genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10922775--10922838	30	2.1	30	100	0	128	34	31	14	20	1.92
10929136--10929161	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
10935476--10935501	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
10938682--10938744	29	2.3	27	78	13	65	69	3	4	22	1.21
10939383--10939431	20	2.6	18	78	15	62	63	0	2	34	1.06
10939370--10939529	51	3.2	50	89	4	232	57	0	5	36	1.22
10939383--10939549	19	9.6	17	68	20	78	58	0	4	37	1.17
10939385--10939550	51	3.3	49	77	17	155	58	0	4	36	1.19
10939503--10939576	18	4.1	18	71	16	55	59	1	6	32	1.32
10939767--10939802	18	1.9	19	94	5	65	33	0	0	66	0.92
10939762--10939803	18	2.4	17	84	11	57	38	0	0	61	0.96
10939839--10939975	19	7.9	18	66	22	62	37	5	1	56	1.31
10939787--10939976	101	1.9	102	93	1	328	37	5	1	55	1.32
10939788--10939984	51	3.9	50	86	2	268	38	5	1	54	1.33
10940958--10941028	35	2.0	35	100	0	142	30	21	14	33	1.92
10945976--10946017	16	2.7	15	79	20	50	66	4	0	28	1.12
10945964--10946026	14	4.2	16	74	13	62	63	3	0	33	1.10
10946151--10946200	17	3.0	16	81	16	57	62	2	0	36	1.07
10947623--10948178	206	2.7	206	91	0	887	29	23	17	29	1.97
10960594--10960655	14	4.4	14	79	8	63	64	3	0	32	1.09
10960606--10960656	16	3.4	15	78	10	59	64	3	0	31	1.11
10960590--10960662	13	5.3	13	76	15	58	64	2	1	31	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10960690--10960753	24	2.6	24	82	9	67	59	1	4	34	1.28
10960782--10960831	17	3.0	16	81	16	57	62	2	0	36	1.07
10964795--10964851	30	1.9	30	88	0	87	14	29	31	24	1.94
10968994--10969501	254	2.0	254	98	0	989	20	14	11	52	1.72
10972417--10972450	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
10972985--10973026	18	2.3	18	80	8	50	76	4	0	19	0.96
10973123--10973159	17	2.1	18	90	5	58	59	0	8	32	1.27
10975153--10975504	83	4.2	83	92	0	551	28	18	18	34	1.95
10975428--10975784	117	3.0	119	91	2	567	29	19	16	34	1.94
10983537--10983607	35	2.0	35	100	0	142	14	33	8	43	1.75
10987197--10987230	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
10987757--10987804	25	1.9	25	86	0	69	72	4	0	22	1.01
10987900--10987936	17	2.1	18	90	5	58	59	0	8	32	1.27
10991123--10991148	8	3.2	8	100	0	52	15	0	0	84	0.62
10991115--10991148	16	2.1	16	88	0	50	20	0	0	79	0.73
10994366--10994410	21	2.1	21	100	0	90	17	13	17	51	1.77
10995389--10995485	29	3.2	30	75	15	92	46	6	3	44	1.44
10995352--10995485	59	2.2	61	86	4	191	47	7	4	41	1.52
10999503--10999556	24	2.2	24	100	0	108	55	9	3	31	1.49
11001996--11002177	27	6.8	27	82	5	190	29	24	15	30	1.95
11008446--11008477	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
11015106--11015157	18	2.9	18	88	2	70	36	3	5	53	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11020838--11020905	17	4.0	17	75	9	59	39	0	0	60	0.97
11028041--11028081	16	2.5	17	80	11	50	60	4	0	34	1.18
11028057--11028136	28	3.0	25	74	16	72	62	3	0	33	1.13
11028068--11028137	15	5.2	13	74	25	58	62	2	0	34	1.10
11028068--11028137	20	3.5	20	76	14	65	62	2	0	34	1.10
11030541--11030581	20	2.0	20	85	9	55	31	7	2	58	1.38
11030582--11030622	21	2.0	20	86	13	57	51	0	2	46	1.14
11031151--11031242	44	2.2	41	86	5	121	57	3	4	34	1.35
11031210--11031271	24	2.5	25	82	10	74	54	0	0	45	0.99
11043790--11044370	302	1.9	301	96	1	1074	29	20	15	34	1.93
11052717--11052888	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
11052709--11052884	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
11052760--11052903	46	3.1	45	74	12	121	29	27	20	22	1.98
11072967--11073153	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
11072990--11073153	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
11072990--11073187	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
