Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  203  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60409471--60409507
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2
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0
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0
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1.77
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2.7
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181
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2.0
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5
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1.9
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36
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10
32
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.1
35
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2.0
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10
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21
1.52
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2.2
27
93
0
100
25
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20
47
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
102
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2.0
28
100
0
112
32
7
28
32
1.84
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2.0
22
100
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9
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12
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0
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21
2.5
22
85
11
69
59
1
1
37
1.19
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60539312--60539395
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1
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1.14
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1
37
1.11
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0
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0
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34
1.84
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56
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1
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1
65
1.12
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39
2.1
39
83
6
101
30
2
0
67
1.04
60541135--60541324
93
2.0
94
85
7
255
37
10
20
31
1.86
60541972--60542006
8
4.2
8
88
3
52
71
0
0
28
0.86
60548604--60548688
42
2.0
42
100
0
170
35
9
22
32
1.86
60551345--60551407
29
2.2
29
83
8
76
20
15
34
28
1.94
60552687--60552721
18
2.1
17
89
10
54
48
11
14
25
1.77
60557213--60557250
7
5.4
7
81
12
51
84
2
0
13
0.73
60557213--60557251
17
2.3
17
86
0
51
82
2
0
15
0.79
60557214--60557248
11
3.3
11
88
8
54
82
2
0
14
0.77
60557798--60557927
44
2.9
45
81
4
138
29
17
16
36
1.93
60557864--60557971
44
2.5
44
78
3
110
34
17
17
30
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60558181--60558295
44
2.6
44
79
8
126
26
20
20
31
1.98
60558095--60558346
138
1.8
138
80
1
308
29
20
18
31
1.96
60563988--60564122
3
45.3
3
70
12
73
57
4
6
31
1.44
60565224--60565266
17
2.5
17
88
3
59
27
0
6
65
1.18
60565680--60565715
18
2.0
18
88
0
54
11
11
38
38
1.76
60566305--60566404
44
2.3
43
85
1
128
24
23
22
31
1.99
60566384--60566535
44
3.5
44
70
5
137
17
25
21
35
1.95
60566347--60566576
87
2.6
87
92
0
379
20
23
21
33
1.97
60578618--60578779
84
1.9
85
94
2
290
24
19
33
22
1.97
60578618--60578779
43
3.8
43
94
3
292
24
19
33
22
1.97
60578854--60578934
31
2.5
31
80
4
81
61
18
3
16
1.48
60579180--60579225
21
2.2
21
84
0
56
2
50
19
28
1.60
60583533--60583557
10
2.5
10
100
0
50
44
0
44
12
1.41
60584623--60584647
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
60585000--60585101
40
2.5
40
83
9
118
25
20
22
31
1.98
60584934--60585220
155
1.9
155
83
7
377
24
26
19
29
1.99
60585144--60585361
40
5.4
39
71
16
126
19
22
20
38
1.94
60585443--60585580
3
46.3
3
72
12
88
57
3
6
31
1.41
60586023--60586067
22
1.9
22
86
13
63
57
0
4
37
1.19
60590705--60590743
19
2.0
20
85
5
53
46
5
20
28
1.72
60596327--60596370
23
1.9
24
86
9
65
31
4
13
50
1.62
60596938--60597063
63
2.0
63
84
6
166
19
12
24
42
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60597127--60597829
234
2.9
231
86
4
875
33
10
19
36
1.86
60599277--60599525
96
2.6
96
85
3
324
27
32
14
24
1.95
60603033--60603091
31
1.9
31
92
0
100
44
8
10
37
1.69
60606443--60606501
29
2.0
29
86
3
82
37
5
6
50
1.51
60607125--60607160
12
2.8
13
87
8
56
50
11
8
30
1.67
60619067--60619099
15
2.2
15
94
0
57
27
3
21
48
1.64
60620115--60620141
14
1.9
14
100
0
54
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0
0
33
0.92
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2
100
0
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0
0
50
1.00
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17
2.2
17
90
5
56
63
2
0
33
1.08
60622166--60622205
20
2.0
21
85
5
55
50
0
2
47
1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290   291   292