genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  62  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18527402--18527488	29	3.0	29	81	5	97	28	34	13	22	1.93
18527402--18527476	28	2.6	28	85	2	96	28	34	13	24	1.93
18531231--18531305	28	2.6	28	85	2	96	30	33	12	24	1.91
18531231--18531322	29	3.2	29	80	8	102	29	33	13	23	1.92
18543062--18543136	29	2.6	29	95	0	132	28	29	17	25	1.97
18545532--18545565	14	2.6	13	90	9	52	23	5	8	61	1.47
18551555--18551593	20	2.0	20	89	0	60	15	5	2	76	1.06
18567488--18567766	47	6.0	47	93	0	461	32	12	29	25	1.93
18567488--18567766	140	2.0	140	92	0	468	32	12	29	25	1.93
18567488--18567766	93	3.0	94	93	1	461	32	12	29	25	1.93
18567655--18567730	23	3.2	25	62	24	63	28	14	34	22	1.93
18567929--18568035	37	2.9	37	94	2	182	21	19	31	27	1.97
18569302--18569626	40	8.1	40	91	0	488	27	22	26	24	2.00
18569789--18569847	27	2.2	27	81	6	75	28	10	32	28	1.90
18573520--18573799	47	6.0	47	91	0	443	32	12	29	26	1.92
18573688--18573763	25	3.2	25	62	24	63	28	14	35	21	1.92
18573961--18574069	37	2.9	37	94	0	182	21	18	32	28	1.96
18577476--18577561	37	2.3	37	97	0	163	23	31	19	25	1.98
18577606--18578019	48	8.6	48	97	0	783	31	27	7	33	1.86
18579518--18579542	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
18581645--18581678	7	4.9	7	89	10	52	76	0	0	23	0.79
18594282--18594468	71	2.7	68	91	5	263	18	29	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18594305--18594468	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
18594305--18594502	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
18601849--18602012	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
18601849--18602046	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
18620821--18620950	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
18620837--18620987	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
18620821--18620987	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
18628341--18628470	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
18628357--18628507	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
18628341--18628507	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
18636999--18637055	28	2.0	28	100	0	114	43	24	3	28	1.70
18637188--18637295	53	2.0	54	80	8	123	42	1	2	52	1.26
18644327--18644471	37	3.9	37	95	0	254	24	33	19	23	1.97
18644516--18644997	48	10.0	48	90	0	766	31	25	6	36	1.81
18648791--18648848	19	3.2	19	95	4	102	37	8	15	37	1.78
18649802--18649837	15	2.4	15	100	0	72	36	8	19	36	1.82
18655419--18655566	48	3.1	48	88	0	224	29	24	7	38	1.83
18656836--18656888	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
18658245--18658305	6	10.8	6	78	18	69	85	0	11	3	0.72
18659255--18660823	205	7.7	205	90	1	2424	31	18	21	29	1.96
18659256--18660823	610	2.6	611	90	1	2452	31	18	21	29	1.96
18660680--18661167	261	1.9	261	85	3	687	32	15	23	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18661454--18661531	19	4.1	19	85	9	106	39	8	15	35	1.79
18661443--18661529	36	2.4	36	73	16	90	40	9	14	35	1.79
18664517--18664566	23	2.0	24	81	11	57	58	12	0	30	1.34
18666725--18666792	34	2.0	34	85	5	93	32	29	13	25	1.93
18668089--18668219	46	2.8	46	90	0	208	20	21	28	29	1.98
18671625--18671676	25	2.1	25	100	0	104	23	0	23	53	1.46
18672092--18672138	21	2.2	21	92	0	76	12	8	40	38	1.74
18684340--18684364	13	1.9	13	100	0	50	12	32	0	56	1.36
18685810--18685875	34	2.0	33	85	8	89	21	24	25	28	1.99
18691498--18691566	27	2.6	27	90	4	104	30	28	13	27	1.94
18699869--18700032	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
18699869--18700066	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
18707405--18707567	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
18707405--18707601	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
18709931--18710105	49	3.5	49	84	3	242	28	25	20	26	1.99
