genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  48  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13536241--13536276	18	2.0	18	94	0	63	41	5	22	30	1.76
13539044--13539211	46	3.6	44	78	9	183	30	19	27	22	1.98
13542512--13542663	42	3.6	41	80	8	144	25	20	27	26	1.99
13542501--13542663	43	3.8	42	80	8	143	26	19	27	26	1.99
13545028--13545087	22	2.7	22	85	10	70	53	1	0	45	1.10
13551526--13551609	40	2.1	40	91	6	134	54	5	14	25	1.62
13556001--13556080	39	2.1	39	100	0	160	27	12	28	31	1.93
13560031--13560061	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
13579010--13579108	28	3.4	28	86	6	110	29	13	27	30	1.94
13579037--13579108	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
13582038--13582163	64	2.0	64	93	0	216	30	15	15	38	1.88
13582228--13583386	180	6.5	180	89	1	1552	29	16	24	28	1.97
13584106--13584153	25	2.0	25	83	4	62	6	16	2	75	1.11
13590134--13590192	25	2.5	24	81	13	68	38	11	5	44	1.63
13591076--13591114	20	1.9	21	85	15	55	43	2	0	53	1.14
13591134--13591215	14	5.3	15	71	21	53	50	0	3	46	1.19
13591134--13591233	34	2.9	33	78	12	103	50	0	4	46	1.20
13591122--13591202	34	2.7	30	75	18	87	45	0	3	50	1.19
13592820--13592849	14	2.1	14	93	0	51	30	20	6	43	1.77
13594119--13594174	2	28.5	2	94	3	96	51	0	1	46	1.11
13595148--13595319	94	1.8	94	82	0	218	36	18	22	23	1.95
13595136--13595355	94	2.3	93	75	6	217	33	18	25	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13603070--13603153	26	3.3	26	70	18	86	57	2	14	26	1.50
13603061--13603134	24	3.0	25	69	21	73	60	2	13	22	1.45
13604752--13604778	9	3.0	9	100	0	54	33	11	33	22	1.89
13612006--13612050	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
13617196--13617220	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
13617490--13617557	30	2.3	29	82	10	75	29	19	4	47	1.69
13618485--13618511	14	1.9	14	100	0	54	48	14	7	29	1.71
13623065--13623159	39	2.4	39	89	0	136	44	20	4	31	1.70
13626554--13626679	28	4.5	28	84	1	146	25	17	23	33	1.96
13626554--13626663	56	2.0	56	88	0	166	23	18	24	33	1.97
13629149--13629205	22	2.6	22	85	0	78	19	33	31	15	1.93
13634340--13634389	13	3.6	14	71	17	50	30	2	12	56	1.47
13634705--13634800	40	2.4	40	85	0	129	35	8	6	50	1.58
13634705--13634811	40	2.7	40	82	2	108	32	7	7	52	1.58
13641400--13641501	28	3.5	29	80	6	109	28	14	28	28	1.95
13649188--13649288	28	3.5	28	82	4	112	29	14	26	28	1.95
13659065--13659336	46	5.9	46	88	0	366	40	13	23	22	1.89
13659157--13659227	21	3.2	21	66	21	54	39	7	26	26	1.82
13661056--13661102	16	2.8	17	77	6	51	40	2	4	53	1.32
13661598--13661674	31	2.5	31	83	10	88	37	10	2	49	1.51
13664110--13664148	4	9.8	4	100	0	78	25	0	23	51	1.49
13669504--13669604	39	2.6	39	88	0	139	36	22	25	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13675364--13675449	34	2.5	34	92	0	145	34	32	11	20	1.89
13680869--13680918	24	2.1	24	96	0	91	12	24	32	32	1.91
13684607--13684652	16	2.9	16	81	9	51	39	0	2	58	1.10
13688827--13688977	53	2.8	53	87	4	205	27	17	27	28	1.97
13693767--13694068	153	2.0	152	89	2	466	39	7	10	42	1.69
13701288--13701321	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
13702337--13702361	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
13707019--13707157	65	2.1	66	92	4	237	34	14	25	25	1.94
13713689--13713730	17	2.4	17	88	11	59	35	2	0	61	1.09
13726958--13727070	43	2.6	43	83	8	124	24	14	24	36	1.93
13728848--13728888	18	2.3	18	87	4	57	19	0	24	56	1.42
13729978--13730028	22	2.3	22	93	3	84	29	17	9	43	1.81
13737676--13737704	14	2.1	14	100	0	58	20	0	20	58	1.39
13741885--13741992	37	3.1	37	62	32	94	36	13	5	44	1.68
13741819--13742018	66	3.0	66	94	1	328	36	13	6	44	1.68
13749450--13749489	19	2.1	19	95	0	71	35	10	12	42	1.76
13753457--13753602	40	3.7	38	88	7	193	29	26	23	21	1.99
13756245--13756528	27	10.5	27	79	11	278	27	21	9	41	1.84
