genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  83  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25486748--25486796	23	2.1	23	84	0	62	51	4	0	44	1.20
25489250--25489274	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
25493433--25493608	40	4.4	40	87	3	232	24	28	22	24	2.00
25494701--25494911	106	2.0	106	100	0	422	35	22	8	34	1.84
25497247--25497304	21	2.8	21	84	7	66	17	8	15	58	1.61
25499645--25499669	13	1.9	13	100	0	50	8	16	40	36	1.77
25499640--25499711	30	2.4	30	90	4	110	19	16	38	25	1.92
25501639--25501825	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
25501662--25501825	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
25501662--25501859	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
25509210--25509396	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
25509233--25509396	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
25509233--25509430	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
25514284--25514482	39	5.1	40	84	4	226	26	31	19	23	1.98
25518516--25518710	102	1.9	102	86	0	273	22	8	18	50	1.73
25529723--25529935	46	4.9	40	80	17	223	38	15	23	22	1.93
25529764--25529979	46	4.7	46	90	0	306	39	14	23	21	1.91
25529714--25529979	138	2.0	130	86	5	370	39	15	23	22	1.91
25534975--25535014	18	2.4	16	87	8	53	37	12	7	42	1.71
25535663--25535709	23	2.0	24	91	4	78	34	17	29	19	1.94
25537652--25537819	40	4.2	40	80	5	171	26	28	22	23	1.99
25537669--25537819	80	1.9	80	87	5	225	24	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25543084--25543251	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
25543084--25543251	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
25551090--25551257	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
25551090--25551257	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
25566131--25566306	46	3.8	46	78	10	214	21	20	28	29	1.98
25566127--25566298	93	1.8	93	94	0	308	21	20	29	28	1.98
25569221--25569288	15	4.6	15	83	3	84	11	17	11	58	1.62
25569212--25569290	29	2.7	30	82	9	99	11	17	13	56	1.66
25573727--25573772	22	2.1	22	87	0	65	47	10	4	36	1.58
25593299--25593338	19	2.1	19	86	9	55	45	2	5	47	1.38
25593583--25593640	15	3.9	15	72	4	55	50	6	13	29	1.68
25594067--25594115	17	3.1	17	71	11	50	44	0	0	55	0.99
25594288--25594322	18	1.9	18	88	0	52	45	5	2	45	1.41
25598317--25598553	39	6.1	39	93	0	384	21	25	29	23	1.99
25601857--25601968	44	2.6	44	84	6	140	31	28	17	22	1.97
25601983--25602142	79	2.0	80	93	1	277	21	19	18	40	1.92
25607785--25607970	40	4.7	40	83	5	128	27	24	20	26	1.99
25615805--25615895	39	2.3	39	83	7	105	26	25	23	25	2.00
25624347--25624564	40	5.6	40	90	3	320	26	30	20	22	1.99
25624347--25624561	79	2.7	79	89	3	310	26	30	20	22	1.98
25627624--25627745	41	2.9	43	85	8	169	25	17	27	29	1.97
25629055--25629225	93	1.8	93	91	0	279	30	28	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25629050--25629219	46	3.7	46	75	13	186	31	28	19	21	1.97
25640929--25641007	37	2.1	37	97	0	149	13	11	36	37	1.81
25642050--25642115	28	2.4	28	86	0	87	22	24	24	28	1.99
25643393--25643444	24	2.2	24	77	16	56	55	23	0	21	1.43
25645777--25646008	49	4.7	50	83	2	279	28	27	18	25	1.98
25645821--25645904	28	3.2	27	67	25	72	29	29	16	23	1.96
25645777--25646006	100	2.3	98	86	2	316	29	26	18	25	1.98
25650598--25650631	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
25655958--25656036	28	2.8	28	88	0	113	24	34	16	25	1.95
25658380--25658468	27	3.3	27	84	6	101	29	12	17	40	1.86
25658393--25658575	54	3.4	53	75	14	169	31	10	19	39	1.85
25658391--25658576	27	6.9	27	75	12	134	31	10	18	39	1.84
25658799--25658836	19	2.0	19	85	10	51	21	44	21	13	1.85
25664342--25664471	57	2.3	58	85	4	165	26	32	16	25	1.96
25664313--25664471	29	5.5	29	82	5	171	25	31	16	25	1.97
25672347--25672506	29	5.5	29	81	4	171	25	30	16	26	1.97
