genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  95  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29030933--29030986	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
29041468--29041517	25	2.0	25	100	0	100	44	12	12	32	1.78
29043574--29043617	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
29044197--29044264	28	2.4	28	82	4	75	30	33	17	17	1.94
29044523--29044681	40	4.0	40	90	2	241	28	30	21	20	1.98
29047186--29047448	46	5.7	46	76	13	240	25	19	30	25	1.98
29047189--29047357	93	1.8	92	89	3	268	28	15	29	26	1.96
29047186--29047445	139	1.9	138	83	8	307	26	18	29	25	1.98
29053701--29053906	40	5.2	40	82	1	180	21	25	24	28	1.99
29053725--29053906	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
29061756--29061936	80	2.3	80	82	0	211	22	26	23	28	1.99
29061730--29061936	40	5.2	40	81	1	184	21	26	23	28	1.99
29069499--29069587	30	3.0	30	79	8	92	58	14	16	10	1.63
29069499--29069578	15	5.4	15	79	7	83	60	12	17	10	1.59
29069510--29069587	15	5.2	15	76	11	63	57	14	16	11	1.65
29087719--29087826	45	2.4	45	98	0	207	39	12	16	31	1.85
29089502--29089607	24	4.3	25	73	6	74	33	14	24	27	1.94
29094043--29094091	17	2.9	17	78	6	55	20	16	22	40	1.91
29100543--29100662	54	2.2	54	97	1	224	52	10	20	16	1.72
29100993--29101117	40	3.2	39	85	3	162	27	21	24	26	1.99
29101352--29101395	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
29107709--29107827	53	2.2	53	96	0	220	52	10	21	15	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29108158--29108282	40	3.2	39	86	3	171	26	21	25	26	2.00
29108518--29108561	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
29110860--29110893	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
29112016--29112063	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
29112102--29112158	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
29112100--29112162	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
29112217--29112334	23	5.0	24	86	9	154	29	19	22	28	1.98
29112468--29112531	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
29116256--29116398	39	3.6	39	87	0	196	22	19	32	25	1.97
29118494--29118542	24	2.0	24	100	0	98	32	18	20	28	1.96
29121744--29121897	39	3.9	39	89	0	209	22	20	32	24	1.98
29121744--29121897	79	1.9	79	85	5	213	22	20	32	24	1.98
29124540--29124587	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
29124631--29124669	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
29124720--29124885	23	7.0	23	89	4	235	28	22	21	26	1.99
29124720--29124884	71	2.3	70	91	4	260	28	23	21	26	1.99
29125077--29125140	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
29132662--29132709	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
29132756--29132811	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
29132745--29132811	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
29132861--29133005	23	6.2	23	89	4	211	29	22	20	27	1.98
29132861--29133005	70	2.1	70	92	2	238	29	22	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29132861--29133023	70	2.3	69	88	6	222	28	22	21	26	1.99
29133217--29133280	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
29134140--29134247	46	2.3	46	84	3	137	35	16	21	26	1.95
29134192--29134251	23	2.6	23	84	5	77	30	15	25	30	1.95
29135706--29135743	19	2.0	19	85	10	51	21	44	21	13	1.85
29137553--29137609	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
29137577--29137683	44	2.2	49	80	14	143	47	7	0	44	1.31
29140693--29140720	13	2.2	13	100	0	56	39	25	7	28	1.82
29146638--29146698	21	2.9	21	82	4	79	32	11	21	34	1.89
29146638--29146690	11	5.0	11	75	6	56	32	13	22	32	1.92
29157745--29157793	25	2.0	25	91	0	80	34	22	12	30	1.91
29157830--29157890	21	2.9	21	82	4	79	32	11	21	34	1.89
29157830--29157882	11	5.0	11	75	6	56	32	13	22	32	1.92
29162582--29162689	27	4.0	26	78	8	108	16	21	22	39	1.92
