genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29318399--29318529	29	4.5	29	90	0	172	29	15	32	23	1.95
29321880--29321925	9	4.7	10	82	10	51	34	8	19	36	1.83
29322003--29322075	26	2.8	26	93	2	121	26	23	21	28	1.99
29321980--29322082	26	4.1	24	82	8	109	31	21	20	27	1.98
29328737--29328817	34	2.4	33	81	2	90	30	23	22	23	1.99
29331255--29331378	50	2.4	51	78	7	137	33	17	15	33	1.91
29333948--29333977	10	3.1	10	95	4	53	46	20	0	33	1.51
29339163--29339323	43	3.8	43	78	5	166	32	23	15	28	1.95
29347603--29347650	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
29348665--29348767	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
29348965--29348997	17	1.9	17	100	0	66	30	30	9	30	1.88
29348917--29349045	65	2.0	65	96	0	240	30	28	7	33	1.85
29348982--29349406	48	8.9	48	96	1	771	29	28	6	35	1.82
29349141--29349269	28	5.2	28	58	27	74	28	29	6	35	1.82
29353029--29353067	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
29353060--29353144	24	3.5	24	78	0	98	11	27	1	60	1.39
29353089--29353134	18	2.6	18	82	0	56	15	28	0	56	1.39
29353138--29353234	42	2.3	44	91	1	123	14	23	5	56	1.58
29353145--29353212	21	3.2	21	65	8	57	11	22	7	58	1.57
29355673--29355707	10	3.5	10	88	0	52	37	22	25	14	1.92
29355670--29355717	20	2.4	20	75	0	60	31	18	29	20	1.97
29357060--29357265	27	7.7	27	79	4	202	22	16	21	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29357065--29357272	53	3.9	53	87	0	254	22	14	21	41	1.89
29357061--29357272	80	2.7	79	79	3	210	22	15	21	41	1.90
29358878--29358927	23	2.2	22	79	10	57	52	26	4	18	1.63
29359660--29359822	43	3.8	43	74	9	136	33	23	15	26	1.95
29362216--29362316	29	3.5	29	79	2	105	27	14	32	24	1.95
29363987--29364099	56	2.1	54	81	9	131	38	17	16	27	1.92
29365290--29365456	40	4.2	40	77	9	146	25	22	27	23	2.00
29373274--29373460	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
29373274--29373427	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
29373278--29373460	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
29373278--29373495	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
29378725--29378813	44	2.0	44	93	0	151	34	34	15	14	1.89
29398004--29398157	40	4.1	36	76	11	112	28	23	26	21	1.99
29398054--29398179	40	3.2	40	95	0	216	25	24	28	21	1.99
29414890--29414956	28	2.4	28	100	0	134	31	10	17	40	1.84
29417740--29417906	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	25	2.00
29425746--29425912	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	25	2.00
29429197--29429257	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
29435902--29435989	40	2.2	40	89	0	140	19	27	29	23	1.98
29442875--29443042	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
29449908--29450075	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
29457888--29458055	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29461436--29461461	12	2.2	12	100	0	52	15	34	19	30	1.93
29462061--29462087	12	2.2	12	100	0	54	37	18	14	29	1.91
29463228--29463385	68	2.3	68	77	11	160	20	28	15	34	1.94
29463792--29463855	31	2.0	33	85	11	89	76	1	15	6	1.06
29465028--29465121	29	3.2	29	95	0	161	29	15	28	25	1.96
29472710--29472775	34	1.9	34	96	0	123	37	9	28	24	1.86
29475117--29475357	55	4.5	53	75	11	183	34	18	23	23	1.96
29475118--29475318	108	1.8	110	85	4	282	33	17	23	24	1.97
29483692--29483738	16	3.0	15	75	22	51	29	2	25	42	1.67
29484584--29484622	20	2.0	19	85	14	53	41	12	20	25	1.88
29485282--29485330	10	4.9	10	87	9	64	28	18	10	42	1.83
29492249--29492464	49	4.6	46	74	12	161	25	28	20	25	1.99
29494923--29494976	27	2.0	27	96	0	99	40	24	3	31	1.72
29510033--29510105	35	2.1	35	97	0	137	32	10	13	42	1.79
29511462--29511715	43	5.9	43	90	0	373	31	31	23	12	1.92
29511708--29511815	38	2.8	38	85	0	117	29	25	23	21	1.99
29514164--29514295	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