25674394--25674544	40	3.8	40	75	15	134	27	23	26	23	2.00
25674430--25674560	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
25682440--25682549	40	2.8	39	82	10	134	23	24	29	22	1.99
25682440--25682549	39	2.8	37	82	11	130	23	24	29	22	1.99
25689004--25689219	46	4.7	46	79	10	233	31	28	18	21	1.97
25691962--25692016	15	3.6	16	76	11	62	58	10	16	14	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25694623--25694678	27	2.1	27	100	0	112	39	7	42	10	1.67
25695021--25695189	46	3.7	44	75	11	153	29	28	19	22	1.98
25695075--25695242	47	3.6	47	75	12	184	29	27	20	23	1.99
25695028--25695292	92	2.9	92	88	1	368	27	26	21	24	1.99
25697416--25697440	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
25702496--25702662	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
25702496--25702662	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
25703485--25703530	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
25714461--25714668	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
25714462--25714668	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
25721125--25721294	92	1.8	92	96	0	313	28	28	21	21	1.99
25721120--25721291	46	3.7	46	80	11	217	29	27	21	21	1.99
25721122--25721310	46	4.1	46	73	17	151	28	28	21	21	1.99
25728671--25728841	92	1.9	92	96	0	315	28	28	21	22	1.99
25728666--25728837	46	3.7	46	79	11	217	29	27	21	22	1.99
25741577--25741697	48	2.5	48	87	0	188	19	15	28	36	1.92
25741572--25741715	48	3.0	47	83	2	162	20	14	27	37	1.91
25744264--25744290	12	2.2	12	100	0	54	14	14	33	37	1.88
25746270--25746442	46	3.7	46	80	13	210	21	20	27	29	1.98
25746267--25746437	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
25753776--25753948	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
25753773--25753943	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25754441--25754622	41	4.5	41	93	0	294	35	23	24	17	1.95
25754784--25754817	14	2.4	15	85	14	54	32	0	23	44	1.54
25754912--25754950	17	2.2	18	90	4	62	33	0	25	41	1.56
25755402--25755431	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
25755431--25755457	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
25758234--25758280	19	2.5	19	96	0	85	40	10	14	34	1.81
25758555--25758807	134	1.9	133	97	0	479	19	9	19	51	1.74
25764785--25765694	370	2.5	371	98	0	1761	36	14	10	38	1.82
25765782--25765849	24	2.8	24	84	8	93	27	20	7	44	1.78
25765927--25766187	9	28.4	9	77	7	195	47	13	0	38	1.48
25771829--25771879	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
25772274--25772480	43	4.8	43	95	1	353	24	31	18	26	1.97
25776659--25777347	343	2.0	345	90	2	1082	29	11	22	35	1.90
25784372--25784475	52	2.0	52	96	0	190	13	25	5	55	1.60
25784521--25784581	27	2.3	27	86	11	81	4	19	4	70	1.24
25785767--25785794	10	2.8	10	100	0	56	17	0	7	75	1.03
25787631--25787722	27	3.4	27	83	0	121	27	22	9	40	1.85
25789688--25789779	27	3.4	27	82	5	105	27	22	8	41	1.83
25791775--25791853	27	2.9	27	81	3	97	27	24	6	41	1.79
25793821--25793879	27	2.2	27	87	6	84	27	27	8	37	1.85
25795352--25795441	27	3.3	26	82	3	99	25	26	10	37	1.87
25797424--25797515	27	3.4	27	87	0	139	27	23	8	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25799451--25799544	27	3.5	27	91	0	143	26	26	8	38	1.85
25802407--25802612	40	5.2	40	94	1	326	22	21	28	27	1.99
25810335--25810543	79	2.6	80	90	4	318	22	21	27	27	1.99
25810335--25810543	40	5.3	40	92	4	318	22	21	27	27	1.99
25812610--25812703	27	3.5	27	89	0	134	28	26	6	38	1.81
25815999--25816064	27	2.4	28	89	2	107	28	13	25	31	1.94
25816019--25816076	27	2.1	27	81	6	64	32	15	20	31	1.94
25817921--25818012	27	3.4	27	86	0	130	27	22	8	41	1.83
25819979--25820072	27	3.5	27	89	0	134	29	26	6	37	1.81
25820546--25820616	24	3.1	23	73	19	67	29	12	15	42	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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