genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  202  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60226872--60226909	19	2.0	19	100	0	76	21	42	21	15	1.89
60226797--60226987	97	2.0	97	98	1	375	29	25	17	27	1.97
60226886--60227084	78	2.7	73	84	9	260	29	22	16	32	1.95
60226891--60227082	71	2.6	75	87	5	257	30	21	16	31	1.95
60227453--60227588	26	5.2	26	98	0	236	33	5	24	36	1.80
60229205--60229344	27	5.2	27	88	2	183	17	24	22	35	1.96
60229205--60229344	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
60230257--60230530	99	2.8	101	90	2	421	37	19	18	24	1.94
60230415--60230458	13	3.4	13	83	0	61	68	4	11	15	1.36
60230466--60230604	73	1.9	74	91	4	228	29	20	18	31	1.96
60242560--60242594	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
60242705--60242789	23	3.6	23	79	6	64	57	5	5	30	1.46
60242792--60242882	27	3.6	25	72	18	64	57	5	5	31	1.45
60242738--60242891	25	6.2	25	73	11	84	56	5	6	31	1.47
60242911--60242956	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
60243435--60243533	30	3.3	30	92	0	171	18	6	49	26	1.70
60243468--60243523	18	3.4	18	68	27	61	19	7	48	25	1.74
60249837--60249905	29	2.4	28	83	9	77	39	2	8	49	1.49
60258485--60258541	26	2.2	26	81	12	64	42	3	0	54	1.17
60258565--60258606	22	1.9	22	85	0	57	52	0	0	47	1.00
60258626--60258669	13	3.1	14	78	15	54	54	0	0	45	0.99
60258632--60258668	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60258701--60258757	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
60259215--60259252	14	2.7	14	91	0	58	36	18	5	39	1.73
60261816--60261852	15	2.5	15	91	4	58	29	0	5	64	1.15
60263389--60263436	19	2.5	20	83	9	57	33	6	8	52	1.57
60263979--60264050	37	1.9	37	97	0	135	41	8	11	38	1.71
60268789--60268820	16	2.1	16	88	11	50	43	9	0	46	1.35
60271208--60271243	17	2.1	17	89	0	54	38	19	16	25	1.92
60271608--60271632	12	2.1	12	100	0	50	64	12	16	8	1.49
60273135--60273173	21	1.9	20	89	5	60	58	0	2	38	1.12
60273861--60273928	20	3.3	20	79	6	66	29	0	5	64	1.17
60284745--60284814	36	1.9	36	91	0	113	42	10	15	31	1.80
60286943--60287382	217	2.0	217	99	0	862	40	7	17	34	1.77
60288202--60288267	28	2.4	27	79	5	69	15	13	12	59	1.62
60288759--60288918	78	2.0	80	92	3	270	26	14	27	31	1.95
60299882--60299929	18	2.5	19	83	16	64	31	0	4	64	1.12
60300476--60300522	12	3.8	12	81	15	60	61	0	0	38	0.96
60300464--60300526	25	2.7	23	81	11	83	58	0	0	41	0.98
60300988--60301029	21	2.0	21	100	0	84	38	4	4	52	1.44
60302199--60302249	21	2.4	21	78	18	61	58	5	9	25	1.52
60302405--60302449	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
60303481--60303567	39	2.2	39	79	4	104	54	4	5	35	1.45
60304050--60304103	27	2.0	27	88	0	81	3	0	24	72	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60304755--60305179	88	5.0	85	71	16	284	37	18	16	27	1.92
60304927--60304987	30	2.0	30	90	6	97	42	27	9	19	1.83
60305137--60305330	78	2.5	78	82	3	221	32	18	17	31	1.94
60305252--60305424	94	1.8	94	83	2	231	32	20	19	27	1.97
60305193--60305498	168	1.8	169	84	4	420	31	20	17	29	1.96
60305346--60305698	77	4.7	75	87	3	444	32	19	16	31	1.94
60305346--60305698	149	2.4	148	86	3	467	32	19	16	31	1.94
60305652--60305747	49	2.0	49	97	0	183	32	20	16	30	1.95
60305580--60305819	121	2.0	121	94	0	426	33	18	16	31	1.93
60305701--60305841	72	2.0	72	98	0	273	32	17	16	33	1.92
60305847--60306473	140	4.5	140	96	1	1123	37	21	16	24	1.93
60306031--60306136	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
60306171--60306276	54	1.9	54	85	9	144	37	20	14	27	1.91
60306406--60306571	72	2.3	71	88	4	244	42	20	14	22	1.88
60306446--60306691	122	2.0	123	88	3	372	39	21	13	24	1.90
60306571--60306744	70	2.5	70	85	4	219	34	22	14	28	1.93
60314699--60314734	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