13756211--13756528	54	5.9	54	83	2	190	27	22	9	39	1.86
13756242--13756527	81	3.5	82	83	4	357	27	21	9	40	1.85
13756506--13756645	27	5.2	27	78	6	124	41	21	6	30	1.78
13756244--13756528	54	5.3	54	86	0	347	27	21	9	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13756508--13756645	54	2.5	54	84	3	152	41	21	6	30	1.78
13756628--13756689	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
13756522--13756672	54	2.8	54	84	4	153	41	19	8	29	1.81
13756522--13756674	81	1.9	81	86	5	220	41	19	8	30	1.81
13757310--13757368	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
13764614--13764727	40	2.9	38	84	5	111	28	25	22	23	2.00
13764658--13764769	40	2.8	40	95	0	197	29	24	23	23	1.99
13767086--13767237	67	2.2	68	79	10	168	31	15	30	22	1.95
13771713--13771965	68	3.9	64	76	10	210	29	16	29	24	1.97
13777229--13777264	11	3.2	11	92	4	54	66	0	2	30	1.06
13779169--13779203	16	2.2	16	100	0	70	20	20	34	25	1.96
13780437--13780473	9	4.1	9	86	13	58	32	0	13	54	1.40
13784570--13784627	27	2.2	27	84	3	73	24	24	10	41	1.86
13786722--13787356	315	2.0	315	98	0	1234	37	5	18	38	1.74
13806914--13806984	26	2.7	26	72	10	63	47	2	2	46	1.31
13813607--13813779	93	1.9	93	91	2	285	27	30	21	21	1.98
13813600--13813775	46	3.8	46	76	12	189	28	29	21	21	1.98
13816154--13816242	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
13816154--13816236	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
13816165--13816242	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
13819162--13819333	93	1.8	93	94	0	308	27	30	22	19	1.98
13819154--13819329	46	3.8	46	81	10	223	28	30	21	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13824007--13824282	50	5.5	50	92	2	448	35	15	22	26	1.94
13824262--13824320	31	1.9	31	100	0	118	28	20	25	25	1.99
13824275--13824366	46	2.0	46	91	0	148	26	21	23	28	1.99
13824321--13824390	31	2.3	31	87	0	95	25	18	25	30	1.98
13830973--13831002	15	2.0	15	100	0	60	33	33	6	26	1.83
13838826--13838922	43	2.2	44	78	8	110	31	23	15	28	1.95
13840391--13840495	52	2.0	52	100	0	210	22	17	15	44	1.86
13846120--13846153	17	2.0	17	94	0	59	38	35	2	23	1.70
13852422--13852476	28	2.0	28	100	0	110	41	21	18	18	1.90
13857588--13857684	27	3.5	28	94	4	171	30	26	13	28	1.94
13858163--13858190	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
13864849--13864945	27	3.5	28	94	4	171	30	26	13	28	1.94
13871181--13871219	20	1.9	21	89	5	62	35	15	0	48	1.45
13871423--13871542	41	2.9	42	81	3	143	29	25	17	27	1.98
13873828--13873904	28	2.8	28	85	0	91	28	18	31	22	1.97
13875295--13875323	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
13879305--13879468	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
13881676--13881731	17	3.2	17	92	2	94	23	12	16	48	1.80
13888250--13888378	46	2.8	44	83	9	154	22	28	20	28	1.98
13888252--13888421	93	1.8	92	82	8	220	22	28	18	30	1.98
13890992--13891030	15	2.6	15	83	0	51	66	17	5	10	1.39
13896674--13896803	50	2.6	49	89	3	181	28	29	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13896674--13896860	101	1.9	99	84	4	250	26	29	18	25	1.98
13899345--13899416	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
13914896--13914967	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
13916897--13917207	153	2.0	153	91	0	498	28	12	24	34	1.92
13926302--13926431	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
13934347--13934476	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
13939435--13939479	23	2.0	23	86	0	63	40	22	15	22	1.91
13939464--13939517	22	2.4	24	81	12	69	31	20	24	24	1.98
13939441--13939515	23	3.3	22	76	10	71	33	18	22	25	1.97
13941962--13941998	15	2.5	15	95	0	65	37	13	32	16	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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