genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  51  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14648721--14649056	96	3.5	95	84	4	404	28	27	15	28	1.96
14648721--14649056	144	2.3	146	85	3	446	28	27	15	28	1.96
14656240--14656547	27	11.6	27	79	9	319	39	20	9	30	1.84
14656240--14656846	54	11.3	54	77	7	337	37	21	8	32	1.85
14656240--14656846	81	7.6	81	76	7	348	37	21	8	32	1.85
14656265--14656846	27	21.7	27	79	6	279	37	21	8	32	1.84
14656830--14657239	27	15.3	27	86	3	533	32	19	22	26	1.97
14657648--14657773	6	20.3	6	70	18	80	19	15	14	50	1.79
14657648--14657758	31	3.5	31	88	1	150	18	16	14	50	1.78
14657659--14657713	19	3.3	19	65	32	52	20	14	16	49	1.80
14657733--14657789	24	2.4	24	79	8	62	21	15	12	50	1.76
14663004--14663063	30	2.0	29	87	3	84	26	33	30	10	1.89
14674545--14674583	21	1.9	21	89	5	62	20	28	38	12	1.89
14676215--14676604	193	2.0	195	80	5	443	43	10	11	35	1.75
14676597--14676637	18	2.2	19	91	4	66	46	4	7	41	1.53
14677437--14677478	21	2.0	21	90	0	66	33	4	11	50	1.60
14689285--14689506	40	5.6	40	82	5	265	25	22	26	25	2.00
14689285--14689499	79	2.7	80	82	7	269	25	22	26	25	2.00
14689285--14689539	79	3.2	79	79	9	263	25	21	26	25	2.00
14698430--14698461	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
14701380--14701417	20	2.0	20	89	5	60	52	0	0	47	1.00
14701770--14701811	20	2.2	20	86	4	59	9	19	26	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14709421--14709524	40	2.6	40	89	3	156	27	29	21	21	1.98
14709501--14709545	21	2.1	21	95	0	81	26	33	20	20	1.97
14709461--14709580	61	2.0	61	98	0	231	27	31	20	20	1.97
14724330--14724496	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
14731528--14731694	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
14736074--14736122	14	3.5	15	70	13	50	69	0	28	2	1.00
14742095--14742302	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
14742097--14742302	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
14750151--14750358	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
14750153--14750358	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
14754306--14754354	20	2.5	20	100	0	98	38	10	4	46	1.57
14759187--14759381	39	5.0	39	96	0	345	23	30	25	21	1.99
14760954--14761008	21	2.6	21	97	0	101	23	29	18	29	1.98
14766440--14766643	40	5.1	40	84	5	252	23	22	29	25	1.99
14766436--14766643	80	2.6	80	88	1	310	23	22	28	25	1.99
14771511--14771612	29	3.5	28	79	10	116	30	16	24	28	1.97
14773515--14773617	29	3.6	28	83	7	127	28	16	28	27	1.97
14782907--14783044	28	4.9	28	76	6	127	30	15	23	29	1.96
14782907--14783009	29	3.6	28	84	2	134	29	16	26	28	1.97
14782909--14783043	57	2.4	56	83	5	155	31	16	23	28	1.96
14784912--14785012	29	3.5	28	82	8	123	28	15	27	27	1.96
14785121--14785188	34	2.0	34	100	0	136	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14787756--14787823	29	2.3	29	84	0	91	29	16	25	29	1.96
14795307--14795510	40	5.1	40	84	5	252	23	22	29	25	1.99
14795303--14795510	80	2.6	80	88	1	310	23	22	28	25	1.99
14797134--14797366	39	6.0	39	92	1	387	23	29	25	22	1.99
14798948--14799002	21	2.6	21	97	0	101	23	27	20	29	1.99
14807717--14807806	28	3.2	28	80	13	105	32	23	23	21	1.98
14807912--14807979	28	2.4	28	95	0	118	32	7	26	33	1.84
14815580--14815694	55	2.1	56	82	8	137	34	20	24	20	1.96
14815605--14815694	27	3.2	27	82	7	110	32	22	24	21	1.98
14815800--14815867	28	2.4	28	92	4	111	32	8	26	32	1.87
14826725--14826821	50	1.9	50	95	0	176	42	13	20	23	1.88
14836133--14836168	18	1.9	18	88	5	54	52	0	25	22	1.47
14838864--14839004	57	2.4	58	80	3	142	26	22	19	30	1.98
14840626--14840684	30	2.0	30	83	6	75	33	11	25	28	1.91
14842386--14842425	21	2.0	21	90	5	64	10	37	30	22	1.87
14854692--14854915	39	5.6	39	82	6	179	23	21	29	25	1.99
