genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  227  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66156917--66156945	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
66157456--66157519	31	2.0	32	85	8	87	45	0	7	46	1.32
66158445--66158488	15	2.9	15	77	12	54	38	2	11	47	1.52
66158997--66159070	19	4.2	19	69	20	63	45	4	21	28	1.70
66159013--66159078	33	2.0	33	100	0	132	45	9	18	27	1.79
66160258--66160363	28	3.7	28	68	25	69	26	25	19	28	1.99
66160270--66160399	60	2.2	59	87	8	183	26	25	19	28	1.99
66161655--66161697	14	3.0	14	86	10	52	72	2	20	4	1.14
66162895--66162953	3	20.0	3	96	3	111	66	0	0	33	0.92
66162897--66162975	29	2.7	29	88	5	106	62	1	0	36	1.04
66163048--66163091	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
66168476--66168665	47	3.9	49	80	9	194	30	28	17	24	1.97
66175173--66175203	16	2.0	16	93	6	55	6	16	0	77	0.97
66178514--66178694	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
66178516--66178686	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
66181659--66181737	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
66184103--66184283	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
66184105--66184275	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
66189010--66189097	21	4.0	21	79	5	86	14	30	27	27	1.95
66193986--66194044	29	2.0	30	86	6	84	20	40	0	38	1.53
66194119--66194178	18	3.4	18	69	17	54	23	26	0	50	1.50
66199442--66199549	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66201824--66202215	131	3.0	130	87	2	545	37	19	17	25	1.93
66211680--66211705	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
66219120--66219163	19	2.2	20	84	4	54	63	2	0	34	1.07
66219108--66219187	40	2.0	41	82	7	101	65	1	0	33	1.01
66219158--66219233	21	3.7	21	75	8	66	67	2	1	28	1.12
66219331--66219365	10	3.4	10	88	7	52	71	0	5	22	1.07
66219387--66219553	9	17.6	10	68	22	76	29	4	1	64	1.23
66219385--66219582	19	10.4	18	67	19	77	32	4	1	62	1.23
66219388--66219459	28	2.5	29	80	8	76	29	4	2	63	1.27
66219501--66219574	28	2.6	28	80	6	87	39	0	0	60	0.97
66219532--66219573	20	2.0	21	86	13	61	40	0	0	59	0.97
66219489--66219581	19	5.0	19	73	17	79	37	2	0	60	1.09
66220104--66220140	15	2.4	16	86	8	51	45	8	2	43	1.47
66220143--66220220	41	1.9	41	100	0	156	35	14	10	39	1.80
66222972--66223023	21	2.5	21	84	3	61	51	3	11	32	1.56
66223273--66223311	20	1.9	21	89	5	62	35	0	25	38	1.56
66228639--66228690	26	2.0	25	82	10	61	40	5	1	51	1.37
66228861--66228899	16	2.4	16	87	8	53	41	2	0	56	1.13
66233326--66233354	14	2.1	14	100	0	58	41	13	6	37	1.72
66235378--66235408	14	2.2	14	94	0	53	77	0	3	19	0.90
66239828--66239858	14	2.2	14	94	0	53	77	0	3	19	0.90
66242304--66242355	24	2.2	24	85	0	68	38	1	5	53	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66247571--66247727	78	2.0	78	88	0	233	40	14	14	30	1.86
66256152--66256248	27	3.7	26	74	10	88	39	23	9	27	1.85
66256176--66256403	27	8.4	26	81	4	123	37	21	6	34	1.79
66256271--66256412	27	5.2	27	88	2	196	33	22	4	39	1.76
66256647--66256698	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
66256912--66257005	6	15.3	6	75	16	86	19	17	14	48	1.81
66256912--66256991	31	2.6	31	85	0	115	18	17	15	48	1.81
66256915--66256994	25	3.2	24	81	15	92	18	17	15	48	1.81
66262640--66262665	13	2.0	13	100	0	52	23	38	30	7	1.83
66273016--66273053	19	2.0	19	90	10	60	57	0	0	42	0.98
66277152--66277192	21	2.0	21	100	0	82	58	17	14	9	1.62
66278645--66278674	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
66301666--66301730	20	3.3	20	70	12	62	43	1	0	55	1.09
66301678--66301742	20	3.3	19	76	6	67	46	3	0	50	1.17
66301773--66301833	17	3.5	17	68	24	54	67	3	3	26	1.22
66306561--66306654	45	2.1	45	97	0	179	31	19	14	34	1.92
