genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  175  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52092740--52092863	64	1.9	64	85	5	167	29	16	30	24	1.96
52093898--52093922	4	6.2	4	100	0	50	24	24	0	52	1.48
52095359--52095641	42	6.8	42	86	3	374	33	25	17	23	1.96
52102038--52102221	40	4.7	39	81	11	191	25	27	22	24	2.00
52102040--52102221	78	2.3	81	86	6	257	25	27	22	24	2.00
52106776--52106992	45	4.9	45	92	3	343	21	20	29	28	1.98
52114820--52115037	45	4.9	45	93	1	359	21	22	29	27	1.99
52116369--52116402	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
52117131--52117203	27	2.7	27	80	0	83	31	6	20	41	1.79
52122992--52123193	40	5.1	40	87	4	268	25	29	23	22	1.99
52124340--52124371	5	6.6	5	96	3	57	81	0	0	18	0.70
52136622--52136726	43	2.5	42	80	7	122	27	20	24	27	1.99
52146114--52146349	27	8.7	27	86	0	312	36	16	14	32	1.89
52157995--52158085	42	2.2	40	77	16	98	70	1	7	20	1.19
52160993--52161026	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
52161772--52161895	38	3.2	39	82	8	146	26	25	25	23	2.00
52166053--52166166	39	2.9	38	88	3	156	24	27	21	26	2.00
52166022--52166204	40	4.6	40	82	4	181	23	26	22	27	1.99
52174115--52174300	39	4.8	38	79	7	155	23	25	23	27	2.00
52174115--52174296	40	4.6	39	82	2	159	23	25	23	27	2.00
52179026--52179187	39	4.2	39	91	2	263	22	20	32	24	1.98
52179026--52179217	39	4.9	39	88	1	251	22	21	32	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52188784--52188905	48	2.6	48	84	6	160	33	21	15	29	1.94
52190948--52190989	19	2.2	19	91	4	66	21	7	4	66	1.35
52192977--52193207	27	8.6	26	83	3	201	38	20	9	31	1.85
52193136--52193260	27	4.6	27	77	4	90	37	24	8	29	1.85
52193245--52193439	27	7.3	27	87	2	277	32	21	22	23	1.98
52194304--52194367	19	3.4	19	70	12	60	20	17	15	46	1.83
52194294--52194459	31	5.2	31	78	9	113	21	15	13	49	1.79
52194294--52194377	37	2.3	37	93	0	141	22	14	11	51	1.75
52194294--52194467	6	28.3	6	69	15	88	21	15	13	49	1.79
52204961--52205032	36	2.0	36	100	0	144	33	22	5	38	1.77
52205490--52205593	53	2.0	53	83	7	131	25	3	23	47	1.69
52220368--52220521	43	3.6	41	79	11	157	33	23	16	27	1.96
52224595--52224694	49	2.0	49	98	0	191	35	23	6	36	1.79
52227233--52227386	43	3.6	41	79	11	157	33	23	16	27	1.96
52231460--52231559	49	2.0	49	98	0	191	35	23	6	36	1.79
52234098--52234251	43	3.6	41	79	11	157	33	23	16	27	1.96
52238326--52238425	49	2.0	49	98	0	191	35	23	6	36	1.79
52240964--52241117	43	3.6	41	76	14	150	32	23	16	27	1.96
52244671--52244695	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
52254944--52254970	9	3.0	9	100	0	54	55	0	33	11	1.35
52262946--52263012	3	22.3	3	100	0	134	67	0	0	32	0.91
52265833--52265882	26	1.9	26	91	0	82	18	26	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52270749--52270899	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
52270786--52270915	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
52286543--52286655	39	2.8	39	83	2	136	23	26	22	27	1.99
52286543--52286693	40	3.8	40	80	3	108	23	25	21	29	1.99
52296529--52296691	39	4.2	39	93	0	272	20	20	30	28	1.98
52296529--52296729	78	2.6	78	86	3	219	21	21	29	27	1.98
52296938--52296970	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
52302907--52302955	20	2.5	19	86	3	71	28	38	22	10	1.87
52302907--52302959	19	2.7	20	88	2	81	26	37	26	9	1.87
52311877--52311969	40	2.3	40	86	0	123	30	17	24	27	1.97
52312985--52313091	55	1.9	55	90	0	169	23	28	29	17	1.97
52317174--52317343	38	4.5	38	90	2	254	21	22	25	30	1.99
52317146--52317343	38	5.2	38	85	6	242	22	23	25	28	1.99
52317336--52317490	43	3.6	43	90	0	256	12	24	32	30	1.92
52323583--52323723	40	3.4	40	80	6	122	29	12	28	30	1.92
52324601--52324714	31	3.7	31	95	2	196	28	27	15	28	1.96
52324738--52324828	42	2.2	42	96	2	166	32	20	15	30	1.94