29168424--29168451	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
29169516--29169606	23	3.8	24	75	15	71	30	21	15	31	1.94
29169587--29169657	23	3.2	21	75	11	70	25	21	18	35	1.95
29169516--29169651	23	5.8	23	72	7	69	29	21	16	32	1.95
29173882--29174025	44	3.4	42	80	7	148	31	22	19	25	1.98
29177156--29177240	6	13.8	6	75	14	75	51	16	15	16	1.76
29177165--29177236	25	2.9	25	76	16	78	51	18	13	16	1.77
29177161--29177240	31	2.6	31	87	0	115	51	17	15	16	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29177635--29177777	27	5.3	27	81	4	162	26	19	16	37	1.93
29177635--29177804	54	3.1	54	76	7	132	27	18	17	37	1.93
29177762--29177860	27	3.7	27	86	2	119	26	8	23	42	1.81
29177789--29177928	54	2.6	54	82	4	149	30	6	23	40	1.80
29177789--29178068	27	10.7	27	76	9	132	31	6	22	39	1.80
29177880--29177995	54	2.1	54	91	0	187	36	6	24	33	1.80
29178000--29178094	27	3.5	27	84	5	111	29	7	21	42	1.80
29180020--29180113	6	15.3	6	73	16	77	51	17	14	17	1.77
29180034--29180113	31	2.6	31	89	0	115	51	17	15	16	1.77
29180038--29180109	25	2.9	24	78	16	76	51	18	13	16	1.77
29183379--29183456	37	2.1	37	95	0	138	37	19	5	38	1.74
29183834--29183894	21	2.9	21	90	0	95	27	14	6	50	1.68
29190829--29190885	10	5.9	10	72	15	57	59	5	0	35	1.20
29190819--29190901	20	4.2	20	86	9	102	60	6	0	33	1.21
29190923--29190957	9	3.8	9	85	7	52	68	2	0	28	1.04
29190911--29190957	19	2.5	19	89	6	69	63	4	0	31	1.13
29190914--29190961	10	4.8	10	79	7	53	64	4	0	31	1.12
29195649--29195812	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
29195649--29195846	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
29199274--29199377	23	4.4	23	72	10	77	25	21	17	36	1.94
29199268--29199366	24	4.2	23	79	3	90	22	22	18	37	1.94
29199274--29199377	47	2.2	47	82	3	129	25	21	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29201084--29201240	43	3.7	42	74	15	119	24	19	24	31	1.98
29205493--29205589	38	2.6	38	86	3	124	22	23	26	26	2.00
29209273--29209328	28	2.0	28	96	0	103	42	1	25	30	1.65
29211515--29211584	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
29214038--29214130	38	2.4	38	81	0	114	23	21	26	27	1.99
29214046--29214141	38	2.5	38	82	0	111	23	18	27	30	1.98
29214134--29214245	43	2.6	43	95	0	197	8	26	34	29	1.87
29219577--29219681	40	2.6	40	87	0	147	25	22	26	24	2.00
29219579--29219728	40	3.8	40	83	5	142	26	22	26	24	2.00
29219577--29219744	80	2.1	80	81	4	187	25	20	26	26	1.99
29220536--29220601	33	2.0	33	100	0	132	33	15	15	36	1.88
29221905--29221961	16	3.4	16	68	13	51	14	14	28	43	1.83
29221895--29221964	35	2.0	35	100	0	140	17	14	25	42	1.86
29224498--29224587	29	3.1	29	92	4	139	32	26	14	26	1.95
29238790--29238859	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
29242799--29242864	24	2.8	23	79	4	78	27	21	13	37	1.91
29244491--29244583	40	2.3	40	96	0	168	15	34	19	31	1.92
29244491--29244583	20	4.7	20	75	7	91	15	34	19	31	1.92
29247703--29247811	43	2.6	43	82	4	141	28	17	22	32	1.96
29254932--29255168	49	4.8	49	86	3	305	25	17	27	29	1.98
29258108--29258176	30	2.3	30	82	7	88	7	15	18	57	1.61
29258108--29258176	15	4.7	15	82	8	79	7	15	18	57	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29266749--29266878	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
29277687--29277836	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
29277711--29277894	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
29282244--29282310	34	2.0	33	82	8	82	34	23	20	20	1.97
29286587--29286657	27	2.6	28	93	2	117	28	14	28	29	1.95
29286611--29286669	27	2.2	27	84	0	73	30	15	23	30	1.95
29292411--29292525	43	2.7	43	88	0	167	29	26	19	24	1.98
29296397--29296617	40	5.6	40	86	4	297	23	22	26	27	1.99
29296399--29296617	80	2.8	80	91	1	343	23	22	26	27	2.00
29310436--29310566	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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