.85
33004230--33004271	11	3.7	11	93	3	66	14	0	7	78	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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