29521896--29522027	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
29523767--29523803	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
29525185--29525607	209	2.0	209	97	0	792	34	21	10	33	1.88
29533622--29534378	44	17.2	44	82	1	825	30	14	28	26	1.95
29533622--29534378	221	3.4	221	86	2	1045	30	14	28	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29542163--29542247	26	3.4	23	81	14	89	23	23	23	29	1.99
29542176--29542247	26	2.8	26	95	2	128	25	23	26	25	2.00
29542296--29542390	20	4.8	20	84	5	115	32	20	10	36	1.86
29542296--29542382	40	2.2	40	89	4	131	31	20	11	36	1.88
29545548--29545716	93	1.8	93	93	0	293	27	30	20	21	1.98
29545538--29545713	46	3.8	46	76	15	191	28	30	20	20	1.98
29545587--29545725	47	3.0	46	72	19	128	28	29	19	22	1.98
29556168--29556351	40	4.6	39	76	9	140	26	23	27	22	2.00
29556208--29556396	80	2.4	81	78	4	195	23	23	29	23	1.99
29564233--29564366	40	3.4	38	79	9	135	25	22	28	23	1.99
29568428--29568635	40	5.2	40	84	2	229	25	25	22	26	2.00
29578032--29578141	42	2.5	44	83	4	134	34	27	16	21	1.95
29579840--29579959	60	2.0	59	85	6	152	30	26	15	27	1.95
29583539--29583607	20	3.3	20	66	18	59	23	5	20	50	1.69
29583528--29583610	43	1.9	43	100	0	166	26	8	18	46	1.77
29586404--29586453	20	2.3	23	86	13	70	46	14	8	32	1.73
29588636--29588744	28	3.9	28	89	1	148	35	19	25	19	1.95
29595944--29595991	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
29596035--29596093	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
29596039--29596093	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
29596144--29596285	24	6.0	24	90	5	200	28	21	22	26	1.99
29596144--29596285	47	3.0	47	89	6	198	28	21	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29596477--29596568	31	3.1	31	89	9	154	39	16	21	22	1.92
29604090--29604137	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
29604181--29604239	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
29604185--29604239	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
29604290--29604431	24	6.0	24	90	5	200	28	21	22	26	1.99
29604290--29604431	47	3.0	47	89	6	198	28	21	22	26	1.99
29604623--29604717	31	3.1	31	95	0	172	40	15	22	22	1.91
29607830--29607911	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
29615735--29615816	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
29618685--29618801	28	4.3	28	88	3	150	37	23	23	16	1.93
29621870--29621961	28	3.2	28	81	3	112	27	31	16	25	1.96
29622974--29623004	4	7.8	4	92	0	53	74	3	0	22	0.96
29632906--29632978	29	2.5	28	88	4	101	24	17	27	30	1.97
29633876--29633920	21	2.1	21	83	0	54	33	2	4	60	1.29
29643004--29643052	8	6.1	8	78	0	53	42	18	24	14	1.87
29643008--29643058	24	2.1	24	85	0	66	50	15	19	13	1.77
29643282--29643420	29	4.9	29	86	6	169	27	16	29	26	1.97
29645443--29645609	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
29648238--29648404	40	4.2	40	79	6	176	25	21	26	25	2.00
29650509--29650591	34	2.4	34	86	7	123	25	24	25	25	2.00
29653922--29654187	27	9.9	27	86	0	352	23	20	21	34	1.97
29653908--29654187	81	3.5	81	86	0	389	23	20	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29665368--29665504	42	3.3	41	77	9	125	28	27	15	28	1.96
29665365--29665517	83	1.8	83	80	5	184	28	26	14	30	1.95
29677790--29677964	46	3.8	45	79	7	199	28	28	20	22	1.99
29677798--29677969	93	1.8	93	92	2	292	27	29	20	22	1.99
29680762--29680893	30	4.4	30	82	0	156	18	21	13	46	1.84
29685624--29686032	217	1.9	217	96	0	764	33	19	17	29	1.95
29688410--29688468	30	1.9	31	86	3	84	27	23	6	42	1.79
29689571--29689672	34	3.0	34	88	2	161	40	24	11	23	1.88
29693427--29693571	78	1.9	78	86	2	211	40	20	6	33	1.78
29693373--29693580	39	5.4	39	70	12	137	42	21	5	30	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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