genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  252  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73178805--73178874	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
73178805--73178886	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
73181148--73181177	12	2.5	12	100	0	60	0	43	36	20	1.52
73185300--73185331	15	2.1	15	94	0	55	71	9	6	12	1.29
73187387--73187416	13	2.2	14	94	5	53	36	0	10	53	1.35
73187531--73187580	15	3.5	15	76	15	52	44	2	0	54	1.11
73188096--73188211	10	12.3	9	66	20	51	37	3	0	57	1.21
73188138--73188208	18	4.0	17	73	8	61	43	2	0	53	1.15
73188121--73188202	36	2.2	36	82	8	103	41	3	0	54	1.18
73188138--73188208	17	4.0	18	70	15	58	43	2	0	53	1.15
73189588--73189615	12	2.3	12	100	0	56	85	14	0	0	0.59
73191641--73191674	5	6.8	5	100	0	68	0	58	0	41	0.98
73199490--73199519	15	2.0	15	93	0	51	66	3	0	30	1.07
73202240--73202293	22	2.5	22	90	0	81	27	35	18	18	1.94
73203909--73204018	26	4.2	26	94	0	166	36	23	6	33	1.80
73205835--73206022	3	60.7	3	69	18	77	31	4	3	60	1.35
73205836--73206262	150	2.9	150	87	5	571	31	5	5	58	1.42
73206279--73206345	19	3.2	21	77	16	68	35	0	5	58	1.23
73206299--73206339	17	2.4	17	88	8	57	34	0	4	60	1.18
73206283--73206349	23	3.2	21	78	19	70	34	0	5	59	1.22
73206377--73206441	13	4.8	13	71	16	51	38	1	4	55	1.30
73206387--73206524	22	6.2	22	71	20	65	35	2	5	57	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73206652--73206695	2	21.5	2	90	4	70	47	2	2	47	1.27
73206803--73206865	24	2.6	25	77	10	67	41	7	1	49	1.42
73210235--73210348	39	2.9	39	89	0	165	24	19	28	27	1.98
73211367--73211401	15	2.3	15	90	5	52	14	0	14	71	1.15
73222444--73223015	76	7.3	75	82	10	670	30	16	19	33	1.94
73222444--73223015	151	3.7	149	82	10	668	30	16	19	33	1.94
73222801--73222829	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
73222672--73222983	162	1.9	162	84	5	423	27	17	20	34	1.95
73222746--73222984	79	2.9	81	84	12	308	25	17	20	36	1.95
73224523--73225036	3	168.3	3	68	19	159	31	4	4	60	1.35
73224704--73224759	19	2.7	21	81	13	64	33	3	8	53	1.49
73224540--73225021	144	3.3	145	82	10	483	30	4	4	60	1.36
73225040--73225077	18	2.2	18	90	4	60	36	0	2	60	1.11
73225124--73225180	11	5.0	11	75	8	51	36	1	5	56	1.32
73225128--73225208	24	3.3	23	78	10	81	35	2	4	56	1.34
73225128--73225280	22	6.9	22	69	23	90	33	3	5	57	1.39
73225128--73225301	48	3.8	46	71	21	143	33	4	5	56	1.42
73225203--73225261	24	2.7	21	80	15	66	33	1	5	59	1.29
73228141--73228202	12	5.3	12	72	14	58	40	1	3	54	1.26
73230012--73230188	47	3.8	47	79	12	202	29	27	19	23	1.98
73230020--73230190	94	1.8	93	89	1	270	28	27	20	23	1.99
73231484--73231542	31	1.9	31	96	0	109	22	28	11	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73237621--73237795	47	3.7	47	75	12	171	30	30	18	20	1.97
73239346--73239392	24	2.0	24	84	16	62	31	2	14	51	1.55
73239363--73239416	21	2.6	21	75	13	58	37	0	12	50	1.41
73239550--73239657	37	2.7	40	81	9	123	27	17	22	32	1.96
73239828--73239875	24	2.0	24	84	8	62	35	6	18	39	1.76
73241499--73241742	126	1.9	126	94	0	425	38	15	17	29	1.90
73241843--73241892	13	4.2	12	80	14	52	68	0	4	28	1.08
73242199--73242229	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
73242201--73242237	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
73242884--73243617	133	5.5	133	89	2	1078	27	23	20	28	1.99
73243145--73243348	43	4.7	43	66	11	126	26	26	19	26	1.99
73244908--73244955	13	3.6	13	78	10	53	0	20	0	79	0.74
73244888--73244955	25	2.6	27	84	15	97	1	20	0	77	0.84
73244908--73244950	20	2.1	21	91	4	70	0	23	0	76	0.78
73246872--73246990	47	2.5	49	79	8	136	28	25	16	29	1.97
73247003--73247031	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