18709923--18710110	100	1.9	100	93	0	322	27	25	21	25	1.99
18712142--18712186	15	3.0	15	75	12	56	62	13	8	15	1.54
18714528--18714704	49	3.6	49	82	3	219	31	24	16	27	1.97
18714520--18714716	100	2.0	101	88	2	297	30	24	17	26	1.97
18716923--18716947	11	2.3	11	100	0	50	8	16	16	60	1.58
18719600--18719728	46	2.8	46	89	0	195	20	22	28	28	1.98
18732805--18732927	28	4.4	28	83	0	156	31	29	14	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18732936--18733017	40	2.0	40	85	0	110	35	26	14	23	1.93
18752606--18752768	39	4.2	39	89	0	236	24	20	31	23	1.98
18752623--18752798	39	4.5	40	86	0	151	24	22	31	21	1.98
18755608--18755769	39	4.2	39	91	2	263	24	32	20	22	1.98
18755616--18755771	77	2.0	78	93	1	269	22	32	20	25	1.98
18765705--18765836	48	2.8	48	95	1	230	35	7	27	29	1.84
18765705--18766039	47	7.1	48	89	4	305	32	8	29	29	1.88
18765814--18766067	47	5.4	47	93	0	391	31	9	29	28	1.89
18765829--18765995	22	7.2	22	66	18	97	29	10	31	28	1.91
18765957--18766033	22	3.4	22	67	10	64	32	11	28	27	1.92
18766719--18766746	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
18768005--18768201	40	4.9	41	85	3	213	24	23	27	24	2.00
18768005--18768202	79	2.5	80	82	2	209	24	23	27	24	2.00
18768205--18768399	43	4.5	43	98	0	372	11	23	32	32	1.91
18768371--18768427	28	2.0	28	89	0	87	17	15	28	38	1.91
18771950--18772082	48	2.8	48	97	0	248	35	9	27	28	1.87
18771950--18772285	47	7.1	48	89	4	323	32	9	29	29	1.89
18772059--18772307	47	5.3	47	94	0	390	31	9	30	28	1.88
18772075--18772241	22	7.2	22	66	18	97	29	10	31	28	1.91
18772203--18772279	22	3.4	22	67	10	64	32	11	28	27	1.92
18776992--18777149	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
18776992--18777179	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18782997--18783168	45	3.7	46	79	13	210	21	20	28	29	1.98
18783392--18783429	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
18790572--18790744	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
18790569--18790739	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
18790968--18791005	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
18794693--18794726	17	1.9	18	88	5	52	2	14	0	82	0.79
18796677--18796737	30	2.1	29	93	3	104	36	24	16	22	1.94
18798581--18798809	116	2.0	116	97	0	431	32	26	10	30	1.90
18802337--18802464	48	2.7	48	91	0	211	18	16	28	35	1.93
18809260--18809298	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
18809260--18809306	21	2.3	21	85	10	62	31	2	21	44	1.64
18811523--18811550	10	2.8	10	100	0	56	28	0	21	50	1.49
18813878--18813914	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
18814051--18814097	18	2.6	19	83	6	62	29	0	0	70	0.88
18815307--18815370	26	2.5	27	80	14	73	67	1	4	26	1.19
18815350--18815403	20	2.7	21	77	8	58	59	1	7	31	1.36
18815856--18815940	32	2.6	32	78	9	84	63	1	4	30	1.22
18815936--18816098	8	18.9	8	64	14	56	51	8	0	39	1.33
18815934--18815985	27	1.9	27	88	7	79	51	7	0	40	1.30
18815920--18816103	35	5.3	35	96	0	323	51	8	0	40	1.32
18821788--18821815	13	2.2	13	100	0	56	50	14	7	28	1.69
18833913--18834187	27	9.8	27	79	9	219	28	22	8	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18833913--18834187	54	4.9	54	76	8	253	28	22	8	40	1.83
18834018--18834098	37	2.2	38	84	2	101	24	29	6	39	1.80
18833934--18834179	118	2.1	118	85	0	321	26	22	8	41	1.83
18833923--18834187	145	1.8	145	90	0	422	28	21	8	41	1.82
18834139--18834331	81	2.4	80	77	10	194	39	21	7	31	1.82
18834139--18834391	27	9.3	27	76	7	136	39	20	8	32	1.82
18834448--18834540	27	3.5	26	85	5	114	36	20	23	19	1.95
18836317--18836541	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
18836536--18836665	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
18851964--18852093	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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