genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  108  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33005565--33005589	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
33006073--33006160	30	2.9	30	71	6	88	27	15	27	29	1.96
33010070--33010208	40	3.5	40	82	7	142	25	28	23	23	2.00
33018321--33018460	40	3.5	40	93	4	221	25	30	24	20	1.99
33033127--33033160	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
33038403--33038469	34	2.0	34	88	5	100	25	23	26	23	2.00
33049264--33049360	40	2.4	40	92	0	158	29	25	16	27	1.97
33052009--33052179	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
33052004--33052176	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
33065137--33065180	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
33066995--33067061	28	2.4	28	87	7	93	47	28	2	20	1.65
33073860--33073924	29	2.2	29	88	0	94	32	24	16	26	1.96
33074142--33074176	16	2.2	16	100	0	70	11	17	17	54	1.71
33077636--33077666	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
33077691--33077755	31	2.1	32	97	2	123	29	15	3	52	1.58
33084200--33084256	30	1.9	30	85	0	78	42	7	14	36	1.72
33084968--33085089	47	2.6	47	94	0	208	37	12	24	25	1.90
33085068--33085262	55	3.6	54	80	6	214	36	16	24	21	1.94
33089886--33090111	50	4.5	51	79	8	216	25	18	26	30	1.98
33090211--33090262	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
33096255--33096314	28	2.2	28	96	3	113	31	6	21	40	1.79
33097401--33097575	49	3.5	48	79	14	185	25	18	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33097397--33097579	100	1.8	100	91	2	305	24	19	26	29	1.99
33107152--33107323	46	3.7	45	76	11	161	29	27	19	23	1.98
33107157--33107327	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
33117891--33118066	46	3.8	46	76	12	198	22	20	27	29	1.98
33117888--33118058	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
33123938--33123969	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
33130298--33130344	21	2.2	21	100	0	94	36	27	12	23	1.91
33130448--33130609	42	3.8	42	72	4	137	29	22	16	30	1.96
33135871--33135905	17	2.1	17	94	0	61	42	14	5	37	1.69
33137774--33138006	49	4.7	50	82	2	290	27	18	26	28	1.98
33140354--33140517	42	3.9	42	77	4	141	32	26	12	28	1.93
33142160--33142275	43	2.7	43	82	2	135	31	28	17	23	1.97
33144577--33144603	13	2.1	13	100	0	54	48	22	7	22	1.75
33153021--33153054	16	2.1	16	94	0	59	17	11	23	47	1.81
33155135--33155315	88	2.1	88	96	0	335	25	22	13	38	1.91
33158551--33158589	14	2.7	15	85	14	55	58	2	0	38	1.12
33158554--33158584	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
33162161--33162212	26	2.0	26	84	0	68	15	13	34	36	1.87
33165683--33165712	15	1.9	16	93	6	53	36	16	0	46	1.47
33172894--33172923	15	1.9	16	93	6	53	36	16	0	46	1.47
33173031--33173140	44	2.6	43	81	7	116	30	28	19	22	1.98
33175225--33175272	20	2.4	20	71	0	51	31	16	29	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33176811--33176868	6	9.5	6	73	3	53	6	22	0	70	1.10
33176809--33176887	12	6.2	12	78	10	50	7	24	0	68	1.15
33176856--33176911	21	2.7	20	78	8	58	8	21	1	67	1.27
33182069--33182273	3	69.3	3	69	14	88	61	3	5	28	1.37
33184259--33184297	20	2.0	20	89	0	60	58	0	5	35	1.20
33187068--33187281	41	5.2	41	83	5	254	34	23	21	20	1.96
33187072--33187281	81	2.6	80	83	6	251	35	23	20	20	1.96
33187339--33187413	7	10.0	7	72	22	55	46	34	0	18	1.49
33187351--33187415	16	4.2	16	75	20	66	49	32	0	18	1.48
33187521--33187584	7	9.0	7	77	3	65	25	0	25	50	1.50
33187521--33187583	29	2.2	28	88	2	90	23	0	25	50	1.49
33193897--33193952	21	2.7	21	97	0	103	28	35	8	26	1.87
33199665--33199848	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
33199705--33199893	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
33207784--33207967	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
33207824--33208012	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