11075614--11075670	30	1.9	30	89	7	89	24	33	26	15	1.95
11077405--11077562	43	3.7	43	74	5	142	26	15	25	32	1.96
11079103--11079310	84	2.5	85	86	3	285	45	9	10	34	1.72
11079301--11079504	79	2.6	78	84	6	227	40	11	13	35	1.80
11079339--11079504	79	2.1	79	88	4	246	40	12	14	32	1.84
11086789--11086823	18	2.0	18	94	5	63	11	40	31	17	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11088255--11088310	27	2.1	27	83	6	69	62	1	1	33	1.16
11090278--11090444	40	4.2	40	78	6	171	25	22	26	24	2.00
11094105--11094212	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
11097357--11097429	27	2.6	28	93	2	121	30	13	24	31	1.94
11100306--11100357	2	26.0	2	100	0	104	50	50	0	0	1.00
11109282--11109324	22	1.9	23	95	4	79	44	23	13	18	1.86
11109517--11109634	23	4.6	26	85	7	122	44	33	5	16	1.70
11109531--11109637	28	4.0	28	84	7	125	44	30	4	19	1.71
11122951--11123084	29	4.6	29	74	11	130	42	20	11	25	1.85
11127495--11127543	21	2.4	21	86	3	64	28	20	12	38	1.89
11135384--11135453	13	5.5	13	74	16	65	37	2	1	58	1.22
11135648--11135674	13	2.1	13	100	0	54	62	7	0	29	1.22
11143801--11143831	16	1.9	16	93	0	53	45	6	16	32	1.72
11149844--11149879	17	2.1	17	94	0	63	22	19	5	52	1.66
11157434--11157529	25	3.8	25	75	14	65	30	11	1	57	1.41
11157466--11157530	27	2.5	25	80	11	76	33	13	0	52	1.41
11157548--11157631	29	3.0	27	80	5	87	33	3	1	61	1.20
11157679--11157774	26	3.6	26	76	13	63	32	5	4	58	1.39
11181589--11181754	54	3.1	54	91	0	260	38	3	5	53	1.40
11181659--11181708	18	2.6	19	78	9	57	42	0	6	52	1.26
11182978--11183187	105	2.0	105	90	3	334	42	14	10	31	1.81
11188156--11188215	30	2.0	30	90	0	93	51	6	13	28	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11189642--11189719	41	1.9	41	94	0	138	35	2	20	41	1.66
11191237--11191312	37	2.1	37	100	0	152	35	21	11	31	1.89
11200806--11200843	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
11208295--11208356	20	3.1	20	88	0	97	45	22	25	6	1.76
11214937--11214978	2	21.0	2	90	0	66	45	0	4	50	1.23
11214978--11215003	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
11217214--11217251	18	2.1	18	100	0	76	44	5	5	44	1.49
11218922--11218986	24	2.9	22	70	17	60	20	18	20	41	1.91
11223083--11223134	19	2.8	19	88	11	74	26	1	1	69	1.10
11223184--11223242	19	3.0	20	82	12	77	25	1	3	69	1.13
11223420--11223478	2	29.5	2	80	13	59	42	1	5	50	1.34
11223944--11223980	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
11226391--11226415	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
11226673--11226697	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
11229582--11229650	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
11231465--11231508	19	2.4	18	85	7	54	38	9	2	50	1.47
11236953--11237021	34	2.0	34	91	0	111	49	11	1	37	1.48
11240272--11240326	27	2.0	27	96	0	101	27	21	9	41	1.83
11254975--11255151	46	3.8	46	78	5	205	21	21	28	28	1.99
11254974--11255144	93	1.8	92	94	1	306	21	21	29	27	1.99
11258629--11258673	19	2.3	20	88	7	67	44	6	22	26	1.77
11262577--11262605	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11266355--11266399	22	2.0	22	82	0	54	22	0	33	44	1.53
11266360--11266394	15	2.4	15	90	4	54	20	0	34	45	1.51
11266436--11266483	14	3.4	14	73	0	51	22	2	22	52	1.58
11266709--11266755	21	2.2	21	88	0	67	17	2	31	48	1.58
11267751--11267786	13	2.8	13	95	0	63	33	36	0	30	1.58
11268597--11268653	3	19.0	3	96	0	105	35	0	0	64	0.93
11268599--11268662	15	4.3	15	95	0	101	39	0	0	60	0.97
11268597--11268668	12	6.0	12	88	6	83	38	0	1	59	1.06
11271278--11272032	23	32.9	23	76	9	560	32	6	22	37	1.80
11271278--11272028	115	6.5	115	83	7	764	32	6	22	37	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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