genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  254  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73654381--73654448	23	2.8	23	76	18	75	66	0	0	33	0.92
73654392--73654427	17	2.0	19	89	10	58	69	0	0	30	0.89
73654925--73655057	18	7.5	17	86	5	176	36	12	11	39	1.78
73654927--73655066	35	3.9	35	94	2	235	37	12	10	39	1.77
73655247--73655305	20	2.9	21	80	10	68	33	11	0	54	1.37
73655352--73655547	3	64.7	3	76	7	173	30	4	3	62	1.31
73655619--73655652	17	2.0	17	88	0	50	32	8	2	55	1.45
73655642--73655729	14	5.7	14	71	17	59	29	10	3	56	1.49
73663589--73663625	4	9.0	4	88	5	56	45	0	2	51	1.15
73667430--73667490	29	2.1	29	90	0	95	47	11	14	26	1.78
73667852--73667881	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
73669605--73669700	23	4.2	23	69	12	63	41	2	1	55	1.18
73676515--73676546	10	3.3	10	95	4	57	0	0	6	93	0.34
73679586--73679638	22	2.3	23	83	6	63	13	7	7	71	1.29
73679820--73679854	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
73680056--73680125	32	2.3	30	78	9	77	48	1	2	47	1.25
73683741--73683933	30	6.4	30	90	0	260	25	46	3	23	1.68
73683816--73683868	18	3.3	18	65	29	55	24	49	3	22	1.66
73684431--73684483	22	2.3	23	80	9	63	33	3	5	56	1.41
73684615--73684673	19	2.9	19	72	18	57	30	6	5	57	1.46
73684789--73684836	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
73684789--73684840	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73688604--73688638	17	2.1	17	94	0	61	88	2	8	0	0.61
73688604--73688636	6	5.7	6	89	7	50	87	3	9	0	0.63
73690826--73690991	71	2.3	72	89	3	262	28	15	19	36	1.92
73691001--73691136	71	1.9	71	89	0	209	34	15	19	30	1.93
73691072--73691299	85	2.7	85	84	4	273	30	14	20	34	1.93
73691072--73692573	71	18.5	83	73	16	706	29	15	19	35	1.93
73691158--73691455	156	1.9	155	82	5	368	29	15	20	34	1.93
73690909--73692105	242	5.0	243	82	9	1244	30	15	19	34	1.93
73691555--73691883	87	3.8	86	83	4	338	27	16	20	35	1.94
73691649--73691883	89	2.7	87	87	2	319	26	17	20	34	1.95
73691803--73692329	75	7.1	75	86	5	682	30	16	20	33	1.94
73691820--73692335	224	2.3	224	89	3	769	30	16	20	32	1.94
73692408--73692440	14	2.4	14	90	10	50	21	12	6	60	1.53
73692304--73692786	91	5.3	91	77	10	384	28	16	17	37	1.92
73692262--73692786	183	2.9	177	77	9	474	29	16	17	36	1.92
73693462--73693594	30	4.4	30	86	0	167	26	46	3	23	1.69
73694094--73694146	22	2.3	23	80	9	63	33	3	5	56	1.41
73694094--73694307	25	8.7	25	68	16	101	33	7	4	55	1.48
73694281--73694339	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
73694457--73694504	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
73694457--73694508	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
73696248--73696336	21	4.1	21	84	5	99	12	22	10	55	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73706477--73706513	17	2.2	18	90	9	60	43	0	2	54	1.14
73710798--73710823	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
73713096--73713139	21	2.1	21	95	4	81	54	4	6	34	1.47
73713110--73713150	11	3.9	11	78	12	50	53	7	2	36	1.42
73713090--73713243	69	2.3	65	77	13	152	58	6	2	32	1.37
73713195--73713262	21	3.0	22	72	18	59	57	7	1	33	1.36
73713179--73713292	62	1.9	61	86	10	166	56	7	1	34	1.39
73713253--73713326	27	2.7	28	81	10	82	55	6	4	33	1.45
73713319--73713355	14	2.5	15	86	8	58	67	0	0	32	0.91
73713322--73713403	27	2.8	27	72	16	74	60	2	4	31	1.30
73713655--73713682	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
73713662--73713818	80	1.9	84	82	8	198	54	4	4	36	1.41
73715443--73715496	21	2.6	21	81	0	72	25	37	12	24	1.91
73715561--73715858	88	3.4	88	78	8	304	34	20	16	28	1.95
73715555--73716166	175	3.7	163	77	12	463	34	20	17	27	1.95
73715782--73716112	77	4.3	77	85	1	403	34	19	17	28	1.95
73716015--73716201	91	2.1	89	86	2	257	39	18	14	26	1.90