33210263--33210342	31	2.5	31	81	4	88	30	20	21	28	1.98
33210422--33210464	18	2.4	18	84	0	59	39	11	13	34	1.82
33212759--33212844	9	9.6	9	89	0	118	45	22	6	25	1.77
33212864--33212899	6	6.0	6	96	0	54	16	0	5	77	0.94
33219878--33219962	30	3.0	27	77	16	82	68	2	1	28	1.09
33223215--33223481	46	5.7	46	73	10	152	25	16	30	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33228544--33228644	40	2.5	40	82	1	114	29	20	26	22	1.99
33228582--33228710	40	3.2	40	81	6	145	24	22	28	24	1.99
33230511--33230581	28	2.5	28	88	4	99	30	12	23	32	1.92
33239911--33239979	28	2.5	28	83	4	86	27	10	26	36	1.88
33245952--33246121	46	3.7	45	78	13	150	30	18	27	23	1.98
33246001--33246314	46	6.6	49	76	12	196	28	20	27	22	1.99
33247474--33247513	21	2.0	20	85	5	53	12	37	27	22	1.90
33249621--33249684	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
33249878--33250067	24	8.0	24	90	4	278	26	21	23	28	1.99
33249877--33250068	47	4.0	48	90	4	291	26	21	22	29	1.99
33249878--33250068	71	2.7	72	89	4	289	26	21	23	29	1.99
33250126--33250202	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
33250122--33250204	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
33250122--33250193	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
33250241--33250288	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
33253603--33253666	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
33253860--33254049	24	8.0	24	90	4	278	26	21	23	28	1.99
33253859--33254050	47	4.0	48	90	4	291	26	21	22	29	1.99
33253860--33254050	71	2.7	72	89	4	289	26	21	23	29	1.99
33254108--33254184	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
33254104--33254186	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
33254104--33254175	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33254223--33254270	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
33257575--33257794	40	5.6	40	80	6	225	26	26	21	25	1.99
33257575--33257794	120	1.8	118	85	3	307	26	26	21	25	1.99
33261761--33261804	20	2.3	19	84	15	63	36	4	0	59	1.18
33263239--33263444	50	4.1	50	75	6	184	25	17	26	30	1.97
33263239--33263414	50	3.5	49	81	3	199	25	17	26	30	1.97
33263237--33263442	49	4.1	48	72	9	146	26	17	25	30	1.98
33264735--33264910	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
33264731--33264902	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
33268530--33268642	56	2.1	54	81	9	131	38	17	16	27	1.92
33269833--33269999	40	4.2	40	77	9	146	25	22	27	23	2.00
33276375--33276431	18	3.2	18	78	9	71	38	15	21	24	1.92
33276690--33276739	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
33276774--33276890	27	4.3	26	80	6	117	21	19	18	40	1.92
33282787--33282911	29	4.3	29	91	1	198	24	13	31	30	1.94
33285497--33285720	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
33285497--33285720	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
33293715--33293937	40	5.6	40	85	7	301	25	26	23	24	2.00
33297414--33297525	50	2.2	50	98	1	215	39	26	8	25	1.84
33297888--33298037	41	3.7	41	78	6	144	31	29	14	25	1.94
33302860--33303216	47	7.6	46	73	14	227	23	27	19	29	1.98
33302859--33303216	94	3.8	94	78	7	345	23	27	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33305205--33305257	18	2.8	18	75	18	54	60	1	7	30	1.35
33310047--33310164	27	4.3	27	84	4	130	27	23	6	41	1.80
33310196--33310345	27	5.6	27	77	4	133	42	20	7	30	1.79
33310196--33310345	54	2.8	54	76	7	162	42	20	7	30	1.79
33311333--33311402	25	2.8	24	89	4	95	24	25	24	25	2.00
33311333--33311429	25	4.0	23	84	8	86	26	23	23	25	2.00
33311549--33311680	42	3.2	42	96	2	241	31	15	19	33	1.93
33311704--33311848	31	4.7	31	90	2	231	29	15	25	29	1.96
33311704--33311848	61	2.4	62	88	3	231	29	15	25	29	1.96
33314080--33314196	27	4.3	27	86	0	144	27	25	6	40	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292