14854686--14854882	39	4.9	39	83	8	195	24	19	29	26	1.98
14854685--14854882	79	2.5	79	80	8	215	25	19	29	26	1.98
14854685--14854910	81	2.8	78	77	7	224	25	21	28	24	1.99
14856616--14856718	51	2.0	52	96	1	190	31	27	6	34	1.83
14859034--14859071	20	1.9	20	84	10	51	55	21	2	21	1.56
14861934--14861989	22	2.3	23	82	11	60	32	16	3	48	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14862200--14862257	25	2.3	25	82	5	73	32	17	27	22	1.96
14863878--14863947	27	2.5	28	93	2	115	30	25	14	30	1.95
14868811--14868894	43	2.0	43	87	0	123	28	29	19	22	1.98
14873416--14873460	15	3.0	15	90	0	72	55	13	17	13	1.69
14873402--14873460	30	2.0	30	82	0	73	54	11	18	15	1.71
14873602--14873640	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
14878902--14878999	28	3.4	28	85	7	108	30	13	25	30	1.93
14886581--14886683	28	3.6	29	81	10	104	30	12	28	29	1.93
14886610--14886681	29	2.5	29	88	6	103	30	12	27	29	1.93
14888458--14888516	30	2.0	30	82	0	73	30	15	27	27	1.96
14888860--14889076	46	4.6	45	82	8	231	28	20	28	22	1.99
14893314--14893402	30	3.0	30	76	12	83	39	1	25	33	1.64
14896354--14896397	22	2.0	22	100	0	88	22	22	18	36	1.95
14896614--14896681	26	2.6	26	92	0	109	25	20	30	23	1.98
14904243--14904344	29	3.5	28	79	10	116	28	24	16	30	1.97
14912290--14912391	29	3.5	28	77	10	107	28	23	16	31	1.96
14921482--14921506	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
14921545--14921571	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
14922109--14922172	27	2.4	27	94	0	110	39	6	28	26	1.80
14927833--14927904	29	2.5	29	86	8	94	29	15	29	26	1.96
14934011--14934113	29	3.6	29	88	2	136	26	28	18	27	1.98
14942250--14942352	29	3.6	29	88	2	136	26	28	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14947138--14947271	29	4.6	29	85	1	101	26	31	16	26	1.96
14947137--14947296	58	2.7	59	86	3	200	25	30	16	27	1.96
14947197--14947296	29	3.4	29	100	0	200	27	28	15	30	1.96
14955025--14955158	29	4.6	29	85	1	101	26	31	16	26	1.96
14955024--14955181	58	2.7	59	86	3	196	25	30	15	27	1.96
14955084--14955181	29	3.4	29	100	0	196	27	27	14	30	1.95
14962872--14962976	29	3.6	29	80	2	95	25	32	17	24	1.97
14962931--14962999	29	2.4	29	100	0	138	27	27	14	30	1.95
14969349--14969451	29	3.6	29	88	2	136	26	28	19	26	1.99
14974755--14974855	29	3.5	28	91	5	141	29	14	28	26	1.95
14976824--14976974	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
14976861--14976990	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
14981885--14981950	21	3.3	21	69	26	70	45	6	18	30	1.73
14981873--14981952	39	2.1	39	100	0	160	42	8	17	31	1.80
14983318--14983378	30	2.0	30	83	0	77	40	3	24	31	1.71
14984539--14984565	12	2.2	12	100	0	54	33	7	14	44	1.73
14991302--14991496	96	2.0	96	100	0	390	43	17	22	17	1.88
14996575--14996608	16	2.1	16	88	0	50	23	5	5	64	1.38
14997175--14997209	18	2.0	18	88	5	54	37	2	2	57	1.29
14999061--14999113	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
15000600--15000683	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
15001492--15001524	12	2.8	12	95	0	57	42	9	24	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15004860--15004889	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
15007031--15007141	24	4.6	24	88	0	141	27	30	17	25	1.97
15010206--15010241	16	2.2	16	100	0	72	36	11	11	41	1.76
15023915--15024005	18	5.1	18	87	0	128	34	16	20	28	1.95
15024691--15024739	24	2.0	24	88	0	71	28	4	16	51	1.63
15025239--15025298	8	7.6	8	80	10	52	71	0	25	3	1.01
15025244--15025288	24	1.9	23	86	4	63	68	0	28	2	1.01
15025513--15025556	16	2.5	18	85	10	56	45	2	0	52	1.13
15032342--15032561	113	2.0	112	81	4	264	33	10	20	35	1.88
15039706--15039730	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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