73723165--73723192	14	2.0	14	100	0	56	7	35	21	35	1.81
73724446--73724484	12	2.9	13	85	14	53	43	7	23	25	1.80
73728279--73728351	20	3.5	20	68	22	51	56	2	4	36	1.33
73728313--73728355	20	2.2	20	95	0	77	53	4	6	34	1.49
73728337--73728448	47	2.5	44	75	15	104	58	6	0	33	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73728427--73728469	19	2.2	19	87	4	59	58	4	2	34	1.32
73728724--73728763	2	20.0	2	86	0	53	52	5	0	42	1.23
73729131--73729173	22	2.0	22	86	9	61	65	0	2	32	1.06
73731512--73731930	185	2.3	182	89	1	640	34	6	15	44	1.71
73734314--73734359	19	2.3	20	92	3	76	26	10	15	47	1.78
73734440--73734479	20	2.0	20	100	0	80	55	0	0	45	0.99
73738134--73738167	16	2.1	16	100	0	68	47	23	5	23	1.73
73740259--73740354	26	3.4	28	81	11	115	30	3	3	63	1.25
73740259--73740380	30	4.3	27	80	14	113	30	5	2	61	1.32
73740707--73740761	27	2.0	27	83	13	69	23	3	5	67	1.28
73743015--73743064	2	25.5	2	83	4	66	44	2	4	50	1.32
73744385--73744451	27	2.4	27	72	18	66	37	0	2	59	1.13
73744458--73744491	17	2.1	15	89	10	50	41	0	0	58	0.98
73747156--73747274	58	2.1	58	100	0	238	11	15	19	53	1.71
73747547--73747594	24	2.0	24	95	0	87	29	18	25	27	1.98
73748495--73748681	101	1.8	102	82	3	243	22	19	19	37	1.94
73751515--73751554	20	2.0	20	85	14	55	52	0	5	42	1.23
73754999--73755054	15	3.9	15	79	13	64	16	39	8	35	1.80
73768223--73768248	13	2.0	13	100	0	52	15	7	38	38	1.76
73772797--73772835	20	1.9	20	89	5	60	33	2	2	61	1.23
73779269--73779644	66	5.7	66	70	2	207	13	26	18	40	1.88
73779269--73779654	132	2.9	132	82	3	463	13	26	18	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73779467--73779912	198	2.3	199	90	3	652	15	24	21	39	1.91
73779470--73779912	66	6.7	65	68	10	254	15	24	21	39	1.91
73781334--73781398	29	2.3	29	82	12	82	21	1	4	72	1.11
73781344--73781398	22	2.5	22	85	8	69	23	0	5	70	1.07
73781415--73781452	17	2.2	17	86	9	51	36	2	2	57	1.26
73789660--73789707	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
73791049--73791488	219	2.0	219	98	0	844	30	15	19	34	1.93
73799490--73799558	33	2.1	33	97	0	129	28	1	23	46	1.61
73800900--73800963	31	2.1	31	90	0	101	37	23	14	25	1.92
73809130--73809203	32	2.3	32	85	0	94	63	1	1	33	1.11
73811470--73811539	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
73811470--73811551	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
73819488--73819557	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
73819488--73819569	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
73826642--73826670	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
73832170--73832202	7	4.7	7	100	0	66	45	24	0	30	1.53
73834134--73834175	21	2.0	22	86	13	61	59	7	2	30	1.37
73836279--73836303	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
73840140--73840170	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
73843942--73843994	24	2.1	24	82	6	61	50	7	0	41	1.30
73845474--73845498	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
73850112--73850183	37	1.9	37	83	5	92	37	1	0	61	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73852550--73852575	12	2.2	12	100	0	52	23	11	7	57	1.59
73865297--73865389	35	2.7	35	94	1	161	30	12	22	34	1.92
73872835--73872861	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
73880384--73880682	88	3.3	87	73	11	289	32	16	22	28	1.96
73880374--73880715	181	1.9	180	90	3	553	32	16	20	29	1.95
73880748--73880864	44	2.6	44	82	1	144	31	18	20	29	1.97
73882172--73882332	88	1.8	88	86	2	234	29	18	22	30	1.97
73882169--73882332	44	3.7	44	78	6	188	29	18	21	29	1.97
73882168--73882372	44	4.7	44	74	10	116	30	19	20	29	1.97
73882172--73882374	88	2.3	88	80	8	209	29	18	22	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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