66308178--66308223	24	1.9	24	90	0	74	36	0	0	63	0.95
66310832--66310898	33	2.0	33	97	0	125	31	4	22	41	1.73
66311690--66311759	26	2.7	26	86	6	99	21	24	17	37	1.94
66311716--66311792	23	3.2	23	88	5	100	16	24	22	36	1.94
66311740--66311810	23	3.1	22	86	8	72	18	26	21	33	1.96
66311751--66311891	73	2.0	71	80	5	158	19	24	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66311918--66311965	25	1.9	25	87	8	71	29	22	8	39	1.83
66317672--66317707	18	2.0	18	94	0	63	47	16	13	22	1.82
66319269--66319303	17	2.0	18	94	5	63	22	5	11	60	1.52
66322008--66322059	9	5.8	9	86	8	52	30	9	15	44	1.78
66322360--66322400	21	2.0	21	85	0	55	43	19	2	34	1.64
66326407--66326484	10	7.8	10	72	20	56	16	2	0	80	0.82
66326404--66326482	30	2.6	31	84	9	110	17	3	0	78	0.90
66326592--66326725	42	3.2	42	87	5	173	30	36	12	20	1.90
66327840--66327898	20	2.9	20	83	11	75	79	0	13	6	0.92
66331273--66331500	46	5.0	46	88	1	305	22	23	14	39	1.91
66334701--66334729	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
66355667--66355713	2	23.5	2	95	0	85	53	0	46	0	1.00
66356792--66356829	14	2.7	14	84	8	51	44	10	13	31	1.77
66366368--66366481	57	2.0	57	100	0	228	36	22	21	19	1.95
66370023--66370059	17	2.2	17	95	0	65	51	0	0	48	1.00
66370380--66370428	19	2.5	20	74	9	57	48	8	2	40	1.44
66370505--66370536	15	2.1	15	100	0	64	50	0	25	25	1.50
66370505--66370543	15	2.6	15	91	0	51	46	2	23	28	1.65
66387503--66387527	12	2.1	12	100	0	50	36	16	8	40	1.77
66389480--66389508	13	2.1	14	93	6	51	27	3	0	68	1.05
66391011--66391085	38	2.0	38	100	0	150	26	13	17	42	1.86
66401290--66401347	30	2.0	29	90	10	91	13	10	0	75	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66402341--66402636	118	2.5	115	83	6	339	23	16	30	29	1.96
66402667--66402699	15	2.2	15	94	0	57	75	9	0	15	1.03
66402842--66402871	5	5.8	5	96	4	51	23	0	0	76	0.78
66402867--66402919	28	1.9	28	88	3	81	45	0	11	43	1.40
66402863--66402925	27	2.3	26	73	10	63	41	0	9	49	1.35
66402921--66402952	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
66406222--66406481	27	9.6	27	81	0	295	40	20	8	30	1.82
66406212--66406482	54	5.0	54	85	1	346	39	20	8	31	1.82
66406222--66406553	27	12.3	27	78	5	294	39	20	9	30	1.83
66406352--66406590	81	2.9	82	80	4	236	37	20	9	32	1.85
66406243--66406590	27	12.9	26	73	10	157	38	20	8	32	1.83
66406580--66406791	27	7.9	27	81	3	223	37	17	20	24	1.94
66406582--66406736	53	2.9	53	83	5	204	38	17	20	23	1.93
66406574--66406795	54	4.1	54	81	3	250	37	17	19	25	1.94
66406572--66406795	107	2.1	108	83	2	281	37	17	19	25	1.93
66406582--66406781	80	2.5	80	86	1	247	37	18	19	25	1.94
66407124--66407151	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
66407148--66407207	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
66407326--66407483	6	25.8	6	74	15	121	17	18	15	48	1.81
66407326--66407407	37	2.2	37	82	8	105	17	17	18	47	1.83
66407327--66407429	43	2.4	41	87	6	134	16	18	17	47	1.83
66407335--66407460	19	6.8	19	71	20	81	16	19	17	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66407391--66407471	31	2.6	31	88	1	119	18	19	14	46	1.83
66407363--66407492	55	2.4	54	84	7	156	17	17	15	49	1.80
66408785--66408894	56	2.0	56	90	0	175	19	13	25	41	1.88
66410972--66411053	26	3.2	26	96	0	146	30	4	26	37	1.77
66424214--66424258	20	2.3	20	88	3	65	31	24	26	17	1.97
66427204--66427264	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
66431559--66431601	9	5.2	8	89	10	61	72	0	0	27	0.85
66438461--66438876	41	10.2	41	79	7	314	37	19	17	25	1.94
66438444--66438855	123	3.3	120	77	10	356	39	18	17	24	1.92
66438462--66438816	164	2.2	162	79	10	373	37	20	16	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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