52324976--52325045	25	2.8	25	86	4	88	27	21	24	27	1.99
52325855--52325918	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
52325949--52326184	27	8.7	27	80	1	184	31	9	19	39	1.84
52326059--52326217	81	2.0	81	81	12	193	30	11	19	37	1.88
52326216--52326399	54	3.4	54	92	1	280	39	7	23	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52326216--52326399	27	6.8	27	86	2	253	39	7	23	29	1.81
52326259--52326433	81	2.2	81	87	0	242	37	8	24	30	1.85
52328265--52328395	55	2.4	55	90	0	199	24	30	31	13	1.94
52342688--52342739	24	2.2	24	100	0	104	44	9	7	38	1.66
52349637--52349668	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
52361730--52361792	27	2.3	28	75	8	67	34	12	19	33	1.89
52362201--52362254	27	2.0	26	85	3	72	22	22	18	37	1.95
52364575--52364663	27	3.3	27	85	0	106	38	15	20	25	1.92
52365075--52365161	28	3.2	27	81	4	95	22	21	19	35	1.96
52365086--52365184	27	3.7	25	84	8	90	25	23	15	36	1.93
52366560--52366620	26	2.5	24	84	7	77	34	19	18	27	1.95
52367835--52367963	48	2.7	48	87	0	195	24	18	30	26	1.98
52369563--52369637	27	2.8	27	89	0	105	28	16	25	30	1.96
52369636--52369890	27	9.4	27	77	8	158	41	18	8	30	1.80
52369636--52369859	81	2.7	83	75	9	201	44	18	7	29	1.77
52369636--52369806	54	3.2	53	78	8	175	43	19	6	29	1.76
52369908--52369981	27	2.7	27	77	4	69	36	18	21	22	1.95
52370125--52370220	27	3.6	27	84	2	113	20	22	21	34	1.97
52370372--52370463	28	3.1	28	78	15	96	21	25	26	27	2.00
52370395--52370506	33	3.4	33	86	0	152	25	19	25	30	1.98
52377802--52377984	48	3.8	48	93	0	312	23	18	30	27	1.97
52379702--52379745	23	1.9	23	100	0	88	22	15	25	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52379705--52379756	23	2.3	23	89	0	77	25	19	19	36	1.95
52381073--52381097	13	1.9	13	100	0	50	60	0	32	8	1.26
52389252--52389341	27	3.3	27	84	0	108	32	16	15	35	1.91
52389253--52389368	54	2.1	54	83	0	142	31	18	15	35	1.92
52389264--52389370	27	4.0	27	82	0	115	29	16	15	37	1.91
52389693--52389744	18	2.9	19	83	11	65	23	19	11	46	1.82
52393007--52393156	41	3.7	41	84	1	221	21	23	27	28	1.99
52397007--52397107	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
52397007--52397189	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	2.00
52401710--52401757	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
52401805--52401858	11	5.4	11	70	20	55	37	11	20	31	1.88
52401800--52401858	19	3.0	20	95	5	111	35	10	20	33	1.86
52401909--52402028	24	5.0	23	83	6	143	30	21	21	25	1.98
52401909--52402027	47	2.5	48	86	5	152	30	21	21	26	1.99
52402219--52402313	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
52410705--52410818	43	2.7	41	75	15	99	25	13	26	35	1.92
52423536--52423599	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
52423814--52423956	23	6.1	23	89	3	189	27	21	21	29	1.99
52423814--52423956	45	3.1	46	85	5	189	27	21	21	29	1.99
52424010--52424053	20	2.2	20	100	0	88	34	18	11	36	1.86
52425375--52425634	27	9.6	27	87	3	335	39	8	23	28	1.83
52425376--52425634	81	3.2	80	87	3	376	38	8	23	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52428471--52428534	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
52428727--52428891	23	7.0	24	88	6	232	27	21	21	29	1.99
52428944--52428987	20	2.2	20	100	0	88	34	18	11	36	1.86
52429022--52429069	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
52430300--52430558	27	9.6	27	87	4	344	39	8	23	28	1.84
52430302--52430558	134	1.9	135	89	2	401	39	8	23	28	1.84
52430299--52430566	107	2.5	106	80	7	326	38	8	23	28	1.84
52433399--52433462	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
52433677--52433818	23	6.1	23	91	6	207	26	21	22	29	1.99
52433656--52433819	46	3.5	46	85	9	208	26	21	22	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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