73247030--73247207	31	5.7	31	87	2	232	25	26	19	28	1.99
73247030--73247207	62	2.9	62	87	0	257	25	26	19	28	1.99
73247030--73247207	93	1.9	93	90	0	284	25	26	19	28	1.99
73247185--73247361	50	3.5	50	87	2	248	26	20	16	36	1.94
73250825--73250869	21	2.1	21	88	8	65	15	22	22	40	1.91
73254354--73254597	126	1.9	126	92	0	407	38	15	16	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73254698--73254747	13	4.2	12	80	14	52	68	0	4	28	1.08
73255057--73255088	14	2.3	14	94	0	55	68	0	0	31	0.90
73256101--73256140	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
73256202--73256341	27	5.2	28	89	5	175	35	22	23	17	1.95
73257960--73258095	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
73262157--73262208	19	2.7	19	81	0	59	55	5	5	32	1.47
73266198--73266252	26	2.1	26	100	0	110	14	14	16	54	1.71
73266395--73266419	13	1.9	13	100	0	50	0	0	28	72	0.86
73278020--73278053	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
73278387--73278414	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
73279435--73279478	20	2.3	18	84	7	52	47	18	6	27	1.73
73292292--73292335	23	1.9	23	86	9	63	36	4	0	59	1.18
73293488--73293553	10	6.4	10	81	13	80	33	27	0	39	1.57
73293489--73293553	32	2.0	32	91	5	105	33	26	0	40	1.56
73293488--73293543	22	2.6	22	81	15	73	33	28	0	37	1.58
73293720--73293796	22	3.2	25	72	20	81	33	6	1	58	1.32
73293704--73293801	48	2.0	48	90	0	151	34	6	2	57	1.35
73294747--73294806	7	8.6	7	88	0	93	28	1	13	56	1.47
73295302--73295373	28	2.5	29	77	4	74	30	40	16	12	1.86
73295423--73295457	18	1.9	18	100	0	70	31	28	0	40	1.57
73295874--73295964	29	3.2	29	68	22	93	37	2	7	52	1.42
73295894--73295991	27	3.6	27	70	22	87	32	4	6	57	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73295876--73296008	56	2.4	56	100	0	266	37	3	7	51	1.45
73299095--73299472	126	3.0	126	82	2	454	28	18	16	37	1.92
73299649--73299693	18	2.6	18	86	10	58	53	26	0	20	1.46
73299683--73299731	6	8.8	6	78	17	61	34	48	0	16	1.46
73299681--73299731	16	3.1	17	80	11	70	37	47	0	15	1.46
73299692--73299741	10	4.8	10	80	9	55	42	46	0	12	1.41
73299683--73299746	32	2.0	33	87	3	94	37	46	0	15	1.46
73312392--73312497	39	2.8	37	74	5	104	33	29	21	15	1.94
73313389--73313447	22	2.7	21	78	17	66	1	23	3	71	1.11
73313411--73313455	15	3.1	15	82	14	51	2	20	6	71	1.20
73313627--73313691	3	21.7	3	100	0	130	66	0	0	33	0.92
73313901--73313946	22	2.1	22	100	0	92	60	8	4	26	1.44
73318537--73318572	18	2.0	18	100	0	72	27	11	11	50	1.72
73318585--73318664	40	2.0	40	100	0	160	15	20	12	52	1.74
73325035--73325080	22	2.1	22	100	0	92	30	4	17	47	1.67
73327165--73327209	2	22.5	2	95	0	81	53	0	0	46	1.00
73332274--73332307	17	2.0	18	88	11	54	38	0	0	61	0.96
73339062--73339127	32	2.1	32	100	0	132	34	15	6	43	1.71
73341979--73342035	28	2.0	28	100	0	114	47	0	3	49	1.18
73349136--73349169	6	5.7	6	92	0	59	14	17	0	67	1.23
73349128--73349230	51	2.0	51	100	0	206	22	17	7	52	1.70
73349187--73349220	6	5.7	6	92	0	59	14	17	0	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73350588--73350663	25	2.9	27	75	13	70	21	22	23	32	1.98
73351335--73351516	46	4.0	46	91	1	276	22	23	14	39	1.91
73354210--73354289	25	3.2	24	79	10	74	17	25	22	35	1.95
73356260--73356288	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
73360644--73360672	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
73360695--73360735	5	8.4	5	94	5	75	41	0	0	58	0.98
73361832--73362032	101	2.0	102	93	1	341	31	11	6	50	1.65
73366777--73366811	18	1.9	18	94	0	61	42	11	14	31	1.81
73367184--73367216	12	2.8	12	90	0	57	24	18	0	57	1.40
73368506--73368545	18	2.3	18	86	4	55	32	0	5	62	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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