60314695--60314726	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
60316697--60316721	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
60316671--60316785	39	2.9	38	77	12	101	53	5	6	35	1.48
60316694--60316793	39	2.6	39	79	4	114	55	4	5	36	1.41
60317276--60317323	21	2.3	21	88	0	69	6	0	22	70	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60317477--60317523	21	2.5	18	86	13	60	61	2	6	29	1.32
60317481--60317518	15	2.6	14	88	8	58	65	2	2	28	1.19
60317484--60317523	18	2.3	18	86	4	55	62	2	5	30	1.29
60318521--60318570	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
60319850--60319989	69	2.0	69	95	0	253	22	8	17	50	1.73
60320662--60320734	30	2.4	29	80	8	76	47	6	10	34	1.65
60321095--60321142	23	2.1	23	100	0	96	27	8	4	60	1.44
60323991--60324123	71	1.9	71	90	0	212	21	25	24	28	1.99
60323986--60324111	35	3.6	35	71	10	112	20	23	23	31	1.98
60325301--60325557	132	2.0	126	84	11	329	24	12	13	49	1.77
60326674--60326732	25	2.3	27	85	11	79	54	3	5	37	1.39
60327036--60327067	4	7.8	4	93	6	55	75	0	3	21	0.95
60330992--60331073	26	3.2	26	96	0	146	36	25	6	31	1.81
60331578--60331632	18	3.1	16	76	23	56	27	0	0	72	0.85
60331547--60331625	22	3.8	20	75	21	74	27	0	3	68	1.07
60333053--60333131	31	2.5	32	81	6	90	36	5	17	40	1.72
60334385--60334410	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60335868--60335892	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
60338620--60338695	14	5.4	14	69	19	50	75	1	11	11	1.12
60339555--60339638	24	3.3	24	70	20	80	40	7	0	52	1.29
60339557--60339643	29	3.2	29	67	26	89	42	6	0	50	1.29
60341473--60341538	20	3.1	21	75	14	64	68	1	1	28	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60341738--60341820	42	2.0	42	92	4	141	50	2	8	38	1.46
60342642--60342682	20	2.1	20	86	4	57	58	2	0	39	1.11
60344669--60344699	16	1.9	16	93	0	53	64	0	0	35	0.94
60352445--60352493	16	2.9	16	82	11	53	65	0	4	30	1.11
60352580--60352610	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
60353086--60353120	18	1.9	18	88	0	52	31	0	14	54	1.40
60360151--60360307	70	2.3	67	81	4	179	17	13	31	37	1.88
60360154--60360287	35	4.0	32	75	11	124	19	13	30	36	1.90
60360699--60360779	23	3.6	23	80	12	78	40	20	16	22	1.91
60365280--60365347	24	2.9	23	76	8	75	51	1	0	47	1.09
60365246--60365320	37	2.0	37	84	7	98	52	2	0	45	1.15
60370288--60370363	40	1.9	40	86	5	109	17	14	32	35	1.90
60370869--60370894	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
60371394--60371421	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
60375901--60375934	5	6.6	5	93	6	59	82	0	0	17	0.67
60382541--60383074	264	2.0	264	95	0	951	21	17	17	44	1.87
60389348--60389458	35	3.0	35	83	12	159	16	46	14	22	1.83
60389859--60389931	31	2.4	30	88	4	110	65	16	6	10	1.44
60389865--60389929	13	4.5	14	75	21	62	64	16	6	12	1.46
60389879--60389915	18	2.1	18	89	0	56	67	16	5	10	1.38
60390203--60390238	11	3.4	11	88	3	56	0	50	0	50	1.00
60390754--60390888	24	5.4	25	72	20	120	39	4	5	51	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60390753--60390813	2	32.0	2	80	9	74	42	0	4	52	1.23
60391037--60391066	13	2.3	13	94	0	51	26	0	10	63	1.26
60406345--60406931	70	8.2	70	92	5	987	32	16	20	31	1.94
60406345--60406931	217	2.7	216	96	2	1080	32	16	20	31	1.94
60407857--60407962	35	3.0	35	95	0	194	16	49	12	22	1.78
60408368--60408450	14	5.6	14	68	20	53	65	18	4	12	1.43
60408362--60408436	32	2.4	31	82	10	98	62	18	6	12	1.50
60408696--60408739	11	4.1	11	86	11	56	0	56	0	43	0.99
60409262--60409313	22	2.3	23	90	6	88	38	0	7	53	1.30
60409259--60409313	2	29.0	2	78	10	53	40	0	7	52	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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